BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275N01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 16,135,147 - 16,284,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625181
Upstream geneLOC670994, EG625121, Gli3, LOC665157, Inhba
Downstream geneLOC665191, 5033411D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275N01.bB6Ng01-275N01.g
ACCGA076753GA076754
length1,1231,059
definitionB6Ng01-275N01.b B6Ng01-275N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,283,455 - 16,284,578)(16,135,147 - 16,136,212)
sequence
gaattctactagaggaatcaaatggaggtagaaggagaacagacatagat
atttggagactttggtgataagcaattgttctgaaaagtataaatagctg
atcatgactctgaatatgtcccttgtatggtacatactcttagaactgca
tgacatgctgtgaatgggacttccctgctagactccagcttcttcttatt
tcctctgatccaggatccacccagcctgggagcagggatttagaaaacct
ttcaatctagcaaaaactcttgctttcttctctatggaaatttgtgatat
gtttcattttgctcttttctggactttgtatcacatgttcgtgtcctaag
agcaagctgtggagcatgaggtagagaaacatgtgagaaagctagggccg
tgcacaccagcactttagtattaacagaagatttgggaccagcctgttag
gccctccagctgccaactgctttattattctttcactcaggattcccctg
tatcaggctttcttatgtatattccatgggacattccttcagctacaaaa
ccatttagataaatagaaagaaagttagctcccctgcctccaatccccta
caaaatatacatttttacagcctgtctaactttattaattgttgttatgg
ttctggaagaaatattagtgtctggaaaaataaattatttaaaatccagt
ctaacaccaagagaacacaacatcaaaaccgcctataaatttgtcactat
attgcaagtttaaaccatttgcttgaattttataagccaaacaagttcat
ttccccatcacttaaatacattctaggataggaggtggatcacagtatat
gacctcatttgtgaaaattaatgccttcggaagtctggagctaagtacat
gtttccagtgtcatagttcctcaaaaagatttgaatatttaagacatatg
tggctctccatgtgtaagctgaagttggacttttatctataccattgaca
cacgatatttaactgataaggtagatctggtgctggttttttttgtaatc
caatattttgtattgctctgacctagcagaccacccaccttcctcactga
attattttttctccctaacattt
gaattctgtagcatttggatggaaccatcaggtttaaaatctatacaagt
tttccttccaatctgcttcccaacccaggcaagatcagaggcccaatgcc
ctccctaccctacagtctgcctgcctctcaggagatcttcagtaaccagg
gagataggtgagactcccttctgccaaaattcccatgccagctgggacac
acacagagcccagctgactccggacctacccaccctgcccagttccaact
tctttacagtcttccagcttccttgcaggcttctaaacctgggaaagatc
agcagcctgatatcctcctacatcctacatcctacatcctggctgcctcc
ccagaggtttgcaattaccagggacacagcctgcctgtctcctaggaggt
cagcaatcacttacaccggaggtctatcttaaactgatacacaatccttc
tagtttgcatttttatccacaatttgggcagatcctgcccctggagccca
gagcctgcctgtctcccaggatattctacttaaaccagggatgcaggagg
cctgctctaaccacagagaaacaggaggtctccttgaccagagaaagcac
tgactgcctcccaggagactagctctaacccaggttacatagatttacct
gcctataaggagaccagctccagtcagaggcactcagggcagttaatatc
agagataaccagatggtgagaggcaagaccaagaacataagcaacataac
ccaatgcattttgacatcatcagaaaccaattctcccaccagggcaagct
cttaataccctaacacatactatacctgcctgcgtcccaggaggtctgca
ataaccagggaacctaacatgcctgaatgcaagattctgtcctaaaatat
catcttatgaggatggtagaggcctttaaagagataaaataactccctta
aagaaatattgaaaacacaggcaaaaaggtagagcccttaagatgaaaca
aataaaaaccttaaagaaatacaggaaaatacaatctagcaggtgagtaa
ttgaacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_16283455_16284578
seq2: B6Ng01-275N01.b_46_1168 (reverse)

seq1  AAATG-TAGGGAGAAAAATAATTTCCAAGTGAGG-AGGT-GGTGGTCTGC  47
      ||||| ||||||||||||  | |||  ||||||| |||| ||||||||||
seq2  AAATGTTAGGGAGAAAAAATAATTC--AGTGAGGAAGGTGGGTGGTCTGC  48

seq1  TAGTTCAGAGCAAATACAAAAATATGGATTACAAAAAAACCAAGCAACCA  97
      ||| ||||||| |||||||||   ||||||||||||||| | ||| ||||
seq2  TAGGTCAGAGC-AATACAAAATATTGGATTACAAAAAAAACCAGC-ACCA  96

seq1  GATCTACCTTATCAGTTAAATATCGTGTGTCAATGGTATAGATAAAAGTC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACCTTATCAGTTAAATATCGTGTGTCAATGGTATAGATAAAAGTC  146

seq1  CAACTTCAGCTTACACATGGAGAGCCACATATGTCTTAAATATTCAAATC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCAGCTTACACATGGAGAGCCACATATGTCTTAAATATTCAAATC  196

seq1  TTTTTGAGGAACTATGACACTGGAAACATGTACTTAGCTCCAGACTTCCG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGGAACTATGACACTGGAAACATGTACTTAGCTCCAGACTTCCG  246

seq1  AAGGCATTAATTTTCACAAATGAGGTCATATACTGTGATCCACCTCCTAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATTAATTTTCACAAATGAGGTCATATACTGTGATCCACCTCCTAT  296

seq1  CCTAGAATGTATTTAAGTGATGGGGAAATGAACTTGTTTGGCTTATAAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAATGTATTTAAGTGATGGGGAAATGAACTTGTTTGGCTTATAAAA  346

seq1  TTCAAGCAAATGGTTTAAACTTGCAATATAGTGACAAATTTATAGGCGGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCAAATGGTTTAAACTTGCAATATAGTGACAAATTTATAGGCGGT  396

seq1  TTTGATGTTGTGTTCTCTTGGTGTTAGACTGGATTTTAAATAATTTATTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTTGTGTTCTCTTGGTGTTAGACTGGATTTTAAATAATTTATTT  446

seq1  TTCCAGACACTAATATTTCTTCCAGAACCATAACAACAATTAATAAAGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGACACTAATATTTCTTCCAGAACCATAACAACAATTAATAAAGTT  496

seq1  AGACAGGCTGTAAAAATGTATATTTTGTAGGGGATTGGAGGCAGGGGAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGCTGTAAAAATGTATATTTTGTAGGGGATTGGAGGCAGGGGAGC  546

seq1  TAACTTTCTTTCTATTTATCTAAATGGTTTTGTAGCTGAAGGAATGTCCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTCTTTCTATTTATCTAAATGGTTTTGTAGCTGAAGGAATGTCCC  596

seq1  ATGGAATATACATAAGAAAGCCTGATACAGGGGAATCCTGAGTGAAAGAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATATACATAAGAAAGCCTGATACAGGGGAATCCTGAGTGAAAGAA  646

seq1  TAATAAAGCAGTTGGCAGCTGGAGGGCCTAACAGGCTGGTCCCAAATCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGCAGTTGGCAGCTGGAGGGCCTAACAGGCTGGTCCCAAATCTT  696

seq1  CTGTTAATACTAAAGTGCTGGTGTGCACGGCCCTAGCTTTCTCACATGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAATACTAAAGTGCTGGTGTGCACGGCCCTAGCTTTCTCACATGTT  746

seq1  TCTCTACCTCATGCTCCACAGCTTGCTCTTAGGACACGAACATGTGATAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACCTCATGCTCCACAGCTTGCTCTTAGGACACGAACATGTGATAC  796

seq1  AAAGTCCAGAAAAGAGCAAAATGAAACATATCACAAATTTCCATAGAGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCAGAAAAGAGCAAAATGAAACATATCACAAATTTCCATAGAGAA  846

seq1  GAAAGCAAGAGTTTTTGCTAGATTGAAAGGTTTTCTAAATCCCTGCTCCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAAGAGTTTTTGCTAGATTGAAAGGTTTTCTAAATCCCTGCTCCC  896

seq1  AGGCTGGGTGGATCCTGGATCAGAGGAAATAAGAAGAAGCTGGAGTCTAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGGTGGATCCTGGATCAGAGGAAATAAGAAGAAGCTGGAGTCTAG  946

seq1  CAGGGAAGTCCCATTCACAGCATGTCATGCAGTTCTAAGAGTATGTACCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGTCCCATTCACAGCATGTCATGCAGTTCTAAGAGTATGTACCA  996

seq1  TACAAGGGACATATTCAGAGTCATGATCAGCTATTTATACTTTTCAGAAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGGACATATTCAGAGTCATGATCAGCTATTTATACTTTTCAGAAC  1046

seq1  AATTGCTTATCACCAAAGTCTCCAAATATCTATGTCTGTTCTCCTTCTAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTTATCACCAAAGTCTCCAAATATCTATGTCTGTTCTCCTTCTAC  1096

seq1  CTCCATTTGATTCCTCTAGTAGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTTGATTCCTCTAGTAGAATTC  1123

seq1: chr13_16135147_16136212
seq2: B6Ng01-275N01.g_65_1123

seq1  GAATTCTGTAGCATTTGGATGGAACCATCAGGTTTAAAATCTATACAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAGCATTTGGATGGAACCATCAGGTTTAAAATCTATACAAGT  50

seq1  TTTCCTTCCAATCTGCTTCCCAACCCAGGCAAGATCAGAGGCCCAATGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCCAATCTGCTTCCCAACCCAGGCAAGATCAGAGGCCCAATGCC  100

seq1  CTCCCTACCCTACAGTCTGCCTGCCTCTCAGGAGATCTTCAGTAACCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTACCCTACAGTCTGCCTGCCTCTCAGGAGATCTTCAGTAACCAGG  150

seq1  GAGATAGGTGAGACTCCCTTCTGCCAAAATTCCCATGCCAGCTGGGACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGGTGAGACTCCCTTCTGCCAAAATTCCCATGCCAGCTGGGACAC  200

seq1  ACACAGAGCCCAGCTGACTCCGGACCTACCCACCCTGCCCAGTTCCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGCCCAGCTGACTCCGGACCTACCCACCCTGCCCAGTTCCAACT  250

seq1  TCTTTACAGTCTTCCAGCTTCCTTGCAGGCTTCTAAACCTGGGAAAGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACAGTCTTCCAGCTTCCTTGCAGGCTTCTAAACCTGGGAAAGATC  300

seq1  AGCAGCCTGATATCCTCCTACATCCTACATCCTACATCCTGGCTGCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCTGATATCCTCCTACATCCTACATCCTACATCCTGGCTGCCTCC  350

seq1  CCAGAGGTTTGCAATTACCAGGGACACAGCCTGCCTGTCTCCTAGGAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGTTTGCAATTACCAGGGACACAGCCTGCCTGTCTCCTAGGAGGT  400

seq1  CAGCAATCACTTACACCGGAGGTCTATCTTAAACTGATACACAATCCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATCACTTACACCGGAGGTCTATCTTAAACTGATACACAATCCTTC  450

seq1  TAGTTTGCATTTTTATCCACAATTTGGGCAGATCCTGCCCCTGGAGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGCATTTTTATCCACAATTTGGGCAGATCCTGCCCCTGGAGCCCA  500

seq1  GAGCCTGCCTGTCTCCCAGGATATTCTACTTAAACCAGGGATGCAGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGCCTGTCTCCCAGGATATTCTACTTAAACCAGGGATGCAGGAGG  550

seq1  CCTGCTCTAACCACAGAGAAACAGGAGGTCTCCTTGACCAGAGAAAGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTAACCACAGAGAAACAGGAGGTCTCCTTGACCAGAGAAAGCAC  600

seq1  TGACTGCCTCCCAGGAGACTAGCTCTAACCCAGGTTACATAGATTTACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCTCCCAGGAGACTAGCTCTAACCCAGGTTACATAGATTTACCT  650

seq1  GCCTATAAGGAGACCAGCTCCAGTCAGAGGCACTCAGGGCAGTTAATATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATAAGGAGACCAGCTCCAGTCAGAGGCACTCAGGGCAGTTAATATC  700

seq1  AGAGATAACCAGATGGTGAGAGGCAAGACCAAGAACATAAGCAACATAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAACCAGATGGTGAGAGGCAAGACCAAGAACATAAGCAACATAAC  750

seq1  CCAATGCATTTTGACATCATCAGAAACCAATTCTCCCACCAGGGCAAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCATTTTGACATCATCAGAAACCAATTCTCCCACCAGGGCAAGCT  800

seq1  CTTAATACCCTAACACATACTATACCTGCCTGCGTCCCAGGAGGTCTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATACCCTAACACATACTATACCTGCCTGCGTCCCAGGAGGTCTGCA  850

seq1  ATAACCAGGGAACCTAACATGCCTGAAATGCAAGATTCTGTCCTAAAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCAGGGAACCTAACATGCCTG-AATGCAAGATTCTGTCCTAAAATA  899

seq1  TCATCTTATGAGGATGGTAGAGGCCTTTAAGGAGGATAAAAATAACTCCC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||
seq2  TCATCTTATGAGGATGGTAGAGGCCTTTAAAGA-GAT-AAAATAACTCCC  947

seq1  TTAAAGAAATATTGGAAAACACAGGCAAAAAGGTAGAAGCCCTTAAAGAT  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TTAAAGAAATATT-GAAAACACAGGCAAAAAGGTAG-AGCCCTT-AAGAT  994

seq1  GAAACAAATAAAACCCTTAAAGAAATACAGGAAAATACAATCTAGCAGGT  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAATAAAAACCTTAAAGAAATACAGGAAAATACAATCTAGCAGGT  1044

seq1  GAAGTAATTGAACAAA  1066
      | ||||||||||||||
seq2  G-AGTAATTGAACAAA  1059