BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284I05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 103,417,713 - 103,598,595
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd180, Mast4
Upstream genePik3r1
Downstream geneEG621312, EG432800, LOC432801, LOC100040045, Ppia-ps13_1282.1, Sfrs12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284I05.bB6Ng01-284I05.g
ACCGA083194GA083195
length1,1241,134
definitionB6Ng01-284I05.b B6Ng01-284I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,597,457 - 103,598,595)(103,417,713 - 103,418,834)
sequence
gaattcagatcagcactttctacctaacacctgccactgccttccatttt
agaggtggacttcactcaggaaacagaccgtttgcctggcgtctccactg
cctcctgttggctgtgtgtcactgagcctttaagaagtaatttgaggctc
ttaacatttcattattttataatagaggaaatggggctccgtctttgaaa
tcattctggggtgaagacacaaaggttaggcttattaatctcctctgacc
ttccttgttcaatattctccctgttaacacccctagtaacataatagtcc
acttttatataaaggatgatgccacacactgtatctgtaaactacagatc
tatgagtaaacctaccacggcagttttaacctacaaaaagaaaaaaaaaa
taatcatcacaatattgcatgttgagacaaggaaacacttcgtcttatta
attgttagcacatgtgaaacctaatctgaaaatccaagatccaaaatagc
cccaaatttgaaaccctactacttaatgttattgtctatttctctgtatg
tatacatatgcatatgtgtgcatgcacgtgtgttcacgggtgtgccacag
gatgcgtggcttctaggatcatgcttaggtattcaggtttgcatggaaag
tacttttatttatgagccatcccagtgatctccaaacgtactggaactta
ctgagagccattgaaatgatctgagcaacggtgggatgcttagaaatgtc
tcaaatttaagattaaggatgtgtagtaggtttggaaataccttttaaaa
acaagtcaaaaattctaaacctaaaatgtttctggtccaagaacgttgga
tgaagatgctcagtccccaaatctccagcctgcagggctgtggaccactt
aacattttatctgatggtagatggaggggatgatgccactacctttgcca
gagctagggccttgagacattataattgctgtgcttcatagcaatctagt
tgcctttagtgccatcagcatctcctgatggcctactgttattcgctgga
taaaccctcgaacacatttcttatagcaatttctagaaaagtttggccct
cttgaacttagtctcagtcccttg

gaattctatatgaatgtgtggtcaccaaagagagagagagagagatgtct
aaacaggagatggggtgccagagtctggaccggactgaattcacctatga
atctgacgtcatggccttcagggcattctgtaaatcacatgttctacata
aacacaaagaaagagagggactgttctccctagtaagcccccagggtgtg
agatactgttacattcatcaagagcttccccattcctgaattccatcctg
cactgtggacacctcttatccttcctttctaaaggaatgcttaatgtagt
tacaataaaacatcactaatgtgacaccatctgcttctcagtaagttgcc
tcaatgcgtcataaagcttgactttgatgtgatttgaaggcatgcctgat
tgaagcagactgcctagctgcatgaagctggtggaagcagtctacggaca
caatatattacgaagatgccttgaagtgtgcaaaatcatatgcaacggta
tgaatattaaatgtgaaagaaagcttacaatgccttgtaacccagcatca
tgctacaatagagatgcaatatgtccatatggacctgagagctcccacac
taagataatggcagaggacaccacgggcgtctctagtggcccagaagaat
tcgtttcccgccattagtgtggacctatgtgtgtctgagtgaggtagtgc
tcaagagatctcagagctttcactcaaccctactgatagactggacaaag
gcaccctctggacttagcttttctgatccctgtgggacaacaagctggct
tccagtgcttaggaagagctgcatttaaattcagatgccagagctcagct
gtgtctatatgtaagccatggctgtctttgtgctgtccagagccctgttc
ctgcagcaatcctaactacactgtgagctttaacaaggacacctccctac
acatagagttcttcttaagtaaggtagacagagtcccaccccaggtttct
agtgttagacatgcaaacatttagtaagaacaaacattacactgtatgtg
agcacgtgccatgcacatacacaattcagagagaggtggggaaaggagag
aaacatgccatttggaaggtcaagaatctgaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_103597457_103598595
seq2: B6Ng01-284I05.b_48_1171 (reverse)

seq1  CAAGGGACTGAAGACTTAAAGTCAGAAGGGGCAAACTTTTTCTAGAAATT  50
      |||||||||| |||| |||  |||  |||| ||||| ||||||||||| |
seq2  CAAGGGACTG-AGAC-TAAGTTCAAGAGGGCCAAAC-TTTTCTAGAAA-T  46

seq1  TGCTTATAGAAATGTGTTCTGAGGTTTATCCAGGCGAATAACAAGTAGGC  100
      ||||   ||||||||||||   |||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TGCTATAAGAAATGTGTTCGAGGGTTTATCCA-GCGAATAAC-AGTAGGC  94

seq1  AACCAGGAGATGCTGATGGCACTAAAGGCCACTAGATTGCTAATGAAAGC  150
       | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||
seq2  CATCAGGAGATGCTGATGGCACTAAAGGCAACTAGATTGCT-ATG-AAGC  142

seq1  AACAGCAATTTATAATGTCTCAAGGCCCTAGCTTCTGGCAAAGGTAGTGG  200
       ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -ACAGCAA-TTATAATGTCTCAAGGCCCTAGC-TCTGGCAAAGGTAGTGG  189

seq1  CATCATCCCCTCCATCTTACCATCAGATAAAAATGTTAAGTGGTCCACAG  250
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCCCCTCCATC-TACCATCAGAT-AAAATGTTAAGTGGTCCACAG  237

seq1  CCCTGCAGGCTGGAGATTTGGGGACTGAGCATCTTTCATCCAACGTTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  CCCTGCAGGCTGGAGATTTGGGGACTGAGCATC-TTCATCCAACGTTC-T  285

seq1  TGGACCAGAAACATTTTAGGTTTAGAATTTTTGACTTGTTTTTAAAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCAGAAACATTTTAGGTTTAGAATTTTTGACTTGTTTTTAAAAGGT  335

seq1  ATTTCCAAACCTACTACACATCCTTAATCTTAAATTTGAGACATTTCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAAACCTACTACACATCCTTAATCTTAAATTTGAGACATTTCTAA  385

seq1  GCATCCCACCGTTGCTCAGATCATTTCAATGGCTCTCAGTAAGTTCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCACCGTTGCTCAGATCATTTCAATGGCTCTCAGTAAGTTCCAGT  435

seq1  ACGTTTGGAGATCACTGGGATGGCTCATAAATAAAAGTACTTTCCATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTGGAGATCACTGGGATGGCTCATAAATAAAAGTACTTTCCATGCA  485

seq1  AACCTGAATACCTAAGCATGATCCTAGAAGCCACGCATCCTGTGGCACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGAATACCTAAGCATGATCCTAGAAGCCACGCATCCTGTGGCACAC  535

seq1  CCGTGAACACACGTGCATGCACACATATGCATATGTATACATACAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGAACACACGTGCATGCACACATATGCATATGTATACATACAGAGAA  585

seq1  ATAGACAATAACATTAAGTAGTAGGGTTTCAAATTTGGGGCTATTTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAATAACATTAAGTAGTAGGGTTTCAAATTTGGGGCTATTTTGGA  635

seq1  TCTTGGATTTTCAGATTAGGTTTCACATGTGCTAACAATTAATAAGACGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGATTTTCAGATTAGGTTTCACATGTGCTAACAATTAATAAGACGA  685

seq1  AGTGTTTCCTTGTCTCAACATGCAATATTGTGATGATTATTTTTTTTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCCTTGTCTCAACATGCAATATTGTGATGATTATTTTTTTTTTC  735

seq1  TTTTTGTAGGTTAAAACTGCCGTGGTAGGTTTACTCATAGATCTGTAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTAGGTTAAAACTGCCGTGGTAGGTTTACTCATAGATCTGTAGTT  785

seq1  TACAGATACAGTGTGTGGCATCATCCTTTATATAAAAGTGGACTATTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATACAGTGTGTGGCATCATCCTTTATATAAAAGTGGACTATTATG  835

seq1  TTACTAGGGGTGTTAACAGGGAGAATATTGAACAAGGAAGGTCAGAGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAGGGGTGTTAACAGGGAGAATATTGAACAAGGAAGGTCAGAGGAG  885

seq1  ATTAATAAGCCTAACCTTTGTGTCTTCACCCCAGAATGATTTCAAAGACG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAAGCCTAACCTTTGTGTCTTCACCCCAGAATGATTTCAAAGACG  935

seq1  GAGCCCCATTTCCTCTATTATAAAATAATGAAATGTTAAGAGCCTCAAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCCATTTCCTCTATTATAAAATAATGAAATGTTAAGAGCCTCAAAT  985

seq1  TACTTCTTAAAGGCTCAGTGACACACAGCCAACAGGAGGCAGTGGAGACG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTTAAAGGCTCAGTGACACACAGCCAACAGGAGGCAGTGGAGACG  1035

seq1  CCAGGCAAACGGTCTGTTTCCTGAGTGAAGTCCACCTCTAAAATGGAAGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAAACGGTCTGTTTCCTGAGTGAAGTCCACCTCTAAAATGGAAGG  1085

seq1  CAGTGGCAGGTGTTAGGTAGAAAGTGCTGATCTGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCAGGTGTTAGGTAGAAAGTGCTGATCTGAATTC  1124


seq1: chr13_103417713_103418834
seq2: B6Ng01-284I05.g_66_1199

seq1  GAATTCTATATGAATGTGTGGTCACCAAAGAGAGAGAGAGAGAGATGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATGAATGTGTGGTCACCAAAGAGAGAGAGAGAGAGATGTCT  50

seq1  AAACAGGAGATGGGGTGCCAGAGTCTGGACCGGACTGAATTCACCTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGAGATGGGGTGCCAGAGTCTGGACCGGACTGAATTCACCTATGA  100

seq1  ATCTGACGTCATGGCCTTCAGGGCATTCTGTAAATCACATGTTCTACATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACGTCATGGCCTTCAGGGCATTCTGTAAATCACATGTTCTACATA  150

seq1  AACACAAAGAAAGAGAGGGACTGTTCTCCCTAGTAAGCCCCCAGGGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAAGAAAGAGAGGGACTGTTCTCCCTAGTAAGCCCCCAGGGTGTG  200

seq1  AGATACTGTTACATTCATCAAGAGCTTCCCCATTCCTGAATTCCATCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTGTTACATTCATCAAGAGCTTCCCCATTCCTGAATTCCATCCTG  250

seq1  CACTGTGGACACCTCTTATCCTTCCTTTCTAAAGGAATGCTTAATGTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGACACCTCTTATCCTTCCTTTCTAAAGGAATGCTTAATGTAGT  300

seq1  TACAATAAAACATCACTAATGTGACACCATCTGCTTCTCAGTAAGTTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAAAACATCACTAATGTGACACCATCTGCTTCTCAGTAAGTTGCC  350

seq1  TCAATGCGTCATAAAGCTTGACTTTGATGTGATTTGAAGGCATGCCTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCGTCATAAAGCTTGACTTTGATGTGATTTGAAGGCATGCCTGAT  400

seq1  TGAAGCAGACTGCCTAGCTGCATGAAGCTGGTGGAAGCAGTCTACGGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGACTGCCTAGCTGCATGAAGCTGGTGGAAGCAGTCTACGGACA  450

seq1  CAATATATTACGAAGATGCCTTGAAGTGTGCAAAATCATATGCAACGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATTACGAAGATGCCTTGAAGTGTGCAAAATCATATGCAACGGTA  500

seq1  TGAATATTAAATGTGAAAGAAAGCTTACAATGCCTTGTAACCCAGCATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATTAAATGTGAAAGAAAGCTTACAATGCCTTGTAACCCAGCATCA  550

seq1  TGCTACAATAGAGATGCAATATGTCCATATGGACCTGAGAGCTCCCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAATAGAGATGCAATATGTCCATATGGACCTGAGAGCTCCCACAC  600

seq1  TAAGATAATGGCAGAGGACACCACGGGCGTCTCTAGTGGCCCAGAAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATAATGGCAGAGGACACCACGGGCGTCTCTAGTGGCCCAGAAGAAT  650

seq1  TCGTTTCCCGCCATTAGTGTGGACCTATGTGTGTCTGAGTGAGGTAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTCCCGCCATTAGTGTGGACCTATGTGTGTCTGAGTGAGGTAGTGC  700

seq1  TCAAGAGATCTCAGAGCTTTCACTCAACCCTACTGATAGACTGGACAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGATCTCAGAGCTTTCACTCAACCCTACTGATAGACTGGACAAAG  750

seq1  GCACCCTCTGGACTTAGCTTTTCTGATCCCTGTGGGACAACAAGCTGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTCTGGACTTAGCTTTTCTGATCCCTGTGGGACAACAAGCTGGCT  800

seq1  TCCAGTGCTTAGGAAGAGCTGCATTTAAATTCAGATGCCAGAGCTCAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGCTTAGGAAGAGCTGCATTTAAATTCAGATGCCAGAGCTCAGCT  850

seq1  GTGTCTATATGTAAGCCATGGCTGTCTTTGTGCTGTCCAGAGCCCTGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTATATGTAAGCCATGGCTGTCTTTGTGCTGTCCAGAGCCCTGTTC  900

seq1  CTGCAGCAATCCTAACTACACTGTGAGCTTTAAC-AGGACACCTCCCTAC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGCAGCAATCCTAACTACACTGTGAGCTTTAACAAGGACACCTCCCTAC  950

seq1  ACATAGAGTTCTTC-TAAGTAA-GTAGACAGAGTCC--ACCCAGGTTTCT  995
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||
seq2  ACATAGAGTTCTTCTTAAGTAAGGTAGACAGAGTCCCACCCCAGGTTTCT  1000

seq1  AGTG-TAGACATGCAACCATTAGGTA--GACAAACA-TACAC-GTATGTG  1040
      |||| ||||||||||| ||||  |||   ||||||| ||||| |||||||
seq2  AGTGTTAGACATGCAAACATTTAGTAAGAACAAACATTACACTGTATGTG  1050

seq1  AGCACGTG-CATGCACATACACAATTCAGAGAGAGTGGGGGAA--GAGAG  1087
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||
seq2  AGCACGTGCCATGCACATACACAATTCAGAGAGAGGTGGGGAAAGGAGAG  1100

seq1  AAACAATGCCATT--GAAGGTCAGAGAACCTTGAAAG  1122
      |||| ||||||||  |||||||| |||| | ||||||
seq2  AAAC-ATGCCATTTGGAAGGTCA-AGAATC-TGAAAG  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |