BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285B01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 10,190,356 - 10,331,908
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChrm3
Upstream geneEG667727, LOC100039719, Dip2c, LOC666986, Zmynd11, LOC100039604
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285B01.bB6Ng01-285B01.g
ACCGA083611GA083612
length1,0191,169
definitionB6Ng01-285B01.b B6Ng01-285B01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,330,890 - 10,331,908)(10,190,356 - 10,191,523)
sequence
gaattccatggtttattgggaccaactgtttaccctcctaaagcgttctg
catccttgctttacgtgtgcagggggcctcccagagcatgcaaatgataa
acacacttctttgtgaggtctcaagtgtcttgtggagcttacatcaagtt
tagatcttctggctcagattcagatcatggaaactttggaagattccaga
ggggatcctgattcagagctgagagcttttgatctatttgattttgttcc
aatagtatctatataattcacttaaagaacacatacattttgattaaaaa
ttagtttcattattagatattctgaaaactgggggatctgcactctcctg
cagttttttttctcattctaagattattaagtagcctctacttcttaaga
caaataaagtaagtgtgtgtatgttccagtgtaagtactctgttgtacca
atatcagtgttctagttattccatttaccaaactttacactggtgatcaa
taacttgaatgtgtctagtacacaattgagggttactgggaattattaat
ttaacaattcagagataataatatctgagttttcagagactttctcctgt
gtcaggctttgactgagtcagggggagttttattgtatgaagttatttaa
agtcatagaaccttacatcctgagaaagtggcttggccaatcttaggaaa
gtttctaaacattgatgacagtcttacaatttccttcctttttcatcatt
ttcttatttcattttgtttcttcagaacaagcattgtgaaaaatgtagtt
cacagttttcctgtgccaaacctcacagttctggggggttgttgttgttt
ctgttattgttgttgttgtttattaccagtttgttttgagatgggatctc
acttatgtagccttgatgtcccggaactcctaagtatgcgaggcatggcc
tcacccttacagatatatgtctctcctgtcctctacctcccaagtgctgg
gaattaaaaggtggtgcat

gaattcatatagctatgcatcttactctcagctagtactaagagatgagc
atctggtacacaaatgaaaaaagtaaagaggcatcagccacagggcttag
aaatcgaggagtcagaattcttacatttaaatttcaactcaaagctatct
ttgagcttcaggacactgggcaaagtgcttaatttattcagaaaggaaaa
aatatgtctacacacacttacatatttgtgggagcaatttgtggaagggg
agtatttacatatgggtgcatgcttatgtggaaacctgaggtgtctttct
tgacattatttatttgagggaggcttgcttggtagcctagagctcaccaa
ctctggctagtctagccagccagcttattctgtggatcccctgtcttttt
tgtttctagtggggttataggcagctaccatacctgctcaactttaagtg
ggacctggggatgatctgaactcaagtcattgtctccccagctcaaagat
cttaatttcccagtgacttcatttcctcctctgtacattattgacaatga
cagctacttctcctgttgtacatatacttcctgttttatggagattttat
gtagactcatttttaaataatttatcatatccagagcaatgctcactaca
ctgtgagtaccatgtaagtacataagtggtaactatgattaaggactgac
tgtagctgaaaaggtctaaaacacaaacaagtcagcatgtacaccaagca
agtattagaaatgagagaatttaaagtatttcgatgtctccccttcacag
acctctctataaaattgttgaatcccaaagtgaactaatttgtaagaaga
gaatatctttgaagaataagaaagtccacacgaatgcttctggactatgg
catcatgctgtaggatgacaaaggaaaaagcagagacatcgtactcttac
tacattgctgtctccttttaaaggagaatgagtctaggtgaagtagagaa
tggctaagtagagcttaaatccagacctgtgatgcagcatcacatcttac
aggggtgctcccaagccaattggcagcatcctgggtgctgggaactagag
atgtgttgctaagtctctgaactaacttggattaaggtacagtatacgtc
ccatattatggcgcaaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_10330890_10331908
seq2: B6Ng01-285B01.b_44_1062 (reverse)

seq1  ATGC-CCACCTTT--AATCCCAGCACTTGGGAGGTAGAGG-CAGGTG-GA  45
      |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| | ||
seq2  ATGCACCACCTTTTAATTCCCAGCACTTGGGAGGTAGAGGACAGGAGAGA  50

seq1  CATCTATCTGTGAGGGTGAGGCCAT-CCTCGCATACTTAGTGAGTTCCAG  94
      ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
seq2  CATATATCTGTAAGGGTGAGGCCATGCCTCGCATACTTAG-GAGTTCCGG  99

seq1  GACATTCAAGGCTACAT-AGTGAGATCCCATCTCAAAAACAAAACAGAGA  143
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| |   
seq2  GACA-TCAAGGCTACATAAGTGAGATCCCATCTCAAAA--CAAACTG---  143

seq1  TAAATAAACAACAACAACAATAACAGAAACAACAACAACCCCCCAGAACT  193
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAAACAACAACAACAATAACAGAAACAACAACAACCCCCCAGAACT  193

seq1  GTGAGGTTTGGCACAGGAAAACTGTGAACTACATTTTTCACAATGCTTGT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTTTGGCACAGGAAAACTGTGAACTACATTTTTCACAATGCTTGT  243

seq1  TCTGAAGAAACAAAATGAAATAAGAAAATGATGAAAAAGGAAGGAAATTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGAAACAAAATGAAATAAGAAAATGATGAAAAAGGAAGGAAATTG  293

seq1  TAAGACTGTCATCAATGTTTAGAAACTTTCCTAAGATTGGCCAAGCCACT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTGTCATCAATGTTTAGAAACTTTCCTAAGATTGGCCAAGCCACT  343

seq1  TTCTCAGGATGTAAGGTTCTATGACTTTAAATAACTTCATACAATAAAAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGATGTAAGGTTCTATGACTTTAAATAACTTCATACAATAAAAC  393

seq1  TCCCCCTGACTCAGTCAAAGCCTGACACAGGAGAAAGTCTCTGAAAACTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCTGACTCAGTCAAAGCCTGACACAGGAGAAAGTCTCTGAAAACTC  443

seq1  AGATATTATTATCTCTGAATTGTTAAATTAATAATTCCCAGTAACCCTCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTATTATCTCTGAATTGTTAAATTAATAATTCCCAGTAACCCTCA  493

seq1  ATTGTGTACTAGACACATTCAAGTTATTGATCACCAGTGTAAAGTTTGGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTACTAGACACATTCAAGTTATTGATCACCAGTGTAAAGTTTGGT  543

seq1  AAATGGAATAACTAGAACACTGATATTGGTACAACAGAGTACTTACACTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAATAACTAGAACACTGATATTGGTACAACAGAGTACTTACACTG  593

seq1  GAACATACACACACTTACTTTATTTGTCTTAAGAAGTAGAGGCTACTTAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATACACACACTTACTTTATTTGTCTTAAGAAGTAGAGGCTACTTAA  643

seq1  TAATCTTAGAATGAGAAAAAAAACTGCAGGAGAGTGCAGATCCCCCAGTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTAGAATGAGAAAAAAAACTGCAGGAGAGTGCAGATCCCCCAGTT  693

seq1  TTCAGAATATCTAATAATGAAACTAATTTTTAATCAAAATGTATGTGTTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAATATCTAATAATGAAACTAATTTTTAATCAAAATGTATGTGTTC  743

seq1  TTTAAGTGAATTATATAGATACTATTGGAACAAAATCAAATAGATCAAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTGAATTATATAGATACTATTGGAACAAAATCAAATAGATCAAAA  793

seq1  GCTCTCAGCTCTGAATCAGGATCCCCTCTGGAATCTTCCAAAGTTTCCAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCAGCTCTGAATCAGGATCCCCTCTGGAATCTTCCAAAGTTTCCAT  843

seq1  GATCTGAATCTGAGCCAGAAGATCTAAACTTGATGTAAGCTCCACAAGAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGAATCTGAGCCAGAAGATCTAAACTTGATGTAAGCTCCACAAGAC  893

seq1  ACTTGAGACCTCACAAAGAAGTGTGTTTATCATTTGCATGCTCTGGGAGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGACCTCACAAAGAAGTGTGTTTATCATTTGCATGCTCTGGGAGG  943

seq1  CCCCCTGCACACGTAAAGCAAGGATGCAGAACGCTTTAGGAGGGTAAACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGCACACGTAAAGCAAGGATGCAGAACGCTTTAGGAGGGTAAACA  993

seq1  GTTGGTCCCAATAAACCATGGAATTC  1019
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCCCAATAAACCATGGAATTC  1019


seq1: chr13_10190356_10191523
seq2: B6Ng01-285B01.g_65_1233

seq1  GAATTCATATAGCTATGCATCTTACTCTCAGCTAGTACTAAGAGATGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATAGCTATGCATCTTACTCTCAGCTAGTACTAAGAGATGAGC  50

seq1  ATCTGGTACACAAATGAAAAAAGTAAAGAGGCATCAGCCACAGGGCTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTACACAAATGAAAAAAGTAAAGAGGCATCAGCCACAGGGCTTAG  100

seq1  AAATCGAGGAGTCAGAATTCTTACATTTAAATTTCAACTCAAAGCTATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGAGGAGTCAGAATTCTTACATTTAAATTTCAACTCAAAGCTATCT  150

seq1  TTGAGCTTCAGGACACTGGGCAAAGTGCTTAATTTATTCAGAAAGGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTCAGGACACTGGGCAAAGTGCTTAATTTATTCAGAAAGGAAAA  200

seq1  AATATGTCTACACACACTTACATATTTGTGGGAGCAATTTGTGGAAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTCTACACACACTTACATATTTGTGGGAGCAATTTGTGGAAGGGG  250

seq1  AGTATTTACATATGGGTGCATGCTTATGTGGAAACCTGAGGTGTCTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTACATATGGGTGCATGCTTATGTGGAAACCTGAGGTGTCTTTCT  300

seq1  TGACATTATTTATTTGAGGGAGGCTTGCTTGGTAGCCTAGAGCTCACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTATTTATTTGAGGGAGGCTTGCTTGGTAGCCTAGAGCTCACCAA  350

seq1  CTCTGGCTAGTCTAGCCAGCCAGCTTATTCTGTGGATCCCCTGTCTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTAGTCTAGCCAGCCAGCTTATTCTGTGGATCCCCTGTCTTTTT  400

seq1  TGTTTCTAGTGGGGTTATAGGCAGCTACCATACCTGCTCAACTTTAAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTAGTGGGGTTATAGGCAGCTACCATACCTGCTCAACTTTAAGTG  450

seq1  GGACCTGGGGATGATCTGAACTCAAGTCATTGTCTCCCCAGCTCAAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGGGGATGATCTGAACTCAAGTCATTGTCTCCCCAGCTCAAAGAT  500

seq1  CTTAATTTCCCAGTGACTTCATTTCCTCCTCTGTACATTATTGACAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTCCCAGTGACTTCATTTCCTCCTCTGTACATTATTGACAATGA  550

seq1  CAGCTACTTCTCCTGTTGTACATATACTTCCTGTTTTATGGAGATTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTTCTCCTGTTGTACATATACTTCCTGTTTTATGGAGATTTTAT  600

seq1  GTAGACTCATTTTTAAATAATTTATCATATCCAGAGCAATGCTCACTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTCATTTTTAAATAATTTATCATATCCAGAGCAATGCTCACTACA  650

seq1  CTGTGAGTACCATGTAAGTACATAAGTGGTAACTATGATTAAGGACTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTACCATGTAAGTACATAAGTGGTAACTATGATTAAGGACTGAC  700

seq1  TGTAGCTGAAAAGGTCTAAAACACAAACAAGTCAGCATGTACACCAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTGAAAAGGTCTAAAACACAAACAAGTCAGCATGTACACCAAGCA  750

seq1  AGTATTAGAAATGAGAGAATTTAAAGTATTTCGATGTCTCCCCTTCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAGAAATGAGAGAATTTAAAGTATTTCGATGTCTCCCCTTCACAG  800

seq1  ACCTCTCTATAAAATTGTTGAATCCCAAAGTGAACTAATTTGTAAGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTATAAAATTGTTGAATCCCAAAGTGAACTAATTTGTAAGAAGA  850

seq1  GAATATCTTTGAAGAATAAGAAAGTCCACACGAATGCTTCTGGACTATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCTTTGAAGAATAAGAAAGTCCACACGAATGCTTCTGGACTATGG  900

seq1  CATCATGCTGTAGGATGACAAAGGAAAAAAGCAGAGACATCGTACTCTTA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGCTGTAGGATGACAAAGG-AAAAAGCAGAGACATCGTACTCTTA  949

seq1  CTACATTGCTGTCTCCTTTTAAAGGAGAATGAGTCTAGGTGAAGTAGAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTGCTGTCTCCTTTTAAAGGAGAATGAGTCTAGGTGAAGTAGAGA  999

seq1  ATGGCTAAGGTAGAGGCTAAATCCCAGACCTGTGAATGCAGGCATCACAT  1050
      |||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  ATGGCTAA-GTAGAGCTTAAAT-CCAGACCTGTG-ATGCA-GCATCACAT  1045

seq1  CTTACAAGGGGTGCTCCC-AGCAAATT-GCAGCATCCTGGGTGCT-GGAA  1097
      ||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTAC-AGGGGTGCTCCCAAGCCAATTGGCAGCATCCTGGGTGCTGGGAA  1094

seq1  CTAGAGATGTG-TGCTAGGTCTCTG-ACTAACTTTTAGATTAA-GTACAT  1144
      ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||  || |||||| ||||| 
seq2  CTAGAGATGTGTTGCTAAGTCTCTGAACTAAC--TTGGATTAAGGTACAG  1142

seq1  TATACTTTACATATTAT---GCAAATC  1168
      ||||| |  ||||||||   |||||||
seq2  TATACGTCCCATATTATGGCGCAAATC  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |