BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285M12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 79,277,396 - 79,400,490
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1110033M05Rik, Nr2f1, EG666856, LOC268676, LOC100042683, LOC622365, LOC100043052, EG666883
Downstream geneLOC666925, LOC382780, EG666933
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285M12.bB6Ng01-285M12.g
ACCGA084143GA084144
length1,1781,156
definitionB6Ng01-285M12.b B6Ng01-285M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,399,337 - 79,400,490)(79,277,396 - 79,278,524)
sequence
gaattcactataagtagcagaagcataccaagataaactttgagaaaaat
atcaaacaacaaagaaaactcttattttatgctcatattaatatactggg
tagaaaatacatataaactccattacaccttcttctacagtatagacaat
ctagggagacagtaaaaatggcttagtgaagtgtctcatcagatggtaag
gacacaaattcaaaggtcccctaggaaagctgaaatatttccacagccaa
aaatgatgaaacattttcagtgttgtctccatctatatgataaaacaccc
aagagtgaaaaagcacatatgtgagactaagtagctcagtgaggccagga
atacacaggttctcccttgttccagagtccaaggttggctatgtaaacac
attcacttgtaggtgccagcttatggtatatcaggataacctgtacttta
aagtcttgcctcctgtgaaatgcccaaacatgtatatgataaaggagcta
tggagggcaaatcttaggcactgtcaccattgcccatatgaaggcttcaa
ctaattaattaagaagtccaattatgcacaattaaatattatgctttgta
caaaactgatactaagattcactctttctataacattgctattccttaca
aataataatttcttattgtgtagctagtcaaaggtttagattatgaagga
tatggtcctgaagatatatcttaatagcatgcccataacctgttttataa
aagctataacttagttatactttgagtgtttggtttcaaaaatctcacaa
caatttataatagtagatgttaaactaaacatttttgctttcaatgttta
ttcattgggattggttcagaaaattatctgtgacaaatatatgtgtatgt
aataatgcacacatgagtgcatgcatagatacacacaggttcacatgcat
gtgtgtgggtccatgcacatatttagaggtcagtgtaagctgtcttcttc
aatcactctccattatcatttatttgaaagagatctaatactgaaactga
aaggttcattccattcagctaagaactggattagcttccttgcaccctca
gaagttttaccaggtctgttcctactcccctaacttggttagagaatgca
ttgtctgcacacgtgattttgtaacatg

gaattcttatcattattcagaaattgagtatcttagattcattctaaaat
aattcagttttacttaattcaaaggacatgtattatcttattgaaaaaca
aatataaactggcttttaaggttggttgactatatagttccttgttgatg
tcctactacattatcccgagataaactgggctagtctccccatgttgccc
aggcccatctggcacttccaatatctaaaggtcctccagcctcagcctct
ggagtagctggcaatacaggcatatgccaccacaccctgtgtattttctt
ttgttcagaaaaaaaaaagaaacaaagctctttctacaaaggactctgat
gtccacatgttccagtgtttgaactgtaaaaagctacagccttcatacgt
acaaccttatgcctgtgtggtttgttgagcttttctttatctagcataaa
aaagaaatagctttccagtggaaatggcatcccgtattttctcccagtcc
cagtttgatatacagctcaaaaacttgaactactatatgacacccagctc
tttatagatatccaaagttatatgcagacacttgcttgctttccatcatt
tactgacaagccacatttacagtgtttctaaaaataacttcatctggaat
gaaatttagcaacacaatatggaaaatgttctgataaaagagaattattt
tgtggatcacatctaaatgctgagtctctgccacactgaactttggtata
ctttgagaacagaagagtgctcccacacttggctgacagaggtcactggc
gagaagcatgccttccaaagagcagctcctgggagcctatcctgtccatc
tggcatgagtttaggcatttctcccagtccctacacataaatgctgacat
tttgaaagatgaatgtttttgaaaattattatctttaagaataaaaacag
gagttactcagagtgtcgttaatgaacaacaataattcataaaactgcat
tgaacaatcatgaaaaagaggcctgctataatattttatgaataacagaa
tatatcaatttttaatatatatttcctgccaatattaggattgatttaat
tttatcaaattttatataatacctttatgcccttagttataacgagaaca
attagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_79399337_79400490
seq2: B6Ng01-285M12.b_48_1225 (reverse)

seq1  CATGT--CAAAATCACGTGTGCAG--CATGCA-TCTCTAACCCAGTTAGG  45
      |||||  |||||||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||||
seq2  CATGTTACAAAATCACGTGTGCAGACAATGCATTCTCTAACCAAGTTAGG  50

seq1  GGAGTA-GAACAGAC--TGTTAAACTCCTGA-GGTGCA--GGAGCTAA-C  88
      |||||| ||||||||   || ||||| |||| ||||||  | |||||| |
seq2  GGAGTAGGAACAGACCTGGTAAAACTTCTGAGGGTGCAAGGAAGCTAATC  100

seq1  CAGT--CTAGCTGAATGG-ATGAA-CTTTCAG-TTCAGTATTAGATCTCT  133
      ||||   ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTAGCTGAATGGAATGAACCTTTCAGTTTCAGTATTAGATCTCT  150

seq1  TTCAAAT-AATGAT-ATGGAGAGTGATTGAAGAAGACAGCTTACACTGAC  181
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAAATGATAATGGAGAGTGATTGAAGAAGACAGCTTACACTGAC  200

seq1  CTCT-AATATGTGCATGGACCCACACACATGCATGTGAACCTGTGTGTAT  230
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAATATGTGCATGGACCCACACACATGCATGTGAACCTGTGTGTAT  250

seq1  CTATGCATGCACTCATGTGTGCATTATTACATACACATATATTTGTCACA  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCATGCACTCATGTGTGCATTATTACATACACATATATTTGTCACA  300

seq1  GATAATTTTCTGAACCAAT-CCAATGAATAAACATTG-AAGC-AAAATGT  327
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GATAATTTTCTGAACCAATCCCAATGAATAAACATTGAAAGCAAAAATGT  350

seq1  TTAGTTTAACATCTACTATTAT-AATTGTTGTGAGATTTTTGAAACCAAA  376
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTAACATCTACTATTATAAATTGTTGTGAGATTTTTGAAACCAAA  400

seq1  CACTCAAAGTATAACTAAGTTATAGCTTTTATAAAACAGGTTATGGGCAT  426
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAAGTATAACTAAGTTATAGCTTTTATAAAACAGGTTATGGGCAT  450

seq1  GCTATTAAGATATATCTTCAGGACCATATCCTTCATAATCTAAACCTTTG  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTAAGATATATCTTCAGGACCATATCCTTCATAATCTAAACCTTTG  500

seq1  ACTAGCTACACAATAAGAAATTATTATTTGTAAGGAATAGCAATGTTATA  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTACACAATAAGAAATTATTATTTGTAAGGAATAGCAATGTTATA  550

seq1  GAAAGAGTGAATCTTAGTATCAGTTTTGTACAAAGCATAATATTTAATTG  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGTGAATCTTAGTATCAGTTTTGTACAAAGCATAATATTTAATTG  600

seq1  TGCATAATTGGACTTCTTAATTAATTAGTTGAAGCCTTCATATGGGCAAT  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAATTGGACTTCTTAATTAATTAGTTGAAGCCTTCATATGGGCAAT  650

seq1  GGTGACAGTGCCTAAGATTTGCCCTCCATAGCTCCTTTATCATATACATG  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACAGTGCCTAAGATTTGCCCTCCATAGCTCCTTTATCATATACATG  700

seq1  TTTGGGCATTTCACAGGAGGCAAGACTTTAAAGTACAGGTTATCCTGATA  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGCATTTCACAGGAGGCAAGACTTTAAAGTACAGGTTATCCTGATA  750

seq1  TACCATAAGCTGGCACCTACAAGTGAATGTGTTTACATAGCCAACCTTGG  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATAAGCTGGCACCTACAAGTGAATGTGTTTACATAGCCAACCTTGG  800

seq1  ACTCTGGAACAAGGGAGAACCTGTGTATTCCTGGCCTCACTGAGCTACTT  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGAACAAGGGAGAACCTGTGTATTCCTGGCCTCACTGAGCTACTT  850

seq1  AGTCTCACATATGTGCTTTTTCACTCTTGGGTGTTTTATCATATAGATGG  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCACATATGTGCTTTTTCACTCTTGGGTGTTTTATCATATAGATGG  900

seq1  AGACAACACTGAAAATGTTTCATCATTTTTGGCTGTGGAAATATTTCAGC  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACACTGAAAATGTTTCATCATTTTTGGCTGTGGAAATATTTCAGC  950

seq1  TTTCCTAGGGGACCTTTGAATTTGTGTCCTTACCATCTGATGAGACACTT  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAGGGGACCTTTGAATTTGTGTCCTTACCATCTGATGAGACACTT  1000

seq1  CACTAAGCCATTTTTACTGTCTCCCTAGATTGTCTATACTGTAGAAGAAG  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGCCATTTTTACTGTCTCCCTAGATTGTCTATACTGTAGAAGAAG  1050

seq1  GTGTAATGGAGTTTATATGTATTTTCTACCCAGTATATTAATATGAGCAT  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATGGAGTTTATATGTATTTTCTACCCAGTATATTAATATGAGCAT  1100

seq1  AAAATAAGAGTTTTCTTTGTTGTTTGATATTTTTCTCAAAGTTTATCTTG  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGAGTTTTCTTTGTTGTTTGATATTTTTCTCAAAGTTTATCTTG  1150

seq1  GTATGCTTCTGCTACTTATAGTGAATTC  1154
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTTCTGCTACTTATAGTGAATTC  1178


seq1: chr13_79277396_79278524
seq2: B6Ng01-285M12.g_67_1222

seq1  GAATTCTTATCATTATTCAGAAATTGAGTATCTTAGATTCATTCTAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCATTATTCAGAAATTGAGTATCTTAGATTCATTCTAAAAT  50

seq1  AATTCAGTTTTACTTAATTCAAAGGACATGTATTATCTTATTGAAAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTTTTACTTAATTCAAAGGACATGTATTATCTTATTGAAAAACA  100

seq1  AATATAAACTGGCTTTTAAGGTTGGTTGACTATATAGTTCCTTGTTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAACTGGCTTTTAAGGTTGGTTGACTATATAGTTCCTTGTTGATG  150

seq1  TCCTACTACATTATCCCGAGATAAACTGGGCTAGTCTCCCCATGTTGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTACATTATCCCGAGATAAACTGGGCTAGTCTCCCCATGTTGCCC  200

seq1  AGGCCCATCTGGCACTTCCAATATCTAAAGGTCCTCCAGCCTCAGCCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCATCTGGCACTTCCAATATCTAAAGGTCCTCCAGCCTCAGCCTCT  250

seq1  GGAGTAGCTGGCAATACAGGCATATGCCACCACACCCTGTGTATTTTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAGCTGGCAATACAGGCATATGCCACCACACCCTGTGTATTTTCTT  300

seq1  TTGTTCAGAAAAAAAAAAGAAACAAAGCTCTTTCTACAAAGGACTCTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAGAAAAAAAAAAGAAACAAAGCTCTTTCTACAAAGGACTCTGAT  350

seq1  GTCCACATGTTCCAGTGTTTGAACTGTAAAAAGCTACAGCCTTCATACGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACATGTTCCAGTGTTTGAACTGTAAAAAGCTACAGCCTTCATACGT  400

seq1  ACAACCTTATGCCTGTGTGGTTTGTTGAGCTTTTCTTTATCTAGCATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTTATGCCTGTGTGGTTTGTTGAGCTTTTCTTTATCTAGCATAAA  450

seq1  AAAGAAATAGCTTTCCAGTGGAAATGGCATCCCGTATTTTCTCCCAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATAGCTTTCCAGTGGAAATGGCATCCCGTATTTTCTCCCAGTCC  500

seq1  CAGTTTGATATACAGCTCAAAAACTTGAACTACTATATGACACCCAGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGATATACAGCTCAAAAACTTGAACTACTATATGACACCCAGCTC  550

seq1  TTTATAGATATCCAAAGTTATATGCAGACACTTGCTTGCTTTCCATCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGATATCCAAAGTTATATGCAGACACTTGCTTGCTTTCCATCATT  600

seq1  TACTGACAAGCCACATTTACAGTGTTTCTAAAAATAACTTCATCTGGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACAAGCCACATTTACAGTGTTTCTAAAAATAACTTCATCTGGAAT  650

seq1  GAAATTTAGCAACACAATATGGAAAATGTTCTGATAAAAGAGAATTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTAGCAACACAATATGGAAAATGTTCTGATAAAAGAGAATTATTT  700

seq1  TGTGGATCACATCTAAATGCTGAGTCTCTGCCACACTGAACTTTGGTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATCACATCTAAATGCTGAGTCTCTGCCACACTGAACTTTGGTATA  750

seq1  CTTTGAGAACAGAAGAGTGCTCCCACACTTGGCTGACAGAGGTCACTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGAACAGAAGAGTGCTCCCACACTTGGCTGACAGAGGTCACTGGC  800

seq1  GAGAAGCATGCCTTCCAAAGAGCAGCTCCTGGGAGCCTATCCTGTCCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCATGCCTTCCAAAGAGCAGCTCCTGGGAGCCTATCCTGTCCATC  850

seq1  TGGCATGAGTTTAGGCATTTCTCCCAGT-CCTACACAT-AATGCTGACAT  898
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TGGCATGAGTTTAGGCATTTCTCCCAGTCCCTACACATAAATGCTGACAT  900

seq1  TTTGAAAGATGAATGTTTTTG-AAATTATTATCTTTAAGA--TAAAACAG  945
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TTTGAAAGATGAATGTTTTTGAAAATTATTATCTTTAAGAATAAAAACAG  950

seq1  GAGTTACTCAGAGTGTCG-TAATG-ACAACA--TATTCATAAAACTGCAT  991
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||||||||||||||||
seq2  GAGTTACTCAGAGTGTCGTTAATGAACAACAATAATTCATAAAACTGCAT  1000

seq1  TTGACAATCATG-AAAAGAGG-CTGCTATAATATTTTTATGA--TACAG-  1036
      |  ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||   |||| 
seq2  TGAACAATCATGAAAAAGAGGCCTGCTATAATA-TTTTATGAATAACAGA  1049

seq1  ATATATCA--TTTTA--ATATATTTCCTGCC-ATATTAG--ATGATTTTA  1079
      ||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||   |||||| |
seq2  ATATATCAATTTTTAATATATATTTCCTGCCAATATTAGGATTGATTTAA  1099

seq1  -TTTATCCAATTTTATAT-ATA-CTTTATG--CTTAGTTATAA-GAG-AC  1122
       |||||| |||||||||| ||| |||||||  ||||||||||| ||| ||
seq2  TTTTATCAAATTTTATATAATACCTTTATGCCCTTAGTTATAACGAGAAC  1149

seq1  AATTAGT  1129
      |||||||
seq2  AATTAGT  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |