BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288I06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 80,835,920 - 80,969,331
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666925, LOC382780, EG666933
Downstream geneArrdc3, LOC666964, LOC100043074, LOC218368, LOC666979, EG666984, Gpr98, Lysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik, Cetn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288I06.bB6Ng01-288I06.g
ACCGA086157GA086158
length1,1071,085
definitionB6Ng01-288I06.b B6Ng01-288I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,968,224 - 80,969,331)(80,835,920 - 80,837,001)
sequence
gaattcttcatagaggaacttcagccagactagggacaggccactaaagt
ttactgtaagaaagtgaaacttgttgttgagtgtatcatgggattgtgta
gcatgtggaataatgctggtccagtgcggcaaggctttagaggttgtctg
catcacaaagcaagtgtcttctatagggatctcagttaccacagccttga
ggaatgagccaagatgccccctctaagggtatcaatgacaagggaagctg
ctttacgtacaaaggttgatggagctaggaagacagaaggtgtccaaatc
atgtactactttataggcactcctagggtttgccgtatatgactctagat
aatggtccagtatcttctctcgccaacagaaaggaagaactcgaaagaag
aagaagaaggttgcattttcattgagtgctttcttctgatgtctcgggga
ccatgattggaaagttgtaggccaatattctctcatacagaagtttcatg
gaagggattcttggaggacatgtgtaatttcaaggggtcattgggatcca
catgatatgcattgaagaatgatgggttaagttatgctcattgtgaggac
tgacatttcaaatgacttttttttttaattgatttcatgttcatgcatga
actcacagcagcagtggctatcctcacagtactgtagcagactggattca
ccaacagtccattatggatggggagtaccctgctctctgaggaggtaaag
taagttacctgggtaggggaatcctagtcctcagggattaagccattggt
aattagctcttactcagtaattaattaaataatttcccactcatgtttat
gcaggcaatctcatttaaactcagtgggccaggcagctagagagaaggct
attgggatagagcaattgctctcttctggtgacttaggtttgattcttag
aattccacacagtagctcacaaatgtctttattccagtttccagggatcc
tatacttacatagaaatacatacatacatgtttatattttttttaaggta
gggcttgcatgaataccaacccacacatatacatactgatacatatacat
tacagac

gaattctcatcagctacacattaataaattaaaaaatctttggaaaaacc
tcattttgcgttcacaatgccttcaaatgaaattgtgcttgtccttgcgt
ttggcctccgtcccatggacacattcttgggtgaactggttgggattttg
gcctctctagcaatgacttttgcttttcatttgctttcattaacttgcca
aaacattagatttttgttatgggatttttcacagttcatgctgctgtttt
tctctgccctgtgtcatccttctcttctcaccctggtatcttctaatcaa
tccctagcaaagccctttctgctgtcacatcatgtgatttccacgcacct
ttctcactaaccctcattctcatctcatggtcacctatctagctccacgg
ctcacactcgcccttgcagccctttacttagacgagtaaaatcattaaaa
gttgggtcttcataatggaaatgtgatgtttccaacaacttctataatca
aatggttaaggggaaacttacaatgaaacaaggtatgaactgtcagtatt
ttgatttttccctcagtatattcaataagagtgaagcaccaaacaagctc
aaagttatataaccccgaatgatatggccctggataagcatctatcagga
caggaattaaaactttaaataaagccaactgttcttttggatactcgcat
aatgttaggtagtctctacagtccctctccaaagagaaacagaagctttg
ctgacagaatcaaggacacccagcgtaatattctgatcatgatccacctg
tgtaacatgagctgctgtggggagggtatttgaagaatttgaagcaagca
cattaagcagagcagagcaaactgcaccactcacatagatgaccaatctg
accaaggagtctcgatacctcagaggagacacacaggattgaactccccg
ctttaacagttaatttacacattggtctacctgtgctacagagtcctttg
gtttgattagcggtctaatgcctagactatggaacaataattcatactta
ttaaggaagcgaatttttaattcttaaaccacgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_80968224_80969331
seq2: B6Ng01-288I06.b_48_1154 (reverse)

seq1  GTCTGT-ATGTATATGTATCAGTATGTATATGTGTGTGTTTGTGTATTCA  49
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||
seq2  GTCTGTAATGTATATGTATCAGTATGTATATGTGTGGGTT--GGTATTCA  48

seq1  TGCAGCCCCTTCCTTTAAAAAATTATAAACATGTATGTATGTATTTCTAT  99
      ||||  |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCCCTACCTTAAAAAAAATATAAACATGTATGTATGTATTTCTAT  98

seq1  GTAAGTATAGGATCCCCTGGAACTGGAATTAAAGACATTTGTGAGCTACT  149
      ||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTATAGGATCCCTGGAAACTGGAA-TAAAGACATTTGTGAGCTACT  147

seq1  GTGTGG-ATTCTTAGAATCAAACCTAAGTCACCAGAAGAGAGCAATTGCT  198
      |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAATTCTAAGAATCAAACCTAAGTCACCAGAAGAGAGCAATTGCT  197

seq1  CTTATCCC-ATAGCCTTCTCTCTAGCTGCCTGGCCCACTGAGTTTAAATG  247
      | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TATCCCAATAGCCTTCTCTCTAGCTGCCTGGCCCACTGAGTTTAAATG  246

seq1  AGATTGCCTGCATAAACATGAGTGGGAAATTATTTAATTAATTACTGAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCCTGCATAAACATGAGTGGGAAATTATTTAATTAATTACTGAGT  296

seq1  AAGAGCTAATTACCAATGGCTTAATCCCTGAGGACTAGGATTCCCCTACC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTAATTACCAATGGCTTAATCCCTGAGGACTAGGATTCCCCTACC  346

seq1  CAGGTAACTTACTTTACCTCCTCAGAGAGCAGGGTACTCCCCATCCATAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAACTTACTTTACCTCCTCAGAGAGCAGGGTACTCCCCATCCATAA  396

seq1  TGGACTGTTGGTGAATCCAGTCTGCTACAGTACTGTGAGGATAGCCACTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGTTGGTGAATCCAGTCTGCTACAGTACTGTGAGGATAGCCACTG  446

seq1  CTGCTGTGAGTTCATGCATGAACATGAAATCAATTAAAAAAAAAAGTCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGAGTTCATGCATGAACATGAAATCAATTAAAAAAAAAAGTCAT  496

seq1  TTGAAATGTCAGTCCTCACAATGAGCATAACTTAACCCATCATTCTTCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATGTCAGTCCTCACAATGAGCATAACTTAACCCATCATTCTTCAA  546

seq1  TGCATATCATGTGGATCCCAATGACCCCTTGAAATTACACATGTCCTCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATCATGTGGATCCCAATGACCCCTTGAAATTACACATGTCCTCCA  596

seq1  AGAATCCCTTCCATGAAACTTCTGTATGAGAGAATATTGGCCTACAACTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCCTTCCATGAAACTTCTGTATGAGAGAATATTGGCCTACAACTT  646

seq1  TCCAATCATGGTCCCCGAGACATCAGAAGAAAGCACTCAATGAAAATGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATCATGGTCCCCGAGACATCAGAAGAAAGCACTCAATGAAAATGCA  696

seq1  ACCTTCTTCTTCTTCTTTCGAGTTCTTCCTTTCTGTTGGCGAGAGAAGAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTTCTTCTTCTTTCGAGTTCTTCCTTTCTGTTGGCGAGAGAAGAT  746

seq1  ACTGGACCATTATCTAGAGTCATATACGGCAAACCCTAGGAGTGCCTATA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACCATTATCTAGAGTCATATACGGCAAACCCTAGGAGTGCCTATA  796

seq1  AAGTAGTACATGATTTGGACACCTTCTGTCTTCCTAGCTCCATCAACCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTACATGATTTGGACACCTTCTGTCTTCCTAGCTCCATCAACCTT  846

seq1  TGTACGTAAAGCAGCTTCCCTTGTCATTGATACCCTTAGAGGGGGCATCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACGTAAAGCAGCTTCCCTTGTCATTGATACCCTTAGAGGGGGCATCT  896

seq1  TGGCTCATTCCTCAAGGCTGTGGTAACTGAGATCCCTATAGAAGACACTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCATTCCTCAAGGCTGTGGTAACTGAGATCCCTATAGAAGACACTT  946

seq1  GCTTTGTGATGCAGACAACCTCTAAAGCCTTGCCGCACTGGACCAGCATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTGATGCAGACAACCTCTAAAGCCTTGCCGCACTGGACCAGCATT  996

seq1  ATTCCACATGCTACACAATCCCATGATACACTCAACAACAAGTTTCACTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCACATGCTACACAATCCCATGATACACTCAACAACAAGTTTCACTT  1046

seq1  TCTTACAGTAAACTTTAGTGGCCTGTCCCTAGTCTGGCTGAAGTTCCTCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAGTAAACTTTAGTGGCCTGTCCCTAGTCTGGCTGAAGTTCCTCT  1096

seq1  ATGAAGAATTC  1108
      |||||||||||
seq2  ATGAAGAATTC  1107


seq1: chr13_80835920_80837001
seq2: B6Ng01-288I06.g_66_1150

seq1  GAATTCTCATCAGCTACACATTAATAAATTAAAAAATCTTTGGAAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCAGCTACACATTAATAAATTAAAAAATCTTTGGAAAAACC  50

seq1  TCATTTTGCGTTCACAATGCCTTCAAATGAAATTGTGCTTGTCCTTGCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTGCGTTCACAATGCCTTCAAATGAAATTGTGCTTGTCCTTGCGT  100

seq1  TTGGCCTCCGTCCCATGGACACATTCTTGGGTGAACTGGTTGGGATTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTCCGTCCCATGGACACATTCTTGGGTGAACTGGTTGGGATTTTG  150

seq1  GCCTCTCTAGCAATGACTTTTGCTTTTCATTTGCTTTCATTAACTTGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCTAGCAATGACTTTTGCTTTTCATTTGCTTTCATTAACTTGCCA  200

seq1  AAACATTAGATTTTTGTTATGGGATTTTTCACAGTTCATGCTGCTGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTAGATTTTTGTTATGGGATTTTTCACAGTTCATGCTGCTGTTTT  250

seq1  TCTCTGCCCTGTGTCATCCTTCTCTTCTCACCCTGGTATCTTCTAATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCCTGTGTCATCCTTCTCTTCTCACCCTGGTATCTTCTAATCAA  300

seq1  TCCCTAGCAAAGCCCTTTCTGCTGTCACATCATGTGATTTCCACGCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGCAAAGCCCTTTCTGCTGTCACATCATGTGATTTCCACGCACCT  350

seq1  TTCTCACTAACCCTCATTCTCATCTCATGGTCACCTATCTAGCTCCACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACTAACCCTCATTCTCATCTCATGGTCACCTATCTAGCTCCACGG  400

seq1  CTCACACTCGCCCTTGCAGCCCTTTACTTAGACGAGTAAAATCATTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACTCGCCCTTGCAGCCCTTTACTTAGACGAGTAAAATCATTAAAA  450

seq1  GTTGGGTCTTCATAATGGAAATGTGATGTTTCCAACAACTTCTATAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTCTTCATAATGGAAATGTGATGTTTCCAACAACTTCTATAATCA  500

seq1  AATGGTTAAGGGGAAACTTACAATGAAACAAGGTATGAACTGTCAGTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTAAGGGGAAACTTACAATGAAACAAGGTATGAACTGTCAGTATT  550

seq1  TTGATTTTTCCCTCAGTATATTCAATAAGAGTGAAGCACCAAACAAGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTTTCCCTCAGTATATTCAATAAGAGTGAAGCACCAAACAAGCTC  600

seq1  AAAGTTATATAACCCCGAATGATATGGCCCTGGATAAGCATCTATCAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATATAACCCCGAATGATATGGCCCTGGATAAGCATCTATCAGGA  650

seq1  CAGGAATTAAAACTTTAAATAAAGCCAACTGTTCTTTTGGATACTCGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATTAAAACTTTAAATAAAGCCAACTGTTCTTTTGGATACTCGCAT  700

seq1  AATGTTAGGTAGTCTCTACAGTCCCTCTCCAAAGAGAAACAGAAGCTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAGGTAGTCTCTACAGTCCCTCTCCAAAGAGAAACAGAAGCTTTG  750

seq1  CTGACAGAATCAAGGACACCCAGCGTAATATTCTGATCATGATCCACCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGAATCAAGGACACCCAGCGTAATATTCTGATCATGATCCACCTG  800

seq1  TGTAACATGAGCTGCTGTGGGGAGGGTA-TTGAAGAA-TTGAAGCAAGCA  848
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGTAACATGAGCTGCTGTGGGGAGGGTATTTGAAGAATTTGAAGCAAGCA  850

seq1  CATTAAGCAGAGCAGAGCAAACTGCACCACTCACATAGATGACCAATCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCAGAGCAGAGCAAACTGCACCACTCACATAGATGACCAATCTG  900

seq1  ACCAAGGAGTCTCGATACCTCAGGAGGAGACACACAGGATTGAACT-CCC  947
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCAAGGAGTCTCGATACCTCA-GAGGAGACACACAGGATTGAACTCCCC  949

seq1  GC-TTAACAGTTAATTTACACATTGGTC-ACCTGTGCTACAGAGTCCCTT  995
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  GCTTTAACAGTTAATTTACACATTGGTCTACCTGTGCTACAGAGTCCTTT  999

seq1  GGTTTGATTAGCGGTCTAA-GGCTAGACTATGGAACAATAATTCATACTT  1044
      ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGATTAGCGGTCTAATGCCTAGACTATGGAACAATAATTCATACTT  1049

seq1  ATAAAGGATAGCAGAATTTTAATTACTTTAACCACGTT  1082
      || ||||| ||| ||||||| | | ||| |||||||||
seq2  ATTAAGGA-AGC-GAATTTTTAATTCTTAAACCACGTT  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |