BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289C16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 43,963,573 - 44,111,357
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039432
Upstream genePhactr1, Tbc1d7, Gfod1, Sirt5, Nol7, Ranbp9, LOC637627, Ccdc90a, Rnf182, LOC100039403, Cd83
Downstream geneA730030A06, EG637868, EG667157, Jarid2, Dtnbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289C16.bB6Ng01-289C16.g
ACCGA086640GA086641
length6721,121
definitionB6Ng01-289C16.b B6Ng01-289C16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,110,687 - 44,111,357)(43,963,573 - 43,964,679)
sequence
gaattcttttccaaatcacctgtgcttaattgagtcatttttctctaaga
ttatacagttgacagtttaaacttaattaatctagtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgagagagagagagagagacagacagacagacagacagacagacaga
cagagggacagagacggagagaccaacagagacagggtcttagagagaca
gagggagagatatgtgtttcccagcacaggtgtaggtgcccagaagataa
atgtagaccgggttcttcttccatttttacacgtgttccagggactgcgt
ccaggtttgcatggcaagcccctttgccagctgagccgcgtcactggctg
ggtagcaaacatctcacaggaagtagcctatcagtgaaaggagcaagttg
aaaatgttcaatgaaaggaacctccttctaaactacagtcaggactgagc
tgctttccgttcctcctcgaatttagagccgtttcgtcaagtttaattct
cctaacaggaatagcatgtagtcatatgtatatgatgccagtatctgata
accatatattattaaaataatatcatctttctgaacattagcttgcccct
gggcattacatttctatcaaagttatgcccaccatcaggctagagatgta
gctcagtggtagagtgcttgcc
gaattcttttcctgtctgccagtgatctcagttttgtcaatcatttccat
gtaccctcccacttcctacaactgcacttaagccttagaagaaataggac
aggcagtctggacaacgagtgacaccagggagtccctaggtgtgtatttc
cttgtatgtctctgtaagtgtggtccccagcatcctaatggtttgatttt
ggcagtaactggctttcttaggcacaccaccactgtcgttgtggcatgct
cactaaacatggactccctgttctttgctaatcaaatctacctgtatact
cagaaatgccacgagtagtctaaggcaggcattggctatgcctacctgtc
acctctttgggaaaaataaagttttattagaacacaggcatgtgtatgtt
ttcctattgtctatggctatgttcatgctgtgagagcagaattgagacta
catggatacaaaaagtaaactattaattaattggtcttttacggaaaaca
tttttagatctttgatccagagcatccatagacattttatttccctatac
caagtcagtgttagacacgtaaatactttgaccatggaaataaaaggtaa
atttgctggaaatatctgagaaaaaaatcttttttcttaataagaaaggg
gaatgtgagaagagagcttactttacatcctgtcatgtgaggacttgatg
tctggagctgtggcagccatattatgatcatgagggggaaaaaaaaaccc
acacaaacctgattctccaataaatatcatgtaacgaggcaaagaaaccc
gagtgagtgtgaattgtatgtcacgggcatggccacatcaaggactagtg
tctcacactcatgggaatggcaaaggcttcacctaacttctggggtgcca
tcctcagaggtatggcagaagccggccccctgatctgagtgtgcatgttg
acagtggtgtccaagtgcaaatgtttaacaaatgatggccatttcgtcct
cccaagaatgtttgtagctggaagcctactcacctacaagaagaacctcc
tacagagggcttctgccctggcctttggattcaaaagctgaaggcgggac
caacagaaagttcgacaaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_44110687_44111357
seq2: B6Ng01-289C16.b_46_717 (reverse)

seq1  GGCAAGCACTCTACCACTGAGCTACATCTCTAGCCTGATGGTGGGCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCACTCTACCACTGAGCTACATCTCTAGCCTGATGGTGGGCATAA  50

seq1  CTTTGATAG-AATGTAATGCCCAGGGGCAAGCTAATGTTCAGAAAGATGA  99
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATAGAAATGTAATGCCCAGGGGCAAGCTAATGTTCAGAAAGATGA  100

seq1  TATTATTTTAATAATATATGGTTATCAGATACTGGCATCATATACATATG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTAATAATATATGGTTATCAGATACTGGCATCATATACATATG  150

seq1  ACTACATGCTATTCCTGTTAGGAGAATTAAACTTGACGAAACGGCTCTAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATGCTATTCCTGTTAGGAGAATTAAACTTGACGAAACGGCTCTAA  200

seq1  ATTCGAGGAGGAACGGAAAGCAGCTCAGTCCTGACTGTAGTTTAGAAGGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGAGGAGGAACGGAAAGCAGCTCAGTCCTGACTGTAGTTTAGAAGGA  250

seq1  GGTTCCTTTCATTGAACATTTTCAACTTGCTCCTTTCACTGATAGGCTAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTTTCATTGAACATTTTCAACTTGCTCCTTTCACTGATAGGCTAC  300

seq1  TTCCTGTGAGATGTTTGCTACCCAGCCAGTGACGCGGCTCAGCTGGCAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTGAGATGTTTGCTACCCAGCCAGTGACGCGGCTCAGCTGGCAAA  350

seq1  GGGGCTTGCCATGCAAACCTGGACGCAGTCCCTGGAACACGTGTAAAAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTGCCATGCAAACCTGGACGCAGTCCCTGGAACACGTGTAAAAAT  400

seq1  GGAAGAAGAACCCGGTCTACATTTATCTTCTGGGCACCTACACCTGTGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAGAACCCGGTCTACATTTATCTTCTGGGCACCTACACCTGTGCT  450

seq1  GGGAAACACATATCTCTCCCTCTGTCTCTCTAAGACCCTGTCTCTGTTGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACACATATCTCTCCCTCTGTCTCTCTAAGACCCTGTCTCTGTTGG  500

seq1  TCTCTCCGTCTCTGTCCCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCGTCTCTGTCCCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTG  550

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACTAGATTAATTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACTAGATTAATTAA  600

seq1  GTTTAAACTGTCAACTGTATAATCTTAGAGAAAAATGACTCAATTAAGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAACTGTCAACTGTATAATCTTAGAGAAAAATGACTCAATTAAGCA  650

seq1  CAGGTGATTTGGAAAAGAATTC  671
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGATTTGGAAAAGAATTC  672

seq1: chr13_43963573_43964679
seq2: B6Ng01-289C16.g_67_1187

seq1  GAATTCTTTTCCTGTCTGCCAGTGATCTCAGTTTTGTCAATCATTTCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCCTGTCTGCCAGTGATCTCAGTTTTGTCAATCATTTCCAT  50

seq1  GTACCCTCCCACTTCCTACAACTGCACTTAAGCCTTAGAAGAAATAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCTCCCACTTCCTACAACTGCACTTAAGCCTTAGAAGAAATAGGAC  100

seq1  AGGCAGTCTGGACAACGAGTGACACCAGGGAGTCCCTAGGTGTGTATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTCTGGACAACGAGTGACACCAGGGAGTCCCTAGGTGTGTATTTC  150

seq1  CTTGTATGTCTCTGTAAGTGTGGTCCCCAGCATCCTAATGGTTTGATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATGTCTCTGTAAGTGTGGTCCCCAGCATCCTAATGGTTTGATTTT  200

seq1  GGCAGTAACTGGCTTTCTTAGGCACACCACCACTGTCGTTGTGGCATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAACTGGCTTTCTTAGGCACACCACCACTGTCGTTGTGGCATGCT  250

seq1  CACTAAACATGGACTCCCTGTTCTTTGCTAATCAAATCTACCTGTATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAACATGGACTCCCTGTTCTTTGCTAATCAAATCTACCTGTATACT  300

seq1  CAGAAATGCCACGAGTAGTCTAAGGCAGGCATTGGCTATGCCTACCTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGCCACGAGTAGTCTAAGGCAGGCATTGGCTATGCCTACCTGTC  350

seq1  ACCTCTTTGGGAAAAATAAAGTTTTATTAGAACACAGGCATGTGTATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTTGGGAAAAATAAAGTTTTATTAGAACACAGGCATGTGTATGTT  400

seq1  TTCCTATTGTCTATGGCTATGTTCATGCTGTGAGAGCAGAATTGAGACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATTGTCTATGGCTATGTTCATGCTGTGAGAGCAGAATTGAGACTA  450

seq1  CATGGATACAAAAAGTAAACTATTAATTAATTGGTCTTTTACGGAAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATACAAAAAGTAAACTATTAATTAATTGGTCTTTTACGGAAAACA  500

seq1  TTTTTAGATCTTTGATCCAGAGCATCCATAGACATTTTATTTCCCTATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGATCTTTGATCCAGAGCATCCATAGACATTTTATTTCCCTATAC  550

seq1  CAAGTCAGTGTTAGACACGTAAATACTTTGACCATGGAAATAAAAGGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAGTGTTAGACACGTAAATACTTTGACCATGGAAATAAAAGGTAA  600

seq1  ATTTGCTGGAAATATCTGAGAAAAAAATCTTTTTTCTTAATAAGAAAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGGAAATATCTGAGAAAAAAATCTTTTTTCTTAATAAGAAAGGG  650

seq1  GAATGTGAGAAGAGAGCTTACTTTACATCCTGTCATGTGAGGACTTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGAGAAGAGAGCTTACTTTACATCCTGTCATGTGAGGACTTGATG  700

seq1  TCTGGAGCTGTGGCAGCCATATTATGATCATGAGGGGGAAAAAAAAACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGCTGTGGCAGCCATATTATGATCATGAGGGGGAAAAAAAAACCC  750

seq1  ACACAAACCTGATTCTCCAAT-AATATCATGTAACGAGGCAAAGAAACCC  799
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAACCTGATTCTCCAATAAATATCATGTAACGAGGCAAAGAAACCC  800

seq1  GAGTGAGTGTGAATTGTATGTCACGGGCATGGCCACATCAAGGACTAGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTGTGAATTGTATGTCACGGGCATGGCCACATCAAGGACTAGTG  850

seq1  TCTCACACTCATGGGAATGGCAAAGGCTTCACCTAACTTCTGGGGTGCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACTCATGGGAATGGCAAAGGCTTCACCTAACTTCTGGGGTGCCA  900

seq1  TCCTCAGAGGTATGGCAG-AGCCGGCCCCCTGATCTGAGTGTGCATGTTG  948
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAGGTATGGCAGAAGCCGGCCCCCTGATCTGAGTGTGCATGTTG  950

seq1  ACAGT-GTGTCCAAGTGCAAATGTTT-ACAAATGATGGCCATTTCGTCCT  996
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTGTCCAAGTGCAAATGTTTAACAAATGATGGCCATTTCGTCCT  1000

seq1  CCCA--GATGTTTGTAGCTGG-AGCCTACTCACCTAC-AGA--GACCTCC  1040
      ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||
seq2  CCCAAGAATGTTTGTAGCTGGAAGCCTACTCACCTACAAGAAGAACCTCC  1050

seq1  TACAGAGGGGCTCTGCCCTGGCCTTTTGGGATTC-AGAGCTG-AGGCGGG  1088
      |||||||||  |||||||||||||||  |||||| | ||||| |||||||
seq2  TACAGAGGGCTTCTGCCCTGGCCTTT--GGATTCAAAAGCTGAAGGCGGG  1098

seq1  AC--ACAG--AGTTCGACAAAGC  1107
      ||  ||||  |||||||||||||
seq2  ACCAACAGAAAGTTCGACAAAGC  1121