BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291A01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 70,748,854 - 70,908,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC018507, EG620473, Adamts16
Upstream geneSrd5a1, Nsun2, LOC100042260, 3110006E14Rik, 4930547H16Rik, Med10, EG620143, LOC100042291, 4930520P13Rik, EG633042
Downstream gene8030423J24Rik, LOC627230, LOC100042360
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291A01.bB6Ng01-291A01.g
ACCGA088003GA088004
length1,1621,103
definitionB6Ng01-291A01.b B6Ng01-291A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,907,478 - 70,908,634)(70,748,854 - 70,749,952)
sequence
gaattcatccaggtcaccactgctatgtagattaggaactgggtttggga
acagcagccctctatggggcccagtttctgggcagtgttattgtcagtca
gtgaggtcacttttcagctatcgtaatgatctccacatgatagacagtgc
agatgagctgcagcagggcaggggaattcaagcatccccaaaatccctaa
gtctgggaaaccaacccaaaaaatctattagaaatctgggaaacctaaat
tctttcagtggtaaaatcttccttgcactcatgtattcctgtattcaggt
attcaggtggtcatgttcttcctcccacctcaggtagagatttgcagtat
aattaatgagtaatctatacagcatggtcccaagccctgcagggagccat
acccaatagcagacttgttagaattgacctttcgaccctcacacacgaca
gcactacactatttcttgccctgaggatttgcagcaaggggacaaagact
atgattgctttgtttctgagtggtttttattcttttacataccttgatag
aaaatatgaagagagcaagaattataggagtggtaataagtgcctcaaat
tttacagccttgcatagatctaagctctatgaatcactgatgggagagtt
tctgtgcagtggtaataagttcccgttacaagtccacttctgcagagcct
gtgtgactacactaacaaccagcttaccaagtcagtattggtctaaggtt
tactctagcacagtcttccagctttaacttagggcccgagcaccacacct
gggggaggaattgctacgggagacagatagcacatcccaagaaaaagatc
ccaggagaccaggaccagccatgctgtgcacataccaggatccatctcct
atttgttaactaccccatgttggaaacttgtttgactggaatgggaggag
gattttgtcacatgggtggtgatgtgtcacatgtatcatcctttctttca
tgaatgatatgatgacctcgtggggctttcagagggttggctgtgacaaa
tgtccttggatcagaatgcacagaagactcctgtggggtctgcaagggaa
taatcctcagacttgtggtcacgcatagaagggctctatagtaggcacta
ttcacaccaacc

gaattcctggaactaaatgcagaagaaattagaaaaacaaaaaaacccca
aaaccccacaaaccttccctgggccaactggaagcaaaggagatcgacta
cggatgtgatcctcactgaatcacagtgtgccatgcattctgtccctagt
ccccagcacagtgtcctgagcagaaatggagtctcagactagatctagtg
taggtggaaaatgggccatttccatgagtcccacagtttgttaacaggat
tggggaaaagttcagatggaatcattcttgtgtgaaaataaagatgactt
aaaagaagctattgtgtaggacaggaggattacttggtcttccacataca
cctgccaagcatgccttagtttcccctccaagtgctctgaggagagctgc
taccaaaggctgacagttatctgctggggtttagagtcacactccttcat
acatttccaagtccccactctccgctacacactggaggctgaaataccag
aagcctgtagcagatgctgtcacactcatgcctcaggagcgtctgtagtg
tctctcacctgggatccgtctgccgccctccccggagagtctgtgcgcag
tgttcacacagagccacagctccttcaggagaactttcaccttccctgta
aacagcaacgcacagctatcaggcccagtgctgtgacaggagacttctta
cccaagcagggagcagcacccaaaccttcccactgcgaccactgcgctat
caaccaagtcaggcaaggcttccgctacaaccccaagactcgacataggc
ttgtttgctctttttctttcttctagaacagcggttctcaatctttccat
gctgtgaccctttcaatatacagctctgcatgttggggtgacccccaatc
ataaaatgattttgttgctacttcataactgtaattttctaatgtaagat
ctgttttctgatggtctaggcacccctgttggaagggtcaaatgcctaag
gccgtgtaccaccaggtgaagaacccactgatttcaaggggatggactca
gaagccccaagccctggttgatattaaggcattcaattttctctctctat
cac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_70907478_70908634
seq2: B6Ng01-291A01.b_44_1205 (reverse)

seq1  GGTTGGTG-GAATGGTGCTTACTGTAGAGCCC-TCTATGCGTGA-CAC-A  46
      |||||||| |||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| ||| |
seq2  GGTTGGTGTGAATAGTGCCTACTATAGAGCCCTTCTATGCGTGACCACAA  50

seq1  GTCTGAG--TTATTCCCCTTGCAGACCCCACAGGAGTCCTCTGTTGCA-T  93
      |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
seq2  GTCTGAGGATTATT-CCCTTGCAGACCCCACAGGAGTCTTCTG-TGCATT  98

seq1  CTGATCCAAGGACA-TTGTCACAGCCAACCCTCTGGAGGCCCCACGAGGT  142
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||
seq2  CTGATCCAAGGACATTTGTCACAGCCAACCCTCTGAAAGCCCCACGAGGT  148

seq1  CATCATAATCATTCATGAAAGAAAGGATGATACATGTGACAACATCACCA  192
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATCAT-ATCATTCATGAAAGAAAGGATGATACATGTGAC-ACATCACCA  196

seq1  ACCATGTGACAAAATCCTCCTCCCATTCCAGTCAAACAAGTTTCCAACAT  242
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTGACAAAATCCTCCTCCCATTCCAGTCAAACAAGTTTCCAACAT  246

seq1  GGGGTAGTTAACAAATAGGAGATGGATCCTGGTATGTGCACAGCATGGCT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGTTAACAAATAGGAGATGGATCCTGGTATGTGCACAGCATGGCT  296

seq1  GGTCCTGGTCTCCTGGGATCTTTTTCTTGGGATGTGCTATCTGTCTCCCG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGGTCTCCTGGGATCTTTTTCTTGGGATGTGCTATCTGTCTCCCG  346

seq1  TAGCAATTCCT-CCCCAGGTGTGGTGCTCGGGCCCTAAGTTAAAGCTGGA  391
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATTCCTCCCCCAGGTGTGGTGCTCGGGCCCTAAGTTAAAGCTGGA  396

seq1  AGACTGTGCTAGAGTAAACCTTAGACCAATACTGACTTGGTAAGCTGGTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGCTAGAGTAAACCTTAGACCAATACTGACTTGGTAAGCTGGTT  446

seq1  GTTAGTGTAGTCACACAGGCTCTGCAGAAGTGGACTTGTAACGGGAACTT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTAGTCACACAGGCTCTGCAGAAGTGGACTTGTAACGGGAACTT  496

seq1  ATTACCACTGCACAGAAACTCTCCCATCAGTGATTCATAGAGCTTAGATC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCACTGCACAGAAACTCTCCCATCAGTGATTCATAGAGCTTAGATC  546

seq1  TATGCAAGGCTGTAAAATTTGAGGCACTTATTACCACTCCTATAATTCTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAGGCTGTAAAATTTGAGGCACTTATTACCACTCCTATAATTCTT  596

seq1  GCTCTCTTCATATTTTCTATCAAGGTATGTAAAAGAATAAAAACCACTCA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTCATATTTTCTATCAAGGTATGTAAAAGAATAAAAACCACTCA  646

seq1  GAAACAAAGCAATCATAGTCTTTGTCCCCTTGCTGCAAATCCTCAGGGCA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAAGCAATCATAGTCTTTGTCCCCTTGCTGCAAATCCTCAGGGCA  696

seq1  AGAAATAGTGTAGTGCTGTCGTGTGTGAGGGTCGAAAGGTCAATTCTAAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAGTGTAGTGCTGTCGTGTGTGAGGGTCGAAAGGTCAATTCTAAC  746

seq1  AAGTCTGCTATTGGGTATGGCTCCCTGCAGGGCTTGGGACCATGCTGTAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGCTATTGGGTATGGCTCCCTGCAGGGCTTGGGACCATGCTGTAT  796

seq1  AGATTACTCATTAATTATACTGCAAATCTCTACCTGAGGTGGGAGGAAGA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTACTCATTAATTATACTGCAAATCTCTACCTGAGGTGGGAGGAAGA  846

seq1  ACATGACCACCTGAATACCTGAATACAGGAATACATGAGTGCAAGGAAGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACCACCTGAATACCTGAATACAGGAATACATGAGTGCAAGGAAGA  896

seq1  TTTTACCACTGAAAGAATTTAGGTTTCCCAGATTTCTAATAGATTTTTTG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCACTGAAAGAATTTAGGTTTCCCAGATTTCTAATAGATTTTTTG  946

seq1  GGTTGGTTTCCCAGACTTAGGGATTTTGGGGATGCTTGAATTCCCCTGCC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTTTCCCAGACTTAGGGATTTTGGGGATGCTTGAATTCCCCTGCC  996

seq1  CTGCTGCAGCTCATCTGCACTGTCTATCATGTGGAGATCATTACGATAGC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCAGCTCATCTGCACTGTCTATCATGTGGAGATCATTACGATAGC  1046

seq1  TGAAAAGTGACCTCACTGACTGACAATAACACTGCCCAGAAACTGGGCCC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGTGACCTCACTGACTGACAATAACACTGCCCAGAAACTGGGCCC  1096

seq1  CATAGAGGGCTGCTGTTCCCAAACCCAGTTCCTAATCTACATAGCAGTGG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGGGCTGCTGTTCCCAAACCCAGTTCCTAATCTACATAGCAGTGG  1146

seq1  TGACCTGGATGAATTC  1157
      ||||||||||||||||
seq2  TGACCTGGATGAATTC  1162


seq1: chr13_70748854_70749952
seq2: B6Ng01-291A01.g_70_1172

seq1  GAATTCCTGGAACTAAATGCAGAAGAAATTAGAAAAACAAAAAAACCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAACTAAATGCAGAAGAAATTAGAAAAACAAAAAAACCCCA  50

seq1  AAACCCCACAAACCTTCCCTGGGCCAACTGGAAGCAAAGGAGATCGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCACAAACCTTCCCTGGGCCAACTGGAAGCAAAGGAGATCGACTA  100

seq1  CGGATGTGATCCTCACTGAATCACAGTGTGCCATGCATTCTGTCCCTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATGTGATCCTCACTGAATCACAGTGTGCCATGCATTCTGTCCCTAGT  150

seq1  CCCCAGCACAGTGTCCTGAGCAGAAATGGAGTCTCAGACTAGATCTAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCACAGTGTCCTGAGCAGAAATGGAGTCTCAGACTAGATCTAGTG  200

seq1  TAGGTGGAAAATGGGCCATTTCCATGAGTCCCACAGTTTGTTAACAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGAAAATGGGCCATTTCCATGAGTCCCACAGTTTGTTAACAGGAT  250

seq1  TGGGGAAAAGTTCAGATGGAATCATTCTTGTGTGAAAATAAAGATGACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAAAGTTCAGATGGAATCATTCTTGTGTGAAAATAAAGATGACTT  300

seq1  AAAAGAAGCTATTGTGTAGGACAGGAGGATTACTTGGTCTTCCACATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGCTATTGTGTAGGACAGGAGGATTACTTGGTCTTCCACATACA  350

seq1  CCTGCCAAGCATGCCTTAGTTTCCCCTCCAAGTGCTCTGAGGAGAGCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAAGCATGCCTTAGTTTCCCCTCCAAGTGCTCTGAGGAGAGCTGC  400

seq1  TACCAAAGGCTGACAGTTATCTGCTGGGGTTTAGAGTCACACTCCTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGGCTGACAGTTATCTGCTGGGGTTTAGAGTCACACTCCTTCAT  450

seq1  ACATTTCCAAGTCCCCACTCTCCGCTACACACTGGAGGCTGAAATACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCAAGTCCCCACTCTCCGCTACACACTGGAGGCTGAAATACCAG  500

seq1  AAGCCTGTAGCAGATGCTGTCACACTCATGCCTCAGGAGCGTCTGTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTAGCAGATGCTGTCACACTCATGCCTCAGGAGCGTCTGTAGTG  550

seq1  TCTCTCACCTGGGATCCGTCTGCCGCCCTCCCCGGAGAGTCTGTGCGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCACCTGGGATCCGTCTGCCGCCCTCCCCGGAGAGTCTGTGCGCAG  600

seq1  TGTTCACACAGAGCCACAGCTCCTTCAGGAGAACTTTCACCTTCCCTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACACAGAGCCACAGCTCCTTCAGGAGAACTTTCACCTTCCCTGTA  650

seq1  AACAGCAACGCACAGCTATCAGGCCCAGTGCTGTGACAGGAGACTTCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAACGCACAGCTATCAGGCCCAGTGCTGTGACAGGAGACTTCTTA  700

seq1  CCCAAGCAGGGAGCAGCACCCAAACCTTCCCACTGCGACCACTGCGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCAGGGAGCAGCACCCAAACCTTCCCACTGCGACCACTGCGCTAT  750

seq1  CAACCAAGTCAGGCAAGGCTTCCGCTACAACCCCAAGACTCGACATAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAGTCAGGCAAGGCTTCCGCTACAACCCCAAGACTCGACATAGGC  800

seq1  TTGTTTGCTCTTTTTCTTTCTTCTAGAACAGCGGTTCTCAATCTTTCCAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGTTTGCTCTTTTTCTTTCTTCTAGAACAGCGGTTCTCAATCTTTCC-A  849

seq1  TGCTGTGACCC-TTCAATATACAGCTCTGCATGTTGGGGTGACCCCCAAT  899
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGACCCTTTCAATATACAGCTCTGCATGTTGGGGTGACCCCCAAT  899

seq1  CATAAAATGATTTTTGTTGCTACTTCATAACTGTAATTTTCTAATGTAAG  949
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATGA-TTTTGTTGCTACTTCATAACTGTAATTTTCTAATGTAAG  948

seq1  ATCTGTTTTCTGATGGTCTTAGGCCACCCCTG-TGGAAGGGTCAAATGCC  998
      |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTTCTGATGGTC-TAGG-CACCCCTGTTGGAAGGGTCAAATGCC  996

seq1  AAAGGGCCGTG-ACCCACAGGTTGAGAA-CCACTG--TTCTAGGGGATGG  1044
       || ||||||| |||  |||||  |||| ||||||  ||| |||||||||
seq2  TAA-GGCCGTGTACCACCAGGTGAAGAACCCACTGATTTCAAGGGGATGG  1045

seq1  ACTCAGAAGCCCC-AGCCC-GTTTGTTATTAAAGGCATTACAGTT--TCT  1090
      ||||||||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  | ||  |||
seq2  ACTCAGAAGCCCCAAGCCCTGGTTGATATT-AAGGCATTCAATTTTCTCT  1094

seq1  CTCTATCAC  1099
      |||||||||
seq2  CTCTATCAC  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |