BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296A15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,912,137 - 6,058,590
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700016G22Rik, Klf6
Downstream geneLOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296A15.bB6Ng01-296A15.g
ACCGA091750GA091751
length1,2231,114
definitionB6Ng01-296A15.b B6Ng01-296A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,912,137 - 5,913,372)(6,057,472 - 6,058,590)
sequence
gaattcagagactcattctggcacaggaagagctcttatctcctgagcct
tcttcccagatcactgtcaaaacttttagtaactataatgacttttccta
tgtattggtaatagaataagaactatctaaataaagattactgaagtatg
agctggtaaaaggcagggcttaccaatttttaacagcttatctaaagcac
cagacggacatccttgcttcagtctacatagtggccaactatccataaat
agatgggttgactagcttagttgagctatgactaaactattctacagtct
tcataacttccctctgaaacaaaagacgtcctgtgtttaggttgataggg
atgaaggagcattaaggcctctcatagttagtctgagattgtctacttaa
tgagtgataaacccaggatgtgaaccttactctaatgtcttcttttatga
cccatctgagacacagctgcagacgttcacacctattgggcatgaacacc
ttggtccctagtacaagtcatcatttcctgtgggttcttactgttggtat
gattcagcttttatggactcctctccatttggcctcttttgaagtgttac
ataatagatccttctcttttacaaaggtgtgtaatgtctgtatcatttca
aatcttttaaaaggaaatacaatttcaaaaggacagtgtattagaaggaa
acgaggtggaagtgattttgagaaatgccatgagtcagcttccagttcag
ctggggtccctctattaccaactgagttgttatgggtggaacaaaaattt
tgctttgataccccacctctgtggatggcaaacaaaccctgatctttatt
ttatcacagacatgactatgctcatatttatacagggagtcacccttaaa
agaaaatgtttgtcaagtatatcactgggacaaaatatattgaccttcat
gctccaacaagaccagtgataaatttaataacattttctacagaatgttc
agatataataagtgtactgattattctagtaccatggagcctctgatgaa
gcatatcagcataaatgtaaactaagaatctaatcctttctgtatttatg
ttactcatatataaaaataacaggtccattgttataatagctgaaaacat
cgagtacaacaagaaacatgcagctgcaaacgacaaagtcacaaaaagat
tgaaaacttccaatctattctat

gaattccacagctgcactaacatgcatgtcctagacgtaaacaaatagag
agagaattaattttaaatttccttaaaatttccggtgcctggtgaattct
aaataaatccaaaccatcccatattagaaaggaagttttttgtgttattt
tttgttggtatgagttacattgttttctttgttataattcactcaaaatg
tgattaaaaaatgagtaggcggtagctattacaactaacaatataacctg
gcatcggatttgataagagagagaaagagagatgggacctactatgtaat
ttcatttacagtaagtggtccaaaacatcctcactcacaaaaacacatag
agcataaaatggttaagtaccagaaacccaggaggctacagccccctccc
cacaggggacacataataatgtaacatacaaataactcttgtccagcagg
gaaacatttcccagcaacactccacctggaaagatgtcctcttccctccc
aaaggctacattaaaaatcctttccttgaaattctcaactaactacagtg
agaatagaaggcattttgaggctcacataccttttctacactcaaacatt
ttattggataattgggggaagaagtttaacatactggaagaacactcatg
tatttatttgtaggttaattgtccacaagatcctaggcagaaagatgggt
caatagagcctacaaggccaggaaataaaagaacagtatgatggcaaagt
ctcagtaaaactttcaacatggtcatgactccatacttctatgacaactg
gagctttgaggattgcctggtcaatctttataaaaactagctacacacta
tggaggaaaaggtgttttcaactctacctagcccggagacattgccaacc
cccacttatcacctatgatttaatcaaaactacccaatcagacacaagaa
tcccttaggatccttttgtgtgctctaatagaagagctgagtgtgaataa
catatataagatgtagatgtatctctatggttttagagcttgagaattga
gatcatgcaatctattcaattctgtggtggcggcaagaccttcttctctg
ctgaagggcttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5912137_5913372
seq2: B6Ng01-296A15.b_47_1269

seq1  GAATTCAGAGACTCATTCTGGCACAGGAAGAGCTCTTATCTCCTGAGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGACTCATTCTGGCACAGGAAGAGCTCTTATCTCCTGAGCCT  50

seq1  TCTTCCCAGATCACTGTCAAAACTTTTAGTAACTATAATGACTTTTCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCAGATCACTGTCAAAACTTTTAGTAACTATAATGACTTTTCCTA  100

seq1  TGTATTGGTAATAGAATAAGAACTATCTAAATAAAGATTACTGAAGTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGGTAATAGAATAAGAACTATCTAAATAAAGATTACTGAAGTATG  150

seq1  AGCTGGTAAAAGGCAGGGCTTACCAATTTTTAACAGCTTATCTAAAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTAAAAGGCAGGGCTTACCAATTTTTAACAGCTTATCTAAAGCAC  200

seq1  CAGACGGACATCCTTGCTTCAGTCTACATAGTGGCCAACTATCCATAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGGACATCCTTGCTTCAGTCTACATAGTGGCCAACTATCCATAAAT  250

seq1  AGATGGGTTGACTAGCTTAGTTGAGCTATGACTAAACTATTCTACAGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTTGACTAGCTTAGTTGAGCTATGACTAAACTATTCTACAGTCT  300

seq1  TCATAACTTCCCTCTGAAACAAAAGACGTCCTGTGTTTAGGTTGATAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACTTCCCTCTGAAACAAAAGACGTCCTGTGTTTAGGTTGATAGGG  350

seq1  ATGAAGGAGCATTAAGGCCTCTCATAGTTAGTCTGAGATTGTCTACTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGAGCATTAAGGCCTCTCATAGTTAGTCTGAGATTGTCTACTTAA  400

seq1  TGAGTGATAAACCCAGGATGTGAACCTTACTCTAATGTCTTCTTTTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATAAACCCAGGATGTGAACCTTACTCTAATGTCTTCTTTTATGA  450

seq1  CCCATCTGAGACACAGCTGCAGACGTTCACACCTATTGGGCATGAACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGAGACACAGCTGCAGACGTTCACACCTATTGGGCATGAACACC  500

seq1  TTGGTCCCTAGTACAAGTCATCATTTCCTGTGGGTTCTTACTGTTGGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCCCTAGTACAAGTCATCATTTCCTGTGGGTTCTTACTGTTGGTAT  550

seq1  GATTCAGCTTTTATGGACTCCTCTCCATTTGGCCTCTTTTGAAGTGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGCTTTTATGGACTCCTCTCCATTTGGCCTCTTTTGAAGTGTTAC  600

seq1  ATAATAGATCCTTCTCTTTTACAAAGGTGTGTAATGTCTGTATCATTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGATCCTTCTCTTTTACAAAGGTGTGTAATGTCTGTATCATTTCA  650

seq1  AATCTTTTAAAAGGAAATACAATTTCAAAAGGACAGTGTATTAGAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTAAAAGGAAATACAATTTCAAAAGGACAGTGTATTAGAAGGAA  700

seq1  ACGAGGTGGAAGTGATTTTGAGAAATGCCATGAGTCAGCTTCCAGTTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGGTGGAAGTGATTTTGAGAAATGCCATGAGTCAGCTTCCAGTTCAG  750

seq1  CTGGGGTCCCTCTATTACCAACTGAGTTGTTATGGGTGGAACAAAAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTCCCTCTATTACCAACTGAGTTGTTATGGGTGGAACAAAAATTT  800

seq1  TGCTTTGATACCCCACCTCTGTGGATGGCAAACAAACCCTGATCTTTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGATACCCCACCTCTGTGGATGGCAAACAAACCCTGATCTTTATT  850

seq1  TTATCACAGACATGACTATGCTCATATTTATACAGGGAGTCACCCTTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACAGACATGACTATGCTCATATTTATACAGGGAGTCACCCTTAAA  900

seq1  AGAAAATGTTTGTCAAGTATATCACTGGGACAAAATATATTGACCTTCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGTTTGTCAAGTATATCACTGGGACAAAATATATTGACCTTCAT  950

seq1  GCTCCAACAAGACCAGTGATAAATTTAATAACATTTTCTACAGAATGTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAACAAGACCAGTGATAAATTTAATAACATTTTCTACAGAATGTTC  1000

seq1  AGGATATAATAAGTGTACTGATTATTCTAGTACCATGGAGCCTCTGATGA  1050
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GATATAATAAGTGTACTGATTATTCTAGTACCATGGAGCCTCTGATGA  1049

seq1  AGCATATCAGCCATAAATGTAAACT-AGAATTTCTAATTCCTTTCTGTTA  1099
      |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||  
seq2  AGCATATCAG-CATAAATGTAAACTAAGAA--TCTAA-TCCTTTCTGTAT  1095

seq1  TTATGTTTACTCAT-TAT-AAAATAACAAGGTCCATTGTAAT-ATAGCTG  1146
      ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| || |||||||
seq2  TTATG-TTACTCATATATAAAAATAAC-AGGTCCATTGTTATAATAGCTG  1143

seq1  AGAAACATCGAAGGGTACAACAAGAACAACA-GCAGCTGCAACAACGACA  1195
      | |||||||||   |||||||||||  |||| |||||||||  |||||| 
seq2  A-AAACATCGA---GTACAACAAGA--AACATGCAGCTGCA--AACGAC-  1184

seq1  AAAAGTCAACAAAAAAGTATGACAACTTCCCATCTA-TCTAT  1236
       |||||||   ||||||  ||| ||||||| ||||| |||||
seq2  -AAAGTCA--CAAAAAGATTGAAAACTTCCAATCTATTCTAT  1223


seq1: chr13_6057472_6058590
seq2: B6Ng01-296A15.g_68_1181 (reverse)

seq1  AACAACCCCTTCACCAGAGAAGAAAGTCTTCCCGCCACCAACAGAATGAA  50
      ||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||  |
seq2  AACAAGCCCTTCAGCAGAGAAGAAGGTCTTGCCGCCACC-ACAGAATTGA  49

seq1  ATACCATTGCATGATCTCAAATCTCCAAGCTCTAAAACCATAAGAGATAC  100
      |||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATA-GATTGCATGATCTCAATTCT-CAAGCTCTAAAACCAT-AGAGATAC  96

seq1  ATCTACATTCTATATATGTTATTCACACTCAGCTCTTCTATTAGAGCACC  150
      ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATCTACATCTTATATATGTTATTCACACTCAGCTCTTCTATTAGAGCA-C  145

seq1  ACAAAAGGATCCTAAGGGATTCTTGTTGTCTGATTGGGTAGTTTTGATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGATCCTAAGGGATTCTTG-TGTCTGATTGGGTAGTTTTGATTA  194

seq1  AATCATAGGTGATAAGTGGGGGTTGGCAATGTCTCC-GGCTAGGTAGAGT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATCATAGGTGATAAGTGGGGGTTGGCAATGTCTCCGGGCTAGGTAGAGT  244

seq1  TGAAAACACCTTTTCCTCCATAGTGTGTAGCTAGTTTTTATAAAGATTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACACCTTTTCCTCCATAGTGTGTAGCTAGTTTTTATAAAGATTGA  294

seq1  CCAGGCAATCCTCAAAGCTCCAGTTGTCATAGAAGTATGGAGTCATGACC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAATCCTCAAAGCTCCAGTTGTCATAGAAGTATGGAGTCATGACC  344

seq1  ATGTTGAAAGTTTTACTGAGACTTTGCCATCATACTGTTCTTTTATTTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAAAGTTTTACTGAGACTTTGCCATCATACTGTTCTTTTATTTCC  394

seq1  TGGCCTTGTAGGCTCTATTGACCCATCTTTCTGCCTAGGATCTTGTGGAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTGTAGGCTCTATTGACCCATCTTTCTGCCTAGGATCTTGTGGAC  444

seq1  AATTAACCTACAAATAAATACATGAGTGTTCTTCCAGTATGTTAAACTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACCTACAAATAAATACATGAGTGTTCTTCCAGTATGTTAAACTTC  494

seq1  TTCCCCCAATTATCCAATAAAATGTTTGAGTGTAGAAAAGGTATGTGAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCAATTATCCAATAAAATGTTTGAGTGTAGAAAAGGTATGTGAGC  544

seq1  CTCAAAATGCCTTCTATTCTCACTGTAGTTAGTTGAGAATTTCAAGGAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATGCCTTCTATTCTCACTGTAGTTAGTTGAGAATTTCAAGGAAA  594

seq1  GGATTTTTAATGTAGCCTTTGGGAGGGAAGAGGACATCTTTCCAGGTGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTTAATGTAGCCTTTGGGAGGGAAGAGGACATCTTTCCAGGTGGA  644

seq1  GTGTTGCTGGGAAATGTTTCCCTGCTGGACAAGAGTTATTTGTATGTTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCTGGGAAATGTTTCCCTGCTGGACAAGAGTTATTTGTATGTTAC  694

seq1  ATTATTATGTGTCCCCTGTGGGGAGGGGGCTGTAGCCTCCTGGGTTTCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATGTGTCCCCTGTGGGGAGGGGGCTGTAGCCTCCTGGGTTTCTG  744

seq1  GTACTTAACCATTTTATGCTCTATGTGTTTTTGTGAGTGAGGATGTTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTAACCATTTTATGCTCTATGTGTTTTTGTGAGTGAGGATGTTTTG  794

seq1  GACCACTTACTGTAAATGAAATTACATAGTAGGTCCCATCTCTCTTTCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTTACTGTAAATGAAATTACATAGTAGGTCCCATCTCTCTTTCTC  844

seq1  TCTCTTATCAAATCCGATGCCAGGTTATATTGTTAGTTGTAATAGCTACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTATCAAATCCGATGCCAGGTTATATTGTTAGTTGTAATAGCTACC  894

seq1  GCCTACTCATTTTTTAATCACATTTTGAGTGAATTATAACAAAGAAAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTCATTTTTTAATCACATTTTGAGTGAATTATAACAAAGAAAACA  944

seq1  ATGTAACTCATACCAACAAAAAATAACACAAAAAACTTCCTTTCTAATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTCATACCAACAAAAAATAACACAAAAAACTTCCTTTCTAATAT  994

seq1  GGGATGGTTTGGATTTATTTAGAATTCACCAGGCACCGGAAATTTTAAGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGTTTGGATTTATTTAGAATTCACCAGGCACCGGAAATTTTAAGG  1044

seq1  AAATTTAAAATTAATTCTCTCTCTATTTGTTTACGTCTAGGACATGCATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAAATTAATTCTCTCTCTATTTGTTTACGTCTAGGACATGCATG  1094

seq1  TTAGTGCAGCTGTGGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCAGCTGTGGAATTC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |