BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296N22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 37,319,738 - 37,481,262
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLy86
Upstream geneFars2, LOC666758, Nrn1, F13a1
Downstream geneLOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624, Rreb1, Ssr1, Cage1, Riok1, Dsp, 6530403A03Rik, Bmp6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296N22.bB6Ng01-296N22.g
ACCGA092371GA092372
length1,1491,117
definitionB6Ng01-296N22.b B6Ng01-296N22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,319,738 - 37,320,887)(37,480,161 - 37,481,262)
sequence
gaattctttgaaaacatttgaactcttccaagagctgcctgagagaggac
tgccacaatgcttgataaccctccaaagtcgggggtctctggtgagtctt
gaaaaatggagacttttatgaaaactcccaggttaggtatgctctgatct
gcaggagtcgagagttctttggaaaccagggacccatggtagatttgctt
catctaaaggaacaacagttactactgagaaattgctctgaggtaatata
aaggctcaataatagacttcactttcaaaaattaatttcagggaaacttg
acaccaagttctctaaatagaggtcttgaggccaagacacagactgacaa
gaaactgaaaactccaaattaagactggagcatgtcctcaatttgcatga
gcaagtggagataggtgtgttgtcagacttgactcttctccttatgttga
gttatcttgtcaggaaattttctttgggaaaaaaaattattaaaacaaaa
agatcacaccatttaaaagctaaggctgaccacagaaatataaagactgc
atagttttaattatatagagagcactatctttagaaacattatttcatag
atgattaaaactaacagtagtcaactgaagaatatggggagagagatgga
aagagggtagacaatgtgcacagggtaagagaaaaaatgcaatgctccta
tcacaaagaggtaggtacgatcctaaaaattaattacatatttcaaaata
gctagtagagaagatcttgaatgctctccatgtccagaaatgatgtggct
ggctagcaaattagtggtatccataagctcttggttcagttgagagtctc
taccaatgaataaaggtagagagctatcaagaaagacctgaggcctccac
atgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
cacatgcatactcacccactacagacatgtaaaatgcatatacattccag
cagatccacatacagagaaatataaaaagaaggcaactcacaaccaacca
aatggctatggttctggcaaggccagccaatgccattgtcaccaaatcat
gtggtactcagagagcagttaagctgcctctgcctgggaatatgacaaa
gaattctcttagatttctgtgggggaggatattttgtccccccaaagcat
aaatgatgggcagtctgtgggctcgaggactgtcacttagctttacactc
caaagaacctcttgccatagagctagctgaggtagggcagaggagaagaa
aactacagtttaaccgttcattttttttctcaacctgagccatttggtag
tagctttttttttcctggcttgggaagtagccagaggcctctagtttgca
ggcaagtgcgtggtaaacagcgctgagcactggacttgcagatggtggca
gactgtctcacccgcaggacagcaagtttttcctcactctgctaaaatga
actgcaactccccccgggactctgtcccatgcctaatgtggaaatagcag
cttgtgcttgggtttgatggctccggttctccctggtgtcacttgccagc
ttccaaacccagtgttaatcacagcaactgccctccccgcagtaggttaa
aaatcccagtgacccaagaggcctctgaattttaagatttcacttttctg
gcttatttaatttacataattatttgttcagcatttgtgcatcccttatt
tggttgtttcatactgaataaaatttcctggcagctccccagatgccagc
ccctctgcctgcgtctgcagtcattgtccccatagcaataaggaaagtga
ctgtgggctgtctgcccagcattcagataagtccaaggcaagctctctga
gctgctaaacagatttagactcctaaaacggtttgagggaccagtatttc
tcctgttttattaatttctattaaagccacacacagaataaatagtgagg
gtttccttgaacttgggagggagcaagaccattttccttcaatgttagga
tttgatgagcctccagtgtctaggcaatgcagcaccatccttacacactc
tcatctgaatgtgaactggttgtttcctgtatgcagtctatcatctgccc
acacacactcggcaaaggaaggtgttcatatctcttactcctgtgaataa
gctctattctaccagtccacagagaacaggaaggccagaaatattcctgc
catcaagggagagtgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_37319738_37320887
seq2: B6Ng01-296N22.b_47_1195

seq1  GAATTCTTTGAAAACATTTGAACTCTTCCAAGAGCTGCCTGAGAGAGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGAAAACATTTGAACTCTTCCAAGAGCTGCCTGAGAGAGGAC  50

seq1  TGCCACAATGCTTGATAACCCTCCAAAGTCGGGGGTCTCTGGTGAGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAATGCTTGATAACCCTCCAAAGTCGGGGGTCTCTGGTGAGTCTT  100

seq1  GAAAAATGGAGACTTTTATGAAAACTCCCAGGTTAGGTATGCTCTGATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGGAGACTTTTATGAAAACTCCCAGGTTAGGTATGCTCTGATCT  150

seq1  GCAGGAGTCGAGAGTTCTTTGGAAACCAGGGACCCATGGTAGATTTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGTCGAGAGTTCTTTGGAAACCAGGGACCCATGGTAGATTTGCTT  200

seq1  CATCTAAAGGAACAACAGTTACTACTGAGAAATTGCTCTGAGGTAATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAAGGAACAACAGTTACTACTGAGAAATTGCTCTGAGGTAATATA  250

seq1  AAGGCTCAATAATAGACTTCACTTTCAAAAATTAATTTCAGGGAAACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCAATAATAGACTTCACTTTCAAAAATTAATTTCAGGGAAACTTG  300

seq1  ACACCAAGTTCTCTAAATAGAGGTCTTGAGGCCAAGACACAGACTGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAGTTCTCTAAATAGAGGTCTTGAGGCCAAGACACAGACTGACAA  350

seq1  GAAACTGAAAACTCCAAATTAAGACTGGAGCATGTCCTCAATTTGCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGAAAACTCCAAATTAAGACTGGAGCATGTCCTCAATTTGCATGA  400

seq1  GCAAGTGGAGATAGGTGTGTTGTCAGACTTGACTCTTCTCCTTATGTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGGAGATAGGTGTGTTGTCAGACTTGACTCTTCTCCTTATGTTGA  450

seq1  GTTATCTTGTCAGGAAATTTTCTTTGGGAAAAAAAATTATTAAAACAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTTGTCAGGAAATTTTCTTTGGGAAAAAAAATTATTAAAACAAAA  500

seq1  AGATCACACCATTTAAAAGCTAAGGCTGACCACAGAAATATAAAGACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACACCATTTAAAAGCTAAGGCTGACCACAGAAATATAAAGACTGC  550

seq1  ATAGTTTTAATTATATAGAGAGCACTATCTTTAGAAACATTATTTCATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTTAATTATATAGAGAGCACTATCTTTAGAAACATTATTTCATAG  600

seq1  ATGATTAAAACTAACAGTAGTCAACTGAAGAATATGGGGAGAGAGATGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTAAAACTAACAGTAGTCAACTGAAGAATATGGGGAGAGAGATGGA  650

seq1  AAGAGGGTAGACAATGTGCACAGGGTAAGAGAAAAAATGCAATGCTCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTAGACAATGTGCACAGGGTAAGAGAAAAAATGCAATGCTCCTA  700

seq1  TCACAAAGAGGTAGGTACGATCCTAAAAATTAATTACATATTTCAAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAGAGGTAGGTACGATCCTAAAAATTAATTACATATTTCAAAATA  750

seq1  GCTAGTAGAGAAGATCTTGAATGCTCTCCATGTCCAGAAATGATGTGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTAGAGAAGATCTTGAATGCTCTCCATGTCCAGAAATGATGTGGCT  800

seq1  GGCTAGCAAATTAGTGGTATCCATAAGCTCTTGGTTCAGTTGAGAGTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCAAATTAGTGGTATCCATAAGCTCTTGGTTCAGTTGAGAGTCTC  850

seq1  TACCAATGAATAAAGGTAGAGAGCTATCAAGAAAGACCTGAGGCCTCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAATGAATAAAGGTAGAGAGCTATCAAGAAAGACCTGAGGCCTCCAC  900

seq1  ATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  950

seq1  CACATGCATACTCACCCACTACAGACATGTAAAAATGCATATACATTCCA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CACATGCATACTCACCCACTACAGACATGT-AAAATGCATATACATTCCA  999

seq1  GCAGACACACATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAC-CACAAAC  1049
      |||||  |||||||    | | ||| | ||||| || ||||| ||||| |
seq2  GCAGATCCACATAC----AGAGAAATATAAAAAGAAGGCAACTCACAACC  1045

seq1  AAACAAATGCATATGGTTCTGGCAAGCCCAGCAAATGC--ATGTCACCAA  1097
      || ||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||
seq2  AACCAAATGGCTATGGTTCTGGCAAGGCCAGCCAATGCCATTGTCACCAA  1095

seq1  ATCAATGTGGTTACTCA-AGAGCAGTTTAGCTG-CTCTGCCT-GGAATAT  1144
      ||| |||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||
seq2  ATC-ATGTGG-TACTCAGAGAGCAGTTAAGCTGCCTCTGCCTGGGAATAT  1143

seq1  GACAAA  1150
      ||||||
seq2  GACAAA  1149

seq1: chr13_37480161_37481262
seq2: B6Ng01-296N22.g_69_1185 (reverse)

seq1  TGCACT---CCTTGAAGGCAGGAATATTTCTGG-CTTCCTG-TCTCTGTG  45
      ||||||   |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TGCACTCTCCCTTGATGGCAGGAATATTTCTGGCCTTCCTGTTCTCTGTG  50

seq1  GACCTGGTAG-ATAGAGCT--ATCACA-GAGTAAAGAGATAATGAACA-C  90
      || ||||||| ||||||||   ||||| |||| ||||||| ||||||| |
seq2  GA-CTGGTAGAATAGAGCTTATTCACAGGAGT-AAGAGAT-ATGAACACC  97

seq1  TTCTTTTGCCGAGTGTGGTGTGGGCAGATGATAGACTGCATACAGG-AAC  139
      ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCCTTTGCCGAGTGT-GTGTGGGCAGATGATAGACTGCATACAGGAAAC  146

seq1  AACCAGTTCACA-TCAGATGAGAGTGTGTAAGGATGGTGCTGCATTG-CT  187
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACCAGTTCACATTCAGATGAGAGTGTGTAAGGATGGTGCTGCATTGCCT  196

seq1  AGACACTGGAGGCTCATCAAATCCTAACATGGA--GGAAATTGTCTTGCT  235
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||| ||||||||
seq2  AGACACTGGAGGCTCATCAAATCCTAACATTGAAGGAAAATGGTCTTGCT  246

seq1  CC--TCCAAGTTCAAGGAAA-CCTCACTATTTATTCTGTGTGTGGCTTTA  282
      ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCAAGTTCAAGGAAACCCTCACTATTTATTCTGTGTGTGGCTTTA  296

seq1  ATAG-AATTAATAAAACAGGAGAAATACTGGTCCCTCAAACCGTTTTAGG  331
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATTAATAAAACAGGAGAAATACTGGTCCCTCAAACCGTTTTAGG  346

seq1  AGTCTAAATCTGTTTAGCAGCTCAGAGAGCTTGCCTTGGACTTATCTGAA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAATCTGTTTAGCAGCTCAGAGAGCTTGCCTTGGACTTATCTGAA  396

seq1  TGCTGGGCAGACAGCCCACAGTCACTTTCCTTATTGCTATGGGGACAATG  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGCAGACAGCCCACAGTCACTTTCCTTATTGCTATGGGGACAATG  446

seq1  ACTGCAGACGCAGGCAGAGGGGCTGGCATCTGGGGAGCTGCCAGGAAATT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGACGCAGGCAGAGGGGCTGGCATCTGGGGAGCTGCCAGGAAATT  496

seq1  TTATTCAGTATGAAACAACCAAATAAGGGATGCACAAATGCTGAACAAAT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAGTATGAAACAACCAAATAAGGGATGCACAAATGCTGAACAAAT  546

seq1  AATTATGTAAATTAAATAAGCCAGAAAAGTGAAATCTTAAAATTCAGAGG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGTAAATTAAATAAGCCAGAAAAGTGAAATCTTAAAATTCAGAGG  596

seq1  CCTCTTGGGTCACTGGGATTTTTAACCTACTGCGGGGAGGGCAGTTGCTG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGGGTCACTGGGATTTTTAACCTACTGCGGGGAGGGCAGTTGCTG  646

seq1  TGATTAACACTGGGTTTGGAAGCTGGCAAGTGACACCAGGGAGAACCGGA  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAACACTGGGTTTGGAAGCTGGCAAGTGACACCAGGGAGAACCGGA  696

seq1  GCCATCAAACCCAAGCACAAGCTGCTATTTCCACATTAGGCATGGGACAG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAAACCCAAGCACAAGCTGCTATTTCCACATTAGGCATGGGACAG  746

seq1  AGTCCCGGGGGGAGTTGCAGTTCATTTTAGCAGAGTGAGGAAAAACTTGC  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCGGGGGGAGTTGCAGTTCATTTTAGCAGAGTGAGGAAAAACTTGC  796

seq1  TGTCCTGCGGGTGAGACAGTCTGCCACCATCTGCAAGTCCAGTGCTCAGC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGCGGGTGAGACAGTCTGCCACCATCTGCAAGTCCAGTGCTCAGC  846

seq1  GCTGTTTACCACGCACTTGCCTGCAAACTAGAGGCCTCTGGCTACTTCCC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTACCACGCACTTGCCTGCAAACTAGAGGCCTCTGGCTACTTCCC  896

seq1  AAGCCAGGAAAAAAAAAGCTACTACCAAATGGCTCAGGTTGAGAAAAAAA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGGAAAAAAAAAGCTACTACCAAATGGCTCAGGTTGAGAAAAAAA  946

seq1  ATGAACGGTTAAACTGTAGTTTTCTTCTCCTCTGCCCTACCTCAGCTAGC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACGGTTAAACTGTAGTTTTCTTCTCCTCTGCCCTACCTCAGCTAGC  996

seq1  TCTATGGCAAGAGGTTCTTTGGAGTGTAAAGCTAAGTGACAGTCCTCGAG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGCAAGAGGTTCTTTGGAGTGTAAAGCTAAGTGACAGTCCTCGAG  1046

seq1  CCCACAGACTGCCCATCATTTATGCTTTGGGGGGACAAAATATCCTCCCC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGACTGCCCATCATTTATGCTTTGGGGGGACAAAATATCCTCCCC  1096

seq1  CACAGAAATCTAAGAGAATTC  1102
      |||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAATCTAAGAGAATTC  1117