BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300J08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 77,467,903 - 77,613,118
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMctp1, LOC666603, EG666607, Ankrd32, 2210408I21Rik, LOC631139
Downstream geneLOC675063, D13Mgi7, 1110033M05Rik, 1700013G10Rik, Nr2f1, EG666856, LOC268676, LOC100042683, LOC622365, LOC100043052
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300J08.bB6Ng01-300J08.g
ACCGA095125GA095126
length1,1361,112
definitionB6Ng01-300J08.b B6Ng01-300J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,611,971 - 77,613,118)(77,467,903 - 77,469,047)
sequence
gaattcattgctcaattgttatgagctagaaaaatagaattacttaatgt
taatctccgataaaatatagccctcaattgcatgttgtttatatttataa
aatattcttagtgatttttaatttttatctttagactttgaatacaaaac
atttattcactaatgaatacatgctttatattatctgagctttgattatg
tattgttttcttcagtatccaacttgctccaattgcttttacatgaaggg
tgggggaatgtgcttctaatcatggattattggtactagtcaacactgct
ttgttcagggacagcctttccttataagataaagcctaggaggcaccagg
tacaaaaacggcctagaagtagatgcagagttgatctatatgccaatgtt
tctggtcacagaacttgtggagcttcaaaagaattcttgttgccatgaag
agggaatagccaataatctgggtctttggctcatgctcacatgtaagaag
ttcacattaattattctataaaaatttaagatctgtctagtcaacttaat
cactgtatgaatctatggaattctcaaatagattaaaagtgctgtatttt
cttatcaaaagagaaaagacatataggaagagattatgatgggaagttaa
atatttgtctttcattgaaatgtaagacataaacaaatctacttcctaag
agaaatttgatggagtcctttttagatgtagtatgccagcctagaggatt
taatatcctttttgggtttaagatctctttttcatgcatttctagaagat
atcaaataattactttggttgaggctgtcaatcaaatatatcacataaaa
cacaggttatgctttgctagtctgtcttttaagcaaatatttgaaaaaat
gctttgaacatacacacaaatacatatgcaggaagtaacatatcaataaa
ttcttccttcttaaactagtgccagcaaactagtattgttcaaaaatctt
gaaataaatgttctttactccaagtatgttaatcactaaacctcagaaag
tcagattgagtgtttctacacatctaagtaacatattttttaaaaaaact
tattctatcctaagtctgccaatataattgctagga

gaattcatacccaggttctgcttgtgagctctctttaaggctcactgaaa
gtcctttagaaagtcctgttcttcagtagcacatctgtcttgtcaccaag
attggctaaagaaattcttgtgaggactgagaagcagattttacagtgtg
gagacctttgaagctttatatagcatcacaagctcgaaaaacaggaatgt
aagaggataaagacgtttgataacacattgtcctctaagtatgttagagc
tgtagtctcactgacttgatctcctatacctgagctgaacaaggacaaca
gcagtagaatgccacagtggtctcaaccctacagaaagaactacagctat
taagctgagagtggggaagtagcagtgaaaataattttatgagtgggggt
ccccacaacataagggacaataggaaatttaggttccagcactggaaaca
ttgagaaccactgctttagacagaactctcatgcagtctgccatccttcc
tgtctgttgtcacctccacttccctagagaccccattgctatgggagaag
gtgcatgggctcatgcttcgctttttgtataggtactggcttctaaattc
aggctcttgttttatgtagcaggtgcccttgtccactgtgccacctctat
agacccaagacattgttgcttttttattttttttatttctttttttaatt
ggctattttcctattagacatttcaaatgttatcctgttcctgttttccc
catcaaagcccccaccctcatactgtcccccctccccctgttcaccaacc
cacacactcccaattcctggccctgacattctcctatactgggggcatag
atccttcataagacctagggcctatcctcccattgatgactgactaggcc
atactctgctacatatgcagctggagccatgagtcccaccatgtgtgctc
tttggttggtgggttaatccctggggagcctctgggggtactgctagtca
taattgtgtccttcttattggggcctgcaaaccttcaacctcttgggtac
tttctcttaggctctcattggggaacctgtgctcagtcaatgatgcttgg
tgaagcctctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_77611971_77613118
seq2: B6Ng01-300J08.b_50_1185 (reverse)

seq1  TCCTAGCAATTATATTTGCAGGGACCTAGGATAGATAAAAGTTTTTTTTA  50
      |||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| | ||||||||||  
seq2  TCCTAGCAATTATATTGGCA--GACTTAGGATAGA-ATAAGTTTTTTT--  45

seq1  AAAAAATATGTTACTTTAGATGTGTTAAGAAACACTTCAAATCTGACTTT  100
      |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||   |||||||||||
seq2  AAAAAATATGTTAC-TTAGATGTGT--AGAAACACT--CAATCTGACTTT  90

seq1  CTGAGTTTTAGTGATTAACATAACTTGGAGTAAAGAACATTTATTTCAAA  150
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGAGGTTTAGTGATTAACAT-ACTTGGAGTAAAGAACATTTATTTC-AA  138

seq1  GATTTTTGAACAATACTAGTTTGCTGGCACTAGTTTAAGAAGGAAGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTGAACAATACTAGTTTGCTGGCACTAGTTTAAGAAGGAAGAATT  188

seq1  TATTGATATGTTACTTCCTGCATATGTATTTGTGTGTATGTTCAAAGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATATGTTACTTCCTGCATATGTATTTGTGTGTATGTTCAAAGCAT  238

seq1  TTTTTCAAATATTTGCTTAAAAGACAGACTAGCAAAGCATAACCTGTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAAATATTTGCTTAAAAGACAGACTAGCAAAGCATAACCTGTGTT  288

seq1  TTATGTGATATATTTGATTGACAGCCTCAACCAAAGTAATTATTTGATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGATATATTTGATTGACAGCCTCAACCAAAGTAATTATTTGATAT  338

seq1  CTTCTAGAAATGCATGAAAAAGAGATCTTAAACCCAAAAAGGATATTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGAAATGCATGAAAAAGAGATCTTAAACCCAAAAAGGATATTAAA  388

seq1  TCCTCTAGGCTGGCATACTACATCTAAAAAGGACTCCATCAAATTTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAGGCTGGCATACTACATCTAAAAAGGACTCCATCAAATTTCTCT  438

seq1  TAGGAAGTAGATTTGTTTATGTCTTACATTTCAATGAAAGACAAATATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGTAGATTTGTTTATGTCTTACATTTCAATGAAAGACAAATATTT  488

seq1  AACTTCCCATCATAATCTCTTCCTATATGTCTTTTCTCTTTTGATAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCCATCATAATCTCTTCCTATATGTCTTTTCTCTTTTGATAAGAA  538

seq1  AATACAGCACTTTTAATCTATTTGAGAATTCCATAGATTCATACAGTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGCACTTTTAATCTATTTGAGAATTCCATAGATTCATACAGTGAT  588

seq1  TAAGTTGACTAGACAGATCTTAAATTTTTATAGAATAATTAATGTGAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGACTAGACAGATCTTAAATTTTTATAGAATAATTAATGTGAACT  638

seq1  TCTTACATGTGAGCATGAGCCAAAGACCCAGATTATTGGCTATTCCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACATGTGAGCATGAGCCAAAGACCCAGATTATTGGCTATTCCCTCT  688

seq1  TCATGGCAACAAGAATTCTTTTGAAGCTCCACAAGTTCTGTGACCAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCAACAAGAATTCTTTTGAAGCTCCACAAGTTCTGTGACCAGAAA  738

seq1  CATTGGCATATAGATCAACTCTGCATCTACTTCTAGGCCGTTTTTGTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCATATAGATCAACTCTGCATCTACTTCTAGGCCGTTTTTGTACC  788

seq1  TGGTGCCTCCTAGGCTTTATCTTATAAGGAAAGGCTGTCCCTGAACAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCTCCTAGGCTTTATCTTATAAGGAAAGGCTGTCCCTGAACAAAG  838

seq1  CAGTGTTGACTAGTACCAATAATCCATGATTAGAAGCACATTCCCCCACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGACTAGTACCAATAATCCATGATTAGAAGCACATTCCCCCACC  888

seq1  CTTCATGTAAAAGCAATTGGAGCAAGTTGGATACTGAAGAAAACAATACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGTAAAAGCAATTGGAGCAAGTTGGATACTGAAGAAAACAATACA  938

seq1  TAATCAAAGCTCAGATAATATAAAGCATGTATTCATTAGTGAATAAATGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAAGCTCAGATAATATAAAGCATGTATTCATTAGTGAATAAATGT  988

seq1  TTTGTATTCAAAGTCTAAAGATAAAAATTAAAAATCACTAAGAATATTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTCAAAGTCTAAAGATAAAAATTAAAAATCACTAAGAATATTTT  1038

seq1  ATAAATATAAACAACATGCAATTGAGGGCTATATTTTATCGGAGATTAAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATAAACAACATGCAATTGAGGGCTATATTTTATCGGAGATTAAC  1088

seq1  ATTAAGTAATTCTATTTTTCTAGCTCATAACAATTGAGCAATGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTAATTCTATTTTTCTAGCTCATAACAATTGAGCAATGAATTC  1136


seq1: chr13_77467903_77469047
seq2: B6Ng01-300J08.g_65_1176

seq1  GAATTCATACCCAGGTTCTGCTTGTGAGCTCTCTTTAAGGCTCACTGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACCCAGGTTCTGCTTGTGAGCTCTCTTTAAGGCTCACTGAAA  50

seq1  GTCCTTTAGAAAGTCCTGTTCTTCAGTAGCACATCTGTCTTGTCACCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTAGAAAGTCCTGTTCTTCAGTAGCACATCTGTCTTGTCACCAAG  100

seq1  ATTGGCTAAAGAAATTCTTGTGAGGACTGAGAAGCAGATTTTACAGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTAAAGAAATTCTTGTGAGGACTGAGAAGCAGATTTTACAGTGTG  150

seq1  GAGACCTTTGAAGCTTTATATAGCATCACAAGCTCGAAAAACAGGAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTTTGAAGCTTTATATAGCATCACAAGCTCGAAAAACAGGAATGT  200

seq1  AAGAGGATAAAGACGTTTGATAACACATTGTCCTCTAAGTATGTTAGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGATAAAGACGTTTGATAACACATTGTCCTCTAAGTATGTTAGAGC  250

seq1  TGTAGTCTCACTGACTTGATCTCCTATACCTGAGCTGAACAAGGACAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCTCACTGACTTGATCTCCTATACCTGAGCTGAACAAGGACAACA  300

seq1  GCAGTAGAATGCCACAGTGGTCTCAACCCTACAGAAAGAACTACAGCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGAATGCCACAGTGGTCTCAACCCTACAGAAAGAACTACAGCTAT  350

seq1  TAAGCTGAGAGTGGGGAAGTAGCAGTGAAAATAATTTTATGAGTGGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGAGAGTGGGGAAGTAGCAGTGAAAATAATTTTATGAGTGGGGGT  400

seq1  CCCCACAACATAAGGGACAATAGGAAATTTAGGTTCCAGCACTGGAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAACATAAGGGACAATAGGAAATTTAGGTTCCAGCACTGGAAACA  450

seq1  TTGAGAACCACTGCTTTAGACAGAACTCTCATGCAGTCTGCCATCCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAACCACTGCTTTAGACAGAACTCTCATGCAGTCTGCCATCCTTCC  500

seq1  TGTCTGTTGTCACCTCCACTTCCCTAGAGACCCCATTGCTATGGGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTGTCACCTCCACTTCCCTAGAGACCCCATTGCTATGGGAGAAG  550

seq1  GTGCATGGGCTCATGCTTCGCTTTTTGTATAGGTACTGGCTTCTAAATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGGCTCATGCTTCGCTTTTTGTATAGGTACTGGCTTCTAAATTC  600

seq1  AGGCTCTTGTTTTATGTAGCAGGTGCCCTTGTCCACTGTGCCACCTCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTTGTTTTATGTAGCAGGTGCCCTTGTCCACTGTGCCACCTCTAT  650

seq1  AGACCCAAGACATTGTTGCTTTTTTATTTTTTTTATTTCTTTTTTTAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAAGACATTGTTGCTTTTTTATTTTTTTTATTTCTTTTTTTAATT  700

seq1  GGCTATTTTCCTATTAGACATTTCAAATGTTATCCTGTTCCTGTTTTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTTTCCTATTAGACATTTCAAATGTTATCCTGTTCCTGTTTTCCC  750

seq1  CATCAAAGCCCCCACCCTCATACTGTCCCCCCTCCCCCTGTTCACCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGCCCCCACCCTCATACTGTCCCCCCTCCCCCTGTTCACCAACC  800

seq1  CACACACTCCCAATTCCTGGCCCTGACATTCTCCTATACT-GGGGCATAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CACACACTCCCAATTCCTGGCCCTGACATTCTCCTATACTGGGGGCATAG  850

seq1  ATCCTTCATAAGACCTAGGGCCTATCCTCCCATTGATGACTGACTAGGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCATAAGACCTAGGGCCTATCCTCCCATTGATGACTGACTAGGCC  900

seq1  ATACTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATGAGTCCCACCATGTGTGCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATGAGTCCCACCATGTGTGCTC  950

seq1  TTTGGTTGGTGGTTTAATCCCT-GGGAG-CTCTGGGGGTACTGGTTAGTT  997
      |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||| |
seq2  TTTGGTTGGTGGGTTAATCCCTGGGGAGCCTCTGGGGGTACT-GCTAG-T  998

seq1  CATATTGTTGTTCCTCCTATTGGG--CTGCAAACCCTTTCAACTCCTTGG  1045
      |||| |  ||| | || |||||||  |||||||||  ||||||  |||||
seq2  CATAATTGTGTCCTTCTTATTGGGGCCTGCAAACC--TTCAACCTCTTGG  1046

seq1  GTACTTTCTCT--AGCTCCTTCATTGGGGACCCTGTGCTCAGTCCAATGG  1093
      |||||||||||   ||||  |||||||||| |||||||||||| |||| |
seq2  GTACTTTCTCTTAGGCTC--TCATTGGGGAACCTGTGCTCAGT-CAAT-G  1092

seq1  ATGGCT-GTG-AGCATC-CACTTCTGTATTTGTCGGGCACTGGCAGAGCC  1140
      |||  | ||| ||| || ||                              
seq2  ATGCTTGGTGAAGCCTCTCA------------------------------  1112

seq1  TCTCA  1145
           
seq2  -----  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |