BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303N10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 58,793,987 - 58,965,675
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC435361, Ntrk2
Upstream geneSpock1, Klhl3, Hnrpa0, 5133401N09Rik, Ubqln1, LOC671252, Gkap1, Kif27, Hnrpk, Rmi1, LOC100041086, Slc28a3, LOC100041510
Downstream geneLOC100041533, Agtpbp1, Mak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303N10.bB6Ng01-303N10.g
ACCGA097542GA097543
length1,120833
definitionB6Ng01-303N10.b B6Ng01-303N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,793,987 - 58,795,110)(58,964,843 - 58,965,675)
sequence
gaattctttagcaggaaccacttagcgccatatggataaatggttctccc
aatatagcagttgatggtcctttctactcctgggttgcaagagagagaat
gatggtagtttagggaatataaagttgaagttatcttctgggccttcaaa
actaaagctgctttatctgtcacattctgtaagcttcccagggcgccgtg
aatgctgcacataaagaggcatttaaatctctgctgatgaaccagtttat
tctttcagcattagggacccaaaaatgaagcacaatgtgtctagacaaat
tcccgctaaatgaactaaatgtgatacagggtcctggctcacatttgtac
tgagagagacaaagttaacagaggatgagaatgcaaaagacattgagtga
gtgacaggaggcaagactggatcggcagggtggagccttggtctgcagtg
acatgggaaggatcactgaagagcattcagtgtgtgaacatcctaactag
aaatctctctatggtccacagcttctcagcacatagtaaggcttctacca
atgatggccacatatactccattggtcctataagattctaatgctgacca
ttaagatggctcgcaggtaaaggcacttgaatgcaagtctgatgactgga
attcaatccctgaggcctacatggtggaaggagagatgagactgctgcag
gtcatcctctgacttccatgaggaccctagcgggcaacctcaacaaacct
cccaacaaataaatgtaatttaaagacagattttaatggagctgagaaat
tttcagctggttacatcacagcttcttagtacaccactgcctttgcctgt
cgtgatgcttatgggagccaacctattgtgcttcctgttgtatggatgtg
tagatcttagagctgtgtgcagtacccaaatactcaccaatgcagtacac
aactataccacacttcattgctggtgagagtgccctcctccttacaccaa
aaaggcgctgtgctgcctagcagtagctggaaacatctgcatgcatgtat
gactgcatcagagtctgcacgaagactgacccacctcagctagtgattgc
ataccatttaaatgatgctg
gaattccccaccagggatacgactgttatttttcttcttttttttttttc
cttttttttttttactatagttttaaggaggttaaaggagaaaggaatca
attttaaagatggttgttacctgaatgctatgactgtgaaactcataaat
acccaccaagactcgatcccacagtcaatgagactaatctctaattggtc
acgttggtttatggccccctggggtcatctatatctgctgtcacccaagg
ccaagtctgcataattttctctctcatttattcctccctgatagctggcc
ttttaataaacagttaaagacaaaaataaatcagtcttttctcaaaccag
acattaatagttagtttgccttttcttttctattgtgtgtaggtatgcct
atccacgggcacatctgtccatgtacacacctgtatctgtaggtctgtgc
tcctcacatgcatgtgtgcagatgccagaagaggagcctgggtgtcagcc
tccatcactctccaccttaggttttgagacagggtccttcaccgaatctg
aagctcatgtattttagttaggcaacttggccaacaagctctggggaccc
acctgcctctgttccccagcattggggctgcaagctcgagtccatgccca
gctcgtgcgtggatgctgggtatgtgaacacacttcctcccactagcacc
gcaaggatgcttatattcctgagccatctttgctgccccatggttttatt
ttaaatatgtaatacaaaggagtaagtgggaaagaggaacaaggaggagg
gaaaaagactttataagcctggggactacagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_58793987_58795110
seq2: B6Ng01-303N10.b_49_1168

seq1  GAATTCTTTAGCAGGAACCACTTAGCGCCATATGGATAAATGGTTCTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGCAGGAACCACTTAGCGCCATATGGATAAATGGTTCTCCC  50

seq1  AATATAGCAGTTGATGGTCCTTTCTACTCCTGGGTTGCAAGAGAGAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGCAGTTGATGGTCCTTTCTACTCCTGGGTTGCAAGAGAGAGAAT  100

seq1  GATGGTAGTTTAGGGAATATAAAGTTGAAGTTATCTTCTGGGCCTTCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTAGTTTAGGGAATATAAAGTTGAAGTTATCTTCTGGGCCTTCAAA  150

seq1  ACTAAAGCTGCTTTATCTGTCACATTCTGTAAGCTTCCCAGGGCGCCGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGCTGCTTTATCTGTCACATTCTGTAAGCTTCCCAGGGCGCCGTG  200

seq1  AATGCTGCACATAAAGAGGCATTTAAATCTCTGCTGATGAACCAGTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGCACATAAAGAGGCATTTAAATCTCTGCTGATGAACCAGTTTAT  250

seq1  TCTTTCAGCATTAGGGACCCAAAAATGAAGCACAATGTGTCTAGACAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGCATTAGGGACCCAAAAATGAAGCACAATGTGTCTAGACAAAT  300

seq1  TCCCGCTAAATGAACTAAATGTGATACAGGGTCCTGGCTCACATTTGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCTAAATGAACTAAATGTGATACAGGGTCCTGGCTCACATTTGTAC  350

seq1  TGAGAGAGACAAAGTTAACAGAGGATGAGAATGCAAAAGACATTGAGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAGACAAAGTTAACAGAGGATGAGAATGCAAAAGACATTGAGTGA  400

seq1  GTGACAGGAGGCAAGACTGGATCGGCAGGGTGGAGCCTTGGTCTGCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGGAGGCAAGACTGGATCGGCAGGGTGGAGCCTTGGTCTGCAGTG  450

seq1  ACATGGGAAGGATCACTGAAGAGCATTCAGTGTGTGAACATCCTAACTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGAAGGATCACTGAAGAGCATTCAGTGTGTGAACATCCTAACTAG  500

seq1  AAATCTCTCTATGGTCCACAGCTTCTCAGCACATAGTAAGGCTTCTACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTCTATGGTCCACAGCTTCTCAGCACATAGTAAGGCTTCTACCA  550

seq1  ATGATGGCCACATATACTCCATTGGTCCTATAAGATTCTAATGCTGACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGCCACATATACTCCATTGGTCCTATAAGATTCTAATGCTGACCA  600

seq1  TTAAGATGGCTCGCAGGTAAAGGCACTTGAATGCAAGTCTGATGACTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATGGCTCGCAGGTAAAGGCACTTGAATGCAAGTCTGATGACTGGA  650

seq1  ATTCAATCCCTGAGGCCTACATGGTGGAAGGAGAGATGAGACTGCTGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATCCCTGAGGCCTACATGGTGGAAGGAGAGATGAGACTGCTGCAG  700

seq1  GTCATCCTCTGACTTCCATGAGGACCCTAGCGGGCAACCTCAACAAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCTCTGACTTCCATGAGGACCCTAGCGGGCAACCTCAACAAACCT  750

seq1  CCCAACAAATAAATGTAATTTAAAGACAGATTTTAATGGAGCTGAGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACAAATAAATGTAATTTAAAGACAGATTTTAATGGAGCTGAGAAAT  800

seq1  TTTCAGCTGGTTACATCACAGCTTCTTAGTACACCACTGCCTTTGCCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTGGTTACATCACAGCTTCTTAGTACACCACTGCCTTTGCCTGT  850

seq1  CGTGATGCTTATGGGAGCCAACCTATTGTGCTTCCTGTTGTATGGATGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATGCTTATGGGAGCCAACCTATTGTGCTTCCTGTTGTATGGATGTG  900

seq1  TAGATCTTAGAGCTGTGTGCAGTACCCAAATACTCACCAATGCAGTACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTTAGAGCTGTGTGCAGTACCCAAATACTCACCAATGCAGTACAC  950

seq1  AACTATACCACACTTCATTGCTGGTGAGAGTGCCCTCCTCCTTACACCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATACCACACTTCATTGCTGGTGAGAGTGCCCTCCTCCTTACACCAA  1000

seq1  AAGGGCGCTGTGCTGCCTAGCAGTAGCTGGAAACATCTTGCATGCATGTA  1050
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAGGCGCTGTGCTGCCTAGCAGTAGCTGGAAACATC-TGCATGCATGTA  1049

seq1  TGACTGCATCAGGAGTCTGCACGGAGAGACTGACCCACCTCAGCTAGTGA  1100
      ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCATCA-GAGTCTGCACG--AAGACTGACCCACCTCAGCTAGTGA  1096

seq1  ATGCATACCCATTAGATGATGCTG  1124
       ||||||||  ||| |||||||||
seq2  TTGCATACCATTTAAATGATGCTG  1120

seq1: chr13_58964843_58965675
seq2: B6Ng01-303N10.g_66_898 (reverse)

seq1  GACTGTAGTCCCCAGGCTTATAAAGTCTTTTTCCCTCCTCCTTGTTCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTAGTCCCCAGGCTTATAAAGTCTTTTTCCCTCCTCCTTGTTCCTC  50

seq1  TTTCCCACTTACTCCTTTGTATTACATATTTAAAATAAAACCATGGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCACTTACTCCTTTGTATTACATATTTAAAATAAAACCATGGGGCA  100

seq1  GCAAAGATGGCTCAGGAATATAAGCATCCTTGCGGTGCTAGTGGGAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGATGGCTCAGGAATATAAGCATCCTTGCGGTGCTAGTGGGAGGAA  150

seq1  GTGTGTTCACATACCCAGCATCCACGCACGAGCTGGGCATGGACTCGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTCACATACCCAGCATCCACGCACGAGCTGGGCATGGACTCGAGC  200

seq1  TTGCAGCCCCAATGCTGGGGAACAGAGGCAGGTGGGTCCCCAGAGCTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCCCCAATGCTGGGGAACAGAGGCAGGTGGGTCCCCAGAGCTTGT  250

seq1  TGGCCAAGTTGCCTAACTAAAATACATGAGCTTCAGATTCGGTGAAGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAGTTGCCTAACTAAAATACATGAGCTTCAGATTCGGTGAAGGAC  300

seq1  CCTGTCTCAAAACCTAAGGTGGAGAGTGATGGAGGCTGACACCCAGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCAAAACCTAAGGTGGAGAGTGATGGAGGCTGACACCCAGGCTC  350

seq1  CTCTTCTGGCATCTGCACACATGCATGTGAGGAGCACAGACCTACAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGGCATCTGCACACATGCATGTGAGGAGCACAGACCTACAGATA  400

seq1  CAGGTGTGTACATGGACAGATGTGCCCGTGGATAGGCATACCTACACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGTACATGGACAGATGTGCCCGTGGATAGGCATACCTACACACA  450

seq1  ATAGAAAAGAAAAGGCAAACTAACTATTAATGTCTGGTTTGAGAAAAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAAGAAAAGGCAAACTAACTATTAATGTCTGGTTTGAGAAAAGAC  500

seq1  TGATTTATTTTTGTCTTTAACTGTTTATTAAAAGGCCAGCTATCAGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATTTTTGTCTTTAACTGTTTATTAAAAGGCCAGCTATCAGGGAG  550

seq1  GAATAAATGAGAGAGAAAATTATGCAGACTTGGCCTTGGGTGACAGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAATGAGAGAGAAAATTATGCAGACTTGGCCTTGGGTGACAGCAGA  600

seq1  TATAGATGACCCCAGGGGGCCATAAACCAACGTGACCAATTAGAGATTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGACCCCAGGGGGCCATAAACCAACGTGACCAATTAGAGATTAG  650

seq1  TCTCATTGACTGTGGGATCGAGTCTTGGTGGGTATTTATGAGTTTCACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTGACTGTGGGATCGAGTCTTGGTGGGTATTTATGAGTTTCACAG  700

seq1  TCATAGCATTCAGGTAACAACCATCTTTAAAATTGATTCCTTTCTCCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCATTCAGGTAACAACCATCTTTAAAATTGATTCCTTTCTCCTTT  750

seq1  AACCTCCTTAAAACTATAGTAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAAAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCCTTAAAACTATAGTAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAAAGAAG  800

seq1  AAAAATAACAGTCGTATCCCTGGTGGGGAATTC  833
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAACAGTCGTATCCCTGGTGGGGAATTC  833