BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312D18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 76,737,713 - 76,889,512
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMctp1, LOC666603
Upstream geneLOC100042986, Ell2, LOC666786, Glrx, Rhobtb3, LOC666553, LOC622313, Spata9, Rfesd, LOC100043008, Gpr150, Arsk, AK129128, Gm276
Downstream geneEG666607, Ankrd32, 2210408I21Rik, LOC631139, LOC675063, D13Mgi7, 1110033M05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312D18.bB6Ng01-312D18.g
ACCGA103754GA103755
length1,1261,095
definitionB6Ng01-312D18.b B6Ng01-312D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,737,713 - 76,738,832)(76,888,406 - 76,889,512)
sequence
gaattctctttgcagttgtgacttccccagttcttctcttccttaaaatg
taaccatttcctgtgccttttcagtccttcatttctctacacttgtttta
taagagagtcagtgtggctaagtctgtatcaatccattgctcatgaccag
cctatctgcatactagtcacatggagttgtcatagggtaagaaaggtaac
aaagacccaatgatctctttctgggaattaaggacatagaaacaagcaca
gagctaaggaagggtcatcttcaaattctgctttaatagttgctaggtag
atccacccacttccaaatagggcaatgctattttaagtagagcaaagaga
gaaagaaagtacctcttggtagttttatttaatctctaaggtttagtgca
cctgcataagtggccagctatttatttaattttttattatcacatttaag
aataatgttctgagaaaatgtttactacggatgcatttttatcagaaata
gttgtacagaatatacagtgtccaatgagacccataaatttgtttaagca
agcaactaccaagtatactggtaagtcaccaatagccagttacccagagg
tgagaaaaatcctacagatacagggcaccaacattttttcactttcctca
aagcagggtaacaaggcaccttcttgatgacaagtgcttgggacagttat
tccaaggagattgtaatctcattttgagattaaatgaaactcattttggg
ctgttgcccaaaagactatgaggctaaatgtagagaactggagagcagtt
ggaagtgtgagaaggtcagggcctttaggatctgtcgtcttctaaatgca
cttcatacttcaagagagtctttgtgcatttttctgttccaccaaagact
gttggggggtttaaccttccccctctccttttccagtgccccaattgggt
tgcttctagataagttttcttctcaccagggtctacagtataggatagtg
tctcacttccttattttcccttgcattggaaaacatattccccttatgag
aagtggtgaggaaattgactccaagtgaagaataaaagctgcctaagaag
tataaaggtgtccctcataatgctta
gaattccacagttaaagcatcctgaaacctaatactaacattcatgtctc
ctggtacctgtggccacttgctctttactaacacctaacataactgtccc
atggtacctctggtcacttctctgtttcagaaatgtgctgcctctataaa
gcacatgtataaatgtgtggtccatggagcaggggcatctgtgttacctg
gaaacatatcagaaattcaaagtacttggtcttttcataggacagtggca
ttagatctctgagagctcggctcagcactagtttaatcagagcagtaggt
gaccgtatatgagagaccgtattttattagtagagctctggagtacaatc
tgattccattacagatggttgtgaaccaccatgtggtttctgggaattga
actcaggacctctggaagagcagtcactgctcttaaccactcagccatct
ctccagtgagagactgtattttaaacatgacatcattcacatgtacactg
gcccttacctgtgttctaacacctattattaatttacataatcttaacta
ttatctgctctctaacatagatactacctatactacctataatttttaga
ggttttagtggtgcttttaagtatacttctcaagaaaacaccttattctg
aagatttaaacattaagagaattaagtgcctattgaataattatgaaaac
tttatttttaatgtctctttgttaatattttcctcatagcatgtgtctaa
acaaaacacatttactaataatcatttaaatgaaactacttactgagaaa
ctaacggaacagagtgatgaacagatctatgggttgccctcgccaaatta
cactgaggagttgtctatttaaagtgttgtttgcagataagtacttgcta
aataagaatttttatttggcagagaaagaaacaggagaaaaaaataagag
gatgatgtacacagcttaaaagccacatctatgacattggtgaggaatat
cttcagcttttaaagcattagatgcaaatttagcagtaaaatttttaaac
ctcacctgtttgatctgagtggattgatcagtgggggggtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_76737713_76738832
seq2: B6Ng01-312D18.b_48_1173

seq1  GAATTCTCTTTGCAGTTGTGACTTCCCCAGTTCTTCTCTTCCTTAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTGCAGTTGTGACTTCCCCAGTTCTTCTCTTCCTTAAAATG  50

seq1  TAACCATTTCCTGTGCCTTTTCAGTCCTTCATTTCTCTACACTTGTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATTTCCTGTGCCTTTTCAGTCCTTCATTTCTCTACACTTGTTTTA  100

seq1  TAAGAGAGTCAGTGTGGCTAAGTCTGTATCAATCCATTGCTCATGACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAGTCAGTGTGGCTAAGTCTGTATCAATCCATTGCTCATGACCAG  150

seq1  CCTATCTGCATACTAGTCACATGGAGTTGTCATAGGGTAAGAAAGGTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGCATACTAGTCACATGGAGTTGTCATAGGGTAAGAAAGGTAAC  200

seq1  AAAGACCCAATGATCTCTTTCTGGGAATTAAGGACATAGAAACAAGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCCAATGATCTCTTTCTGGGAATTAAGGACATAGAAACAAGCACA  250

seq1  GAGCTAAGGAAGGGTCATCTTCAAATTCTGCTTTAATAGTTGCTAGGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAGGAAGGGTCATCTTCAAATTCTGCTTTAATAGTTGCTAGGTAG  300

seq1  ATCCACCCACTTCCAAATAGGGCAATGCTATTTTAAGTAGAGCAAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCCACTTCCAAATAGGGCAATGCTATTTTAAGTAGAGCAAAGAGA  350

seq1  GAAAGAAAGTACCTCTTGGTAGTTTTATTTAATCTCTAAGGTTTAGTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAGTACCTCTTGGTAGTTTTATTTAATCTCTAAGGTTTAGTGCA  400

seq1  CCTGCATAAGTGGCCAGCTATTTATTTAATTTTTTATTATCACATTTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATAAGTGGCCAGCTATTTATTTAATTTTTTATTATCACATTTAAG  450

seq1  AATAATGTTCTGAGAAAATGTTTACTACGGATGCATTTTTATCAGAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTTCTGAGAAAATGTTTACTACGGATGCATTTTTATCAGAAATA  500

seq1  GTTGTACAGAATATACAGTGTCCAATGAGACCCATAAATTTGTTTAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACAGAATATACAGTGTCCAATGAGACCCATAAATTTGTTTAAGCA  550

seq1  AGCAACTACCAAGTATACTGGTAAGTCACCAATAGCCAGTTACCCAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTACCAAGTATACTGGTAAGTCACCAATAGCCAGTTACCCAGAGG  600

seq1  TGAGAAAAATCCTACAGATACAGGGCACCAACATTTTTTCACTTTCCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAAATCCTACAGATACAGGGCACCAACATTTTTTCACTTTCCTCA  650

seq1  AAGCAGGGTAACAAGGCACCTTCTTGATGACAAGTGCTTGGGACAGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGGTAACAAGGCACCTTCTTGATGACAAGTGCTTGGGACAGTTAT  700

seq1  TCCAAGGAGATTGTAATCTCATTTTGAGATTAAATGAAACTCATTTTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGAGATTGTAATCTCATTTTGAGATTAAATGAAACTCATTTTGGG  750

seq1  CTGTTGCCCAAAAGACTATGAGGCTAAATGTAGAGAACTGGAGAGCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCCCAAAAGACTATGAGGCTAAATGTAGAGAACTGGAGAGCAGTT  800

seq1  GGAAGTGTGAGAAGGTCAGGGCCTTTAGGATCTGTCGTCTTCTAAATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGTGAGAAGGTCAGGGCCTTTAGGATCTGTCGTCTTCTAAATGCA  850

seq1  CTTCATACTTCAAGAGAGTCTTTGTGCATTTTTCTGTTCCACCAAAGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATACTTCAAGAGAGTCTTTGTGCATTTTTCTGTTCCACCAAAGACT  900

seq1  GTTGGGGGGTTTAACCTTCCCCCTCTCCTTTTCCAGTGCCCCAATT-GGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTGGGGGGTTTAACCTTCCCCCTCTCCTTTTCCAGTGCCCCAATTGGGT  950

seq1  TGCTTCTAGATAAGTTTTCTTCTCACCAGGGTCTACAGTATAGGATAGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAGATAAGTTTTCTTCTCACCAGGGTCTACAGTATAGGATAGTG  1000

seq1  TCTCACTTCCTTA-TTTCCCTTGCATTGGAAAACATATT-CCCTTATGAG  1047
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTCACTTCCTTATTTTCCCTTGCATTGGAAAACATATTCCCCTTATGAG  1050

seq1  AAGGTGTGAGGAATTTGACTCCAAGTGAAGATAAAAAGCTGCCT-AGAAG  1096
      |||  |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||
seq2  AAGTGGTGAGGAAATTGACTCCAAGTGAAGAATAAAAGCTGCCTAAGAAG  1100

seq1  TATAAA-GTGT-CCTCATTATGCTTA  1120
      |||||| |||| |||||| |||||||
seq2  TATAAAGGTGTCCCTCATAATGCTTA  1126

seq1: chr13_76888406_76889512
seq2: B6Ng01-312D18.g_65_1159 (reverse)

seq1  CCCCCACCCCCAAACTGAATCATATCCACTCAGGATCAAACAGGTGAGTT  50
      |||||||||||  |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  CCCCCACCCCCCCACTG-ATCA-ATCCACTCA-GATCAAACAGGTGAGGT  47

seq1  TTAAAAATTTTACTGCTAAAATTTGCAATCTAATGCTTTAAAAGCTGAAG  100
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATTTTACTGCT-AAATTTGC-ATCTAATGCTTTAAAAGCTGAAG  95

seq1  GATTATTTCCTTCACCAATTGTCATAGATGTTGGCTTTTAAGCTGTGTTA  150
          || | | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  ----ATATTCCTCACCAA-TGTCATAGATG-TGGCTTTTAAGCTGTG-TA  138

seq1  CATCATCTTCTTATTTTTTTCTTCCTGTTTTCTTTCTCTGCCAAAT-AAA  199
      ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  CATCATCCTCTTATTTTTTTC-TCCTG-TTTCTTTCTCTGCCAAATAAAA  186

seq1  ATTCTTATTTAGCAAGTACTTATCTGCAAACAACACTTTAAATAGACAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTATTTAGCAAGTACTTATCTGCAAACAACACTTTAAATAGACAAC  236

seq1  TCCTCAGTGTAATTTGGCGAGGGCAA-CCATAGATCTGTTCATCACTCTG  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGTGTAATTTGGCGAGGGCAACCCATAGATCTGTTCATCACTCTG  286

seq1  TTCCGTTAGTTTCTCAGTAAGTAGTTTCATTTAAATGATTATTAGTAAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTTAGTTTCTCAGTAAGTAGTTTCATTTAAATGATTATTAGTAAAT  336

seq1  GTGTTTTGTTTAGACACATGCTATGAGGAAAATATTAACAAAGAGACATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGTTTAGACACATGCTATGAGGAAAATATTAACAAAGAGACATT  386

seq1  AAAAATAAAGTTTTCATAATTATTCAATAGGCACTTAATTCTCTTAATGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAGTTTTCATAATTATTCAATAGGCACTTAATTCTCTTAATGT  436

seq1  TTAAATCTTCAGAATAAGGTGTTTTCTTGAGAAGTATACTTAAAAGCACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTTCAGAATAAGGTGTTTTCTTGAGAAGTATACTTAAAAGCACC  486

seq1  ACTAAAACCTCTAAAAATTATAGGTAGTATAGGTAGTATCTATGTTAGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAACCTCTAAAAATTATAGGTAGTATAGGTAGTATCTATGTTAGAG  536

seq1  AGCAGATAATAGTTAAGATTATGTAAATTAATAATAGGTGTTAGAACACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATAATAGTTAAGATTATGTAAATTAATAATAGGTGTTAGAACACA  586

seq1  GGTAAGGGCCAGTGTACATGTGAATGATGTCATGTTTAAAATACAGTCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGGCCAGTGTACATGTGAATGATGTCATGTTTAAAATACAGTCTC  636

seq1  TCACTGGAGAGATGGCTGAGTGGTTAAGAGCAGTGACTGCTCTTCCAGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGAGAGATGGCTGAGTGGTTAAGAGCAGTGACTGCTCTTCCAGAG  686

seq1  GTCCTGAGTTCAATTCCCAGAAACCACATGGTGGTTCACAACCATCTGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGTTCAATTCCCAGAAACCACATGGTGGTTCACAACCATCTGTA  736

seq1  ATGGAATCAGATTGTACTCCAGAGCTCTACTAATAAAATACGGTCTCTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATCAGATTGTACTCCAGAGCTCTACTAATAAAATACGGTCTCTCA  786

seq1  TATACGGTCACCTACTGCTCTGATTAAACTAGTGCTGAGCCGAGCTCTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACGGTCACCTACTGCTCTGATTAAACTAGTGCTGAGCCGAGCTCTCA  836

seq1  GAGATCTAATGCCACTGTCCTATGAAAAGACCAAGTACTTTGAATTTCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTAATGCCACTGTCCTATGAAAAGACCAAGTACTTTGAATTTCTG  886

seq1  ATATGTTTCCAGGTAACACAGATGCCCCTGCTCCATGGACCACACATTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTTCCAGGTAACACAGATGCCCCTGCTCCATGGACCACACATTTA  936

seq1  TACATGTGCTTTATAGAGGCAGCACATTTCTGAAACAGAGAAGTGACCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGCTTTATAGAGGCAGCACATTTCTGAAACAGAGAAGTGACCAG  986

seq1  AGGTACCATGGGACAGTTATGTTAGGTGTTAGTAAAGAGCAAGTGGCCAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCATGGGACAGTTATGTTAGGTGTTAGTAAAGAGCAAGTGGCCAC  1036

seq1  AGGTACCAGGAGACATGAATGTTAGTATTAGGTTTCAGGATGCTTTAACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCAGGAGACATGAATGTTAGTATTAGGTTTCAGGATGCTTTAACT  1086

seq1  GTGGAATTC  1107
      |||||||||
seq2  GTGGAATTC  1095