BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313E16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 111,700,775 - 111,781,808
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668159
Upstream genePde4d, LOC100040577, Rab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2, LOC100040614
Downstream gene4732495G21Rik, LOC100040640, EG621953, Gpbp1, LOC100040666, Mier3, Map3k1, LOC668181
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313E16.bB6Ng01-313E16.g
ACCGA104546GA104547
length4351,125
definitionB6Ng01-313E16.b B6Ng01-313E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,700,775 - 111,701,215)(111,780,676 - 111,781,808)
sequence
tattattttgcctgtatgcctgtgtcatctctctacaaaaactacaagta
ctttaaaacaggaactggtcttgcagttaaacggcatgccctgaaaaggg
acaaacagggtatgttactgtgaaaatacaatgttcactctatagaatct
tgggcaacttgtgcaaactcttccatcccaggtttccctctttaaaacaa
tgaataacaaggcatggcattatcagctagaaatcttcaaggactttatg
gttttgattcaacatagaagatttttaaaaagtataggatttactccaga
aagacattaaaactttggcggctgcataaaggctatcagtggaaagagag
gcccattggtcgtgcaaactttatatgcctcattataggggaatgccaag
gccaagaagtgggagtgtgtgggtaggggagtggg
gaattcagttggcagctactggagcaagttccctatgctgtggtgaccag
cgtgtctgagtttggtgaggcagtgtacccaaatgtacaagatacatgga
gcaggcttcttgctcatacaccagcaggagaggaccatgaaaacccagga
tttagtgtggttgttcaagtctcaagaaagttaccttgcttggggtgact
gagactctcacactcacgccatgctccagaaaggcagcatgctctggatt
catactctggggtcacgtgacccatgggctaaaatttagaagggacattc
ctgtgggcaccagaacagtaccaaggctgttcttaccagtgtttccatgt
aacttacttgttaacttgtgttcccattttttcatgttctagaatcaaag
ctcttgtcccctgattggagcaaaatttaataagtaggtctctcagcaac
ctatttatgaaaaattaggaattactcaacaatactgtgaaaaaaatcag
ctcatgacgaacagctaggatagctttgaaagcataaagtgtttggagtt
gattttaggatgagtcacacaataattgcacccaattattcacaaatgca
aaggagttagaatttaagaaaaaaaaacctgacgtcaacattaaatgaat
acaagttgtgaatcatgcctacactatgttctcatataacatcaaccttt
tgctttttggtgaagatacactaaagggaaattttccatctgcctcagct
ttgtcagcaccacagtgacagttttcagagcacagcggtgatgtgcagag
ttcttatttcattgtgtgggaagctacagtttgtttcagttagctgaaaa
acaattgtgtgtctgagataatctagaagtctgtacatgagtcaaaggat
catatttcaaaggctaccacccaggaacctcatagaagtatgcatcccca
aatctaacgttgaatgtgtgcattcatgcagttcacatgaacgctgactc
tccctcagtatgacatgatatagtggacagtcatatgccacttaatgtgt
gcagggactgagttacaatgacgagtagaagacaatgagcactgcctgta
tgagctcatgagtagcagaaaaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_111700775_111701215
seq2: B6Ng01-313E16.b_49_489

seq1  GAATTCTATTATTTTGCCTGTATGCCTGTGTCATCTCTCTACAAAAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTATTTTGCCTGTATGCCTGTGTCATCTCTCTACAAAAACTA  50

seq1  CAAGTACTTTAAAACAGGAACTGGTCTTGCAGTTAAACGGCATGCCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACTTTAAAACAGGAACTGGTCTTGCAGTTAAACGGCATGCCCTGA  100

seq1  AAAGGGACAAACAGGGTATGTTACTGTGAAAATACAATGTTCACTCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGACAAACAGGGTATGTTACTGTGAAAATACAATGTTCACTCTATA  150

seq1  GAATCTTGGGCAACTTGTGCAAACTCTTCCATCCCAGGTTTCCCTCTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTGGGCAACTTGTGCAAACTCTTCCATCCCAGGTTTCCCTCTTTA  200

seq1  AAACAATGAATAACAAGGCATGGCATTATCAGCTAGAAATCTTCAAGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGAATAACAAGGCATGGCATTATCAGCTAGAAATCTTCAAGGAC  250

seq1  TTTATGGTTTTGATTCAACATAGAAGATTTTTAAAAAGTATAGGATTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGTTTTGATTCAACATAGAAGATTTTTAAAAAGTATAGGATTTAC  300

seq1  TCCAGAAAGACATTAAAACTTTGGCGGCTGCATAAAGGCTATCAGTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAAGACATTAAAACTTTGGCGGCTGCATAAAGGCTATCAGTGGAA  350

seq1  AGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAAACTTTATATGCCTCATTATAGGGGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAAACTTTATATGCCTCATTATAGGGGAAT  400

seq1  GCCAAGGCCAAGAAGTGGGAGTGTGTGGGTAGGGGAGTGGG  441
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCCAAGAAGTGGGAGTGTGTGGGTAGGGGAGTGGG  441

seq1: chr13_111780676_111781808
seq2: B6Ng01-313E16.g_66_1190 (reverse)

seq1  GCCTTTTCTGCTACTTCATGAGCTTCATACAAGCAGTGCTCATTTGTCTT  50
      |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||
seq2  GCCTTTTCTGCTAC-TCATGAGC-TCATACAGGCAGTGCTCA-TTGTCTT  47

seq1  CTAACTCGTCATTGTAACTCAGTCCTTGGCACACATTAAGTGGCATATGA  100
      || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  CT-ACTCGTCATTGTAACTCAGTCCCT-GCACACATTAAGTGGCATATGA  95

seq1  CTGTCCAACTATTATTCATGTTCATACTGAGGGAGAGTCAGCGTTCATGT  150
      |||||| |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCC-ACTAT--ATCATG-TCATACTGAGGGAGAGTCAGCGTTCATGT  141

seq1  GAACTGCATGAATGCACACATTC-ACGTTAGATTTGGGGGATGCATACTT  199
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAACTGCATGAATGCACACATTCAACGTTAGATTT-GGGGATGCATACTT  190

seq1  CTATGAGGTTCCTGGGTGGTAGCCTTTG-AATATGATCCTTTGACTCATG  248
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGGTTCCTGGGTGGTAGCCTTTGAAATATGATCCTTTGACTCATG  240

seq1  TACAGACTTCTAGATTATCTCAGACACACAATTGTTTTTCAGCTAACTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACTTCTAGATTATCTCAGACACACAATTGTTTTTCAGCTAACTGA  290

seq1  AACAAACTGTAGCTTCCCACACAATGAAATAAGAACTCTGCACATCACCG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTGTAGCTTCCCACACAATGAAATAAGAACTCTGCACATCACCG  340

seq1  CTGTGCTCTGAAAACTGTCACTGTGGTGCTGACAAAGCTGAGGCAGATGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCTGAAAACTGTCACTGTGGTGCTGACAAAGCTGAGGCAGATGG  390

seq1  AAAATTTCCCTTTAGTGTATCTTCACCAAAAAGCAAAAGGTTGATGTTAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCCCTTTAGTGTATCTTCACCAAAAAGCAAAAGGTTGATGTTAT  440

seq1  ATGAGAACATAGTGTAGGCATGATTCACAACTTGTATTCATTTAATGTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAACATAGTGTAGGCATGATTCACAACTTGTATTCATTTAATGTTG  490

seq1  ACGTCAGGTTTTTTTTTCTTAAATTCTAACTCCTTTGCATTTGTGAATAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCAGGTTTTTTTTTCTTAAATTCTAACTCCTTTGCATTTGTGAATAA  540

seq1  TTGGGTGCAATTATTGTGTGACTCATCCTAAAATCAACTCCAAACACTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGCAATTATTGTGTGACTCATCCTAAAATCAACTCCAAACACTTT  590

seq1  ATGCTTTCAAAGCTATCCTAGCTGTTCGTCATGAGCTGATTTTTTTCACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCAAAGCTATCCTAGCTGTTCGTCATGAGCTGATTTTTTTCACA  640

seq1  GTATTGTTGAGTAATTCCTAATTTTTCATAAATAGGTTGCTGAGAGACCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTTGAGTAATTCCTAATTTTTCATAAATAGGTTGCTGAGAGACCT  690

seq1  ACTTATTAAATTTTGCTCCAATCAGGGGACAAGAGCTTTGATTCTAGAAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTAAATTTTGCTCCAATCAGGGGACAAGAGCTTTGATTCTAGAAC  740

seq1  ATGAAAAAATGGGAACACAAGTTAACAAGTAAGTTACATGGAAACACTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAATGGGAACACAAGTTAACAAGTAAGTTACATGGAAACACTGG  790

seq1  TAAGAACAGCCTTGGTACTGTTCTGGTGCCCACAGGAATGTCCCTTCTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACAGCCTTGGTACTGTTCTGGTGCCCACAGGAATGTCCCTTCTAA  840

seq1  ATTTTAGCCCATGGGTCACGTGACCCCAGAGTATGAATCCAGAGCATGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGCCCATGGGTCACGTGACCCCAGAGTATGAATCCAGAGCATGCT  890

seq1  GCCTTTCTGGAGCATGGCGTGAGTGTGAGAGTCTCAGTCACCCCAAGCAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTGGAGCATGGCGTGAGTGTGAGAGTCTCAGTCACCCCAAGCAA  940

seq1  GGTAACTTTCTTGAGACTTGAACAACCACACTAAATCCTGGGTTTTCATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTTTCTTGAGACTTGAACAACCACACTAAATCCTGGGTTTTCATG  990

seq1  GTCCTCTCCTGCTGGTGTATGAGCAAGAAGCCTGCTCCATGTATCTTGTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTCCTGCTGGTGTATGAGCAAGAAGCCTGCTCCATGTATCTTGTA  1040

seq1  CATTTGGGTACACTGCCTCACCAAACTCAGACACGCTGGTCACCACAGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGGTACACTGCCTCACCAAACTCAGACACGCTGGTCACCACAGCA  1090

seq1  TAGGGAACTTGCTCCAGTAGCTGCCAACTGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAACTTGCTCCAGTAGCTGCCAACTGAATTC  1125