BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314A18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 19,684,132 - 19,844,449
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpdr1, Sfrp4, Txndc3, A530099J19Rik, Gpr141
Upstream geneVps41, Amph, LOC624044, Tcrg-V4, LOC624071, Tcrg, Tcrg-C, Stard3nl
Downstream geneLOC432730, Elmo1, LOC100040226, LOC665381, LOC665386
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314A18.bB6Ng01-314A18.g
ACCGA105094GA105095
length1,1371,118
definitionB6Ng01-314A18.b B6Ng01-314A18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,843,325 - 19,844,449)(19,684,132 - 19,685,257)
sequence
gaattcctcttgtgaccctatactggcacaccacttaacatcgatttact
tcatagtgctcattggaggactggtaggcctcatctccatcctgttcttg
ctggtgaaaatgaactcacgttcagtgaccaccatggctgtcatcaacct
cgtggtggttcatggggtcttcctactgacggtgcctttccgcttggcat
acctcatcaaagggacttggacgtttggattacccttctgcaaatttgtg
agtgccatgttacatatccacatgtacctcacgttcctcttctacgtggt
gatactagtcatcagatacctcatcttcttcaagcgtagagacaaagtag
aattctatagaaaattgcatgcagttgctgcaagttctgccatgtggctt
ctggtgattgttattgttgtgcccttggtggtttctcagtatggaaatag
cgaagaatacaatgagcaacagtgctttagattccataaagaacttggcc
atgattctgtgcgagttatcaactatatgatagtcattgttgtcatagct
gttgcgttgattctcttgggtttccaggtcttcatcacattgtccatggt
gcggaagtttcgccactccttactatcccaccaggagttctgggcacaac
tgaaaaatcttttctttataggtatcattattatttgttttcttccctac
cagttcttcaggatttattacttgtatgttgtggcacattccaagagctg
taaaaacaaagttgcattttacaatgaaatcctattgagcacaacagcca
tcagctgctgtgatttgctgctttttgtctttggaggaagccattgggtt
aagcaaaagattgtcgacatgtggaattgcctcttatgccattagccaag
attaccatattcttttcttcctgttgggaattggaatcagcaaaggagct
aagaatgatttttcattgcttcattgaaacctgggccttgggcccaccaa
acaaaggaataagagtgtccagtgctctactcaacgcctgataaaaatac
ctgttggtggtggggaaaggtgttccaatgcaaagatgagtttgtagtga
aaccttatacgaattggcctgtattggcattattttt
gaattcaggcgagggaacagctcacagaggtcacatgtgagctgaccttg
gaagcatgagccgtagtcatatagacacagttgtgttgaaagagtttcag
gaaaggaaaggcaagggctactagcctagtgcatttaatacgtaaaagat
tagagtagcagagacttcttggccttacttgggggcctcccaggtcagtg
ctattttggaagcctggttgcccactagaaaagacatgaaggttcagcag
agcggtcagtactcttgcacacagagcagcacacgggactcttcatttca
tctcacgtgtaaatactaagattgtccaagcctccctcttaaaacttcct
ttccctttagaggaatcattacttcgtattaaaagtttctacttccttgt
agaatatctacatccagtgggccatggcacaaaatttaagtctagaaaga
atcttaaaggctcatcttatagtaaccagaggcagggggtggtgtcactg
ggagctcttgcttccctggtgcagacaagcaagggactttctttgtaagg
ggagaactgaacaaaagcattctatatcttattatcaccttcgattctta
ttggcaataataaaagtctcaccctgcagaggcaaactccttgtgctgac
cccacccccgccctttcctactctatggcactgactacccacctgctcac
agaaaggatggcccctttccttctcaaaacagagctgagcagccacagtc
agatgtacaagcaagcccacatagggtttatcttcctaaaattagcttta
ttttcagtgaagagttactttcaaactagtctctaatccattgccataca
aggtcactaagagctgaggttgggttcagttcggcgagttcacaaggagc
agccgtcactcatcttctctggctgcgctgcctggcatgtgcttgggtgg
ggtgacacagaggggtccttatgcctagctgcacatcaaagaaccgcgtg
gacatgaccacagtgtagtttcctgatgagtctcctgaccggaataacat
ccctgctgtaataaacgcccgatccaggttcatctgagagcaaaagttga
acttcagagagcacacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_19843325_19844449
seq2: B6Ng01-314A18.b_45_1181 (reverse)

seq1  AAAAATAATG-CAATACAG--CAATTCCGTATA--GGTTCACTAC-AACT  44
      |||||||||| ||||||||  ||||| ||||||  | |||||||| ||||
seq2  AAAAATAATGCCAATACAGGCCAATT-CGTATAAGGTTTCACTACAAACT  49

seq1  CATCTTTGCAT--GGACACCTTCCCACA----CAACAGGTA-TTTTATCA  87
      |||||||||||  | ||||||| || ||    ||||||||| ||||||||
seq2  CATCTTTGCATTGGAACACCTTTCCCCACCACCAACAGGTATTTTTATCA  99

seq1  GGCG-TGAGTAGAGCACTTGGACACTCTTTATTCCTTTTGTTTGGTTGGG  136
      |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| || 
seq2  GGCGTTGAGTAGAGCAC-TGGACACTC-TTATTCC-TTTGTTTGGTGGGC  146

seq1  CCAAGG-CCAGGTTTCAATGAAGCAATGAAAAATCATTCTTAGCTCC-TT  184
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAAGGCCCAGGTTTCAATGAAGCAATGAAAAATCATTCTTAGCTCCTTT  196

seq1  GCTGATTCCAATTCCCAACAGGAAGAAAAGAATATGGTAATCTTGGCTAA  234
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTCCAATTCCCAACAGGAAGAAAAGAATATGGTAATCTTGGCTAA  246

seq1  TGGCATAAGAGGCAATTCCACATGTCGACAATCTTTTGCTTAACCCAATG  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAAGAGGCAATTCCACATGTCGACAATCTTTTGCTTAACCCAATG  296

seq1  GCTTCCTCCAAAGACAAAAAGCAGCAAATCACAGCAGCTGATGGCTGTTG  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTCCAAAGACAAAAAGCAGCAAATCACAGCAGCTGATGGCTGTTG  346

seq1  TGCTCAATAGGATTTCATTGTAAAATGCAACTTTGTTTTTACAGCTCTTG  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAATAGGATTTCATTGTAAAATGCAACTTTGTTTTTACAGCTCTTG  396

seq1  GAATGTGCCACAACATACAAGTAATAAATCCTGAAGAACTGGTAGGGAAG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCCACAACATACAAGTAATAAATCCTGAAGAACTGGTAGGGAAG  446

seq1  AAAACAAATAATAATGATACCTATAAAGAAAAGATTTTTCAGTTGTGCCC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAATAATAATGATACCTATAAAGAAAAGATTTTTCAGTTGTGCCC  496

seq1  AGAACTCCTGGTGGGATAGTAAGGAGTGGCGAAACTTCCGCACCATGGAC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCCTGGTGGGATAGTAAGGAGTGGCGAAACTTCCGCACCATGGAC  546

seq1  AATGTGATGAAGACCTGGAAACCCAAGAGAATCAACGCAACAGCTATGAC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGATGAAGACCTGGAAACCCAAGAGAATCAACGCAACAGCTATGAC  596

seq1  AACAATGACTATCATATAGTTGATAACTCGCACAGAATCATGGCCAAGTT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGACTATCATATAGTTGATAACTCGCACAGAATCATGGCCAAGTT  646

seq1  CTTTATGGAATCTAAAGCACTGTTGCTCATTGTATTCTTCGCTATTTCCA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGAATCTAAAGCACTGTTGCTCATTGTATTCTTCGCTATTTCCA  696

seq1  TACTGAGAAACCACCAAGGGCACAACAATAACAATCACCAGAAGCCACAT  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGAAACCACCAAGGGCACAACAATAACAATCACCAGAAGCCACAT  746

seq1  GGCAGAACTTGCAGCAACTGCATGCAATTTTCTATAGAATTCTACTTTGT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAACTTGCAGCAACTGCATGCAATTTTCTATAGAATTCTACTTTGT  796

seq1  CTCTACGCTTGAAGAAGATGAGGTATCTGATGACTAGTATCACCACGTAG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACGCTTGAAGAAGATGAGGTATCTGATGACTAGTATCACCACGTAG  846

seq1  AAGAGGAACGTGAGGTACATGTGGATATGTAACATGGCACTCACAAATTT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAACGTGAGGTACATGTGGATATGTAACATGGCACTCACAAATTT  896

seq1  GCAGAAGGGTAATCCAAACGTCCAAGTCCCTTTGATGAGGTATGCCAAGC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGGGTAATCCAAACGTCCAAGTCCCTTTGATGAGGTATGCCAAGC  946

seq1  GGAAAGGCACCGTCAGTAGGAAGACCCCATGAACCACCACGAGGTTGATG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGCACCGTCAGTAGGAAGACCCCATGAACCACCACGAGGTTGATG  996

seq1  ACAGCCATGGTGGTCACTGAACGTGAGTTCATTTTCACCAGCAAGAACAG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATGGTGGTCACTGAACGTGAGTTCATTTTCACCAGCAAGAACAG  1046

seq1  GATGGAGATGAGGCCTACCAGTCCTCCAATGAGCACTATGAAGTAAATCG  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGATGAGGCCTACCAGTCCTCCAATGAGCACTATGAAGTAAATCG  1096

seq1  ATGTTAAGTGGTGTGCCAGTATAGGGTCACAAGAGGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAGTGGTGTGCCAGTATAGGGTCACAAGAGGAATTC  1137

seq1: chr13_19684132_19685257
seq2: B6Ng01-314A18.g_66_1183

seq1  GAATTCAGGCGAGGGAACAGCTCACAGAGGTCACATGTGAGCTGACCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCGAGGGAACAGCTCACAGAGGTCACATGTGAGCTGACCTTG  50

seq1  GAAGCATGAGCCGTAGTCATATAGACACAGTTGTGTTGAAAGAGTTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATGAGCCGTAGTCATATAGACACAGTTGTGTTGAAAGAGTTTCAG  100

seq1  GAAAGGAAAGGCAAGGGCTACTAGCCTAGTGCATTTAATACGTAAAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAAGGCAAGGGCTACTAGCCTAGTGCATTTAATACGTAAAAGAT  150

seq1  TAGAGTAGCAGAGACTTCTTGGCCTTACTTGGGGGCCTCCCAGGTCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAGCAGAGACTTCTTGGCCTTACTTGGGGGCCTCCCAGGTCAGTG  200

seq1  CTATTTTGGAAGCCTGGTTGCCCACTAGAAAAGACATGAAGGTTCAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTGGAAGCCTGGTTGCCCACTAGAAAAGACATGAAGGTTCAGCAG  250

seq1  AGCGGTCAGTACTCTTGCACACAGAGCAGCACACGGGACTCTTCATTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTCAGTACTCTTGCACACAGAGCAGCACACGGGACTCTTCATTTCA  300

seq1  TCTCACGTGTAAATACTAAGATTGTCCAAGCCTCCCTCTTAAAACTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACGTGTAAATACTAAGATTGTCCAAGCCTCCCTCTTAAAACTTCCT  350

seq1  TTCCCTTTAGAGGAATCATTACTTCGTATTAAAAGTTTCTACTTCCTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTAGAGGAATCATTACTTCGTATTAAAAGTTTCTACTTCCTTGT  400

seq1  AGAATATCTACATCCAGTGGGCCATGGCACAAAATTTAAGTCTAGAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATCTACATCCAGTGGGCCATGGCACAAAATTTAAGTCTAGAAAGA  450

seq1  ATCTTAAAGGCTCATCTTATAGTAACCAGAGGCAGGGGGTGGTGTCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAAAGGCTCATCTTATAGTAACCAGAGGCAGGGGGTGGTGTCACTG  500

seq1  GGAGCTCTTGCTTCCCTGGTGCAGACAAGCAAGGGACTTTCTTTGTAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCTTGCTTCCCTGGTGCAGACAAGCAAGGGACTTTCTTTGTAAGG  550

seq1  GGAGAACTGAACAAAAGCATTCTATATCTTATTATCACCTTCGATTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACTGAACAAAAGCATTCTATATCTTATTATCACCTTCGATTCTTA  600

seq1  TTGGCAATAATAAAAGTCTCACCCTGCAGAGGCAAACTCCTTGTGCTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAATAATAAAAGTCTCACCCTGCAGAGGCAAACTCCTTGTGCTGAC  650

seq1  CCCACCCCCGCCCTTTCCTACTCTATGGCACTGACTACCCACCTGCTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCGCCCTTTCCTACTCTATGGCACTGACTACCCACCTGCTCAC  700

seq1  AGAAAGGATGGCCCCTTTCCTTCTCAAAACAGAGCTGAGCAGCCACAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGATGGCCCCTTTCCTTCTCAAAACAGAGCTGAGCAGCCACAGTC  750

seq1  AGATGTACAAGCAAGCCCACATAGGGTTTATCTTCCTAAAATTAGCTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTACAAGCAAGCCCACATAGGGTTTATCTTCCTAAAATTAGCTTTA  800

seq1  TTTTCAGTGAAGAGTTACTTTCAAACTAGTCTCTAATCCATTGCCATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTGAAGAGTTACTTTCAAACTAGTCTCTAATCCATTGCCATACA  850

seq1  AGGTCACTAAGAGCTGAGGTTGGGTTCAGTTCGGCGAGTTCACAAGGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACTAAGAGCTGAGGTTGGGTTCAGTTCGGCGAGTTCACAAGGAGC  900

seq1  AGCCGTCACTCATCTTCTCTGGCTGCGCTGCCTGGCATGTGCTT-GGTGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGCCGTCACTCATCTTCTCTGGCTGCGCTGCCTGGCATGTGCTTGGGTGG  950

seq1  GGTGAACACAGAGGGGTCCTTAATGCCTAGCTGCACATCAAAGAACCGCG  999
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTG-ACACAGAGGGGTCCTT-ATGCCTAGCTGCACATCAAAGAACCGCG  998

seq1  TGGACATGACCACAGTGTAG-TTCCTGATGAAGGTCTCCTGGACCGG-AT  1047
      |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||| ||
seq2  TGGACATGACCACAGTGTAGTTTCCTGATGA--GTCTCCT-GACCGGAAT  1045

seq1  AACAATCCTTGGCTGT-ATAAACG-CCGATCCAAGTTTCATCTAAAGAGG  1095
      ||||  |||  ||||| ||||||| ||||||| || |||||||  |||| 
seq2  AACATCCCT--GCTGTAATAAACGCCCGATCC-AGGTTCATCT-GAGAGC  1091

seq1  AAAAAGGTTGACCTTTTCAGAGAGCACACAG  1126
      ||||  ||||| |  ||||||||||||||||
seq2  AAAA--GTTGAAC--TTCAGAGAGCACACAG  1118