BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315E02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,201,744 - 45,341,513
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039502, LOC667204
Upstream geneA730030A06, EG637868, EG667157, Jarid2, Dtnbp1, Hsp25-ps1
Downstream geneLOC100039533, Mylip, Gmpr, Atxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315E02.bB6Ng01-315E02.g
ACCGA105953GA105954
length7111,168
definitionB6Ng01-315E02.b B6Ng01-315E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,340,803 - 45,341,513)(45,201,744 - 45,202,905)
sequence
gaattccaggaaccctctctgggtcacctgagccctttgtccattgtttc
caatcagctactggatttaactggtctcaggaattttccttttagcagag
ggaagggcagtggaggacctatctttccttctagcagagggaagggcagt
ggaggacctacctttccttttagcagcgggaggagcagcagaggacctat
ctatctttgagctcccttggtataaaaagagtcatcagcgtttctcagga
actcctgatcccaaagatcccagttcccggaactttaataactccccaga
gattcgaggtcagcaggccatcttcctttctccttctcttgccgaaaact
gctgccaaccatagccttagctctgccttcctcctccagcctccagtgtt
tgcttcagctccatctagtcagaggaattttaggatgtctgttctcactt
caacataataaacatccatcccatagtatcatagttctctagggaactcc
aacctaatatctaattaagccttgttggggtataatttttttttctggca
attttaagctaaacagatagagaaacaataggtaaagactagaaaggttc
accccagcaaaccatgccaaagcacaggcctaattacagggaagtggtaa
tttgccttcatcgcttcataaaattatttccgtgtgtgttgcacgctggg
ggggggagggg
gaattctgggtcaaataatgaataattccatgaagacgcactcagtggaa
cctgtgaatgcgagattatttggaaaagttgtctctgtagatgcaagtgt
taaggacgtgagaacctgctgggttacagtcgttcttaaccccaataaca
agtgtttgtataagagaaaaaaaactagaataagacccagaggagagggt
gtcgaattttatagctgcttcctccaggctgaaacatttcctcatgggag
gagagggaagggtcacagctcatgaaacttaaaagaaacttataagatgt
atgggtcccctcagggagttatgtaagcagtaggcacatgctagagaaga
ggagagtcttcagtggtatcattgcctacaggctgcccagggcactctca
tgatgtaggtacccaagtcacctatgaccataagagattcattgcctcac
caagatgggtctaggtgagctctcaatgtgaggtgaatagatatttgttc
atgttaccccaggaaacgtgaactaccgctcccaggtataccagaagctg
gacagagtcaagaaaggatctctcctatggcctttgctgggtgggctgca
ctgctaaaaccttgactttggacttgaaccttccagtgctgtgagtatct
gctgttgtaagtagcctagcttattagtctgtcagccctggcaaacaaat
gtacagtggcggggtcagaggttccactcatccaacgtcacaagacccac
tctctttcatcttgagcttcccttattaatttgtaacagctacctgaaaa
tctccaacgtggtcaactctacattactaaagcactcatctttcctctag
gaagcacaaattccagaagtatggtcatatttgtaaacccgtacccccac
cttgagaatttctattacttgttacaagatcactctagtgtcttcatcaa
cagctttctattttgtccatgtgtgaggatgggcagatgaacataatgcc
catggatgcccgaggcattggatgcccctgaagctgagttattagggcag
ttatatagagtatagtgcccagcactgattttgtgttcttgcaagaagcc
tgttttatgctctagcctgcctaagcctgtatctttgcaatcctgaagga
accttatttttaatatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45340803_45341513
seq2: B6Ng01-315E02.b_49_759 (reverse)

seq1  CCCCTCCCCCCCCCAGCGTGCAACACACACGGAAATAATTTTATGAAGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCCCCCCAGCGTGCAACACACACGGAAATAATTTTATGAAGCG  50

seq1  ATGAAGGCAAATTACCACTTCCCTGTAATTAGGCCTGTGCTTTGGCATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGCAAATTACCACTTCCCTGTAATTAGGCCTGTGCTTTGGCATGG  100

seq1  TTTGCTGGGGTGAACCTTTCTAGTCTTTACCTATTGTTTCTCTATCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGGGGTGAACCTTTCTAGTCTTTACCTATTGTTTCTCTATCTGTT  150

seq1  TAGCTTAAAATTGCCAGAAAAAAAAATTATACCCCAACAAGGCTTAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTAAAATTGCCAGAAAAAAAAATTATACCCCAACAAGGCTTAATTA  200

seq1  GATATTAGGTTGGAGTTCCCTAGAGAACTATGATACTATGGGATGGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTAGGTTGGAGTTCCCTAGAGAACTATGATACTATGGGATGGATGT  250

seq1  TTATTATGTTGAAGTGAGAACAGACATCCTAAAATTCCTCTGACTAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATGTTGAAGTGAGAACAGACATCCTAAAATTCCTCTGACTAGATG  300

seq1  GAGCTGAAGCAAACACTGGAGGCTGGAGGAGGAAGGCAGAGCTAAGGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAAGCAAACACTGGAGGCTGGAGGAGGAAGGCAGAGCTAAGGCTA  350

seq1  TGGTTGGCAGCAGTTTTCGGCAAGAGAAGGAGAAAGGAAGATGGCCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGCAGCAGTTTTCGGCAAGAGAAGGAGAAAGGAAGATGGCCTGCT  400

seq1  GACCTCGAATCTCTGGGGAGTTATTAAAGTTCCGGGAACTGGGATCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCGAATCTCTGGGGAGTTATTAAAGTTCCGGGAACTGGGATCTTTG  450

seq1  GGATCAGGAGTTCCTGAGAAACGCTGATGACTCTTTTTATACCAAGGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGGAGTTCCTGAGAAACGCTGATGACTCTTTTTATACCAAGGGAG  500

seq1  CTCAAAGATAGATAGGTCCTCTGCTGCTCCTCCCGCTGCTAAAAGGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGATAGATAGGTCCTCTGCTGCTCCTCCCGCTGCTAAAAGGAAAG  550

seq1  GTAGGTCCTCCACTGCCCTTCCCTCTGCTAGAAGGAAAGATAGGTCCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTCCTCCACTGCCCTTCCCTCTGCTAGAAGGAAAGATAGGTCCTCC  600

seq1  ACTGCCCTTCCCTCTGCTAAAAGGAAAATTCCTGAGACCAGTTAAATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCTTCCCTCTGCTAAAAGGAAAATTCCTGAGACCAGTTAAATCCA  650

seq1  GTAGCTGATTGGAAACAATGGACAAAGGGCTCAGGTGACCCAGAGAGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGATTGGAAACAATGGACAAAGGGCTCAGGTGACCCAGAGAGGGT  700

seq1  TCCTGGAATTC  711
      |||||||||||
seq2  TCCTGGAATTC  711

seq1: chr13_45201744_45202905
seq2: B6Ng01-315E02.g_66_1233

seq1  GAATTCTGGGTCAAATAATGAATAATTCCATGAAGACGCACTCAGTGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTCAAATAATGAATAATTCCATGAAGACGCACTCAGTGGAA  50

seq1  CCTGTGAATGCGAGATTATTTGGAAAAGTTGTCTCTGTAGATGCAAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAATGCGAGATTATTTGGAAAAGTTGTCTCTGTAGATGCAAGTGT  100

seq1  TAAGGACGTGAGAACCTGCTGGGTTACAGTCGTTCTTAACCCCAATAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGACGTGAGAACCTGCTGGGTTACAGTCGTTCTTAACCCCAATAACA  150

seq1  AGTGTTTGTATAAGAGAAAAAAAACTAGAATAAGACCCAGAGGAGAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTGTATAAGAGAAAAAAAACTAGAATAAGACCCAGAGGAGAGGGT  200

seq1  GTCGAATTTTATAGCTGCTTCCTCCAGGCTGAAACATTTCCTCATGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGAATTTTATAGCTGCTTCCTCCAGGCTGAAACATTTCCTCATGGGAG  250

seq1  GAGAGGGAAGGGTCACAGCTCATGAAACTTAAAAGAAACTTATAAGATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGAAGGGTCACAGCTCATGAAACTTAAAAGAAACTTATAAGATGT  300

seq1  ATGGGTCCCCTCAGGGAGTTATGTAAGCAGTAGGCACATGCTAGAGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCCCCTCAGGGAGTTATGTAAGCAGTAGGCACATGCTAGAGAAGA  350

seq1  GGAGAGTCTTCAGTGGTATCATTGCCTACAGGCTGCCCAGGGCACTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTCTTCAGTGGTATCATTGCCTACAGGCTGCCCAGGGCACTCTCA  400

seq1  TGATGTAGGTACCCAAGTCACCTATGACCATAAGAGATTCATTGCCTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAGGTACCCAAGTCACCTATGACCATAAGAGATTCATTGCCTCAC  450

seq1  CAAGATGGGTCTAGGTGAGCTCTCAATGTGAGGTGAATAGATATTTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGGTCTAGGTGAGCTCTCAATGTGAGGTGAATAGATATTTGTTC  500

seq1  ATGTTACCCCAGGAAACGTGAACTACCGCTCCCAGGTATACCAGAAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACCCCAGGAAACGTGAACTACCGCTCCCAGGTATACCAGAAGCTG  550

seq1  GACAGAGTCAAGAAAGGATCTCTCCTATGGCCTTTGCTGGGTGGGCTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGTCAAGAAAGGATCTCTCCTATGGCCTTTGCTGGGTGGGCTGCA  600

seq1  CTGCTAAAACCTTGACTTTGGACTTGAACCTTCCAGTGCTGTGAGTATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAAACCTTGACTTTGGACTTGAACCTTCCAGTGCTGTGAGTATCT  650

seq1  GCTGTTGTAAGTAGCCTAGCTTATTAGTCTGTCAGCCCTGGCAAACAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGTAAGTAGCCTAGCTTATTAGTCTGTCAGCCCTGGCAAACAAAT  700

seq1  GTACAGTGGCGGGGTCAGAGGTTCCACTCATCCAACGTCACAAGACCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTGGCGGGGTCAGAGGTTCCACTCATCCAACGTCACAAGACCCAC  750

seq1  TCTCTTTCATCTTGAGCTTCCCTTATTAATTTGTAACAGCTACCTGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCATCTTGAGCTTCCCTTATTAATTTGTAACAGCTACCTGAAAA  800

seq1  TCTCCAACGTGGTCAACTCTACATTACTAAAGCACTCATCTTTCCTCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAACGTGGTCAACTCTACATTACTAAAGCACTCATCTTTCCTCTAG  850

seq1  GAAGCACAAATTCCAGAAGTATGGTCATATTTGTAAACCCGTACCCCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACAAATTCCAGAAGTATGGTCATATTTGTAAACCCGTACCCCCAC  900

seq1  CTTGAGAA-TTCTATTACTTGTTACAAAGATCACTCTAGTGTCTTCATCA  949
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAATTTCTATTACTTGTTAC-AAGATCACTCTAGTGTCTTCATCA  949

seq1  ACAGCTTTCTATTTTGTCCATGTGTGAGGATGGGCAGATGAACATAAATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACAGCTTTCTATTTTGTCCATGTGTGAGGATGGGCAGATGAACAT-AATG  998

seq1  CCCATGGATGCCCGAGGCATTGGATGCCCCTGAAGCTGAAGTTAT--AGG  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||
seq2  CCCATGGATGCCCGAGGCATTGGATGCCCCTGAAGCTG-AGTTATTAGGG  1047

seq1  CAGTTATATAGAAGTTATAGTGCCAGGAATTGAATTTGTGTCCTTTGCAA  1097
      ||||||||||||   |||||||||  | | ||| ||||||| | ||||||
seq2  CAGTTATATAGA--GTATAGTGCCCAGCACTGATTTTGTGTTC-TTGCAA  1094

seq1  GA--GCTG-TTTATGCTCTTAGCTGC--TAGGCTGTATCTTTGCTAT-CT  1141
      ||   ||| ||||||||||   ||||   || |||||||||||| || ||
seq2  GAAGCCTGTTTTATGCTCTAGCCTGCCTAAGCCTGTATCTTTGCAATCCT  1144

seq1  GAAGGA--CTTATTTTT-ATATCC  1162
      ||||||  ||||||||| ||||||
seq2  GAAGGAACCTTATTTTTAATATCC  1168