BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319I16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 16,430,157 - 16,540,421
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG625121, Gli3, LOC665157, Inhba, LOC625181
Downstream geneLOC665191, 5033411D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319I16.bB6Ng01-319I16.g
ACCGA109143GA109144
length1,1501,221
definitionB6Ng01-319I16.b B6Ng01-319I16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,430,157 - 16,431,306)(16,539,198 - 16,540,421)
sequence
gaattctctttcaatgcatggctgccaagtagatgagcaaccccatgaca
gcagcagataaagcatggtctctaagtatcattagaggatactgagatga
gcacagattgatgtgttggaaggcacatgttgacaggacagatgacttta
agccccttcccaaggccaaggagctgtcctttgtctgagggttatggtaa
cgagggaacttctgattagacaaactcatgtaattgctcactggacctaa
gaaagatcaacatgaacaggctccctgattctccagtgcaagttatagaa
ttcagttttaagcattatttctgttgtcacacaaatgtagctgcttgcat
ccagagactaggaatgcatgtctcaaccctttgtactgttcttctaacaa
ggatctggaccacataggaagctgagacacttggtttaatcttcatcatt
ttctcttagatgagatttaatagccagtactgccaacccatgactctcat
ttctttctcatctttcccattgccttgactcatctcaattcaaaagctct
tgccataaggtctgaaagtcatttagcaagcccaggttaaaggataaaat
tgcaactaggctagcctataggtaatcacttcctatgggatggaatcaat
ggggtacaactagatctagcatcaaactgcagaagtttaactattgtgag
tattgtttcctcagtgcatgaaacatcttattggaagatggaaaaactta
gcttcaaaaatggtatttgtcatcataattatctggcacataatttaact
tatgtaaaatttttatgttataaaactagaaagagtgtattaataaaagg
gaagtatgtgatctttgacatcagccagatggaggcatcctgcaagagga
ttttaatgaatgactctattggtgattagggaaatttctagtactaggat
ggtacatgcactattatagggacttttaataatatgatcagagaaggtaa
tgataggagtgatatgatcaaagtacatgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgt
gtggagaggtccatatgaaatcattatttttgtacaaattcatacattgc
cttacaattggaccattaggattatgatcacatggctatacagattggct


gaattcatgacagtgcagaaatggaggtgggcagaaatttgtctcattac
agtttttggtaagtgtagtcagattataacaaccagaatccttgaaaagt
gtgtccaaagataactccatgctgaaagaagtaattctgagcactgtaaa
atacaaagaatgggtcatagtgctctctcaccacgatttggattcctcat
aaataggttacattctgtagcactgtcatctttcagcatgtgtacctcat
ttagaaatgtctagggacctaggccccctatatatatttagccgatatgc
agtttggaattcatatgggttccctagcattggaggtggggctgtctctg
ctctgttgcctgcttttggacctcttacccctagctgggctgccttgtct
ggccttagtgggagaagatacacctaattctactgagacttgatttgtca
gggtgggttgataaccatggcagagtgggagattctgttctcggaagaga
agagggaatttggggaactgtgaggatgagactggaaggaacggaaggag
gggcctgtggtcagaatgtaaagtgaataaataaattaatgaaaaatgtg
aggtacgtgtttataggcacgttgcagccaagaaattactactgttgaag
tacaaaaaagctcaacttctctccttcatggtagaataggtaaagggtgc
taatccaccatctgcactgtgtcctctgcccagacctctggtgatcttta
ttttaaaggtcacagaaacatgggtgctaaccattagaggcctagttaga
tatacagctaaaaaactcatacaacatataaatggttcttgagaatgtgt
gtatgtgaaagcatatctgtctgtatactgtcttaaaaaatctttttggc
atattgttgagaaaacagcttgaaaaacagcatgtatattttggtcccat
ttatgtgtaaatatatacatatatggtcatacatatatatccatatatta
tagttcagttctggaaggtgtccatcaaatcactgacagtagctcacata
gtaacatctcagaagacttattttttttcttccctgtatttttacgtttc
taaaacttacattttattttttgtaacatgtgcaagaataccgaaaagat
ccttttatgctcatctgaagctaattacctgttctaagaacttggtggga
atttgaaggcaagtgatctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_16430157_16431306
seq2: B6Ng01-319I16.b_47_1196

seq1  GAATTCTCTTTCAATGCATGGCTGCCAAGTAGATGAGCAACCCCATGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTCAATGCATGGCTGCCAAGTAGATGAGCAACCCCATGACA  50

seq1  GCAGCAGATAAAGCATGGTCTCTAAGTATCATTAGAGGATACTGAGATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGATAAAGCATGGTCTCTAAGTATCATTAGAGGATACTGAGATGA  100

seq1  GCACAGATTGATGTGTTGGAAGGCACATGTTGACAGGACAGATGACTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGATTGATGTGTTGGAAGGCACATGTTGACAGGACAGATGACTTTA  150

seq1  AGCCCCTTCCCAAGGCCAAGGAGCTGTCCTTTGTCTGAGGGTTATGGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTTCCCAAGGCCAAGGAGCTGTCCTTTGTCTGAGGGTTATGGTAA  200

seq1  CGAGGGAACTTCTGATTAGACAAACTCATGTAATTGCTCACTGGACCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGGAACTTCTGATTAGACAAACTCATGTAATTGCTCACTGGACCTAA  250

seq1  GAAAGATCAACATGAACAGGCTCCCTGATTCTCCAGTGCAAGTTATAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATCAACATGAACAGGCTCCCTGATTCTCCAGTGCAAGTTATAGAA  300

seq1  TTCAGTTTTAAGCATTATTTCTGTTGTCACACAAATGTAGCTGCTTGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTTAAGCATTATTTCTGTTGTCACACAAATGTAGCTGCTTGCAT  350

seq1  CCAGAGACTAGGAATGCATGTCTCAACCCTTTGTACTGTTCTTCTAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACTAGGAATGCATGTCTCAACCCTTTGTACTGTTCTTCTAACAA  400

seq1  GGATCTGGACCACATAGGAAGCTGAGACACTTGGTTTAATCTTCATCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGGACCACATAGGAAGCTGAGACACTTGGTTTAATCTTCATCATT  450

seq1  TTCTCTTAGATGAGATTTAATAGCCAGTACTGCCAACCCATGACTCTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTAGATGAGATTTAATAGCCAGTACTGCCAACCCATGACTCTCAT  500

seq1  TTCTTTCTCATCTTTCCCATTGCCTTGACTCATCTCAATTCAAAAGCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCATCTTTCCCATTGCCTTGACTCATCTCAATTCAAAAGCTCT  550

seq1  TGCCATAAGGTCTGAAAGTCATTTAGCAAGCCCAGGTTAAAGGATAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATAAGGTCTGAAAGTCATTTAGCAAGCCCAGGTTAAAGGATAAAAT  600

seq1  TGCAACTAGGCTAGCCTATAGGTAATCACTTCCTATGGGATGGAATCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTAGGCTAGCCTATAGGTAATCACTTCCTATGGGATGGAATCAAT  650

seq1  GGGGTACAACTAGATCTAGCATCAAACTGCAGAAGTTTAACTATTGTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTACAACTAGATCTAGCATCAAACTGCAGAAGTTTAACTATTGTGAG  700

seq1  TATTGTTTCCTCAGTGCATGAAACATCTTATTGGAAGATGGAAAAACTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTCCTCAGTGCATGAAACATCTTATTGGAAGATGGAAAAACTTA  750

seq1  GCTTCAAAAATGGTATTTGTCATCATAATTATCTGGCACATAATTTAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAAAATGGTATTTGTCATCATAATTATCTGGCACATAATTTAACT  800

seq1  TATGTAAAATTTTTATGTTATAAAACTAGAAAGAGTGTATTAATAAAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAATTTTTATGTTATAAAACTAGAAAGAGTGTATTAATAAAAGG  850

seq1  GAAGTATGTGATCTTTGACATCAGCCAGATGGAGGCATCCTGCAAGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATGTGATCTTTGACATCAGCCAGATGGAGGCATCCTGCAAGAGGA  900

seq1  TTTTAATGAATGACTCTATTGGTGATTAGGGAAATTTCTAGTACTAGGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGAATGACTCTATTGGTGATTAGGGAAATTTCTAGTACTAGGAT  950

seq1  GGTACATGCACTATTATAGGGACTTTTTAATAATATGATCAAGAGAAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTACATGCACTATTATAGGGAC-TTTTAATAATATGATC-AGAGAAGGT  998

seq1  AATGATAGGAGTGAATATGATCAAAGTACATTGTGTATGTGTGTGTGTGT  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATGATAGGAGTG-ATATGATCAAAGTACA-TGTGTATGTGTGTGTGTGT  1046

seq1  GTGTGTGAAGAAGTCATAATGAAATCCATTA-TTTTGTAC-AATTCATAC  1098
      ||||||| ||| |||   ||||||| ||||| |||||||| |||||||||
seq2  GTGTGTGGAGAGGTCCATATGAAAT-CATTATTTTTGTACAAATTCATAC  1095

seq1  AT--GCTAACAAATGGAACAATAAGATTATGATCAACAT-GCTATACAGA  1145
      ||   || |||| |||| || || |||||||||| |||| ||||||||||
seq2  ATTGCCTTACAATTGGACCATTAGGATTATGATC-ACATGGCTATACAGA  1144

seq1  -TGGCT  1150
       |||||
seq2  TTGGCT  1150


seq1: chr13_16539198_16540421
seq2: B6Ng01-319I16.g_70_1290 (reverse)

seq1  AGAGATCACTTGCTTTCAAATTCTCA-CAATGTCTTAGAACA-GTAAATA  48
      ||||||||||||| ||||||||| || |||  |||||||||| |||| ||
seq2  AGAGATCACTTGCCTTCAAATTCCCACCAAGTTCTTAGAACAGGTAATTA  50

seq1  ACTACAAGATGA-CCTTAAAGGATCTTTTC-GTATTCTT-CACATGTTTA  95
       || | |||||| | | ||||||||||||| |||||||| ||||||||  
seq2  GCTTC-AGATGAGCATAAAAGGATCTTTTCGGTATTCTTGCACATGTTAC  99

seq1  CAAAAATAAAATGTAAGTTTTTAGAAAACGTAAAAATACAGGGAAGAAAA  145
       |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAAATGTAAG-TTTTAG-AAACGTAAAAATACAGGGAAGAAAA  147

seq1  AAATTAAAGTC-TCTGAGATTGTTACTATGTGAGCTACTGTCAGTGATTT  194
      ||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAT-AAGTCTTCTGAGA-TGTTACTATGTGAGCTACTGTCAGTGATTT  195

seq1  GATGGACACCCTTCCAGAACTTGAACTATAATATATGGATATATATGTAT  244
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACA-CCTTCCAGAAC-TGAACTATAATATATGGATATATATGTAT  243

seq1  GACCATATATGTATATAATTTACACATAAATGGGACCAAAATATACATGC  294
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATATATGTATAT-ATTTACACATAAATGGGACCAAAATATACATGC  292

seq1  TGTTTTTCAAGCTGTTTTTCTCAACAATATGCCAAAAAGATTTTTTAAGA  344
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTCAAGCTG-TTTTCTCAACAATATGCCAAAAAGATTTTTTAAGA  341

seq1  CAGTATACAGACAGATATGCTTTCACATACACACATTCTCAAGAACCATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATACAGACAGATATGCTTTCACATACACACATTCTCAAGAACCATT  391

seq1  TATATGTTGTATGAGTTTTTTAGCTGTATATCTAACTAGGCCTCTAATGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTGTATGAGTTTTTTAGCTGTATATCTAACTAGGCCTCTAATGG  441

seq1  TTAGCACCCATGTTTCTGTGACCTTTAAAATAAAGATCACCAGAGGTCTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACCCATGTTTCTGTGACCTTTAAAATAAAGATCACCAGAGGTCTG  491

seq1  GGCAGAGGACACAGTGCAGATGGTGGATTAGCACCCTTTACCTATTCTAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGACACAGTGCAGATGGTGGATTAGCACCCTTTACCTATTCTAC  541

seq1  CATGAAGGAGAGAAGTTGAGCTTTTTTGTACTTCAACAGTAGTAATTTCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGGAGAGAAGTTGAGCTTTTTTGTACTTCAACAGTAGTAATTTCT  591

seq1  TGGCTGCAACGTGCCTATAAACACGTACCTCACATTTTTCATTAATTTAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCAACGTGCCTATAAACACGTACCTCACATTTTTCATTAATTTAT  641

seq1  TTATTCACTTTACATTCTGACCACAGGCCCCTCCTTCCGTTCCTTCCAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACTTTACATTCTGACCACAGGCCCCTCCTTCCGTTCCTTCCAGT  691

seq1  CTCATCCTCACAGTTCCCCAAATTCCCTCTTCTCTTCCGAGAACAGAATC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCTCACAGTTCCCCAAATTCCCTCTTCTCTTCCGAGAACAGAATC  741

seq1  TCCCACTCTGCCATGGTTATCAACCCACCCTGACAAATCAAGTCTCAGTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTCTGCCATGGTTATCAACCCACCCTGACAAATCAAGTCTCAGTA  791

seq1  GAATTAGGTGTATCTTCTCCCACTAAGGCCAGACAAGGCAGCCCAGCTAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGGTGTATCTTCTCCCACTAAGGCCAGACAAGGCAGCCCAGCTAG  841

seq1  GGGTAAGAGGTCCAAAAGCAGGCAACAGAGCAGAGACAGCCCCACCTCCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGAGGTCCAAAAGCAGGCAACAGAGCAGAGACAGCCCCACCTCCA  891

seq1  ATGCTAGGGAACCCATATGAATTCCAAACTGCATATCGGCTAAATATATA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGGGAACCCATATGAATTCCAAACTGCATATCGGCTAAATATATA  941

seq1  TAGGGGGCCTAGGTCCCTAGACATTTCTAAATGAGGTACACATGCTGAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGCCTAGGTCCCTAGACATTTCTAAATGAGGTACACATGCTGAAA  991

seq1  GATGACAGTGCTACAGAATGTAACCTATTTATGAGGAATCCAAATCGTGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAGTGCTACAGAATGTAACCTATTTATGAGGAATCCAAATCGTGG  1041

seq1  TGAGAGAGCACTATGACCCATTCTTTGTATTTTACAGTGCTCAGAATTAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAGCACTATGACCCATTCTTTGTATTTTACAGTGCTCAGAATTAC  1091

seq1  TTCTTTCAGCATGGAGTTATCTTTGGACACACTTTTCAAGGATTCTGGTT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCAGCATGGAGTTATCTTTGGACACACTTTTCAAGGATTCTGGTT  1141

seq1  GTTATAATCTGACTACACTTACCAAAAACTGTAATGAGACAAATTTCTGC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAATCTGACTACACTTACCAAAAACTGTAATGAGACAAATTTCTGC  1191

seq1  CCACCTCCATTTCTGCACTGTCATGAATTC  1224
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCCATTTCTGCACTGTCATGAATTC  1221


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |