BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320B23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 109,788,394 - 109,948,168
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4d, LOC100040968
Upstream gene3021401N23Rik, 2810008M24Rik, Ndufa12l, Ercc8, LOC668123, LOC621498, Elovl7, LOC668129, LOC100040524, Depdc1b, EG668144, LOC621663
Downstream geneLOC100040577, Rab3c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320B23.bB6Ng01-320B23.g
ACCGA109576GA109577
length1,0851,141
definitionB6Ng01-320B23.b B6Ng01-320B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,788,394 - 109,789,501)(109,947,006 - 109,948,168)
sequence
gaattcaataatccctgtgactttattgttatcaaagggattaaaaggga
cttcggaagttggtagagatggcagaggtatctatcagaagaaacttttc
atgctgtttttaaagttaaccctttccagggagaatgaagccactgaaat
atcttccaagcttttcagtcatcattctacacagccaaggtagacatttt
ggcagaaatgcagctgggactttactgattgtaggcgtgtacttcagtgt
gaattcttgccaaatacaaatacaacaatgggtcctaatgatacaacata
taaatctctatgagcaccatacatttaacgaggatgcccccgttgcctct
tccccttaggagaggaagaactatggttagactatgagataagagcacat
atgcccaatcgatttagtattcttgatcctccataacaggagatccatac
aatggagtgaaaaggtcacctcagcttttcattcagtctgctagtgagat
cagtatgttagtagtcattatataaacatgtaagcacacctcctcagatg
catcttgtgttttatagacaggtgaatcacatgctaccaagtacagcaaa
ttcttattctgagcagtactgcacagggctcccgccccaaatcttacagt
ctgacaaatattataatgctgtctgtgcccaaagcccgagtctctaggta
gctgcagcatgacattttccagacacagtgctgggaatgtttaattgacc
tcattattctgggattcttaaaggcttccacagtgatgcccattcacaaa
cagtgaatgctctcttgtggtgcaaggctaaatccaattacactcttgca
tagcatcaggtgacttagcaacacctacagcaacctctgtgtatcccaat
gactgcatttctgattctattgtgactcagagtttctagaggcccatagg
gttttgggtagagactaactttgttcacttatagatacattactaaattt
gttttgctttttcatgctttgtttgtgggatttgattttggtgtgggtga
ctcgatctctctctcctaaacaaagtctaaagtac

gaattctgcttaacaccctggtatcattaacattctattagtaccttcct
atgtcctgcacaaaagaaaaacagaacaaaagtcaaatcctgtaggacca
actcttgacaaagcacagacaaaagcttcctcaaacagtgggaacaatgg
caggaagtgccctttggtgtttcagaaccatgactacatgcagaggtgtg
gaatataaatgccacatgcatatcccattggttacattgataatgtttca
tcatatctcaggagacaatgtttataaaaacattagaaatatagagccca
tatcaacatacagcttgagaatgatcaatgaataagattagaggagaatt
ttagaaataatttgtttctgaatttaaacatcatatatgtcccttgtaaa
attttaaaaagaaagaaacataaaatttatcaagaaactttacttttaca
acccttaaaagtttttatggctgccctataaaattaaaacattcttgttg
tggaattgtcacatacttcatataaactcatgttcataatttgctcatgc
tactaaaattattttcagctgtatgaaactgcatcttaaagggtatttaa
aactataaaggtatgctcaataagaaaatccaggaggcaaaaccaatagg
cattacctctgaaaataaaacacttagggtcaccacttacttgtagagtt
ctctcttctgagttttaaagaaaggtctttatatacatatataagtgttc
accaaaatgatgcacaaggcgtccttatgtttatctctgatattccttag
cagtatatgaagatgaggttccactgatgctgtgtacagtgtgatttcgt
gggtgccaggtattctagcctatggatacaattacacattgatgactatt
tcttgttgggatagagtttgcttgctgtatttagtaaaaatggtgaatac
ccatcattcgaatttagttgacttccatgggataaagttttaagtaccta
ttactatagtgcataaataagttttagtacatatcacattttttgagaac
tgcagcaattctgtagtgactaaacgtaaaccggatttttttttttactc
attgaacgcattctaatagcattcttgaatggtttctcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_109788394_109789501
seq2: B6Ng01-320B23.b_47_1131

seq1  GAATTCAATAATCCCTGTGACTTTATTGTTATCAAAGGGATTAAAAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAATCCCTGTGACTTTATTGTTATCAAAGGGATTAAAAGGGA  50

seq1  CTTCGGAAGTTGGTAGAGATGGCAGAGGTATCTATCAGAAGAAACTTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGAAGTTGGTAGAGATGGCAGAGGTATCTATCAGAAGAAACTTTTC  100

seq1  ATGCTGTTTTTAAAGTTAACCCTTTCCAGGGAGAATGAAGCCACTGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTTTTAAAGTTAACCCTTTCCAGGGAGAATGAAGCCACTGAAAT  150

seq1  ATCTTCCAAGCTTTTCAGTCATCATTCTACACAGCCAAGGTAGACATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCAAGCTTTTCAGTCATCATTCTACACAGCCAAGGTAGACATTTT  200

seq1  GGCAGAAATGCAGCTGGGACTTTACTGATTGTAGGCGTGTACTTCAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAATGCAGCTGGGACTTTACTGATTGTAGGCGTGTACTTCAGTGT  250

seq1  GAATTCTTGCCAAATACAAATACAACAATGGGTCCTAATGATACAACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCCAAATACAAATACAACAATGGGTCCTAATGATACAACATA  300

seq1  TAAATCTCTATGAGCACCATACATTTAACGAGGATGCCCCCGTTGCCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTCTATGAGCACCATACATTTAACGAGGATGCCCCCGTTGCCTCT  350

seq1  TCCCCTTAGGAGAGGAAGAACTATGGTTAGACTATGAGATAAGAGCACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTAGGAGAGGAAGAACTATGGTTAGACTATGAGATAAGAGCACAT  400

seq1  ATGCCCAATCGATTTAGTATTCTTGATCCTCCATAACAGGAGATCCATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCAATCGATTTAGTATTCTTGATCCTCCATAACAGGAGATCCATAC  450

seq1  AATGGAGTGAAAAGGTCACCTCAGCTTTTCATTCAGTCTGCTAGTGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTGAAAAGGTCACCTCAGCTTTTCATTCAGTCTGCTAGTGAGAT  500

seq1  CAGTATGTTAGTAGTCATTATATAAACATGTAAGCACACCTCCTCAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGTTAGTAGTCATTATATAAACATGTAAGCACACCTCCTCAGATG  550

seq1  CATCTTGTGTTTTATAGACAGGTGAATCACATGCTACCAAGTACAGCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGTGTTTTATAGACAGGTGAATCACATGCTACCAAGTACAGCAAA  600

seq1  TTCTTATTCTGAGCAGTACTGCACAGGGCTCCCGCCCCAAATCTTACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTCTGAGCAGTACTGCACAGGGCTCCCGCCCCAAATCTTACAGT  650

seq1  CTGACAAATATTATAATGCTGTCTGTGCCCAAAGCCCGAGTCTCTAGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAATATTATAATGCTGTCTGTGCCCAAAGCCCGAGTCTCTAGGTA  700

seq1  GCTGCAGCATGACATTTTCCAGACACAGTGCTGGGAATGTTTAATTGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGCATGACATTTTCCAGACACAGTGCTGGGAATGTTTAATTGACC  750

seq1  TCATTATTCTGGGATTCTTAAAGGCTTCCACAGTGATGCCCATTCACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTCTGGGATTCTTAAAGGCTTCCACAGTGATGCCCATTCACAAA  800

seq1  CAGTGAATGCTCTCTTGTGGTGCAAGGCTAAATCCAATTACACTCTTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAATGCTCTCTTGTGGTGCAAGGCTAAATCCAATTACACTCTTGCA  850

seq1  TAGCATCAGGTGACTTAGCAACACCTACAGCAACCTCTGTGTATCCCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCAGGTGACTTAGCAACACCTACAGCAACCTCTGTGTATCCCAAT  900

seq1  GACTGCATTTCTGATTCTATTGTGACTCAGAGTTTCTAGAGGCCCATAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCATTTCTGATTCTATTGTGACTCAGAGTTTCTAGAGGCCCATAGG  950

seq1  GTTTTGGGTAGAAGACTAAACTTTGTTTCACTTATAGAATACATTTACTT  1000
      ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||| |
seq2  GTTTTGGGTAG-AGACT-AACTTTG-TTCACTTATAG-ATACA-TTAC-T  994

seq1  AAATTTTGTTTTTGCTTTTTTTCATGCTTTTGGTTTTGGTTGGGATTTTG  1050
      ||||||   ||||||  |||||||||||||  ||||    ||||| ||||
seq2  AAATTT--GTTTTGC--TTTTTCATGCTTT--GTTT---GTGGGA-TTTG  1034

seq1  ATTTTGGTGTGGGTGACTCGTTTTCTCTCTCTCTCTTAAAACAAAGTTCT  1100
      ||||||||||||||||||||     |||||||||| | |||||||| |||
seq2  ATTTTGGTGTGGGTGACTCG----ATCTCTCTCTCCT-AAACAAAG-TCT  1078

seq1  AAAAGTAC  1108
       |||||||
seq2  -AAAGTAC  1085


seq1: chr13_109947006_109948168
seq2: B6Ng01-320B23.g_69_1209 (reverse)

seq1  CAAGAGAAACAA--CCAGAATGCTATTTAGGGAATTGCTGTCAAAATGGG  48
      |||||||||| |  | ||||||||| ||||   | |||  ||||     |
seq2  CAAGAGAAACCATTCAAGAATGCTA-TTAG---AATGCGTTCAA----TG  42

seq1  AGTAAAAAAAAAAAAATCCCGTTTTACCTTTAGTCAACCTACAG-ATTGC  97
      ||||||||||||||    ||| ||||| ||||||||  |||||| |||||
seq2  AGTAAAAAAAAAAA---TCCGGTTTACGTTTAGTCA--CTACAGAATTGC  87

seq1  TGCAAGGTTTCTCAAAAAATGTGAATATGTTACTTAAAACTTATTTATGC  147
      ||||    ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  TGCA---GTTCTCAAAAAATGTG-ATATG-TAC-TAAAACTTATTTATGC  131

seq1  ACTATTAGGTTAATAAGGGTACCTTAAAACTTTATCCCATGGAAGTCAAC  197
      |||| |||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTA-TAG--TAATA--GGTA-CTTAAAACTTTATCCCATGGAAGTCAAC  175

seq1  TAAATTCGAATGATGGGTATTCACCATTTTTACTAAATACAGCAAGCAAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCGAATGATGGGTATTCACCATTTTTACTAAATACAGCAAGCAAA  225

seq1  CTCTATCCCAACAAGAAATAGTCATCAATGTGTAATTGTATCCATAGGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCCCAACAAGAAATAGTCATCAATGTGTAATTGTATCCATAGGCT  275

seq1  AGAATACCTGGCACCCACGAAATCACACTGTACACAGCATCAGTGGAACC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACCTGGCACCCACGAAATCACACTGTACACAGCATCAGTGGAACC  325

seq1  TCATCTTCATATACTGCTAAGGAATATCAGAGATAAACATAAGGACGCCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTCATATACTGCTAAGGAATATCAGAGATAAACATAAGGACGCCT  375

seq1  TGTGCATCATTTTGGTGAACACTTATATATGTATATAAAGACCTTTCTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATCATTTTGGTGAACACTTATATATGTATATAAAGACCTTTCTTT  425

seq1  AAAACTCAGAAGAGAGAACTCTACAAGTAAGTGGTGACCCTAAGTGTTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAGAAGAGAGAACTCTACAAGTAAGTGGTGACCCTAAGTGTTTT  475

seq1  ATTTTCAGAGGTAATGCCTATTGGTTTTGCCTCCTGGATTTTCTTATTGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGAGGTAATGCCTATTGGTTTTGCCTCCTGGATTTTCTTATTGA  525

seq1  GCATACCTTTATAGTTTTAAATACCCTTTAAGATGCAGTTTCATACAGCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCTTTATAGTTTTAAATACCCTTTAAGATGCAGTTTCATACAGCT  575

seq1  GAAAATAATTTTAGTAGCATGAGCAAATTATGAACATGAGTTTATATGAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAATTTTAGTAGCATGAGCAAATTATGAACATGAGTTTATATGAA  625

seq1  GTATGTGACAATTCCACAACAAGAATGTTTTAATTTTATAGGGCAGCCAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGACAATTCCACAACAAGAATGTTTTAATTTTATAGGGCAGCCAT  675

seq1  AAAAACTTTTAAGGGTTGTAAAAGTAAAGTTTCTTGATAAATTTTATGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTTTTAAGGGTTGTAAAAGTAAAGTTTCTTGATAAATTTTATGTT  725

seq1  TCTTTCTTTTTAAAATTTTACAAGGGACATATATGATGTTTAAATTCAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTTTTAAAATTTTACAAGGGACATATATGATGTTTAAATTCAGA  775

seq1  AACAAATTATTTCTAAAATTCTCCTCTAATCTTATTCATTGATCATTCTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTATTTCTAAAATTCTCCTCTAATCTTATTCATTGATCATTCTC  825

seq1  AAGCTGTATGTTGATATGGGCTCTATATTTCTAATGTTTTTATAAACATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTATGTTGATATGGGCTCTATATTTCTAATGTTTTTATAAACATT  875

seq1  GTCTCCTGAGATATGATGAAACATTATCAATGTAACCAATGGGATATGCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGAGATATGATGAAACATTATCAATGTAACCAATGGGATATGCA  925

seq1  TGTGGCATTTATATTCCACACCTCTGCATGTAGTCATGGTTCTGAAACAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCATTTATATTCCACACCTCTGCATGTAGTCATGGTTCTGAAACAC  975

seq1  CAAAGGGCACTTCCTGCCATTGTTCCCACTGTTTGAGGAAGCTTTTGTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCACTTCCTGCCATTGTTCCCACTGTTTGAGGAAGCTTTTGTCT  1025

seq1  GTGCTTTGTCAAGAGTTGGTCCTACAGGATTTGACTTTTGTTCTGTTTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTGTCAAGAGTTGGTCCTACAGGATTTGACTTTTGTTCTGTTTTT  1075

seq1  CTTTTGTGCAGGACATAGGAAGGTACTAATAGAATGTTAATGATACCAGG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGCAGGACATAGGAAGGTACTAATAGAATGTTAATGATACCAGG  1125

seq1  GTGTTAAGCAGAATTC  1163
      ||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAGCAGAATTC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |