BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320C14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 50,017,167 - 50,139,624
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040099, LOC625110
Upstream geneBC010304, C030044B11Rik, Wnk2, Ninj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3, Bicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507
Downstream geneLOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320C14.bB6Ng01-320C14.g
ACCGA109606GA109607
length1,1551,038
definitionB6Ng01-320C14.b B6Ng01-320C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,138,465 - 50,139,624)(50,017,167 - 50,018,193)
sequence
gtctgtaccaccaaccaaagaatacacatggagtaaaccatgcctctaac
cacatatgtggcagaggatagccttgttggacatcagtgtaaagagaaac
ccttgggcctgagtgtgtttgataccccagtgtagggaaataccagggag
ggaaagacaggagtgggtaggtgggcaggggaccaccctcatagaggcat
ggaaaggggaatgggatagggaatgtctgaaggggagatctggaaagggg
gaaacatttgaaatatacataaagaaattatccaataaaaatttttcaaa
aatgaataaataaaagaaaatatagcaaaatatatatgtaatgtcaattc
agtactataaacaagtgcgcaaacaaggtaaaatgaaggatgctgtcagc
ccctcaacacccatgtgcctctctatcatcactcctgcctactgcaaggg
atgccaccttggtttaggaatctcctcctcacattaagtagactcttgat
acactgagcttgttctgctcaactcagcagcctggctcactcaaactgtc
tcctctctgtccaacagcttccattttatattgtagcatagcatgatgca
tccttgctcagtagagccacatatgaatcatttatattaaatactttcac
attatttcaatgtacctagatttctctgttcattaaaaagttgacagttg
tccacatttccccgtttaattgctgtgacttccctggagcctgcttcctc
tctgcatggtgctattattagcttgtgtgcttctagggctccagctcagg
tgtacacaggttccctctggcatgtgggtgggtttattttgtgacccttt
gaatcttcttttcccaatttcacttgctttagtcactttagtgttagccg
atgggggttagggacttttatgatgtttggtgcctggtcatatttcccat
tttaaatgcataacaaggtgtgccattcttccgactcttaacacctttct
tcttcattgaattcctagaacacatctggggtgtgagttctttatagctg
tataatctggcagaaattattctataccaagcacttccccttgaaagtgg
taaccatggctgtagccacagtgatgcctgaattcatcctggctcatcta
agcag
gaattctggtgtgctaaaatgactctatggattttgacaggcagcagtca
atagaatgtttcctgttgggtagctaattaaaacaaggcagagagtaagc
agcaacaaggtgtctgtgaggacagtcacatgcaagctaaccctgctgtc
tgtccatgggaccacagtagcccagagacatccaaccatttgacatggtg
acattgtgttgtggtctatagatatgttgggctacattcagagctgacct
gtttaagcacacctgcaagaaggagggaagttctgagatcatagtatttt
ctgtgacaatggttccttcacctaacacaagcaggggaagactaggttac
atacggcacaatttgtgagagatgcaatgctttctacctaacagagggtg
tgctatagtaagaaggccacatggttagatagaatacctgacttcttaga
gcagtgcttgtcaaccttcctaatgctgcaactgtctgatacagagtctc
atgttatagtgagcaccagccataaaattatttttgttgctatttcataa
ctaattttgctactgttatgaaccataatgtaaatatctgtgttttccaa
tgaccttaggtgactcctgtgaatgggttgtttgataccaaaaggtgtca
tgatccacaggttgagaaccactgccttagaggagtttgtggaagtggaa
ggagtgctctgtttcatgactatgagtgctaacattatggcccatctgcc
ttcatcaacacagctctaccaggttcctgatccattttataaattttact
ttttttaaagtttactttcttaaaaactcactttaactgttttaattttt
cccagtaagattaaggagtggtggttagtttggggccagaatcttataac
ttgggagaacaagatggtagtgtagatagtataggggcaagaaatatata
aaggagaattacatatgtgtaggagagtgggtcctattgatttgattcca
attagggaatctaccatggtcccaaatgctaagggtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50138465_50139624
seq2: B6Ng01-320C14.b_57_1211 (reverse)

seq1  CTGCTTAGGAGAGGAGCAGGAATGAATTCCCAGCACTCACTGGTGGCTCA  50
      ||||||   ||| ||||  | |||||||  |||   ||||| |||||| |
seq2  CTGCTT---AGATGAGCCAGGATGAATT--CAGGCATCACT-GTGGCT-A  43

seq1  CAGCCATGGGTAACAACTTTCAGGGGGAAAGTGCTTGGTATAGAATAATT  100
      ||||||| ||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAT-GGTTACCACTTTCAAGGGG-AAGTGCTTGGTATAGAATAATT  91

seq1  TCCTGCCAAGATATACAGCTAATAAAGGACTCACACCCAGAATGTGTTCC  150
      | ||||||   ||||||||| |||||| ||||||||||   ||||||| |
seq2  T-CTGCCAGATTATACAGCT-ATAAAGAACTCACACCCCAGATGTGTT-C  138

seq1  TAGGAA-TCAATGAAG-AGAAAGGTTGTTAAGAGTCGG-AGAATGGCACA  197
      |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGGAATTCAATGAAGAAGAAAGG-TGTTAAGAGTCGGAAGAATGGCACA  187

seq1  CCT--GTATGCA-TTAAAAT-GGAAATATGACCAGGCACCAAACATCATA  243
      |||   |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTATGCATTTAAAATGGGAAATATGACCAGGCACCAAACATCATA  237

seq1  AAAGTCCCTAA-CCCCATCGGCTAACACTAAAGTGACTAAAGCAAGTGAA  292
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCCTAACCCCCATCGGCTAACACTAAAGTGACTAAAGCAAGTGAA  287

seq1  ATTGGGAAAAGAAGATTCAAAGGGTCACAAAATAAACCCACCCACATGCC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGAAAAGAAGATTCAAAGGGTCACAAAATAAACCCACCCACATGCC  337

seq1  AGAGGGAACCTGTGTACACCTGAGCTGGAGCCCTAGAAGCACACAAGCTA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAACCTGTGTACACCTGAGCTGGAGCCCTAGAAGCACACAAGCTA  387

seq1  ATAATAGCACCATGCAGAGAGGAAGCAGGCTCCAGGGAAGTCACAGCAAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGCACCATGCAGAGAGGAAGCAGGCTCCAGGGAAGTCACAGCAAT  437

seq1  TAAACGGGGAAATGTGGACAACTGTCAACTTTTTAATGAACAGAGAAATC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGGGGAAATGTGGACAACTGTCAACTTTTTAATGAACAGAGAAATC  487

seq1  TAGGTACATTGAAATAATGTGAAAGTATTTAATATAAATGATTCATATGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACATTGAAATAATGTGAAAGTATTTAATATAAATGATTCATATGT  537

seq1  GGCTCTACTGAGCAAGGATGCATCATGCTATGCTACAATATAAAATGGAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTACTGAGCAAGGATGCATCATGCTATGCTACAATATAAAATGGAA  587

seq1  GCTGTTGGACAGAGAGGAGACAGTTTGAGTGAGCCAGGCTGCTGAGTTGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGGACAGAGAGGAGACAGTTTGAGTGAGCCAGGCTGCTGAGTTGA  637

seq1  GCAGAACAAGCTCAGTGTATCAAGAGTCTACTTAATGTGAGGAGGAGATT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACAAGCTCAGTGTATCAAGAGTCTACTTAATGTGAGGAGGAGATT  687

seq1  CCTAAACCAAGGTGGCATCCCTTGCAGTAGGCAGGAGTGATGATAGAGAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACCAAGGTGGCATCCCTTGCAGTAGGCAGGAGTGATGATAGAGAG  737

seq1  GCACATGGGTGTTGAGGGGCTGACAGCATCCTTCATTTTACCTTGTTTGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGGTGTTGAGGGGCTGACAGCATCCTTCATTTTACCTTGTTTGC  787

seq1  GCACTTGTTTATAGTACTGAATTGACATTACATATATATTTTGCTATATT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGTTTATAGTACTGAATTGACATTACATATATATTTTGCTATATT  837

seq1  TTCTTTTATTTATTCATTTTTGAAAAATTTTTATTGGATAATTTCTTTAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTATTTATTCATTTTTGAAAAATTTTTATTGGATAATTTCTTTAT  887

seq1  GTATATTTCAAATGTTTCCCCCTTTCCAGATCTCCCCTTCAGACATTCCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTTCAAATGTTTCCCCCTTTCCAGATCTCCCCTTCAGACATTCCC  937

seq1  TATCCCATTCCCCTTTCCATGCCTCTATGAGGGTGGTCCCCTGCCCACCT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCATTCCCCTTTCCATGCCTCTATGAGGGTGGTCCCCTGCCCACCT  987

seq1  ACCCACTCCTGTCTTTCCCTCCCTGGTATTTCCCTACACTGGGGTATCAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTCCTGTCTTTCCCTCCCTGGTATTTCCCTACACTGGGGTATCAA  1037

seq1  ACACACTCAGGCCCAAGGGTTTCTCTTTACACTGATGTCCAACAAGGCTA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCAGGCCCAAGGGTTTCTCTTTACACTGATGTCCAACAAGGCTA  1087

seq1  TCCTCTGCCACATATGTGGTTAGAGGCATGGTTTACTCCATGTGTATTCT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGCCACATATGTGGTTAGAGGCATGGTTTACTCCATGTGTATTCT  1137

seq1  TTGGTTGGTGGTACAGAC  1160
      ||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGGTGGTACAGAC  1155

seq1: chr13_50017167_50018193
seq2: B6Ng01-320C14.g_67_1104

seq1  GAATTCTGGTGTGCTAAAATGACTCTATGGATTTTGACAGGCAGCAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTGTGCTAAAATGACTCTATGGATTTTGACAGGCAGCAGTCA  50

seq1  ATAGAATGTTTCCTGTTGGGTAGCTAATTAAAACAAGGCAGAGAGTAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATGTTTCCTGTTGGGTAGCTAATTAAAACAAGGCAGAGAGTAAGC  100

seq1  AGCAACAAGGTGTCTGTGAGGACAGTCACATGCAAGCTAACCCTGCTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAAGGTGTCTGTGAGGACAGTCACATGCAAGCTAACCCTGCTGTC  150

seq1  TGTCCATGGGACCACAGTAGCCCAGAGACATCCAACCATTTGACATGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGGGACCACAGTAGCCCAGAGACATCCAACCATTTGACATGGTG  200

seq1  ACATTGTGTTGTGGTCTATAGATATGTTGGGCTACATTCAGAGCTGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGTTGTGGTCTATAGATATGTTGGGCTACATTCAGAGCTGACCT  250

seq1  GTTTAAGCACACCTGCAAGAAGGAGGGAAGTTCTGAGATCATAGTATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGCACACCTGCAAGAAGGAGGGAAGTTCTGAGATCATAGTATTTT  300

seq1  CTGTGACAATGGTTCCTTCACCTAACACAAGCAGGGGAAGACTAGGTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACAATGGTTCCTTCACCTAACACAAGCAGGGGAAGACTAGGTTAC  350

seq1  ATACGGCACAATTTGTGAGAGATGCAATGCTTTCTACCTAACAGAGGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGGCACAATTTGTGAGAGATGCAATGCTTTCTACCTAACAGAGGGTG  400

seq1  TGCTATAGTAAGAAGGCCACATGGTTAGATAGAATACCTGACTTCTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAGTAAGAAGGCCACATGGTTAGATAGAATACCTGACTTCTTAGA  450

seq1  GCAGTGCTTGTCAACCTTCCTAATGCTGCAACTGTCTGATACAGAGTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCTTGTCAACCTTCCTAATGCTGCAACTGTCTGATACAGAGTCTC  500

seq1  ATGTTATAGTGAGCACCAGCCATAAAATTATTTTTGTTGCTATTTCATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATAGTGAGCACCAGCCATAAAATTATTTTTGTTGCTATTTCATAA  550

seq1  CTAATTTTGCTACTGTTATGAACCATAATGTAAATATCTGTGTTTTCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTTGCTACTGTTATGAACCATAATGTAAATATCTGTGTTTTCCAA  600

seq1  TGACCTTAGGTGACTCCTGTGAATGGGTTGTTTGATACCAAAAGGTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTAGGTGACTCCTGTGAATGGGTTGTTTGATACCAAAAGGTGTCA  650

seq1  TGATCCACAGGTTGAGAACCACTGCCTTAGAGGAGTTTGTGGAAGTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCACAGGTTGAGAACCACTGCCTTAGAGGAGTTTGTGGAAGTGGAA  700

seq1  GGAGTGCTCTGTTTCATGACTATGAGTGCTAACATTATGGCCCATCTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCTCTGTTTCATGACTATGAGTGCTAACATTATGGCCCATCTGCC  750

seq1  TTCATCAACACAGCTCTACCAGGTTCCTGATCCATTTTATAAATTTTAC-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCATCAACACAGCTCTACCAGGTTCCTGATCCATTTTATAAATTTTACT  800

seq1  TTTTTTAAAGTTTACTTTCTTAAAAACTCACTTTAACTGTTTTAATTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAGTTTACTTTCTTAAAAACTCACTTTAACTGTTTTAATTTTT  850

seq1  CCCAGTAAGATT-AGGAGTGGTGGTTAGTTT-GGGCCAGAATCTTATAAC  897
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAAGATTAAGGAGTGGTGGTTAGTTTGGGGCCAGAATCTTATAAC  900

seq1  TT-GGAGAACAAGATGGTAGTGTAGATAGTATAGGGGCAAGAAATATATA  946
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGAACAAGATGGTAGTGTAGATAGTATAGGGGCAAGAAATATATA  950

seq1  AA-GAGAATTACATATGTGTAGGAGAGT-GGTTCTAATGATTTGATT-CA  993
      || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||
seq2  AAGGAGAATTACATATGTGTAGGAGAGTGGGTCCTATTGATTTGATTCCA  1000

seq1  ATTA-GGAATCTA-CATG--TCCAAATGCTAAAGGTCC  1027
      |||| |||||||| ||||   ||||||||||| |||||
seq2  ATTAGGGAATCTACCATGGTCCCAAATGCTAAGGGTCC  1038