BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322F11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,651,122 - 34,769,060
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1300014I06Rik
Upstream geneEG619715, LOC382743, OTTMUSG00000000712, LOC193403, Vmn2r-ps94, OTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik, LOC620132, EG666666
Downstream geneD0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci, Cdyl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322F11.bB6Ng01-322F11.g
ACCGA111205GA111206
length1,1171,157
definitionB6Ng01-322F11.b B6Ng01-322F11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,651,122 - 34,652,236)(34,767,904 - 34,769,060)
sequence
gaattcctggaaattcatgggctgcatcttgcacacatgaacatgaacag
taacagatcctctctcaaacaaggtggcaaatgaagtgtgactttgtgtt
tctgaccttatcatgaaggctgtgaaaccaggccaactctcttgaatctt
gtcttaagggaatacagccactgattggctctgccatgagtagaataaag
cttgctttaacttggcagtaattagtggtcagtggtctttactttccttc
agtgggattaacaatgtctgtacttgcaaacacatacacatgcatacaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagcaagaaaaa
agggcaaagatatggagacacagagacaaaaagatcaagactatcactac
caagagaaaaaagattctagcacctcttagaccaagagaagagcagtgaa
gacccaagacccagaagcgttgcacagttagctctataagcaagtcacag
ttggcctccattgttgtttgtcaagttctatttataccctccaaacatca
tgtgtcctccacgtgccttgcctcatctcaggccattggagagcatagag
tatccaaatttagcacacattttataattgaatgtgagttgcatcatggt
ggttttatgtacagatgtaatctccatgattgctctgccagttgctgctc
ttaacacagctataatccaagaggtatatgtaacctctatggagttaata
gacctatgacactgttccccaagtgaagtggaaacttaaggctgctttgg
aaagtaggttggatggtgttttgctgggccaaacatgtgaaggaacgttt
agctgaagtggacacaagtgaaagactaaggcagactcaagggaggaaca
tttcactgaagcagacacagctgaaaggatgtttctactaccaaagcaag
tacatgaaaggacttggtgatgaaaggacactttgctaatgacatgcatg
tatggtctgcctacattgcgtagtgagctgggttgtcaggactcaagaga
agaaatgcactaaaaaaaccttctgggtgtatactgccagttcttggcca
ctttcagtctcggaata
gaattctgttaaaatggtattctttaacctggggcaattgggaagtaaaa
gcattggaaaatagcctacttaacacccccaggatgctctgccaagtggc
ctggagtcatacaagcacacactggaaagagtgtatctgccaaaccaaga
gacagattcctgtccccactaagcaggctgtaagaggcagggcatgacga
gtccgatgcaccattttctcagaatcaaagttgggggaatttttccatac
cagggcaggaaagatggctattcatatcccaaggagagggaatgacacca
gggtaacttcagactggtttggatgtgcaagtcgagacagagaacaataa
gtcatttacaggattaatgcagacatgagtcagggtaatttgtcagatac
ttggatatttcctttcatgctaatttttaaatggtagaaatgagaggagg
ctgggcaaccagtgttccgtgctgggctggggaggaggttacaatcacag
tctcgtggttggtgtcacggtccatgagagactgcagttctggggctttt
actgatgggttgttcaaatctcactaactttggcagcgtagagctgctgg
tgcctgaagctatggagagtgtgagaggtaaaactcctcaggttgaataa
aataaagcatacagcccatactttatgaggctcacagactgtcatatatg
agataataaattaatatgaatgtggttttggaagtagacatgggtttcaa
tcatgggcaagggaggggaaactgaaattatcttcttgccagctgaactg
gcttaagttaaacacacattgcttttctggtcaggaagggactgtatttt
catcccgagcaggcagccgtggagatgagcttatgcctggcacacactca
gtcatgcatgtcggtacatatccttgctgatttcatcgcattttgttttc
ctggaaaggaaattcaagctgttgcagggaaattacagtttagaagtggg
aaaaaccaaacaacagaagcagaagcttttctacccagcccacagcaggg
gctgtggggagtcagaaaccattcctcctgctctgctgcaatgtcactta
tggattctatttatgtgagcaaaatagagcaggcccaaaggctcctctca
gaactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_34651122_34652236
seq2: B6Ng01-322F11.b_46_1162

seq1  GAATTCCTGGAAATTCATGGGCTGCATCTTGCACACATGAACATGAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAAATTCATGGGCTGCATCTTGCACACATGAACATGAACAG  50

seq1  TAACAGATCCTCTCTCAAACAAGGTGGCAAATGAAGTGTGACTTTGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGATCCTCTCTCAAACAAGGTGGCAAATGAAGTGTGACTTTGTGTT  100

seq1  TCTGACCTTATCATGAAGGCTGTGAAACCAGGCCAACTCTCTTGAATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCTTATCATGAAGGCTGTGAAACCAGGCCAACTCTCTTGAATCTT  150

seq1  GTCTTAAGGGAATACAGCCACTGATTGGCTCTGCCATGAGTAGAATAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAGGGAATACAGCCACTGATTGGCTCTGCCATGAGTAGAATAAAG  200

seq1  CTTGCTTTAACTTGGCAGTAATTAGTGGTCAGTGGTCTTTACTTTCCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTAACTTGGCAGTAATTAGTGGTCAGTGGTCTTTACTTTCCTTC  250

seq1  AGTGGGATTAACAATGTCTGTACTTGCAAACACATACACATGCATACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGATTAACAATGTCTGTACTTGCAAACACATACACATGCATACAGA  300

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAGAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAGAAAAA  350

seq1  AGGGCAAAGATATGGAGACACAGAGACAAAAAGATCAAGACTATCACTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAAAGATATGGAGACACAGAGACAAAAAGATCAAGACTATCACTAC  400

seq1  CAAGAGAAAAAAGATTCTAGCACCTCTTAGACCAAGAGAAGAGCAGTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAAAAAAGATTCTAGCACCTCTTAGACCAAGAGAAGAGCAGTGAA  450

seq1  GACCCAAGACCCAGAAGCGTTGCACAGTTAGCTCTATAAGCAAGTCACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAGACCCAGAAGCGTTGCACAGTTAGCTCTATAAGCAAGTCACAG  500

seq1  TTGGCCTCCATTGTTGTTTGTCAAGTTCTATTTATACCCTCCAAACATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTCCATTGTTGTTTGTCAAGTTCTATTTATACCCTCCAAACATCA  550

seq1  TGTGTCCTCCACGTGCCTTGCCTCATCTCAGGCCATTGGAGAGCATAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTCCACGTGCCTTGCCTCATCTCAGGCCATTGGAGAGCATAGAG  600

seq1  TATCCAAATTTAGCACACATTTTATAATTGAATGTGAGTTGCATCATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAATTTAGCACACATTTTATAATTGAATGTGAGTTGCATCATGGT  650

seq1  GGTTTTATGTACAGATGTAATCTCCATGATTGCTCTGCCAGTTGCTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTATGTACAGATGTAATCTCCATGATTGCTCTGCCAGTTGCTGCTC  700

seq1  TTAACACAGCTATAATCCAAGAGGTATATGTAACCTCTATGGAGTTAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACAGCTATAATCCAAGAGGTATATGTAACCTCTATGGAGTTAATA  750

seq1  GACCTATGACACTGTTCCCCAAGTGAAGTGGAAACTTAAGGCTGCTTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTATGACACTGTTCCCCAAGTGAAGTGGAAACTTAAGGCTGCTTTGG  800

seq1  AAAGTAGGTTGGATGGTGTTTTGCTGGGCCAAACATGTGAAGGAACGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGGTTGGATGGTGTTTTGCTGGGCCAAACATGTGAAGGAACGTTT  850

seq1  AGCTGAAGTGGACACAAGTGAAAGACTAAGGCAGACTC-AGGGAGGAACA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCTGAAGTGGACACAAGTGAAAGACTAAGGCAGACTCAAGGGAGGAACA  900

seq1  TTTCACTGAAGCAGACACAGCTGAAAGGATG-TTCTACTACCAAAGCAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGAAGCAGACACAGCTGAAAGGATGTTTCTACTACCAAAGCAAG  950

seq1  TACATGAAAGGACTT-GTGATG-AAGGACACTTTGCTAATGACATGCATG  996
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAAAGGACTTGGTGATGAAAGGACACTTTGCTAATGACATGCATG  1000

seq1  TATTGGTCTGCCTTACATTGCGTAGTTGAGCTGGGTTTGTCAGGACTCCA  1046
      || ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
seq2  TA-TGGTCTGCC-TACATTGCGTAG-TGAGCTGGG-TTGTCAGGACTCAA  1046

seq1  AAGAGAGAAATGCACCAAAAAA--CTTCTGGTGGTATACTG-CAGTTTCT  1093
       ||| |||||||||| ||||||  |||||||  |||||||| |||||  |
seq2  GAGA-AGAAATGCACTAAAAAAACCTTCTGGGTGTATACTGCCAGTTCTT  1095

seq1  TGCCACTTCCAGTCTCGGAATA  1115
       ||||||| |||||||||||||
seq2  GGCCACTTTCAGTCTCGGAATA  1117

seq1: chr13_34767904_34769060
seq2: B6Ng01-322F11.g_66_1222 (reverse)

seq1  AGAGTTCCTGAGA-GAGCTTTTGTGCCTGCTCTTTTCTGCTCCACATAAA  49
      |||||| |||||| |||| |||| ||||||||| || |||| ||||||||
seq2  AGAGTT-CTGAGAGGAGCCTTTGGGCCTGCTCTATTTTGCT-CACATAAA  48

seq1  TAG-ATCCATAAGTGACAATTGGCAGCAGAGCAGGAGGAAATGGTTTCTG  98
      ||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGAATCCATAAGTGACA--TTGCAGCAGAGCAGGAGG-AATGGTTTCTG  95

seq1  ACT-CCCACAGCCCCTTGCTGTGGGCTGGGTAAGAAAGC-TCTGCTTCTG  146
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||
seq2  ACTCCCCACAGCCCC-TGCTGTGGGCTGGGTAGAAAAGCTTCTGCTTCTG  144

seq1  TTGTTTGGTTTTTCCCAC-TCTTAACTGTAATTTCCCTGCAACAGCTTGA  195
      |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGGTTTTTCCCACTTCTAAACTGTAATTTCCCTGCAACAGCTTGA  194

seq1  A-TTCCCTTCCAGGAAAACAAAATGCGATGAAATCAGCAAGGATATGTAC  244
      | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTTCCAGGAAAACAAAATGCGATGAAATCAGCAAGGATATGTAC  244

seq1  CGACATGCATGACTGAGTGTGTGCCAGGCATAAGCTCATCTCCACGGCTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACATGCATGACTGAGTGTGTGCCAGGCATAAGCTCATCTCCACGGCTG  294

seq1  CCTGCTCGGGATGAAAATACAGTCCCTTCCTGACCAGAAAAGCAATGTGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCGGGATGAAAATACAGTCCCTTCCTGACCAGAAAAGCAATGTGT  344

seq1  GTTTAACTTAAGCCAGTTCAGCTGGCAAGAAGATAATTTCAGTTTCCCCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACTTAAGCCAGTTCAGCTGGCAAGAAGATAATTTCAGTTTCCCCT  394

seq1  CCCTTGCCCATGATTGAAACCCATGTCTACTTCCAAAACCACATTCATAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCCCATGATTGAAACCCATGTCTACTTCCAAAACCACATTCATAT  444

seq1  TAATTTATTATCTCATATATGACAGTCTGTGAGCCTCATAAAGTATGGGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTATTATCTCATATATGACAGTCTGTGAGCCTCATAAAGTATGGGC  494

seq1  TGTATGCTTTATTTTATTCAACCTGAGGAGTTTTACCTCTCACACTCTCC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCTTTATTTTATTCAACCTGAGGAGTTTTACCTCTCACACTCTCC  544

seq1  ATAGCTTCAGGCACCAGCAGCTCTACGCTGCCAAAGTTAGTGAGATTTGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTCAGGCACCAGCAGCTCTACGCTGCCAAAGTTAGTGAGATTTGA  594

seq1  ACAACCCATCAGTAAAAGCCCCAGAACTGCAGTCTCTCATGGACCGTGAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCATCAGTAAAAGCCCCAGAACTGCAGTCTCTCATGGACCGTGAC  644

seq1  ACCAACCACGAGACTGTGATTGTAACCTCCTCCCCAGCCCAGCACGGAAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCACGAGACTGTGATTGTAACCTCCTCCCCAGCCCAGCACGGAAC  694

seq1  ACTGGTTGCCCAGCCTCCTCTCATTTCTACCATTTAAAAATTAGCATGAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTGCCCAGCCTCCTCTCATTTCTACCATTTAAAAATTAGCATGAA  744

seq1  AGGAAATATCCAAGTATCTGACAAATTACCCTGACTCATGTCTGCATTAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATATCCAAGTATCTGACAAATTACCCTGACTCATGTCTGCATTAA  794

seq1  TCCTGTAAATGACTTATTGTTCTCTGTCTCGACTTGCACATCCAAACCAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAAATGACTTATTGTTCTCTGTCTCGACTTGCACATCCAAACCAG  844

seq1  TCTGAAGTTACCCTGGTGTCATTCCCTCTCCTTGGGATATGAATAGCCAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTTACCCTGGTGTCATTCCCTCTCCTTGGGATATGAATAGCCAT  894

seq1  CTTTCCTGCCCTGGTATGGAAAAATTCCCCCAACTTTGATTCTGAGAAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGCCCTGGTATGGAAAAATTCCCCCAACTTTGATTCTGAGAAAA  944

seq1  TGGTGCATCGGACTCGTCATGCCCTGCCTCTTACAGCCTGCTTAGTGGGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCATCGGACTCGTCATGCCCTGCCTCTTACAGCCTGCTTAGTGGGG  994

seq1  ACAGGAATCTGTCTCTTGGTTTGGCAGATACACTCTTTCCAGTGTGTGCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAATCTGTCTCTTGGTTTGGCAGATACACTCTTTCCAGTGTGTGCT  1044

seq1  TGTATGACTCCAGGCCACTTGGCAGAGCATCCTGGGGGTGTTAAGTAGGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGACTCCAGGCCACTTGGCAGAGCATCCTGGGGGTGTTAAGTAGGC  1094

seq1  TATTTTCCAATGCTTTTACTTCCCAATTGCCCCAGGTTAAAGAATACCAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCAATGCTTTTACTTCCCAATTGCCCCAGGTTAAAGAATACCAT  1144

seq1  TTTAACAGAATTC  1157
      |||||||||||||
seq2  TTTAACAGAATTC  1157