BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323P15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 27,147,948 - 27,288,270
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrl, Prl3d1, Prl3d2, Prl3d3
Upstream geneLOC666221, LOC100042180, LOC100042191, Hdgfl1, LOC100040939, LOC100040945, LOC100040957
Downstream genePrl3c1, Prl3b1, Prl3a1, Prl6a1, Prl8a2, Prl2b1, Prl8a6, Prl8a8, Prl8a9, Prl8a1, Prl7b1, Prl7a1, Prl7a2, RP23-135A24.2-001, Prl7d1, Prl7c1, Prl2a1, OTTMUSG00000000651, LOC666321, LOC195243, LOC100041036, Prl4a1, Prl5a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323P15.bB6Ng01-323P15.g
ACCGA112413GA112414
length1,1091,190
definitionB6Ng01-323P15.b B6Ng01-323P15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,147,948 - 27,149,058)(27,287,074 - 27,288,270)
sequence
gaattcaccaaaagagaagttcaagatcataatgtttagtaagttctcat
aagagctcagacttggatagtcacaaatatgtggaactggaagctgttga
acttgcaaaaacaagctggaaagatatctcaaaggtaaacagcacattat
tggttttcaaagtatccaagttcagttcccaagacctactctcaaggatt
actcccataggtaactctagctgcatgacatgcaacaccttcttctagat
tctatgagtatttctacttacacagacacctacacacacacacacatcat
catcatctgtcagtccatattcagaaacagtaaagccaaaactgaaggtc
acaagctgcttcagatgaatgaacccccaaattaaaaaaaaaagtcatca
gcaacttcattattattcactcaaatgatatcatttaggaaatcactaaa
agatgattggaactttggagttcatgaaaaatgcacgtttgtcattgtgt
cccagagtgcttttaggtcagaggaggcaggtagattatgagattataac
aatttatctgtctatatcctcccagtgagtggagataagtagatagaata
ataattggttacactatgtacttacatttatgtgtacatgtgtgtgtttg
cctgtgtgtgtgcattaatacactttgccctaaaagtgaatgtgctcctt
caccaaataaacagtgtgataaatgggtgacatgtggtacttcttggggg
tgggtgctcatgggtacattttaagtggcattttcctatctttacatgtg
ccccataattcttcaagcaacaatcctccctgagtttaacctcattataa
aagaacgtctgctgcccgtgcatttagtttctctcagcctctgtttgttt
atatatgaaaatgcacattacacactaaaaccaggagataaacataaatt
atgacttgcccatcaggcatatcactggtaaaagacaaaacaaagaccat
tttaaagagattcagagttgtgagactcttaatattttcagttaagtcca
catgcttgatatttagttatatacattttggaggattcttacctcaccca
ataatcttg
gaattccctgttccataatgactcatagccatttctgtaggagtactgtg
tttattccctaatgttttcctagtacagattcttgtgttctttgtgccac
ctttcagttcttaacaagcacactgccttctttctgagttttaagcatca
catcacagcaggagtcaattactctcacaaatgttacaatatgtgaatct
ctggcagcaaccagaaaacactttaaagattcttctcaacaatgttggtc
atagtttcagtaatctatgtgtctaaacacagatatttaaaaggtattat
ttcatacatataatatccgtttaacatatgaaatgatcacctctttactc
atgaaacatgattttgcaatgtgttatagcataaggaattttttgcttca
ggattgccttttaataaaatgggagcactctttattacaactatgtttgg
atttatataccttgaaagactctttatggttttaccgtgaataatgtagt
tgttgatcactgagacacaaccagatctagtgtgtttcaggattatagtg
ccacatggggaaagtttttagatcactaacagaaacctgaagttttcatt
ttgaacccaatatgcagcctcttctgtattaaggcctaaattataaagtt
ctgatgtgcatgcaacccatagcataaacatttacaaatataatctgcct
ctctttccccaaacccatggtggggaggggaactgactcaaggtactatc
atttttgttcaataaacttctaaagaactcatgtcttttttaatgagtgc
ttagtaccttcatacacatatatcatttaactactgccttgattctttca
gattatttttcaaatcaaaacatcatgaagagagattaaatttatatcat
gtaatatagatgaatacagcttcaagagaaagcaattatgataaagactg
tgaacctagagactataacacaaagctacatgatgaaacaaatgaaaagg
cctcgtacttcctcagttctaagagaagtcaatactgagcatggattaag
ttctactcctatttattgttctatatctaccatcatctcccaagacctag
tgacattatcctaagcacctggcattgaactgtcccccttgactgagtta
tcatttgaggtgaacattaagtgtcaagctagggaaacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_27147948_27149058
seq2: B6Ng01-323P15.b_49_1157

seq1  GAATTCACCAAAAGAGAAGTTCAAGATCATAATGTTTAGTAAGTTCTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAAAAGAGAAGTTCAAGATCATAATGTTTAGTAAGTTCTCAT  50

seq1  AAGAGCTCAGACTTGGATAGTCACAAATATGTGGAACTGGAAGCTGTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCAGACTTGGATAGTCACAAATATGTGGAACTGGAAGCTGTTGA  100

seq1  ACTTGCAAAAACAAGCTGGAAAGATATCTCAAAGGTAAACAGCACATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAAAAACAAGCTGGAAAGATATCTCAAAGGTAAACAGCACATTAT  150

seq1  TGGTTTTCAAAGTATCCAAGTTCAGTTCCCAAGACCTACTCTCAAGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTCAAAGTATCCAAGTTCAGTTCCCAAGACCTACTCTCAAGGATT  200

seq1  ACTCCCATAGGTAACTCTAGCTGCATGACATGCAACACCTTCTTCTAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCATAGGTAACTCTAGCTGCATGACATGCAACACCTTCTTCTAGAT  250

seq1  TCTATGAGTATTTCTACTTACACAGACACCTACACACACACACACATCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGTATTTCTACTTACACAGACACCTACACACACACACACATCAT  300

seq1  CATCATCTGTCAGTCCATATTCAGAAACAGTAAAGCCAAAACTGAAGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCTGTCAGTCCATATTCAGAAACAGTAAAGCCAAAACTGAAGGTC  350

seq1  ACAAGCTGCTTCAGATGAATGAACCCCCAAATTAAAAAAAAAAGTCATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTGCTTCAGATGAATGAACCCCCAAATTAAAAAAAAAAGTCATCA  400

seq1  GCAACTTCATTATTATTCACTCAAATGATATCATTTAGGAAATCACTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTCATTATTATTCACTCAAATGATATCATTTAGGAAATCACTAAA  450

seq1  AGATGATTGGAACTTTGGAGTTCATGAAAAATGCACGTTTGTCATTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATTGGAACTTTGGAGTTCATGAAAAATGCACGTTTGTCATTGTGT  500

seq1  CCCAGAGTGCTTTTAGGTCAGAGGAGGCAGGTAGATTATGAGATTATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGTGCTTTTAGGTCAGAGGAGGCAGGTAGATTATGAGATTATAAC  550

seq1  AATTTATCTGTCTATATCCTCCCAGTGAGTGGAGATAAGTAGATAGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATCTGTCTATATCCTCCCAGTGAGTGGAGATAAGTAGATAGAATA  600

seq1  ATAATTGGTTACACTATGTACTTACATTTATGTGTACATGTGTGTGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGGTTACACTATGTACTTACATTTATGTGTACATGTGTGTGTTTG  650

seq1  CCTGTGTGTGTGCATTAATACACTTTGCCCTAAAAGTGAATGTGCTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTGTGTGCATTAATACACTTTGCCCTAAAAGTGAATGTGCTCCTT  700

seq1  CACCAAATAAACAGTGTGATAAATGGGTGACATGTGGTACTTCTTGGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAATAAACAGTGTGATAAATGGGTGACATGTGGTACTTCTTGGGGG  750

seq1  TGGGTGCTCATGGGTACATTTTAAGTGGCATTTTCCTATCTTTACATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCTCATGGGTACATTTTAAGTGGCATTTTCCTATCTTTACATGTG  800

seq1  CCCCATAATTCTTCAAGCAACAATCCTCCCTGAGTTTAACCTCATTATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATAATTCTTCAAGCAACAATCCTCCCTGAGTTTAACCTCATTATAA  850

seq1  AAGAACGTCTGCTGCCCGTGCATTTAGTTTCTCTCAGCCTCTGTTTGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACGTCTGCTGCCCGTGCATTTAGTTTCTCTCAGCCTCTGTTTGTTT  900

seq1  ATATATGAAAATGCAACATTACACACTAAAACCAAGAGATAAACATAAAA  950
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  ATATATGAAAATGC-ACATTACACACTAAAACCAGGAGATAAACAT-AAA  948

seq1  TTATGAACTTGCCCATCAGGCATATCACTGGTAAAAAGACAAAACAAAGA  1000
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTATG-ACTTGCCCATCAGGCATATCACTGGT-AAAAGACAAAACAAAGA  996

seq1  CCA-TTTAAAGAGATTCAGAG-TGTGAGAACTCTT-ATATTTTCAAGTTT  1047
      ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||   ||
seq2  CCATTTTAAAGAGATTCAGAGTTGTGAG-ACTCTTAATATTTTCA--GTT  1043

seq1  AAGTCCACATGCCTTGATATTTAG-TATATACATTTTGAAG--ATCTTAA  1094
      ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||   ||||| 
seq2  AAGTCCACATG-CTTGATATTTAGTTATATACATTTTGGAGGATTCTTAC  1092

seq1  CTCACCCAATAATCTTG  1111
      |||||||||||||||||
seq2  CTCACCCAATAATCTTG  1109

seq1: chr13_27287074_27288270
seq2: B6Ng01-323P15.g_67_1256 (reverse)

seq1  GTGTT--CCTA-CTTGACCACTTAATGTTCACTTCAAATGATTACATCTA  47
      |||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| || || |
seq2  GTGTTTCCCTAGCTTGA-CACTTAATGTTCACCTCAAATGATAAC-TC-A  47

seq1  GTC-AGAGGGACAGTACCATGCAAGGTGC-TAAGATAAGGTCACTAGGTC  95
      ||| || |||||||| | |||| |||||| || ||||| |||||||||||
seq2  GTCAAGGGGGACAGTTCAATGCCAGGTGCTTAGGATAATGTCACTAGGTC  97

seq1  -TGGGAGAATGATGGTAGATTATAGACAATTAAATA-GAGTAGAACCTTA  143
       |||||| ||||||||||| ||||||  | |||||| |||||||||  | 
seq2  TTGGGAG-ATGATGGTAGA-TATAGAACAATAAATAGGAGTAGAAC--TT  143

seq1  AATCCATGCTTCAGTTATTGACTTCTCTTAGAACCTGAGAAGTTACGAGG  193
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |  |||||||
seq2  AATCCATGC-TCAG-TATTGACTTCTCTTAGAA-CTGAGGAAGTACGAGG  190

seq1  CCTTTTCATTTTGTTTTCATCATGTTAGCTTTGTGTTTATAGTCTCTAGG  243
      |||||||||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTTTTCATTT--GTTTCATCATG-TAGCTTTGTG-TTATAGTCTCTAGG  236

seq1  TTCACAGTCTTTATCATAATTGCTTTCTCTTGAAGCTGTATTCATCTATA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGTCTTTATCATAATTGCTTTCTCTTGAAGCTGTATTCATCTATA  286

seq1  TTACATGATATAAATTTAATCTCTCTTCATGATGTTTTGATTTGAAAAAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGATATAAATTTAATCTCTCTTCATGATGTTTTGATTTGAAAAAT  336

seq1  AATCTGAAAGAATCAAGGCAGTAGTTAAATGATATATGTGTATGAAGGTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAAAGAATCAAGGCAGTAGTTAAATGATATATGTGTATGAAGGTA  386

seq1  CTAAGCACTCATTAAAAAAGACATGAGTTCTTTAGAAGTTTATTGAACAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCACTCATTAAAAAAGACATGAGTTCTTTAGAAGTTTATTGAACAA  436

seq1  AAATGATAGTACCTTGAGTCAGTTCCCCTCCCCACCATGGGTTTGGGGAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATAGTACCTTGAGTCAGTTCCCCTCCCCACCATGGGTTTGGGGAA  486

seq1  AGAGAGGCAGATTATATTTGTAAATGTTTATGCTATGGGTTGCATGCACA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCAGATTATATTTGTAAATGTTTATGCTATGGGTTGCATGCACA  536

seq1  TCAGAACTTTATAATTTAGGCCTTAATACAGAAGAGGCTGCATATTGGGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACTTTATAATTTAGGCCTTAATACAGAAGAGGCTGCATATTGGGT  586

seq1  TCAAAATGAAAACTTCAGGTTTCTGTTAGTGATCTAAAAACTTTCCCCAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATGAAAACTTCAGGTTTCTGTTAGTGATCTAAAAACTTTCCCCAT  636

seq1  GTGGCACTATAATCCTGAAACACACTAGATCTGGTTGTGTCTCAGTGATC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACTATAATCCTGAAACACACTAGATCTGGTTGTGTCTCAGTGATC  686

seq1  AACAACTACATTATTCACGGTAAAACCATAAAGAGTCTTTCAAGGTATAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTACATTATTCACGGTAAAACCATAAAGAGTCTTTCAAGGTATAT  736

seq1  AAATCCAAACATAGTTGTAATAAAGAGTGCTCCCATTTTATTAAAAGGCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAAACATAGTTGTAATAAAGAGTGCTCCCATTTTATTAAAAGGCA  786

seq1  ATCCTGAAGCAAAAAATTCCTTATGCTATAACACATTGCAAAATCATGTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAAGCAAAAAATTCCTTATGCTATAACACATTGCAAAATCATGTT  836

seq1  TCATGAGTAAAGAGGTGATCATTTCATATGTTAAACGGATATTATATGTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGTAAAGAGGTGATCATTTCATATGTTAAACGGATATTATATGTA  886

seq1  TGAAATAATACCTTTTAAATATCTGTGTTTAGACACATAGATTACTGAAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAATACCTTTTAAATATCTGTGTTTAGACACATAGATTACTGAAA  936

seq1  CTATGACCAACATTGTTGAGAAGAATCTTTAAAGTGTTTTCTGGTTGCTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACCAACATTGTTGAGAAGAATCTTTAAAGTGTTTTCTGGTTGCTG  986

seq1  CCAGAGATTCACATATTGTAACATTTGTGAGAGTAATTGACTCCTGCTGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATTCACATATTGTAACATTTGTGAGAGTAATTGACTCCTGCTGT  1036

seq1  GATGTGATGCTTAAAACTCAGAAAGAAGGCAGTGTGCTTGTTAAGAACTG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGATGCTTAAAACTCAGAAAGAAGGCAGTGTGCTTGTTAAGAACTG  1086

seq1  AAAGGTGGCACAAAGAACACAAGAATCTGTACTAGGAAAACATTAGGGAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGGCACAAAGAACACAAGAATCTGTACTAGGAAAACATTAGGGAA  1136

seq1  TAAACACAGTACTCCTACAGAAATGGCTATGAGTCATTATGGAACAGGGA  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACAGTACTCCTACAGAAATGGCTATGAGTCATTATGGAACAGGGA  1186

seq1  ATTC  1197
      ||||
seq2  ATTC  1190