BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325D03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,927,833 - 35,069,609
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik
Upstream geneOTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik, LOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746
Downstream genePeci, Cdyl, Rpp40, LOC100041568, Ppp1r3g
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325D03.bB6Ng01-325D03.g
ACCGA113316GA113317
length1,1091,013
definitionB6Ng01-325D03.b B6Ng01-325D03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,068,493 - 35,069,609)(34,927,833 - 34,928,546)
sequence
gaattcatgttgggtttcggcaatagaaagtcttacatctcttgacataa
atggatgctgctttgaaccctgaggcagagtccttgaaacctgctgacat
cgtatccctgacaccatggtagctgtttatcatgcacaggtggtgactaa
gcaaattaggccaaacatcaacagcctttgggtcaccaaaggtgctctga
gtggcattttcttttccaactatctggcaaggagcaaagcaaatcttcat
tttcacttgtcttagttagggtttctattgttgtgaagtaagaccatgac
cacagcaaacctataaaggaaagcatttactcagggctgttttacagttt
agtagtgtagtccattatcatcatggtgggaagcatggcagtgtgcaagc
agacatggtgttagtcactgagcgttctacatatggaacagtaggcagga
gagaaaggacacaaacaaacacacacacacagggactgaggggaaccctc
aatgatacatttcctctaacaagaccacacctacttcaagaaggccacac
ttgttaataatgctactccctggtgacctggcattaaaatctatgaaccc
ttatgggggctattcttattccaatcaccataccactccctcacccaaca
catacaccaagcaaattgactcaagaggcagaaaggggacagggagttaa
gaataatgttcctcgtttattagtgtggtattctgtgaggcacctgcaag
ctgccctgacttttctaactttcctttttgattaatgccttccatgtcat
ttggcaaggcctttgatgatctacttgaagccaaaagatctgaatagagt
attttgcttattaaaatatcgctactttttttttccttcaacagttagtt
ttctggtaactaacatgttaaaacctgcaagtattttaagtcttaacttt
ttaattgcataatattactccacggtgtcagttttatgaatgtgaacata
agtaaccattgtgtttattggcaaattactagtgctgacgcccatcatat
gtatcccttcaagaagatgctagagatgacatggagattgatgctgtttt
tccatgcta
gaattcagtatgtttgcatttcactgaggatttttgcatctatatttacc
agaagtctcaatcagtgatggtccttgttttgggaaagccgttgtgtata
tttaataccagagtagtgctgccttcattaaataactttggaaatattcc
ctcctcttcaatattttagaagtgtttcagaagggttgattcagctgtca
actatacaagccttacagagcattgcatgcacaaaaagagatgagttcac
ttatttctttgtaatgtgagcatattttatttgttttctgactaggaccc
caatataatatagaacagaattggcaagttgggggtatcattgtatgcaa
agttttcttctttttactactgggtatagcactagctgttagctaattat
atgtggacttacatataattgtgttaggatatattaccttatactgtata
cattcaattttaatttatttttattttatttgtgtaaatgtttgcttcca
cgtatgtgttatgtcacatgtatgcttagagtctgaagagtccagaagag
ttcaccggatcccctggaactggagttacagaatttgtaagctgccatat
ggattcttggaaccaaacttgggtctattgtaagagcagcaactgttctc
aaccacagagccatctctccagcccacattcaaaatgtataatcctaaac
agttgttaaattttgccaagtggcttttctacatctattaatacgattgg
gtgggattttatcctccacttgattgatgtagcacatccatatttatcga
tttgtgtacttgagccatccttgccctgtgggaatacaacacttgatcac
agtgataaataactcttttactgcgctgttgaattcagtgtgctggcatt
tcactgaagacttgtacatctatatccaccagaaatattgatcagtaatg
acctttttttttgttttttttttttttgatggtccttgtgtataatttgg
taccagagtagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_35068493_35069609
seq2: B6Ng01-325D03.b_45_1153 (reverse)

seq1  TAGCATGTGAAAAAACAGCATCAATCTCATTGTCAATCTCTAGCATCTTC  50
      |||||  || ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||
seq2  TAGCA--TGGAAAAACAGCATCAATCTCCATGTC-ATCTCTAGCATCTTC  47

seq1  TTGAAGGGATAACATATGATGGGCGTCAGGCACTAGTAATTTGCCAATAA  100
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGGAT-ACATATGATGGGCGTCA-GCACTAGTAATTTGCCAATAA  95

seq1  ACAACAATGGTTACTTATGTTCACATTCATAAAACTGAACACCGTGGAGT  150
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AC-ACAATGGTTACTTATGTTCACATTCATAAAACTG-ACACCGTGGAGT  143

seq1  AATATTATTGCAATTAAAAAGTTAAGACTTAAAATACTTGCAGGTTTTAA  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTA-TGCAATTAAAAAGTTAAGACTTAAAATACTTGCAGGTTTTAA  192

seq1  CATGTTAGTTACCAGAAAACTAACTGTTGAAGGAAAAAAAAAGTAGCGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAGTTACCAGAAAACTAACTGTTGAAGGAAAAAAAAAGTAGCGAT  242

seq1  ATTTTAATAAGCAAAATACTCTATTCAGATCTTTTGGCTTCAAGTAGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATAAGCAAAATACTCTATTCAGATCTTTTGGCTTCAAGTAGATC  292

seq1  ATCAAAGGCCTTGCCAAATGACATGGAAGGCATTAATCAAAAAGGAAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGGCCTTGCCAAATGACATGGAAGGCATTAATCAAAAAGGAAAGT  342

seq1  TAGAAAAGTCAGGGCAGCTTGCAGGTGCCTCACAGAATACCACACTAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAGTCAGGGCAGCTTGCAGGTGCCTCACAGAATACCACACTAATA  392

seq1  AACGAGGAACATTATTCTTAACTCCCTGTCCCCTTTCTGCCTCTTGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGGAACATTATTCTTAACTCCCTGTCCCCTTTCTGCCTCTTGAGTC  442

seq1  AATTTGCTTGGTGTATGTGTTGGGTGAGGGAGTGGTATGGTGATTGGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCTTGGTGTATGTGTTGGGTGAGGGAGTGGTATGGTGATTGGAAT  492

seq1  AAGAATAGCCCCCATAAGGGTTCATAGATTTTAATGCCAGGTCACCAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAGCCCCCATAAGGGTTCATAGATTTTAATGCCAGGTCACCAGGG  542

seq1  AGTAGCATTATTAACAAGTGTGGCCTTCTTGAAGTAGGTGTGGTCTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCATTATTAACAAGTGTGGCCTTCTTGAAGTAGGTGTGGTCTTGTT  592

seq1  AGAGGAAATGTATCATTGAGGGTTCCCCTCAGTCCCTGTGTGTGTGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAATGTATCATTGAGGGTTCCCCTCAGTCCCTGTGTGTGTGTGTT  642

seq1  TGTTTGTGTCCTTTCTCTCCTGCCTACTGTTCCATATGTAGAACGCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTGTCCTTTCTCTCCTGCCTACTGTTCCATATGTAGAACGCTCAG  692

seq1  TGACTAACACCATGTCTGCTTGCACACTGCCATGCTTCCCACCATGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAACACCATGTCTGCTTGCACACTGCCATGCTTCCCACCATGATGA  742

seq1  TAATGGACTACACTACTAAACTGTAAAACAGCCCTGAGTAAATGCTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGACTACACTACTAAACTGTAAAACAGCCCTGAGTAAATGCTTTCC  792

seq1  TTTATAGGTTTGCTGTGGTCATGGTCTTACTTCACAACAATAGAAACCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGGTTTGCTGTGGTCATGGTCTTACTTCACAACAATAGAAACCCT  842

seq1  AACTAAGACAAGTGAAAATGAAGATTTGCTTTGCTCCTTGCCAGATAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGACAAGTGAAAATGAAGATTTGCTTTGCTCCTTGCCAGATAGTT  892

seq1  GGAAAAGAAAATGCCACTCAGAGCACCTTTGGTGACCCAAAGGCTGTTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAAAATGCCACTCAGAGCACCTTTGGTGACCCAAAGGCTGTTGA  942

seq1  TGTTTGGCCTAATTTGCTTAGTCACCACCTGTGCATGATAAACAGCTACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGCCTAATTTGCTTAGTCACCACCTGTGCATGATAAACAGCTACC  992

seq1  ATGGTGTCAGGGATACGATGTCAGCAGGTTTCAAGGACTCTGCCTCAGGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTCAGGGATACGATGTCAGCAGGTTTCAAGGACTCTGCCTCAGGG  1042

seq1  TTCAAAGCAGCATCCATTTATGTCAAGAGATGTAAGACTTTCTATTGCCG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGCAGCATCCATTTATGTCAAGAGATGTAAGACTTTCTATTGCCG  1092

seq1  AAACCCAACATGAATTC  1117
      |||||||||||||||||
seq2  AAACCCAACATGAATTC  1109

seq1: chr13_34927833_34928546
seq2: B6Ng01-325D03.g_66_779

seq1  GAATTCAGTATGTTTGCATTTCACTGAGGATTTTTGCATCTATATTTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATGTTTGCATTTCACTGAGGATTTTTGCATCTATATTTACC  50

seq1  AGAAGTCTCAATCAGTGATGGTCCTTGTTTTGGGAAAGCCGTTGTGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTCAATCAGTGATGGTCCTTGTTTTGGGAAAGCCGTTGTGTATA  100

seq1  TTTAATACCAGAGTAGTGCTGCCTTCATTAAATAACTTTGGAAATATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATACCAGAGTAGTGCTGCCTTCATTAAATAACTTTGGAAATATTCC  150

seq1  CTCCTCTTCAATATTTTAGAAGTGTTTCAGAAGGGTTGATTCAGCTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTTCAATATTTTAGAAGTGTTTCAGAAGGGTTGATTCAGCTGTCA  200

seq1  ACTATACAAGCCTTACAGAGCATTGCATGCACAAAAAGAGATGAGTTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACAAGCCTTACAGAGCATTGCATGCACAAAAAGAGATGAGTTCAC  250

seq1  TTATTTCTTTGTAATGTGAGCATATTTTATTTGTTTTCTGACTAGGACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTTTGTAATGTGAGCATATTTTATTTGTTTTCTGACTAGGACCC  300

seq1  CAATATAATATAGAACAGAATTGGCAAGTTGGGGGTATCATTGTATGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATAATATAGAACAGAATTGGCAAGTTGGGGGTATCATTGTATGCAA  350

seq1  AGTTTTCTTCTTTTTACTACTGGGTATAGCACTAGCTGTTAGCTAATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTTCTTTTTACTACTGGGTATAGCACTAGCTGTTAGCTAATTAT  400

seq1  ATGTGGACTTACATATAATTGTGTTAGGATATATTACCTTATACTGTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGACTTACATATAATTGTGTTAGGATATATTACCTTATACTGTATA  450

seq1  CATTCAATTTTAATTTATTTTTATTTTATTTGTGTAAATGTTTGCTTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAATTTTAATTTATTTTTATTTTATTTGTGTAAATGTTTGCTTCCA  500

seq1  CGTATGTGTTATGTCACATGTATGCTTAGAGTCTGAAGAGTCCAGAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGTGTTATGTCACATGTATGCTTAGAGTCTGAAGAGTCCAGAAGAG  550

seq1  TTCACCGGATCCCCTGGAACTGGAGTTACAGAATTTGTAAGCTGCCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCGGATCCCCTGGAACTGGAGTTACAGAATTTGTAAGCTGCCATAT  600

seq1  GGATTCTTGGAACCAAACTTGGGTCTATTGTAAGAGCAGCAACTGTTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTTGGAACCAAACTTGGGTCTATTGTAAGAGCAGCAACTGTTCTC  650

seq1  AACCACAGAGCCATCTCTCCAGCCCACATTCAAAATGTATAATCCTAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGAGCCATCTCTCCAGCCCACATTCAAAATGTATAATCCTAAAC  700

seq1  AGTTGTTAAATTTT  714
      ||||||||||||||
seq2  AGTTGTTAAATTTT  714