BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325G18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 54,165,539 - 54,313,733
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSfxn1, Hrh2
Upstream geneRor2, Sptlc1, LOC100040421, Msx2, EG432760, E130119H09Rik, Drd1a
Downstream geneLOC100040535, Cplx2, Thoc3, LOC100040543, 4732471D19Rik, 4833439L19Rik, Arl10, D13Wsu177e, Higd2a, Cltb, Ubxd8, Rn4.5s-ps3, Rnf44, BC040758, Gprin1, Sncb, Eif4e1b, Tspan17, Unc5a, Hk3, Uimc1, LOC622707, Zfp346, Fgfr4, Nsd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325G18.bB6Ng01-325G18.g
ACCGA113485GA113486
length938293
definitionB6Ng01-325G18.b B6Ng01-325G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,312,798 - 54,313,733)(54,165,539 - 54,165,830)
sequence
gaattcattcattcatcagcctgccaagcacagtgctggctctcagggac
tcagcagaggttgacatgggcaggacctgccctctgggagattatgatgt
agtggggcaaacataacccaaattgaaggtgggatagcatgtggtagcct
aggaggtgcacgaggggagattagtacaattgcaggctcctggtattcaa
agactgtggctgggtaggctttgaccttcattccaaaagtaacgaaaggg
ttgaaccacaattgagtctaattttgaaagagccggggtgactttagaga
gaaggaaggcagactcaagctagaggccactctggctccttggcaagagg
agggttggaaggtgaagatggaggtacccaactgggactccagtcctcga
ggaacctcggtctttgccaagccaagggcagaaacaaaggggctctgcag
gaatgggaacgttcccactcagaggtaccaatagggtaggtgcccgagca
tcttatctctgcagagattattggagcaagtgagtaaaggaataagatcc
caagggcccagcctttcggcttgctctgcactacagatggatcaaagcct
tccaatgcctctgcttccccttctggtatctaaaggactgagtctgaggt
gtctgtcaaaagcagagccatgttcaaatccaggtgtttgttggacagag
gccaggcttggaagacagacaggtgtggactggactcttagttctgtcat
gtctgaaaaggtggtggcccaatgccaattggtttgtctctgggtagcct
gctggttcagggctaccctgtgagaagctctgctgtttgcccagggctat
gtgttgagagcactggtgtctaacaagggtttggtagacatttggtaaga
agctcacatctagtgatggaattgggggtggggatggg
acttgcaattgagttagttttctgttgtctaaggcagtgtatcctactgc
cttgtgatgcagtatattcaggagccacaggtatggtggggggggtgggc
agtaaaagaattcacgcaagacagtactaggtataaagggacatgtttaa
cgagcacggtgcaatgggacaaagcagtaactgacatctctatcttcttg
gcttagaccagtttttaatgtggggactgtcttggtttcaccttcagtta
ctgaaaaaaaacatcccaacaaaatccacacaagggaatgagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_54312798_54313733
seq2: B6Ng01-325G18.b_47_984 (reverse)

seq1  CCCATCCC--ACCCCAATTCCATCACTAGATGTGAGCTTCTTACCAAATG  48
      ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCCCACCCCCAATTCCATCACTAGATGTGAGCTTCTTACCAAATG  50

seq1  TCTACCAAACCCTTGTTAGACACCAGTGCTCTCAACACATAGCCCTGGGC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCAAACCCTTGTTAGACACCAGTGCTCTCAACACATAGCCCTGGGC  100

seq1  AAACAGCAGAGCTTCTCACAGGGTAGCCCTGAACCAGCAGGCTACCCAGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAGAGCTTCTCACAGGGTAGCCCTGAACCAGCAGGCTACCCAGA  150

seq1  GACAAACCAATTGGCATTGGGCCACCACCTTTTCAGACATGACAGAACTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACCAATTGGCATTGGGCCACCACCTTTTCAGACATGACAGAACTA  200

seq1  AGAGTCCAGTCCACACCTGTCTGTCTTCCAAGCCTGGCCTCTGTCCAACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCAGTCCACACCTGTCTGTCTTCCAAGCCTGGCCTCTGTCCAACA  250

seq1  AACACCTGGATTTGAACATGGCTCTGCTTTTGACAGACACCTCAGACTCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTGGATTTGAACATGGCTCTGCTTTTGACAGACACCTCAGACTCA  300

seq1  GTCCTTTAGATACCAGAAGGGGAAGCAGAGGCATTGGAAGGCTTTGATCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTAGATACCAGAAGGGGAAGCAGAGGCATTGGAAGGCTTTGATCC  350

seq1  ATCTGTAGTGCAGAGCAAGCCGAAAGGCTGGGCCCTTGGGATCTTATTCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAGTGCAGAGCAAGCCGAAAGGCTGGGCCCTTGGGATCTTATTCC  400

seq1  TTTACTCACTTGCTCCAATAATCTCTGCAGAGATAAGATGCTCGGGCACC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCACTTGCTCCAATAATCTCTGCAGAGATAAGATGCTCGGGCACC  450

seq1  TACCCTATTGGTACCTCTGAGTGGGAACGTTCCCATTCCTGCAGAGCCCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTATTGGTACCTCTGAGTGGGAACGTTCCCATTCCTGCAGAGCCCC  500

seq1  TTTGTTTCTGCCCTTGGCTTGGCAAAGACCGAGGTTCCTCGAGGACTGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTCTGCCCTTGGCTTGGCAAAGACCGAGGTTCCTCGAGGACTGGA  550

seq1  GTCCCAGTTGGGTACCTCCATCTTCACCTTCCAACCCTCCTCTTGCCAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGTTGGGTACCTCCATCTTCACCTTCCAACCCTCCTCTTGCCAAG  600

seq1  GAGCCAGAGTGGCCTCTAGCTTGAGTCTGCCTTCCTTCTCTCTAAAGTCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGAGTGGCCTCTAGCTTGAGTCTGCCTTCCTTCTCTCTAAAGTCA  650

seq1  CCCCGGCTCTTTCAAAATTAGACTCAATTGTGGTTCAACCCTTTCGTTAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGCTCTTTCAAAATTAGACTCAATTGTGGTTCAACCCTTTCGTTAC  700

seq1  TTTTGGAATGAAGGTCAAAGCCTACCCAGCCACAGTCTTTGAATACCAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAATGAAGGTCAAAGCCTACCCAGCCACAGTCTTTGAATACCAGG  750

seq1  AGCCTGCAATTGTACTAATCTCCCCTCGTGCACCTCCTAGGCTACCACAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCAATTGTACTAATCTCCCCTCGTGCACCTCCTAGGCTACCACAT  800

seq1  GCTATCCCACCTTCAATTTGGGTTATGTTTGCCCCACTACATCATAATCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCCACCTTCAATTTGGGTTATGTTTGCCCCACTACATCATAATCT  850

seq1  CCCAGAGGGCAGGTCCTGCCCATGTCAACCTCTGCTGAGTCCCTGAGAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGGGCAGGTCCTGCCCATGTCAACCTCTGCTGAGTCCCTGAGAGC  900

seq1  CAGCACTGTGCTTGGCAGGCTGATGAATGAATGAATTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGTGCTTGGCAGGCTGATGAATGAATGAATTC  938

seq1: chr13_54165539_54165830
seq2: B6Ng01-325G18.g_72_364

seq1  ACTTGCAATTGAGTTAGTTTTCTGTTGTCTAAGGCAGTGTATCCTACTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAATTGAGTTAGTTTTCTGTTGTCTAAGGCAGTGTATCCTACTGC  50

seq1  CTTGTGATGCAGTATATTCAGGAGCCACAGGTATGGTGGGGAGGTTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
seq2  CTTGTGATGCAGTATATTCAGGAGCCACAGGTATGGTGGGGGGGGTGGGC  100

seq1  AGTAAAAGAATTCACGCAAGACAGTACTAGGTATAAAGGGACATGTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAGAATTCACGCAAGACAGTACTAGGTATAAAGGGACATGTTTAA  150

seq1  CGAGCACGGTGCAATGGGACAAAGCAGTAACAGACA-AACTATCTTCTTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||
seq2  CGAGCACGGTGCAATGGGACAAAGCAGTAACTGACATCTCTATCTTCTTG  200

seq1  GCTTAGACCAGTTTTTAATGTGGGGACTGTCTTGGTTTCTTTTTCTGTTG  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||| 
seq2  GCTTAGACCAGTTTTTAATGTGGGGACTGTCTTGGTTTCACCTTCAGTTA  250

seq1  CTGTGATAAAACATCCCAACAAAAGCCACCCAAGGGAAGGAGG  292
      |||  | ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||
seq2  CTGAAAAAAAACATCCCAACAAAATCCACACAAGGGAATGAGG  293