BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327C21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 51,318,043 - 51,461,910
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524
Upstream geneLOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728
Downstream geneEdg3, Shc3, Cks2, Secisbp2, Sema4d, Gadd45g, LOC100040321
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327C21.bB6Ng01-327C21.g
ACCGA114795GA114796
length1,2041,126
definitionB6Ng01-327C21.b B6Ng01-327C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,318,043 - 51,319,235)(51,460,772 - 51,461,910)
sequence
gaattctccctggcttccctttatagatcactcagagatctgcctcagtt
tctttggttcagactcagtcaagttgacaacaaagactgaccactatctt
ccagagttctgcctctctgacagagccctgacagacacacccctcagcca
tcaacctcctgggggccttcctccctcctcatccttccacatccttctcc
ttgccattcccagtcacgcctgcattccttatatcatattctcttgtgtc
ctgaagccacatgtgggggagagtgtagaggaaattgagccgctaacaag
aaacatagaccaggaggtatttaaaacttcccacacgtgttctgttccgt
tcaacagtccattttaaaaaaaatgttaaactaccaaaactttgaaagat
ttaaagaaaacaatcacatgagctctatcccaccattaaatttttatgat
tcttgcttcatccacccacacatccactgctcaccattgacccctcttct
gtttctttctatttaaagcacattgtagacactgatgcccggctttctca
agaactgcaccgtctcatttgttaattacaatttcatatttacttttagc
ttttgttggaggaaaatttcccatgcagaagtgtcccaatcgaaagtatc
ccgttcaataagtttggacaaatgttatgcattcactgggccagattact
ccacccacaggacacttttgccatccagtccccttgtgtccctttccagt
ctgttttgttccagcagaagcagctgatcctgtgcttctctctttgtttg
aaaaattcattaaaatgcaatcataggtcacgtgatcctttgtctggctt
ctttcactcatcgaagagttttcaagaatctgccatggtgaagctgcagc
cctacacaaccaaaactgttggctgtgaacagtggagaaaaggaggctca
tgactgctcaagatgttgagagcaagtgatggttggagtgtccggtccta
acaaggatgtttacaccggtcctttcttagggctcatggaacatttgcag
aggaggggatagtaggtatgaaaagagccaagaagaatggtgtaggctgg
tgattggcatcctctcatggacttggaccatcattatatagtccaaacct
ataaccatggcatctgaccaagacctgtcctgtagttctacggataaagg
ggag
gaattcacctacaaagagacagttggggcactttcttatctgactacaca
ccacgctatctgtgtgtggtgcttatagtcccatgctggattcgggcatc
gagagtatttgtcctattaatgttcttatcttcatgttagcctgcagcgg
tggccgtgttacagctttcagtacagagtcacaagactcaacagctcttt
ggaacccatctggcgactggaggccacagtgtctgttgtctgtaatctct
tagtctcccaatcttccctgagactcactcttgccctggctgctctcagg
ctgttcagcttcttcagtcatgggggagcccattgcttgttttcagtgct
tggcctcttgcctgttagctctcatagtctctgccgttccgcctccctct
ccactgatgtactgccgcaagtaactaagcaaacccctttatcagtctgg
aagtaacctggtgggcaggcaggggtacgacttgggtgagtctctctcac
aggatggggtgaatctgagcagctacttgtacaggctatttgggccaatc
atggtcatgtgtttgggtgagccatggcctttggtttcagaacaattgac
cgtacacatatatttgggtcaatcatagtcttttcttgatggacgatgcc
acatcgttcccatcactagaccagcacgggagatgcagcccacccggcca
aggtgaacacagctgcagggtcatctaaagttagtcaaaacttgaaatgg
taaccactgtgctagaaacgaattcaaagcatgctggctgagaccatacc
ttcaggagcgcaggcaaccagctgagatctttctagttgtctctcgctat
ccagtggaaagttcatgatagccagggctggcataaggctgatccagctg
ctaaccagagaatcccatagcccccgggccctgacatctttgtagtttat
aggaaacaaacctcagaagagttcttgcatagatcagataatttccactt
actcaatagtgattttttaaaaatatactgtaacagtgtgtaggcctgct
cagcgtcccagcaaagatcattcccttatctggcttggagcccaagcaag
ttcagggagaagaatgtgtataggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_51318043_51319235
seq2: B6Ng01-327C21.b_50_1253

seq1  GAATTCTCCCTGGCTTCCCTTTATAGATCACTCAGAGATCTGCCTCAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTGGCTTCCCTTTATAGATCACTCAGAGATCTGCCTCAGTT  50

seq1  TCTTTGGTTCAGACTCAGTCAAGTTGACAACAAAGACTGACCACTATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGTTCAGACTCAGTCAAGTTGACAACAAAGACTGACCACTATCTT  100

seq1  CCAGAGTTCTGCCTCTCTGACAGAGCCCTGACAGACACACCCCTCAGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTCTGCCTCTCTGACAGAGCCCTGACAGACACACCCCTCAGCCA  150

seq1  TCAACCTCCTGGGGGCCTTCCTCCCTCCTCATCCTTCCACATCCTTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTCCTGGGGGCCTTCCTCCCTCCTCATCCTTCCACATCCTTCTCC  200

seq1  TTGCCATTCCCAGTCACGCCTGCATTCCTTATATCATATTCTCTTGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATTCCCAGTCACGCCTGCATTCCTTATATCATATTCTCTTGTGTC  250

seq1  CTGAAGCCACATGTGGGGGAGAGTGTAGAGGAAATTGAGCCGCTAACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCCACATGTGGGGGAGAGTGTAGAGGAAATTGAGCCGCTAACAAG  300

seq1  AAACATAGACCAGGAGGTATTTAAAACTTCCCACACGTGTTCTGTTCCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAGACCAGGAGGTATTTAAAACTTCCCACACGTGTTCTGTTCCGT  350

seq1  TCAACAGTCCATTTTAAAAAAAATGTTAAACTACCAAAACTTTGAAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGTCCATTTTAAAAAAAATGTTAAACTACCAAAACTTTGAAAGAT  400

seq1  TTAAAGAAAACAATCACATGAGCTCTATCCCACCATTAAATTTTTATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAAACAATCACATGAGCTCTATCCCACCATTAAATTTTTATGAT  450

seq1  TCTTGCTTCATCCACCCACACATCCACTGCTCACCATTGACCCCTCTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTCATCCACCCACACATCCACTGCTCACCATTGACCCCTCTTCT  500

seq1  GTTTCTTTCTATTTAAAGCACATTGTAGACACTGATGCCCGGCTTTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTCTATTTAAAGCACATTGTAGACACTGATGCCCGGCTTTCTCA  550

seq1  AGAACTGCACCGTCTCATTTGTTAATTACAATTTCATATTTACTTTTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGCACCGTCTCATTTGTTAATTACAATTTCATATTTACTTTTAGC  600

seq1  TTTTGTTGGAGGAAAATTTCCCATGCAGAAGTGTCCCAATCGAAAGTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGGAGGAAAATTTCCCATGCAGAAGTGTCCCAATCGAAAGTATC  650

seq1  CCGTTCAATAAGTTTGGACAAATGTTATGCATTCACTGGGCCAGATTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTCAATAAGTTTGGACAAATGTTATGCATTCACTGGGCCAGATTACT  700

seq1  CCACCCACAGGACACTTTTGCCATCCAGTCCCCTTGTGTCCCTTTCCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACAGGACACTTTTGCCATCCAGTCCCCTTGTGTCCCTTTCCAGT  750

seq1  CTGTTTTGTTCCAGCAGAAGCAGCTGATCCTGTGCTTCTCTCTTTGTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTTCCAGCAGAAGCAGCTGATCCTGTGCTTCTCTCTTTGTTTG  800

seq1  AAAAATTCATTAAAATGCAATCATAGGTCACGTGATCCTTTGTCTGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCATTAAAATGCAATCATAGGTCACGTGATCCTTTGTCTGGCTT  850

seq1  CTTTCACTCATCGAAGAGTTTTCAAGAATCTGCCATGGTGAAGCTGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACTCATCGAAGAGTTTTCAAGAATCTGCCATGGTGAAGCTGCAGC  900

seq1  CCTACACAACCAAAACTGTTGGCTGTGAACAGTGGAGAAAAGGAGGCTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACACAACCAAAACTGTTGGCTGTGAACAGTGGAGAAAAGGAGGCTCA  950

seq1  TGACTGCTCAAGATGTTGAGAGCAAGTGATGGTT-GAGTGTCCGGTCCTA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGACTGCTCAAGATGTTGAGAGCAAGTGATGGTTGGAGTGTCCGGTCCTA  1000

seq1  ACAA-GATGTTTACACC-GTCCTTTC-TAGGGCTCATGGAACA-TTGCAG  1045
      |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAAGGATGTTTACACCGGTCCTTTCTTAGGGCTCATGGAACATTTGCAG  1050

seq1  AGGAGGGGATAGGAAGTATG-AAAGAGCCAAGA--GATGGTGTAAAGGGC  1092
      |||||||||||| | ||||| ||||||||||||   ||||||||   |||
seq2  AGGAGGGGATAGTAGGTATGAAAAGAGCCAAGAAGAATGGTGTA---GGC  1097

seq1  T-GTGAATGGCATCCTC---TAGACTTGAAACAATCATTATA-ATCACAA  1137
      | |||| ||||||||||   | ||||||  || ||||||||| |   |||
seq2  TGGTGATTGGCATCCTCTCATGGACTTG-GACCATCATTATATAGTCCAA  1146

seq1  ACTTATAACCATGGCATCTGCACAAGACTGGTCCTGTAAGTC-AC-GATA  1185
      || |||||||||||||||||  ||||||  ||||||||  || || ||||
seq2  ACCTATAACCATGGCATCTGACCAAGACCTGTCCTGTAGTTCTACGGATA  1196

seq1  AAGGGGAG  1193
      ||||||||
seq2  AAGGGGAG  1204

seq1: chr13_51460772_51461910
seq2: B6Ng01-327C21.g_68_1193 (reverse)

seq1  TCCCTAT-CACATTCTTCCTTCCCCTTGACCTTTGCTGGGCTTCAAGGCA  49
      ||||||| ||||||||||  ||||  ||| |||   |||||| |||| ||
seq2  TCCCTATACACATTCTTC--TCCC--TGAACTTGCTTGGGCTCCAAGCCA  46

seq1  GATAAAGGGGAAATGATCTTTTCCTGGGACGCTGAGCAAGGCTACACACT  99
      |||||   || ||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||
seq2  GATAA---GGGAATGATC-TTTGCTGGGACGCTGAGCAGGCCTACACACT  92

seq1  GTTACAGTATATTTTTAAAAAATCACTATTGGAGTTAGTGGAAATTATTC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  
seq2  GTTACAGTATATTTTTAAAAAATCACTATT-GAGTAAGTGGAAATTAT--  139

seq1  TTGATTCTTATTGCAAGAACTCTTCTGAGGTTTGTTTTCCTATAAACTAC  199
       ||| |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGA-TCT--ATGCAAGAACTCTTCTGAGGTTTG-TTTCCTATAAACTAC  185

seq1  AAAGATGTCAGGG-CCGGGGGCTATGGGATTCTCTGGTTAGCAGCTGGAT  248
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTCAGGGCCCGGGGGCTATGGGATTCTCTGGTTAGCAGCTGGAT  235

seq1  CAGCCTTATGCCAGCCCTGGCTATCATGAACTTTCCACTGGATAGCGAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTATGCCAGCCCTGGCTATCATGAACTTTCCACTGGATAGCGAGA  285

seq1  GACAACTAGAAAGATCTCAGCTGGTTGCCTGCGCTCCTGAAGGTATGGTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTAGAAAGATCTCAGCTGGTTGCCTGCGCTCCTGAAGGTATGGTC  335

seq1  TCAGCCAGCATGCTTTGAATTCGTTTCTAGCACAGTGGTTACCATTTCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGCATGCTTTGAATTCGTTTCTAGCACAGTGGTTACCATTTCAA  385

seq1  GTTTTGACTAACTTTAGATGACCCTGCAGCTGTGTTCACCTTGGCCGGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGACTAACTTTAGATGACCCTGCAGCTGTGTTCACCTTGGCCGGGT  435

seq1  GGGCTGCATCTCCCGTGCTGGTCTAGTGATGGGAACGATGTGGCATCGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCATCTCCCGTGCTGGTCTAGTGATGGGAACGATGTGGCATCGTC  485

seq1  CATCAAGAAAAGACTATGATTGACCCAAATATATGTGTACGGTCAATTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGAAAAGACTATGATTGACCCAAATATATGTGTACGGTCAATTGT  535

seq1  TCTGAAACCAAAGGCCATGGCTCACCCAAACACATGACCATGATTGGCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACCAAAGGCCATGGCTCACCCAAACACATGACCATGATTGGCCC  585

seq1  AAATAGCCTGTACAAGTAGCTGCTCAGATTCACCCCATCCTGTGAGAGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCCTGTACAAGTAGCTGCTCAGATTCACCCCATCCTGTGAGAGAG  635

seq1  ACTCACCCAAGTCGTACCCCTGCCTGCCCACCAGGTTACTTCCAGACTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCCAAGTCGTACCCCTGCCTGCCCACCAGGTTACTTCCAGACTGA  685

seq1  TAAAGGGGTTTGCTTAGTTACTTGCGGCAGTACATCAGTGGAGAGGGAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGGTTTGCTTAGTTACTTGCGGCAGTACATCAGTGGAGAGGGAGG  735

seq1  CGGAACGGCAGAGACTATGAGAGCTAACAGGCAAGAGGCCAAGCACTGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACGGCAGAGACTATGAGAGCTAACAGGCAAGAGGCCAAGCACTGAA  785

seq1  AACAAGCAATGGGCTCCCCCATGACTGAAGAAGCTGAACAGCCTGAGAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCAATGGGCTCCCCCATGACTGAAGAAGCTGAACAGCCTGAGAGC  835

seq1  AGCCAGGGCAAGAGTGAGTCTCAGGGAAGATTGGGAGACTAAGAGATTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCAAGAGTGAGTCTCAGGGAAGATTGGGAGACTAAGAGATTAC  885

seq1  AGACAACAGACACTGTGGCCTCCAGTCGCCAGATGGGTTCCAAAGAGCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACAGACACTGTGGCCTCCAGTCGCCAGATGGGTTCCAAAGAGCTG  935

seq1  TTGAGTCTTGTGACTCTGTACTGAAAGCTGTAACACGGCCACCGCTGCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCTTGTGACTCTGTACTGAAAGCTGTAACACGGCCACCGCTGCAG  985

seq1  GCTAACATGAAGATAAGAACATTAATAGGACAAATACTCTCGATGCCCGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACATGAAGATAAGAACATTAATAGGACAAATACTCTCGATGCCCGA  1035

seq1  ATCCAGCATGGGACTATAAGCACCACACACAGATAGCGTGGTGTGTAGTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCATGGGACTATAAGCACCACACACAGATAGCGTGGTGTGTAGTC  1085

seq1  AGATAAGAAAGTGCCCCAACTGTCTCTTTGTAGGTGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAAAGTGCCCCAACTGTCTCTTTGTAGGTGAATTC  1126