BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327J09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,165,703 - 45,295,079
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204
Upstream geneA730030A06, EG637868, EG667157, Jarid2, Dtnbp1
Downstream geneLOC100039533, Mylip, Gmpr, Atxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327J09.bB6Ng01-327J09.g
ACCGA115093GA115094
length1,1911,042
definitionB6Ng01-327J09.b B6Ng01-327J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,165,703 - 45,166,891)(45,294,040 - 45,295,079)
sequence
gaattcacactgatataaataactaaataaataagtagacagggccaatg
gggcagcttttcttggagaattctagttaaatgtagaagtggagaaaggc
agtcactaggtaaacagtacgggaagagttatggaagatccacggatgga
tgcctaaatcagtaggcgaaagttcgaggaggagatggagtttaggacac
atgctgcttttgctgaggatgttggctcagttcccagcacctttgccaag
cagattaaagccttctgcaatcccagttgtaggaatcggatcccctcctc
agacctctgctgatacatgtatgtatgtcctgtgcagaccaacatacagt
cacgcccaaacacataaagaaaacttgaaaagtttgaggaattgcaaaaa
tattattctagactttaaaatttcctggcaagagaccctgcctcaaacca
gttgagaggcaaagatgaaccccaaaccctaaggtcctctgatttccaca
catgtgctctggtgcatatgtgtacacccccacatatgggcatacacatc
acacacacttacctcctgttaattacacatcaaccatagagagattttcc
aaaatgttgtatttatctggtggtacaagaattgcttctgtggggagaca
taagcaactcctacctgtttccctgttcctcataacatcatattgacaaa
ggaaagtgtgggtctcatcaaaattcatccccggggactggagaaactat
tgggattagttacaaagcctgagtgagtgggtcagtcaggagggggtgac
ccagagcatcaacactgcaaagtcttcacccagcacagataatgggttct
ctatagcaaggatagatggagcccccttcttgtaaacctttaccatctta
tgtattctggcagctccagagaccacgtgagattagggcagaatgacatc
cgagtagccgtgaggagcagctagactctccggggagcttgcagtctcct
cctcatgtcctttgatacaagaatgtcagtggctaactagcctagcgtga
ttgacgaactctttgcagtcagccacagccagtgagatgggattgatctt
gccctccccacttggttctacaggcttttgggggaagagtcatggcctgg
catggaacacatatgcacaagggacactatgtgaacaagtg

gaattctaagattgaatgagccattgtacttggatttaacttttattatt
aatatgtataacctaattaaaactatgttggcatttacatcttatgtagg
tatgtatcattattaattctggtacagattggtacagtacccagcactct
cctcgtatgctcacataaacattcaactgactctgactttgtgctagaaa
tatccatgtgatcattcttataggatgtagcaaagagacttatgctacgt
aaatagaagaccacaaatgttatctgggacatcaactaaatgagtccatt
agatcccagggatggcatctatcaactcctttttccattagttctaaggg
aactaatttaatttaataccatttcttcctatcaaataagaatttaatga
gagtctttacatttttttccttggaagacatctaagggatgaattaatat
tgatattttgctagatgctttccatccttgaggacatattttatatcata
aacttgatatatagatgtgatatagaatatattgactatatatatccaat
gtgctcttgcctgaaaactctggcacattaaaaatgtctaataaatattt
gttgaatgacttaatatactgggaacagggatggggaaaaggctataagc
caaggcccatccttcagggagttctgagcttgggatgagccttcagaact
gtcatgtgttggcaaaaaggaattatgtctctgcttaatgcattgagaga
agagcgcagccataggaccaattggtaggtaaatcttggacaacccaaca
gctggttattactagtccttcacccctcaagaaggatccaggtacagatt
acagcatgaaccacatggtgattgctcagtaaatgctagtttactgaatg
aatagttgccccttaaatgaaaggaacaatgacaggctcctgcatagctt
tgtaactgacatgcttgggtcattctaagtgtattaccttgtcaacaccg
ccctaggttttgtttgggttttgggttttggtttggtttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45165703_45166891
seq2: B6Ng01-327J09.b_47_1237

seq1  GAATTCACACTGATATAAATAACTAAATAAATAAGTAGACAGGGCCAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTGATATAAATAACTAAATAAATAAGTAGACAGGGCCAATG  50

seq1  GGGCAGCTTTTCTTGGAGAATTCTAGTTAAATGTAGAAGTGGAGAAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGCTTTTCTTGGAGAATTCTAGTTAAATGTAGAAGTGGAGAAAGGC  100

seq1  AGTCACTAGGTAAACAGTACGGGAAGAGTTATGGAAGATCCACGGATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTAGGTAAACAGTACGGGAAGAGTTATGGAAGATCCACGGATGGA  150

seq1  TGCCTAAATCAGTAGGCGAAAGTTCGAGGAGGAGATGGAGTTTAGGACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAAATCAGTAGGCGAAAGTTCGAGGAGGAGATGGAGTTTAGGACAC  200

seq1  ATGCTGCTTTTGCTGAGGATGTTGGCTCAGTTCCCAGCACCTTTGCCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCTTTTGCTGAGGATGTTGGCTCAGTTCCCAGCACCTTTGCCAAG  250

seq1  CAGATTAAAGCCTTCTGCAATCCCAGTTGTAGGAATCGGATCCCCTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAAAGCCTTCTGCAATCCCAGTTGTAGGAATCGGATCCCCTCCTC  300

seq1  AGACCTCTGCTGATACATGTATGTATGTCCTGTGCAGACCAACATACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCTGCTGATACATGTATGTATGTCCTGTGCAGACCAACATACAGT  350

seq1  CACGCCCAAACACATAAAGAAAACTTGAAAAGTTTGAGGAATTGCAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCCAAACACATAAAGAAAACTTGAAAAGTTTGAGGAATTGCAAAAA  400

seq1  TATTATTCTAGACTTTAAAATTTCCTGGCAAGAGACCCTGCCTCAAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTCTAGACTTTAAAATTTCCTGGCAAGAGACCCTGCCTCAAACCA  450

seq1  GTTGAGAGGCAAAGATGAACCCCAAACCCTAAGGTCCTCTGATTTCCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAGGCAAAGATGAACCCCAAACCCTAAGGTCCTCTGATTTCCACA  500

seq1  CATGTGCTCTGGTGCATATGTGTACACCCCCACATATGGGCATACACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTCTGGTGCATATGTGTACACCCCCACATATGGGCATACACATC  550

seq1  ACACACACTTACCTCCTGTTAATTACACATCAACCATAGAGAGATTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTTACCTCCTGTTAATTACACATCAACCATAGAGAGATTTTCC  600

seq1  AAAATGTTGTATTTATCTGGTGGTACAAGAATTGCTTCTGTGGGGAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTGTATTTATCTGGTGGTACAAGAATTGCTTCTGTGGGGAGACA  650

seq1  TAAGCAACTCCTACCTGTTTCCCTGTTCCTCATAACATCATATTGACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAACTCCTACCTGTTTCCCTGTTCCTCATAACATCATATTGACAAA  700

seq1  GGAAAGTGTGGGTCTCATCAAAATTCATCCCCGGGGACTGGAGAAACTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTGTGGGTCTCATCAAAATTCATCCCCGGGGACTGGAGAAACTAT  750

seq1  TGGGATTAGTTACAAAGCCTGAGTGAGTGGGTCAGTCAGGAGGGGGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAGTTACAAAGCCTGAGTGAGTGGGTCAGTCAGGAGGGGGTGAC  800

seq1  CCAGAGCATCAACACTGCAAAGTCTTCACCCAGCACAGATAATGGGTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCATCAACACTGCAAAGTCTTCACCCAGCACAGATAATGGGTTCT  850

seq1  CTATAGC-AGGATAGATGGAGCCCCCTTCTTGTAAACCTTTACCATCTTA  899
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCAAGGATAGATGGAGCCCCCTTCTTGTAAACCTTTACCATCTTA  900

seq1  TGTATTCTGGCAGCTCCAGAGACCACGTGAGATTAGGGCAGAATGACATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCTGGCAGCTCCAGAGACCACGTGAGATTAGGGCAGAATGACATC  950

seq1  CGAGTAGCCGTGAGGAGCAGCTAGACTCTCCGGGGAGCTTGCAGTCTCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTAGCCGTGAGGAGCAGCTAGACTCTCCGGGGAGCTTGCAGTCTCCT  1000

seq1  CCTCATGTCCTTTGATACAAGAATGTCAGTGGTTAACTAGCCCTAGCGTG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  CCTCATGTCCTTTGATACAAGAATGTCAGTGGCTAACTAG-CCTAGCGTG  1049

seq1  ATTGACGGACTC-TTGCAGTCAGCCACAGCCAGTGAAGATGGGGATGGTT  1098
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||  || | 
seq2  ATTGACGAACTCTTTGCAGTCAGCCACAGCCAGTG-AGATGGGATTGATC  1098

seq1  CTGCCCTCCCCACTGTGTTCTACAGCCTTTTTGGGG-AGAGTCAGTGGCG  1147
       |||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| ||||||| |||| 
seq2  TTGCCCTCCCCACTTGGTTCTACAGGCTTTTGGGGGAAGAGTCA-TGGC-  1146

seq1  TTGCCATGGGA-ACACATGCACCAAGGTACACTATG---ACAAGTG  1189
       || ||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||   |||||||
seq2  CTGGCATGGAACACATATGCA-CAAGGGACACTATGTGAACAAGTG  1191


seq1: chr13_45294040_45295079
seq2: B6Ng01-327J09.g_66_1107 (reverse)

seq1  AAAAAACCAAAACCAAAACCAAAACCAAACAAAAACCTAGGGC-GTGTTG  49
      ||||||||||| | ||| |||||||| ||  |||||||||||| ||||||
seq2  AAAAAACCAAACCAAAACCCAAAACCCAAACAAAACCTAGGGCGGTGTTG  50

seq1  ACAAGGTAATACAACTTAGAATGA-CCAAGCATGTCAGTTACAAAGCTAT  98
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTAATAC-ACTTAGAATGACCCAAGCATGTCAGTTACAAAGCTAT  99

seq1  GCAGGAGCCTGTCATTGTTCC-TTCATTTAAGGGGCAACTATTCATTCAG  147
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGCCTGTCATTGTTCCTTTCATTTAAGGGGCAACTATTCATTCAG  149

seq1  TAAACTAGCATTTACTGAGCAATCACCATGTGGTTCATGCTGTAATCTGT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTAGCATTTACTGAGCAATCACCATGTGGTTCATGCTGTAATCTGT  199

seq1  ACCTGGATCCTTCTTGAGGGGTGAAGGACTAGTAATAACCAGCTGTTGGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGATCCTTCTTGAGGGGTGAAGGACTAGTAATAACCAGCTGTTGGG  249

seq1  TTGTCCAAGATTTACCTACCAATTGGTCCTATGGCTGCGCTCTTCTCTCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAAGATTTACCTACCAATTGGTCCTATGGCTGCGCTCTTCTCTCA  299

seq1  ATGCATTAAGCAGAGACATAATTCCTTTTTGCCAACACATGACAGTTCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTAAGCAGAGACATAATTCCTTTTTGCCAACACATGACAGTTCTG  349

seq1  AAGGCTCATCCCAAGCTCAGAACTCCCTGAAGGATGGGCCTTGGCTTATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCATCCCAAGCTCAGAACTCCCTGAAGGATGGGCCTTGGCTTATA  399

seq1  GCCTTTTCCCCATCCCTGTTCCCAGTATATTAAGTCATTCAACAAATATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTCCCCATCCCTGTTCCCAGTATATTAAGTCATTCAACAAATATT  449

seq1  TATTAGACATTTTTAATGTGCCAGAGTTTTCAGGCAAGAGCACATTGGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGACATTTTTAATGTGCCAGAGTTTTCAGGCAAGAGCACATTGGAT  499

seq1  ATATATAGTCAATATATTCTATATCACATCTATATATCAAGTTTATGATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAGTCAATATATTCTATATCACATCTATATATCAAGTTTATGATA  549

seq1  TAAAATATGTCCTCAAGGATGGAAAGCATCTAGCAAAATATCAATATTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATGTCCTCAAGGATGGAAAGCATCTAGCAAAATATCAATATTAA  599

seq1  TTCATCCCTTAGATGTCTTCCAAGGAAAAAAATGTAAAGACTCTCATTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCCTTAGATGTCTTCCAAGGAAAAAAATGTAAAGACTCTCATTAA  649

seq1  ATTCTTATTTGATAGGAAGAAATGGTATTAAATTAAATTAGTTCCCTTAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTATTTGATAGGAAGAAATGGTATTAAATTAAATTAGTTCCCTTAG  699

seq1  AACTAATGGAAAAAGGAGTTGATAGATGCCATCCCTGGGATCTAATGGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATGGAAAAAGGAGTTGATAGATGCCATCCCTGGGATCTAATGGAC  749

seq1  TCATTTAGTTGATGTCCCAGATAACATTTGTGGTCTTCTATTTACGTAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAGTTGATGTCCCAGATAACATTTGTGGTCTTCTATTTACGTAGC  799

seq1  ATAAGTCTCTTTGCTACATCCTATAAGAATGATCACATGGATATTTCTAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCTCTTTGCTACATCCTATAAGAATGATCACATGGATATTTCTAG  849

seq1  CACAAAGTCAGAGTCAGTTGAATGTTTATGTGAGCATACGAGGAGAGTGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGTCAGAGTCAGTTGAATGTTTATGTGAGCATACGAGGAGAGTGC  899

seq1  TGGGTACTGTACCAATCTGTACCAGAATTAATAATGATACATACCTACAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTACTGTACCAATCTGTACCAGAATTAATAATGATACATACCTACAT  949

seq1  AAGATGTAAATGCCAACATAGTTTTAATTAGGTTATACATATTAATAATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTAAATGCCAACATAGTTTTAATTAGGTTATACATATTAATAATA  999

seq1  AAAGTTAAATCCAAGTACAATGGCTCATTCAATCTTAGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTAAATCCAAGTACAATGGCTCATTCAATCTTAGAATTC  1042


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |