BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331E18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 46,591,330 - 46,613,120
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCap2
Upstream geneGmpr, Atxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24
Downstream geneC78339, Nup153, Kif13a, LOC544928, Nhlrc1, Tpmt, Aof1, Dek, LOC100039761, Ibrdc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331E18.bB6Ng01-331E18.g
ACCGA117702GA117703
length955983
definitionB6Ng01-331E18.b B6Ng01-331E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,612,166 - 46,613,120)(46,591,330 - 46,592,310)
sequence
gaattcaagcaaggataatcttggataagaaccctccatcttccccacag
ttcacccaaaccttctcctgctcagtggaggagagcctgctgagccttct
cctcactaattccccccgtgctaaggacagctgtcacagttgctctgaac
actggtaccccacagcaacatgcaaatggtgtgagcccagaataacagcc
tatgtgtccagttcacttccttagcatctgtaagacaccctgtccagtga
acacagtccttatgctgtctttccccttggcacatgtccaccctgcctcc
caagggcctgggaagcatgctttgcccgagctgaagctgagctcattttc
ctccatcccacggagtccagcacggtgccatacacctagagaagtctata
aatatttttgattgactaatgaattggcttccactcactgctctgtgctt
gctgcctactctctggcaccatcccacatcaggctgtaggccagattttt
cacaggagaaatttccatttaaaagtgggtgctagattagtctttcctgt
gtggaaccacagtggcttccatgaagaaacacgtatgtttgctctcaccg
aaggcaagccctgcatcttccatggctctttttttcccctttagggtatc
aacaacaacaacaacagcaacaaaatacatatatttcatgttgttcaaag
agttttgtaaaattgtcacagcaagttcataaaaagagtaaagaagaaag
tgactttggtagtgttttcgtgttcatagaagagagtgaggtctttaggg
tctcctgaaagccagttcaatgttcctattcctaggtcaaagatggagaa
gcaaccgtggtgagtctttagtgattctctctcacacacacaccctgtgt
gtgtatgtgtgtgtgaatgaccaggtgtgtgtgtgtgtgtatgaccaggg
gtgtg
gaattctccaccatcagagctgttaacatttgctgagggaacgtgggttt
tataccagtaaggtgagacttcgttcccccttgctcagtacctcctgtct
atactcatgaattccaggggactctccctaccttcactaccatttcctct
gtgttgctgatcctcatgtatagagttgacccctctgtatctgcatcctt
ctgttctacttctgtcctagttattgttcaattgctgtgaaaagacacca
tgatcaaggtaactgaaaaagcaaagcacttaactgagggcttacttata
gttcaatgggtgagtctataaccaacacgcctggaagcatgggagcaggc
aggcagacacagcactggagcagtagttaagaacttacatcctgattaca
agcagcagcagcagcaagaaagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagagagaacctgacatgggcttatgaaatctcaaaa
cccacccacagtgacacaccttctccaacaaggccacacctctaatcctt
cccaaacaattccaccaactggtgggggtggggccaagtattcaaacata
agagcatatgagggccactctcattcaaaccaccactttatttttgcgtg
aaaactatagttttgtgtttcaaaattatagtttaaattcatctgtactg
agtaggagcagacatgtcccccttccagcattttactataaacaacatag
tatagaaatttttacagctttcgttactgtatgaagtaatctagagatca
ctaaagtatacaagaggggtaattaacatgcaaatatgatgtggttttat
atactcaaggatctgagtattgtccagagtcttagaactaatctcacatg
gatgctacatcagctcaataaaaagagagatgtggcaatttttagttcta
gattttaaagtgttggaaaaggtgggtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_46612166_46613120
seq2: B6Ng01-331E18.b_46_1000 (reverse)

seq1  CACACCCCTGGTCATACACACACACACACACCTGGTCATTCACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCCTGGTCATACACACACACACACACCTGGTCATTCACACACACA  50

seq1  TACACACACAGGGTGTGTGTGTGAGAGAGAATCACTAAAGACTCACCACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACAGGGTGTGTGTGTGAGAGAGAATCACTAAAGACTCACCACG  100

seq1  GTTGCTTCTCCATCTTTGACCTAGGAATAGGAACATTGAACTGGCTTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTCTCCATCTTTGACCTAGGAATAGGAACATTGAACTGGCTTTCA  150

seq1  GGAGACCCTAAAGACCTCACTCTCTTCTATGAACACGAAAACACTACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACCCTAAAGACCTCACTCTCTTCTATGAACACGAAAACACTACCAA  200

seq1  AGTCACTTTCTTCTTTACTCTTTTTATGAACTTGCTGTGACAATTTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTTTCTTCTTTACTCTTTTTATGAACTTGCTGTGACAATTTTACA  250

seq1  AAACTCTTTGAACAACATGAAATATATGTATTTTGTTGCTGTTGTTGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTTTGAACAACATGAAATATATGTATTTTGTTGCTGTTGTTGTTG  300

seq1  TTGTTGATACCCTAAAGGGGAAAAAAAGAGCCATGGAAGATGCAGGGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGATACCCTAAAGGGGAAAAAAAGAGCCATGGAAGATGCAGGGCTT  350

seq1  GCCTTCGGTGAGAGCAAACATACGTGTTTCTTCATGGAAGCCACTGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCGGTGAGAGCAAACATACGTGTTTCTTCATGGAAGCCACTGTGGT  400

seq1  TCCACACAGGAAAGACTAATCTAGCACCCACTTTTAAATGGAAATTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACAGGAAAGACTAATCTAGCACCCACTTTTAAATGGAAATTTCTC  450

seq1  CTGTGAAAAATCTGGCCTACAGCCTGATGTGGGATGGTGCCAGAGAGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAAAATCTGGCCTACAGCCTGATGTGGGATGGTGCCAGAGAGTAG  500

seq1  GCAGCAAGCACAGAGCAGTGAGTGGAAGCCAATTCATTAGTCAATCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAAGCACAGAGCAGTGAGTGGAAGCCAATTCATTAGTCAATCAAAA  550

seq1  ATATTTATAGACTTCTCTAGGTGTATGGCACCGTGCTGGACTCCGTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATAGACTTCTCTAGGTGTATGGCACCGTGCTGGACTCCGTGGGA  600

seq1  TGGAGGAAAATGAGCTCAGCTTCAGCTCGGGCAAAGCATGCTTCCCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAAAATGAGCTCAGCTTCAGCTCGGGCAAAGCATGCTTCCCAGGC  650

seq1  CCTTGGGAGGCAGGGTGGACATGTGCCAAGGGGAAAGACAGCATAAGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGAGGCAGGGTGGACATGTGCCAAGGGGAAAGACAGCATAAGGAC  700

seq1  TGTGTTCACTGGACAGGGTGTCTTACAGATGCTAAGGAAGTGAACTGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCACTGGACAGGGTGTCTTACAGATGCTAAGGAAGTGAACTGGAC  750

seq1  ACATAGGCTGTTATTCTGGGCTCACACCATTTGCATGTTGCTGTGGGGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGCTGTTATTCTGGGCTCACACCATTTGCATGTTGCTGTGGGGTA  800

seq1  CCAGTGTTCAGAGCAACTGTGACAGCTGTCCTTAGCACGGGGGGAATTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTTCAGAGCAACTGTGACAGCTGTCCTTAGCACGGGGGGAATTAG  850

seq1  TGAGGAGAAGGCTCAGCAGGCTCTCCTCCACTGAGCAGGAGAAGGTTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGAAGGCTCAGCAGGCTCTCCTCCACTGAGCAGGAGAAGGTTTGG  900

seq1  GTGAACTGTGGGGAAGATGGAGGGTTCTTATCCAAGATTATCCTTGCTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTGTGGGGAAGATGGAGGGTTCTTATCCAAGATTATCCTTGCTTG  950

seq1  AATTC  955
      |||||
seq2  AATTC  955

seq1: chr13_46591330_46592310
seq2: B6Ng01-331E18.g_66_1048

seq1  GAATTCTCCACCATCAGAGCTGTTAACATTTGCTGAGGGAACGTGGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACCATCAGAGCTGTTAACATTTGCTGAGGGAACGTGGGTTT  50

seq1  TATACCAGTAAGGTGAGACTTCGTTCCCCCTTGCTCAGTACCTCCTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAGTAAGGTGAGACTTCGTTCCCCCTTGCTCAGTACCTCCTGTCT  100

seq1  ATACTCATGAATTCCAGGGGACTCTCCCTACCTTCACTACCATTTCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCATGAATTCCAGGGGACTCTCCCTACCTTCACTACCATTTCCTCT  150

seq1  GTGTTGCTGATCCTCATGTATAGAGTTGACCCCTCTGTATCTGCATCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCTGATCCTCATGTATAGAGTTGACCCCTCTGTATCTGCATCCTT  200

seq1  CTGTTCTACTTCTGTCCTAGTTATTGTTCAATTGCTGTGAAAAGACACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTACTTCTGTCCTAGTTATTGTTCAATTGCTGTGAAAAGACACCA  250

seq1  TGATCAAGGTAACTGAAAAAGCAAAGCACTTAACTGAGGGCTTACTTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAGGTAACTGAAAAAGCAAAGCACTTAACTGAGGGCTTACTTATA  300

seq1  GTTCAATGGGTGAGTCTATAACCAACACGCCTGGAAGCATGGGAGCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATGGGTGAGTCTATAACCAACACGCCTGGAAGCATGGGAGCAGGC  350

seq1  AGGCAGACACAGCACTGGAGCAGTAGTTAAGAACTTACATCCTGATTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGACACAGCACTGGAGCAGTAGTTAAGAACTTACATCCTGATTACA  400

seq1  AGCAGCAGCAGCAGCAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGCAGCAGCAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  450

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACCTGACATGGGCTTATGAAATCTCAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACCTGACATGGGCTTATGAAATCTCAAAA  500

seq1  CCCACCCACAGTGACACACCTTCTCCAACAAGGCCACACCTCTAATCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCACAGTGACACACCTTCTCCAACAAGGCCACACCTCTAATCCTT  550

seq1  CCCAAACAATTCCACCAACTGGTGGGGGTGGGGCCAAGTATTCAAACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACAATTCCACCAACTGGTGGGGGTGGGGCCAAGTATTCAAACATA  600

seq1  AGAGCATATGAGGGCCACTCTCATTCAAACCACCACTTTATTTTTGCGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATATGAGGGCCACTCTCATTCAAACCACCACTTTATTTTTGCGTG  650

seq1  AAAACTATAGTTTTGTGTTTCAAAATTATAGTTTAAATTCATCTGTACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATAGTTTTGTGTTTCAAAATTATAGTTTAAATTCATCTGTACTG  700

seq1  AGTAGGAGCAGACATGTCCCCCTTCCAGCATTTTACTATAAACAACATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGAGCAGACATGTCCCCCTTCCAGCATTTTACTATAAACAACATAG  750

seq1  TATAGAAATTTTTACAGCTTTCGTTACTGTATGAAGTAATCTAGAGATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAATTTTTACAGCTTTCGTTACTGTATGAAGTAATCTAGAGATCA  800

seq1  CTAAAGTATACAAGAGGGGTAATTAACATGCAAATATGATGTGGTTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTATACAAGAGGGGTAATTAACATGCAAATATGATGTGGTTTTAT  850

seq1  ATACTCAAGGATCTGAGTATTGTCCAGAGTCTTAGAACTAATCTCACATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCAAGGATCTGAGTATTGTCCAGAGTCTTAGAACTAATCTCACATG  900

seq1  GATGCTACATCAGCTCAAT-AAAAGAGAGATGTGGCAA-TTTTAGTTCTA  948
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATGCTACATCAGCTCAATAAAAAGAGAGATGTGGCAATTTTTAGTTCTA  950

seq1  GATTTTAAAGTGTTGG-AAAGGTGGTGTGTGTGT  981
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GATTTTAAAGTGTTGGAAAAGGTGG-GTGTGTGT  983