BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333K12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,229,636 - 34,311,929
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310047M15Rik, 3110004L20Rik
Upstream geneSerpinb9c, Serpinb9d, Serpinb9e, Serpinb9f, OTTMUSG00000000724, Serpinb9g, LOC100041370, EG619715, LOC382743, OTTMUSG00000000712, LOC193403, Vmn2r-ps94, OTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b
Downstream geneLOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333K12.bB6Ng01-333K12.g
ACCGA119388GA119389
length1,1671,138
definitionB6Ng01-333K12.b B6Ng01-333K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,310,775 - 34,311,929)(34,229,636 - 34,230,786)
sequence
gaattcctccttttcctactagcttttaaaggctccacaagagttggtgg
ctttgaagactgtgtggatgcctgccctttatcatcgcctctctcattac
cactatcctgccatctcctcctgttggctccgttctttgataagctccag
tgactgctggagggagaggtgaatggtagcaccggccagcacaaccagct
gttggtggcaaagtacagagagtgacacattttccttaacaaggaagtat
atactgcctgcattcagggtgcccagcaagatgcttggtggctgctagca
ctctaaggcacagacacagaagctaagcaaaccacttgcccaatgcagat
cctcaaaccaaaagtcgtggtagtcatggtaatcatgctgtgaagataaa
ggcatggaagggctcttctcatcaaggtggtagacaggaagtgagcatag
ataaacctccaagaaactcccaaatttccagaacctcctaaaaatagcac
caccaattggggctagaatgtttaaaacatgagcttgtggaggtgcttca
gattcaaactgtaaccctgtggtttggatgtggattttttccatacccat
tcttatgctaggagcttggttttcagtgtagtggtgttagtaggcagtgg
gacctttcagaggttggggtgggggtctcatagtttagtgattaggggta
tgtccatagaagggactgacactgttctcacagagcaagtgacctgcccc
taaatctctctggcatctctctcatcacgtgatctcatcatgtgatctct
gccacacacattctatccttatgcttccacccacctgaggtcctcaccag
atgtctaaccaaggctggtcttggactttcagtcttacacactgtgggct
tttgtatgctgccctggcatagacgttttgttttagcaacagagaaagga
ctaaatacaggcttggtatacaattagaactgagctccatgaataaagcc
agaatcaaagacagaaaaatctttgctcaccacagggtctccaccccaca
gctagctgactccctgaactgtagaacagaaaaaggattcttcttaaggt
taaaagaaactaagctttgaagtcttgttacttgtgccatgtgtgcatac
gcatgcatgccacaaaa
gaattcctgctgggcttctctacttagagagatgtgcatgagtgacttgg
gctttcatggggtcactgtctgtggcttctattcctggggaagttgaatg
ataaagtcaggtgttgtgcttctgacaggaagccttcttcccacctagca
ctggaggattctttggatcatcttttgaaagactcatattgaatgtctcc
aggctctggacatgcccctgttctcacagttgcttacaactgttcacagg
ccctccccggttttcagtgtgacaggagtgtcctactgcagcatctctgt
ttgctgctatttggatacagtttgaatgtgtgctccaaaggttcatgtgc
caaatgcctgatattcaggtgagggaatctttaagggatgaggcctggtg
taaattgagtagtcactgggagcctggaacacagaagagattaattctct
agggaccccagttaattcccctgagcacaagttgtaatatatgagcctag
cccttgaagctctcgggtttcctgtgttatcagctgatcatattcccaac
aaggtgtcactagctatgctatttactcagagagtcctcactagagctgt
tcagttgcaggcagtatattctcagacctccagactgtgagctaaataaa
cctcttctctgaataaaacgcccagccattttatagacagaaaataaacc
aacacacctattcgtcgaataaatttccacctcattgggctttttattta
tttcatcttaccaaaaattgtttatctttagtcctaaatgaagatcctga
agataaaccatcttcagtattatctctgttttcagtgattacaacaccaa
tagttaacaaaccagatgttgtgaatgcattatgagaataatgttccttt
caccaacacttttaaagttcaaaattatcaagctacttcaaaaattgaga
ggagaaccatggatctgttgtattagagtacagttaggagttcctttgat
aatataatttctcattcagaatcaatgatctgattccataccagatttgt
cccatgttagcacaccacacctgttatttctgagctatttgacatgctgc
acctgagagaagaaagccagtgcttatactgtctttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_34310775_34311929
seq2: B6Ng01-333K12.b_50_1216 (reverse)

seq1  TTTTGT-GCATGCATGCGTATGCACA---TGCAC-AGTA--CAGACTTCA  43
      |||||| |||||||||||||||||||    |||| ||||   ||||||||
seq2  TTTTGTGGCATGCATGCGTATGCACACATGGCACAAGTAACAAGACTTCA  50

seq1  AAGCTTTGGTTTCTTTT-ACCTTA--GAGAAT-CTTTTTCTG-TCTACAG  88
      |||| || ||||||||| ||||||   ||||| ||||||||| |||||||
seq2  AAGC-TTAGTTTCTTTTAACCTTAAGAAGAATCCTTTTTCTGTTCTACAG  99

seq1  TTCAGGGAGTCAGCTAGCTGT-GGGTGGAGACCCTGTGGTGAGCAAAGA-  136
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCAGGGAGTCAGCTAGCTGTGGGGTGGAGACCCTGTGGTGAGCAAAGAT  149

seq1  TTTTCTGTCTTTGATTCTTGGCTTTATTCATGGAGCTCAGTTCTAATTGT  186
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTCTTTGATTC-TGGCTTTATTCATGGAGCTCAGTTCTAATTGT  198

seq1  ATACCAAGCCTGTATTTAGTCCTTTCTCTGTTGCTAAAACAAAACGTCTA  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAGCCTGTATTTAGTCCTTTCTCTGTTGCTAAAACAAAACGTCTA  248

seq1  TGCCAGGGCAGCATACAAAAGCCCACAGTGTGTAAGACTGAAAGTCCAAG  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGGCAGCATACAAAAGCCCACAGTGTGTAAGACTGAAAGTCCAAG  298

seq1  ACCAGCCTTGGTTAGACATCTGGTGAGGACCTCAGGTGGGTGGAAGCATA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCTTGGTTAGACATCTGGTGAGGACCTCAGGTGGGTGGAAGCATA  348

seq1  AGGATAGAATGTGTGTGGCAGAGATCACATGATGAGATCACGTGATGAGA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGAATGTGTGTGGCAGAGATCACATGATGAGATCACGTGATGAGA  398

seq1  GAGATGCCAGAGAGATTTAGGGGCAGGTCACTTGCTCTGTGAGAACAGTG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCCAGAGAGATTTAGGGGCAGGTCACTTGCTCTGTGAGAACAGTG  448

seq1  TCAGTCCCTTCTATGGACATACCCCTAATCACTAAACTATGAGACCCCCA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCCTTCTATGGACATACCCCTAATCACTAAACTATGAGACCCCCA  498

seq1  CCCCAACCTCTGAAAGGTCCCACTGCCTACTAACACCACTACACTGAAAA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACCTCTGAAAGGTCCCACTGCCTACTAACACCACTACACTGAAAA  548

seq1  CCAAGCTCCTAGCATAAGAATGGGTATGGAAAAAATCCACATCCAAACCA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTCCTAGCATAAGAATGGGTATGGAAAAAATCCACATCCAAACCA  598

seq1  CAGGGTTACAGTTTGAATCTGAAGCACCTCCACAAGCTCATGTTTTAAAC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTACAGTTTGAATCTGAAGCACCTCCACAAGCTCATGTTTTAAAC  648

seq1  ATTCTAGCCCCAATTGGTGGTGCTATTTTTAGGAGGTTCTGGAAATTTGG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGCCCCAATTGGTGGTGCTATTTTTAGGAGGTTCTGGAAATTTGG  698

seq1  GAGTTTCTTGGAGGTTTATCTATGCTCACTTCCTGTCTACCACCTTGATG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCTTGGAGGTTTATCTATGCTCACTTCCTGTCTACCACCTTGATG  748

seq1  AGAAGAGCCCTTCCATGCCTTTATCTTCACAGCATGATTACCATGACTAC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGCCCTTCCATGCCTTTATCTTCACAGCATGATTACCATGACTAC  798

seq1  CACGACTTTTGGTTTGAGGATCTGCATTGGGCAAGTGGTTTGCTTAGCTT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACTTTTGGTTTGAGGATCTGCATTGGGCAAGTGGTTTGCTTAGCTT  848

seq1  CTGTGTCTGTGCCTTAGAGTGCTAGCAGCCACCAAGCATCTTGCTGGGCA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTGTGCCTTAGAGTGCTAGCAGCCACCAAGCATCTTGCTGGGCA  898

seq1  CCCTGAATGCAGGCAGTATATACTTCCTTGTTAAGGAAAATGTGTCACTC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAATGCAGGCAGTATATACTTCCTTGTTAAGGAAAATGTGTCACTC  948

seq1  TCTGTACTTTGCCACCAACAGCTGGTTGTGCTGGCCGGTGCTACCATTCA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACTTTGCCACCAACAGCTGGTTGTGCTGGCCGGTGCTACCATTCA  998

seq1  CCTCTCCCTCCAGCAGTCACTGGAGCTTATCAAAGAACGGAGCCAACAGG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCTCCAGCAGTCACTGGAGCTTATCAAAGAACGGAGCCAACAGG  1048

seq1  AGGAGATGGCAGGATAGTGGTAATGAGAGAGGCGATGATAAAGGGCAGGC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGGCAGGATAGTGGTAATGAGAGAGGCGATGATAAAGGGCAGGC  1098

seq1  ATCCACACAGTCTTCAAAGCCACCAACTCTTGTGGAGCCTTTAAAAGCTA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACACAGTCTTCAAAGCCACCAACTCTTGTGGAGCCTTTAAAAGCTA  1148

seq1  GTAGGAAAAGGAGGAATTC  1155
      |||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAAAGGAGGAATTC  1167

seq1: chr13_34229636_34230786
seq2: B6Ng01-333K12.g_68_1205

seq1  GAATTCCTGCTGGGCTTCTCTACTTAGAGAGATGTGCATGAGTGACTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTGGGCTTCTCTACTTAGAGAGATGTGCATGAGTGACTTGG  50

seq1  GCTTTCATGGGGTCACTGTCTGTGGCTTCTATTCCTGGGGAAGTTGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCATGGGGTCACTGTCTGTGGCTTCTATTCCTGGGGAAGTTGAATG  100

seq1  ATAAAGTCAGGTGTTGTGCTTCTGACAGGAAGCCTTCTTCCCACCTAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTCAGGTGTTGTGCTTCTGACAGGAAGCCTTCTTCCCACCTAGCA  150

seq1  CTGGAGGATTCTTTGGATCATCTTTTGAAAGACTCATATTGAATGTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGATTCTTTGGATCATCTTTTGAAAGACTCATATTGAATGTCTCC  200

seq1  AGGCTCTGGACATGCCCCTGTTCTCACAGTTGCTTACAACTGTTCACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTGGACATGCCCCTGTTCTCACAGTTGCTTACAACTGTTCACAGG  250

seq1  CCCTCCCCGGTTTTCAGTGTGACAGGAGTGTCCTACTGCAGCATCTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCGGTTTTCAGTGTGACAGGAGTGTCCTACTGCAGCATCTCTGT  300

seq1  TTGCTGCTATTTGGATACAGTTTGAATGTGTGCTCCAAAGGTTCATGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTATTTGGATACAGTTTGAATGTGTGCTCCAAAGGTTCATGTGC  350

seq1  CAAATGCCTGATATTCAGGTGAGGGAATCTTTAAGGGATGAGGCCTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCCTGATATTCAGGTGAGGGAATCTTTAAGGGATGAGGCCTGGTG  400

seq1  TAAATTGAGTAGTCACTGGGAGCCTGGAACACAGAAGAGATTAATTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGAGTAGTCACTGGGAGCCTGGAACACAGAAGAGATTAATTCTCT  450

seq1  AGGGACCCCAGTTAATTCCCCTGAGCACAAGTTGTAATATATGAGCCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCCCAGTTAATTCCCCTGAGCACAAGTTGTAATATATGAGCCTAG  500

seq1  CCCTTGAAGCTCTCGGGTTTCCTGTGTTATCAGCTGATCATATTCCCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGAAGCTCTCGGGTTTCCTGTGTTATCAGCTGATCATATTCCCAAC  550

seq1  AAGGTGTCACTAGCTATGCTATTTACTCAGAGAGTCCTCACTAGAGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTCACTAGCTATGCTATTTACTCAGAGAGTCCTCACTAGAGCTGT  600

seq1  TCAGTTGCAGGCAGTATATTCTCAGACCTCCAGACTGTGAGCTAAATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGCAGGCAGTATATTCTCAGACCTCCAGACTGTGAGCTAAATAAA  650

seq1  CCTCTTCTCTGAATAAAACGCCCAGCCATTTTATAGACAGAAAATAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTCTGAATAAAACGCCCAGCCATTTTATAGACAGAAAATAAACC  700

seq1  AACACACCTATTCGTCGAATAAATTTCCACCTCATTGGGCTTTTTATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACCTATTCGTCGAATAAATTTCCACCTCATTGGGCTTTTTATTTA  750

seq1  TTTCATCTTACCAAAAATTGTTTATCTTTAGTCCTAAATGAAGATCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTTACCAAAAATTGTTTATCTTTAGTCCTAAATGAAGATCCTGA  800

seq1  AGATAAACCATCTTCAGTATTATCTCTGTTTTCAGTGATTACAACACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAACCATCTTCAGTATTATCTCTGTTTTCAGTGATTACAACACCAA  850

seq1  TAGTTAACAAACCAGATGTTGTGAATGCATTATGAGAATAATGTTCCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAACAAACCAGATGTTGTGAATGCATTATGAGAATAATGTTCCTTT  900

seq1  CACCAACACTTTTAAAGTTCAAAATTATCAAGCTACTTCAAAAATTGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACACTTTTAAAGTTCAAAATTATCAAGCTACTTCAAAAATTGAGA  950

seq1  GGAGAACCATGGATCTGTTGTAATTAGAAGTACAGTTAGGAGTTCCTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACCATGGATCTGTTGT-ATTAG-AGTACAGTTAGGAGTTCCTTTG  998

seq1  ATTAATATTAATTTCCTCATTCAGGAATCAAATGATCTGAATTCCATTAC  1050
      | ||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||
seq2  A-TAATA-TAATTT-CTCATTCA-GAATC-AATGATCTG-ATTCCA-TAC  1041

seq1  CAGGAATTTGTTCCCATG-TAGCACA-CACACCTGT--ATTCTGGAAACC  1096
      |||  ||||| ||||||| ||||||| |||||||||   |||||   | |
seq2  CAG--ATTTG-TCCCATGTTAGCACACCACACCTGTTATTTCTG---AGC  1085

seq1  TATTTGAACCATGCTGCACCTGAGAGAGAAAACCCAGTGCCTATACTGTC  1146
      |||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||
seq2  TATTTGA--CATGCTGCACCTGAGAGAAGAAAGCCAGTGCTTATACTGTC  1133

seq1  TTTAA  1151
      |||||
seq2  TTTAA  1138