BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336C21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 25,311,598 - 25,430,132
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrsn1
Upstream geneLrrc16, LOC100042017, Cmah, 5830431A10Rik, 6330500D04Rik, LOC666145, Gmnn, LOC100040800, BC005537, Them2, Ttrap, D130043K22Rik, Aldh5a1, Gpld1, Mrs2l, LOC675430, Dcdc2a
Downstream geneTpi-rs8, LOC214973, LOC666221
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336C21.bB6Ng01-336C21.g
ACCGA121179GA121180
length1,238900
definitionB6Ng01-336C21.b B6Ng01-336C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,311,598 - 25,312,828)(25,429,241 - 25,430,132)
sequence
gaattctattgaatatcaatctctgcttggcactataagtgaccagcagg
cccctccctgcttcgcaggtgcttggaacaacaatgtcaaggttggtgac
aatgagcttgaaggatgacagacagctgcaaccacactaatggcagcatt
gatgtgattccttgactgtctgatagatattatcttttaaacccatttct
tttaaatgtcttacaaaagccctatgaagaagggctgtcattatgtccaa
gtctattttattcaagaagtgtgtgagacatggagtaaataatttgcttc
aagtcctatgactagtaacttaatgattgacgtttctcagctcctgtggt
tggccattgtgctatcctggttctgatctatccagaaaacaccataaaga
ctggagaccaaactatgaatgagatgcctcaattggtaagagcacttgct
tctaaacctgatggcccgggactcacatgatgggaaggagagagttaact
cctctaagttgctgctcagctcccttggccaactccacttcaaagaaaga
agaagcaggataaagtgtgagccttctatggctccccgttgcacactggc
aaaccttctgcatggttcctgaaccaggacagtgtacattacttccctta
cttgttgattcactttatcctaatgttgaatcaacatggtgtgaccatgc
agactccagtctgggaagtcaataaagtcagattctatttcagatctttt
ctgggataagtagctggctgggagacgcagtcattctgagcagctgaaaa
taactaacaagacattttaatgagttaataagtctttctccctgaactac
acggaaagacataaagcatcacacttaagctacttgccagccttaattaa
acttgatgctgaaaaggtcagtgccctgtctggcaggttccaaatcactc
cagcctctgacagcaggggcgactgtaagggtgaaaggcagttgtgtgca
caggcaaatggaaaccttctattcctccactgaaataataaacaggtgca
tttaagagggcctcatcccagctaataacaactggcatttatcttgtctt
tgcctcaagtgcattctgcctggttatgtactactctttcttacaccttc
tggaaaccctccatgtgctactcttctctagacagaaacgaagcatccaa
ggccagacctatggtagaaccttggcaagttgataatc
gaattcaagccagattgaaatattcagcctgactttaaaaaaaatacaga
tacattaaaacttagaaagaaacaaagagaggaaaaaggaacagaagaag
agaaggaggtgtggtgttggagggaaaaaagaggggaaggaggagaggga
gatgcagacagagggaaaggtggtgagacagcacagtctactaactcagc
tggctgtccagcttctctcacctgagttcatctacttccacagaatctgg
tgccatcaccttgtatttctctaccatcatggatgcctagggtctcacta
gtcagcgttatgccaagctttccactggccaggaggcagaattctccctc
aactcccctctgactcttacagtcagttgaggcaactctaacgagctgat
aaagccagtcacctgaagatcagtggattggcactgtccacaatgtacat
ggtaagtgtgcagtccacacagacaggtgtcactcacctccaagcttaac
caaagtattaatgcttagtgttcctggagtgggaacctcaggcttgctag
gtgaaggaggtagatgatgactcacttgtggattcaaaaatgttgaagat
ttagatgaccttgtctgtggatagttttccaagctgccagctcatattta
aaatattgtgaggttacagtgactactttccatggggctctttctactgc
ctggaaaacaagggaaaataatccaaggggctctggccaggacaacctgg
atctttatgtcccttcagaaccgtagagggcataactgtgataacgatct
ttcagtcagggtttgcccaacagggtaattagaactttagcagttgttgt
tccctatgcctttttacatagaaaacacaccacttatgtataagaacata

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_25311598_25312828
seq2: B6Ng01-336C21.b_49_1286

seq1  GAATTCTATTGAATATCAATCTCTGCTTGGCACTATAAGTGACCAGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGAATATCAATCTCTGCTTGGCACTATAAGTGACCAGCAGG  50

seq1  CCCCTCCCTGCTTCGCAGGTGCTTGGAACAACAATGTCAAGGTTGGTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCTGCTTCGCAGGTGCTTGGAACAACAATGTCAAGGTTGGTGAC  100

seq1  AATGAGCTTGAAGGATGACAGACAGCTGCAACCACACTAATGGCAGCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTTGAAGGATGACAGACAGCTGCAACCACACTAATGGCAGCATT  150

seq1  GATGTGATTCCTTGACTGTCTGATAGATATTATCTTTTAAACCCATTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGATTCCTTGACTGTCTGATAGATATTATCTTTTAAACCCATTTCT  200

seq1  TTTAAATGTCTTACAAAAGCCCTATGAAGAAGGGCTGTCATTATGTCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGTCTTACAAAAGCCCTATGAAGAAGGGCTGTCATTATGTCCAA  250

seq1  GTCTATTTTATTCAAGAAGTGTGTGAGACATGGAGTAAATAATTTGCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTTTATTCAAGAAGTGTGTGAGACATGGAGTAAATAATTTGCTTC  300

seq1  AAGTCCTATGACTAGTAACTTAATGATTGACGTTTCTCAGCTCCTGTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTATGACTAGTAACTTAATGATTGACGTTTCTCAGCTCCTGTGGT  350

seq1  TGGCCATTGTGCTATCCTGGTTCTGATCTATCCAGAAAACACCATAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATTGTGCTATCCTGGTTCTGATCTATCCAGAAAACACCATAAAGA  400

seq1  CTGGAGACCAAACTATGAATGAGATGCCTCAATTGGTAAGAGCACTTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGACCAAACTATGAATGAGATGCCTCAATTGGTAAGAGCACTTGCT  450

seq1  TCTAAACCTGATGGCCCGGGACTCACATGATGGGAAGGAGAGAGTTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACCTGATGGCCCGGGACTCACATGATGGGAAGGAGAGAGTTAACT  500

seq1  CCTCTAAGTTGCTGCTCAGCTCCCTTGGCCAACTCCACTTCAAAGAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGTTGCTGCTCAGCTCCCTTGGCCAACTCCACTTCAAAGAAAGA  550

seq1  AGAAGCAGGATAAAGTGTGAGCCTTCTATGGCTCCCCGTTGCACACTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGGATAAAGTGTGAGCCTTCTATGGCTCCCCGTTGCACACTGGC  600

seq1  AAACCTTCTGCATGGTTCCTGAACCAGGACAGTGTACATTACTTCCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTCTGCATGGTTCCTGAACCAGGACAGTGTACATTACTTCCCTTA  650

seq1  CTTGTTGATTCACTTTATCCTAATGTTGAATCAACATGGTGTGACCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGATTCACTTTATCCTAATGTTGAATCAACATGGTGTGACCATGC  700

seq1  AGACTCCAGTCTGGGAAGTCAATAAAGTCAGATTCTATTTCAGATCTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCAGTCTGGGAAGTCAATAAAGTCAGATTCTATTTCAGATCTTTT  750

seq1  CTGGGATAAGTAGCTGGCTGGGAGACGCAGTCATTCTGAGCAGCTGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATAAGTAGCTGGCTGGGAGACGCAGTCATTCTGAGCAGCTGAAAA  800

seq1  TAACTAACAAGACATTTTAATGAGTTAATAAGTCTTTCTCCCTGAACTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAACAAGACATTTTAATGAGTTAATAAGTCTTTCTCCCTGAACTAC  850

seq1  ACGGAAAGACATAAAGCATCACACTTAAGCTACTTGCCAGCCTTAATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAAAGACATAAAGCATCACACTTAAGCTACTTGCCAGCCTTAATTAA  900

seq1  ACTTGATGCTGAAAAGGTCAGTGCCCTGTCTGGCAGGTTCCAAATCACTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATGCTGAAAAGGTCAGTGCCCTGTCTGGCAGGTTCCAAATCACTC  950

seq1  CAGCCTCTGACAGCAGGGGCGACTGTAGGGGTG-AAGGCAGTTGTGTGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCTGACAGCAGGGGCGACTGTAAGGGTGAAAGGCAGTTGTGTGCA  1000

seq1  CAGGCAAATGGAAACCTTCTAT--CTCCACTGAAATTATAAACAGGTGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAGGCAAATGGAAACCTTCTATTCCTCCACTGAAATAATAAACAGGTGCA  1050

seq1  TTTTAAGAGGGCCTCATCCCAGCTAATAACAACTGGCATTTATCTTGTCT  1097
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTAAGAGGGCCTCATCCCAGCTAATAACAACTGGCATTTATCTTGTCT  1099

seq1  TTGCTCCAAGTGCA-TCTGC--TGTTATGTACTTACTCCTTTCTACAAC-  1143
      ||||  |||||||| |||||   ||||||||| ||||| ||  |||| | 
seq2  TTGCCTCAAGTGCATTCTGCCTGGTTATGTAC-TACTCTTTCTTACACCT  1148

seq1  TCTGGAAA--CTCCATGGTGCTACTCT--TCTAGACAG--ACGAGGATAT  1187
      ||||||||  |||||| ||||||||||  |||||||||  |||| |    
seq2  TCTGGAAACCCTCCAT-GTGCTACTCTTCTCTAGACAGAAACGAAGCATC  1197

seq1  CAAGGCACAGAACACTATGGTAGACCCTTTGCAAGTTGATAATC  1231
      |||||| ||||   |||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  CAAGGC-CAGA--CCTATGGTAGAACCTTGGCAAGTTGATAATC  1238

seq1: chr13_25429241_25430132
seq2: B6Ng01-336C21.g_65_964 (reverse)

seq1  TATGTTCTTATACATAAGTGCTGTG-TTTCTATGT-AAAAGGCATAAGGA  48
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||
seq2  TATGTTCTTATACATAAGTGGTGTGTTTTCTATGTAAAAAGGCATAGGGA  50

seq1  ACAACAGCTGCT-AAGGTCTTATTA-CCTGTTGGGCTAACCCTGACTG-A  95
      |||||| ||||| ||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |
seq2  ACAACAACTGCTAAAGTTCTAATTACCCTGTTGGGCAAACCCTGACTGAA  100

seq1  AGATCGTTATCACAGTTATGCCCTCTACGGTTCTGAAGGGACATAAAGAT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGTTATCACAGTTATGCCCTCTACGGTTCTGAAGGGACATAAAGAT  150

seq1  CCAGGTTGTCCTGGCCAGAGCCCCTTGGATTATTTTCCCTTG-TTTCCAG  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCAGGTTGTCCTGGCCAGAGCCCCTTGGATTATTTTCCCTTGTTTTCCAG  200

seq1  GCAGTAGAAAGAGCCCCATGGAAAGTAGTCACTGTAACCTCACAATA-TT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCAGTAGAAAGAGCCCCATGGAAAGTAGTCACTGTAACCTCACAATATTT  250

seq1  TAAATATGAGCTGGCAGCTTGG-AAACTATCCACAGACAAGGTCATCTAA  292
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGAGCTGGCAGCTTGGAAAACTATCCACAGACAAGGTCATCTAA  300

seq1  ATCTTCAACATTTTTGAATCCACAAGTGAGTCATCATCTACCTCCTTCAC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCAACATTTTTGAATCCACAAGTGAGTCATCATCTACCTCCTTCAC  350

seq1  CTAGCAAGCCTGAGGTTCCCACTCCAGGAACACTAAGCATTAATACTTTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAGCCTGAGGTTCCCACTCCAGGAACACTAAGCATTAATACTTTG  400

seq1  GTTAAGCTTGGAGGTGAGTGACACCTGTCTGTGTGGACTGCACACTTACC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCTTGGAGGTGAGTGACACCTGTCTGTGTGGACTGCACACTTACC  450

seq1  ATGTACATTGTGGACAGTGCCAATCCACTGATCTTCAGGTGACTGGCTTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATTGTGGACAGTGCCAATCCACTGATCTTCAGGTGACTGGCTTT  500

seq1  ATCAGCTCGTTAGAGTTGCCTCAACTGACTGTAAGAGTCAGAGGGGAGTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTCGTTAGAGTTGCCTCAACTGACTGTAAGAGTCAGAGGGGAGTT  550

seq1  GAGGGAGAATTCTGCCTCCTGGCCAGTGGAAAGCTTGGCATAACGCTGAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAATTCTGCCTCCTGGCCAGTGGAAAGCTTGGCATAACGCTGAC  600

seq1  TAGTGAGACCCTAGGCATCCATGATGGTAGAGAAATACAAGGTGATGGCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGACCCTAGGCATCCATGATGGTAGAGAAATACAAGGTGATGGCA  650

seq1  CCAGATTCTGTGGAAGTAGATGAACTCAGGTGAGAGAAGCTGGACAGCCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTCTGTGGAAGTAGATGAACTCAGGTGAGAGAAGCTGGACAGCCA  700

seq1  GCTGAGTTAGTAGACTGTGCTGTCTCACCACCTTTCCCTCTGTCTGCATC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTAGTAGACTGTGCTGTCTCACCACCTTTCCCTCTGTCTGCATC  750

seq1  TCCCTCTCCTCCTTCCCCTCTTTTTTCCCTCCAACACCACACCTCCTTCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCCTCCTTCCCCTCTTTTTTCCCTCCAACACCACACCTCCTTCT  800

seq1  CTTCTTCTGTTCCTTTTTCCTCTCTTTGTTTCTTTCTAAGTTTTAATGTA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTGTTCCTTTTTCCTCTCTTTGTTTCTTTCTAAGTTTTAATGTA  850

seq1  TCTGTATTTTTTTTAAAGTCAGGCTGAATATTTCAATCTGGCTTGAATTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTTTTTTTAAAGTCAGGCTGAATATTTCAATCTGGCTTGAATTC  900