BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338E10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 106,797,621 - 106,925,910
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRgs7bp, 4933425L06Rik, LOC100040646, LOC100040656, Rnf180, Htr1a, EG668025
Downstream geneOlfr717-ps1, LOC631097, EG620949, Ipo11, Dimt1, Kif2a, LOC100040322
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338E10.bB6Ng01-338E10.g
ACCGA122634GA122635
length5701,060
definitionB6Ng01-338E10.b B6Ng01-338E10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,925,335 - 106,925,910)(106,797,621 - 106,798,693)
sequence
ctgtcaaggtctccgtttattaggctgaaacgctgggttttaaagcatac
atcaaggggaataggtagtggttgagggggaattaacaaagaacaaagaa
gtgggcatcagaggacatgagggccgaagtcaggctccaggaggcaggca
ctctttgccttatctccggaattcggatcttccttaacagccttgggtgt
caggccgggctcagcacataactaatgtccttggttgtcatgggagtcag
gaaaagataaggaagaggggactataattcagcttttacagcctcaggtg
ccaggaagggaacagggagaaggcagtgacaacctgctccttagcacaag
gccatttggcttgccaggatgggagactgtgaaaggctcgctttctcaag
gtatggtctccaacagggatgaacttgaaagggctaacagaaatagaaat
tggtagttttggaactcagtacctcataagtattccatacatccaacaca
agaatcttagaaagcagaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaa
ggaaggaaggaaggaaggga

gaattcactggcataattagaactcatgaggaaaaaagtatacaaagaga
atattatttttaaaaagttcccttgtgaaatttttaaaaaagaaatttta
tttatatatgatgctaaaggtttaatattttcaaaccccatattttgtgg
ggatgtgtgagtagtcatttttcttttcctttctaggttgagctcaaggc
cacacacatgcgagtcatgtatttatgcctaatctacgacttttacttta
aataattgatactgtcaccttccctcaaggtggcttatattatgtaagtg
aaccttaaaactctactccacctagtattatttacattgtcttcagagtg
gtttttagattgttttttagcaatacagacataatgtttatagccacctt
ttgaaatgcattaaaaaactgagtttaaaaacacccacatatgccactgg
aagttttgtcttggccaaacaccaatatgcaggtttgaaagaatatcctc
aacaacaagagttgaattataaagttgtatgcattatcctaaaattatgt
tttatcctttttgtgctctcaggtagctttgactacaatagcttcaagaa
atccagaaaatagaaaggcatttggccctcagagttctcagagaataact
gtataatctactgctgcaatgtttatgtttcaaccaagatatgagtgcca
ctgttatgcctttcatgttaatgtgctctgctggccataggcattacagt
tgggtaggactattggttgcctacttcacttggaagtttgcagagcattt
tcccatgcttatagtagacagctctcatcaagtaggatgtcagttcaaat
cttctgggtcttgtgtccaaacttcttaatggattgagcaatagggactt
gccttcaaatctaggaggcatccaagatcaacagcaatagcttatatgtt
tgagagtctcttggacctccatgatcactcaaatgatgttttcatgctgt
aatgatgattttgttagacatcttgagtggtattgttagcccaagttgga
aacttcatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_106925335_106925910
seq2: B6Ng01-338E10.b_45_620 (reverse)

seq1  TCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT  50

seq1  CCTCTGCTTTCTAAGATTCTTGTGTTGGATGTATGGAATACTTATGAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTTTCTAAGATTCTTGTGTTGGATGTATGGAATACTTATGAGGT  100

seq1  ACTGAGTTCCAAAACTACCAATTTCTATTTCTGTTAGCCCTTTCAAGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTTCCAAAACTACCAATTTCTATTTCTGTTAGCCCTTTCAAGTTC  150

seq1  ATCCCTGTTGGAGACCATACCTTGAGAAAGCGAGCCTTTCACAGTCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGTTGGAGACCATACCTTGAGAAAGCGAGCCTTTCACAGTCTCCC  200

seq1  ATCCTGGCAAGCCAAATGGCCTTGTGCTAAGGAGCAGGTTGTCACTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGCAAGCCAAATGGCCTTGTGCTAAGGAGCAGGTTGTCACTGCCT  250

seq1  TCTCCCTGTTCCCTTCCTGGCACCTGAGGCTGTAAAAGCTGAATTATAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGTTCCCTTCCTGGCACCTGAGGCTGTAAAAGCTGAATTATAGT  300

seq1  CCCCTCTTCCTTATCTTTTCCTGACTCCCATGACAACCAAGGACATTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTTCCTTATCTTTTCCTGACTCCCATGACAACCAAGGACATTAGT  350

seq1  TATGTGCTGAGCCCGGCCTGACACCCAAGGCTGTTAAGGAAGATCCGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCTGAGCCCGGCCTGACACCCAAGGCTGTTAAGGAAGATCCGAAT  400

seq1  TCCGGAGATAAGGCAAAGAGTGCCTGCCTCCTGGAGCCTGACTTCGGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGAGATAAGGCAAAGAGTGCCTGCCTCCTGGAGCCTGACTTCGGCCC  450

seq1  TCATGTCCTCTGATGCCCACTTCTTTGTTCTTTGTTAATTCCCCCTCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCCTCTGATGCCCACTTCTTTGTTCTTTGTTAATTCCCCCTCAAC  500

seq1  CACTACCTATTCCCCTTGATGTATGCTTTAAAACCCAGCGTTTCAGCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCTATTCCCCTTGATGTATGCTTTAAAACCCAGCGTTTCAGCCTA  550

seq1  ATAAACGGAGACCTTGACAGGAATTC  576
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACGGAGACCTTGACAGGAATTC  576


seq1: chr13_106797621_106798693
seq2: B6Ng01-338E10.g_69_1128

seq1  GAATTCACTGGCATAATTAGAACTCATGAGGAAAAAAGTATACAAAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGCATAATTAGAACTCATGAGGAAAAAAGTATACAAAGAGA  50

seq1  ATATTATTTTTAAAAAGTTCCCTTGTGAAATTTTTAAAAAAGAAATTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATTTTTAAAAAGTTCCCTTGTGAAATTTTTAAAAAAGAAATTTTA  100

seq1  TTTATATATGATGCTAAAGGTTTAATATTTTCAAACCCCATATTTTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATATGATGCTAAAGGTTTAATATTTTCAAACCCCATATTTTGTGG  150

seq1  GGATGTGTGAGTAGTCATTTTTCTTTTCCTTTCTAGGTTGAGCTCAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGTGAGTAGTCATTTTTCTTTTCCTTTCTAGGTTGAGCTCAAGGC  200

seq1  CACACACATGCGAGTCATGTATTTATGCCTAATCTACGACTTTTACTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATGCGAGTCATGTATTTATGCCTAATCTACGACTTTTACTTTA  250

seq1  AATAATTGATACTGTCACCTTCCCTCAAGGTGGCTTATATTATGTAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGATACTGTCACCTTCCCTCAAGGTGGCTTATATTATGTAAGTG  300

seq1  AACCTTAAAACTCTACTCCACCTAGTATTATTTACATTGTCTTCAGAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAAAACTCTACTCCACCTAGTATTATTTACATTGTCTTCAGAGTG  350

seq1  GTTTTTAGATTGTTTTTTAGCAATACAGACATAATGTTTATAGCCACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAGATTGTTTTTTAGCAATACAGACATAATGTTTATAGCCACCTT  400

seq1  TTGAAATGCATTAAAAAACTGAGTTTAAAAACACCCACATATGCCACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATGCATTAAAAAACTGAGTTTAAAAACACCCACATATGCCACTGG  450

seq1  AAGTTTTGTCTTGGCCAAACACCAATATGCAGGTTTGAAAGAATATCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGTCTTGGCCAAACACCAATATGCAGGTTTGAAAGAATATCCTC  500

seq1  AACAACAAGAGTTGAATTATAAAGTTGTATGCATTATCCTAAAATTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAAGAGTTGAATTATAAAGTTGTATGCATTATCCTAAAATTATGT  550

seq1  TTTATCCTTTTTGTGCTCTCAGGTAGCTTTGACTACAATAGCTTCAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCTTTTTGTGCTCTCAGGTAGCTTTGACTACAATAGCTTCAAGAA  600

seq1  ATCCAGAAAATAGAAAGGCATTTGGCCCTCAGAGTTCTCAGAGAATAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAAAATAGAAAGGCATTTGGCCCTCAGAGTTCTCAGAGAATAACT  650

seq1  GTATAATCTACTGCTGCAATGTTTATGTTTCAACCAAGATATGAGTGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATCTACTGCTGCAATGTTTATGTTTCAACCAAGATATGAGTGCCA  700

seq1  CTGTTATGCCTTTCATGTTAATGTGCTCTGCTGGCCATAGGCATTACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATGCCTTTCATGTTAATGTGCTCTGCTGGCCATAGGCATTACAGT  750

seq1  TGGGTAGGACTATTGGTTGCCTACTTCACTTGGAAGTTTGCAGAGCATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGGACTATTGGTTGCCTACTTCACTTGGAAGTTTGCAGAGCATTT  800

seq1  TCCCATGCTTATAGTAGACAGCTCTCATCAAGTAGGATGTCAGTTCAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGCTTATAGTAGACAGCTCTCATCAAGTAGGATGTCAGTTCAAAT  850

seq1  CTTCTGGGTCTTGTGTCCAAACTTCTTAATGGATTGAGCAATAGGGACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGGTCTTGTGTCCAAACTTCTTAATGGATTGAGCAATAGGGACTT  900

seq1  GCCTTCAAAATCTAGGAGGCATCCAAGATCAACAGCAATAGCTTATATTG  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCCTTC-AAATCTAGGAGGCATCCAAGATCAACAGCAATAGCTTATA-TG  948

seq1  TTTGGAGAGTCTCTTGGACCTCCATGATCAACTCAAATGATTGTTTTTCA  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||
seq2  TTT-GAGAGTCTCTTGGACCTCCATGATC-ACTCAAATGAT--GTTTTCA  994

seq1  TGCCTGGTAATGATGATTTTGTTAGACAATTCTTGGAGGTGGTATTGTTA  1050
      |||   ||||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||
seq2  TGC--TGTAATGATGATTTTGTTAGACA--TCTTG--AGTGGTATTGTTA  1038

seq1  GCCCAAGTTGGAAAACTTCATCT  1073
      ||||||||||| |||||||||||
seq2  GCCCAAGTTGG-AAACTTCATCT  1060


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |