BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341O23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 50,397,318 - 50,565,721
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806
Upstream geneFgd3, Bicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099, LOC625110, LOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik
Downstream geneEG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341O23.bB6Ng01-341O23.g
ACCGA125176GA125177
length979962
definitionB6Ng01-341O23.b B6Ng01-341O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,397,318 - 50,398,269)(50,564,777 - 50,565,721)
sequence
gaattctccggccatgctcaggatggatggtggctggcctgataccttta
gaatacatgatacccagggcaagttctcagtgggcttgctaatagctttt
tgatgtttttgctcatcataacctttggtgtcttttgcatacagtccatg
tttcccaggtaggcctccatatggtagccatgcctgtatccctttctcac
tggtaagacatgacactacataagccctacttttgaaacaaggaggtgtt
tgttttgtggtagatcttgggaggattttgttttcttgtactttttctca
cctaccagatttggtgtcacaagttggtgaggtaatggctgatgtcagga
atgctgtggaagtcctttagcctggaatggagctttgtcagggccagagg
tatcaataaacctcacagatgtatgttttcccaaggaagggcttctgagc
tcatggtcagtagccacaactgattgagagataatagacaatgtacccca
gaaaactctactaagattgatttgtacaggatatgaaagagaattgcagt
tgagagattgaagctacctgctgtcagctgaacttgtgtccccccatcca
gggtcacagcatcactccagtgccttgaaaaacactctcatgtgtagcac
ccatcccaggccttaccacagctcctttctatcccaaaacctagagtcag
aggctttgctgggcagcaaagacctggctcctgcttggctccaattctcc
tgtactacatgggaagttctttccccttggggcatgtggagctggtcaaa
gcacatccctctcttctcttgggttcatatatgggtcacaaggctctttg
gcttttaatcccctgactacagtttgtctcccattccttctatatgtgga
aagaaactagcctatcatctaatattgtgaaaagaaatgggccattagct
cctccctgccttgctgggtctgctaatag
gaattctctagaacaatgaggtgggggacacatgtacaggtcttactgaa
gtctggcatttttccccacccccaattgtgatgtgctgtcggtcctaaac
acttcacttcacactagaagataaagaattaaggagaagaattatcaaat
ggattcaaaggactatgtccaaaccctagctcccaggacttcaggatctc
aggtatgacattgttgttcctcagagtgtggctttctgaagtggacccat
caacttcagcactttccttgtctacttcaccctcatggtgctggggcccc
aggaggaccttccagtcacaggtggcactcacatgaggaagcaggagaaa
gctgccacatcggtggtctgaggcaggtgcctctggaccagtgtcttgat
atgttgccagcgccggaaattcccatagacactgtctggtttggacaagt
agttttctggggagttggtttggatgttggcggggccactttctccatat
gctccttttggaggctgtgcagagttcactggagacttgacaggaaccag
ctggacaacttgctgtgtggtgggagggtgaggacccaggatccatgttc
cttcttggggctggacagtcgaagcaattcgggtatttatgaagttgttt
gcagcaggtgttgtcatgaaccccatacccacaccttgggtcccagggat
atttacaagtgagaggcacctgagtgagaacaatgttggtattgtgcaca
ggtttggacagggctggccttagagttccaagctgttacaattgtttcag
aggaacagcgggcactcagggccagtgctttccacctttctgccacctaa
gggcatcccaggcaaggcagatagactaaagggattccccgggagagatg
ccctgcagttcacgaggggtgctggggggcttccctaaataactggggta
ttggctgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50397318_50398269
seq2: B6Ng01-341O23.b_49_1023

seq1  GAATTCTCCGGCCATGCTCAGGATGGATGGTGGCTGGCCTGATACCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCGGCCATGCTCAGGATGGATGGTGGCTGGCCTGATACCTTTA  50

seq1  GAATACATGATACCCAGGGCAAGTTCTCAGTGGGCTTGCTAATAGCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACATGATACCCAGGGCAAGTTCTCAGTGGGCTTGCTAATAGCTTTT  100

seq1  TGATGTTTTTGCTCATCATAACCTTTGGTGTCTTTTGCATACAGTCCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTTTGCTCATCATAACCTTTGGTGTCTTTTGCATACAGTCCATG  150

seq1  TTTCCCAGGTAGGCCTCCATATGGTAGCCATGCCTGTATCCCTTTCTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGGTAGGCCTCCATATGGTAGCCATGCCTGTATCCCTTTCTCAC  200

seq1  TGGTAAGACATGACACTACATAAGCCCTACTTTTGAAACAAGGAGGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGACATGACACTACATAAGCCCTACTTTTGAAACAAGGAGGTGTT  250

seq1  TGTTTTGTGGTAGATCTTGGGAGGATTTTGTTTTCTTGTACTTTTTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTGGTAGATCTTGGGAGGATTTTGTTTTCTTGTACTTTTTCTCA  300

seq1  CCTACCAGATTTGGTGTCACAAGTTGGTGAGGTAATGGCTGATGTCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCAGATTTGGTGTCACAAGTTGGTGAGGTAATGGCTGATGTCAGGA  350

seq1  ATGCTGTGGAAGTCCTTTAGCCTGGAATGGAGCTTTGTCAGGGCCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGGAAGTCCTTTAGCCTGGAATGGAGCTTTGTCAGGGCCAGAGG  400

seq1  TATCAATAAACCTCACAGATGTATGTTTTCCCAAGGAAGGGCTTCTGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATAAACCTCACAGATGTATGTTTTCCCAAGGAAGGGCTTCTGAGC  450

seq1  TCATGGTCAGTAGCCACAACTGATTGAGAGATAATAGACAATGTACCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTCAGTAGCCACAACTGATTGAGAGATAATAGACAATGTACCCCA  500

seq1  GAAAACTCTACTAAGATTGATTTGTACAGGATATGAAAGAGAATTGCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTCTACTAAGATTGATTTGTACAGGATATGAAAGAGAATTGCAGT  550

seq1  TGAGAGATTGAAGCTACCTGCTGTCAGCTGAACTTGTGTCCCCCCATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGATTGAAGCTACCTGCTGTCAGCTGAACTTGTGTCCCCCCATCCA  600

seq1  GGGTCACAGCATCACTCCAGTGCCTTGAAAAACACTCTCATGTGTAGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACAGCATCACTCCAGTGCCTTGAAAAACACTCTCATGTGTAGCAC  650

seq1  CCATCCCAGGCC-TACCACAGCTCCTTTCTATCCCAAAACCTAGAGTCAG  699
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCAGGCCTTACCACAGCTCCTTTCTATCCCAAAACCTAGAGTCAG  700

seq1  AGGC-TTGCTGGGCAGC-AAGACCTGGCTCCTGCTTGGCTCCAATTCTCC  747
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTGCTGGGCAGCAAAGACCTGGCTCCTGCTTGGCTCCAATTCTCC  750

seq1  TGTACTACAT-GGAAGTTCTTTCCCCTT-GGGCATGTGGAGCTGGTCAAA  795
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTACATGGGAAGTTCTTTCCCCTTGGGGCATGTGGAGCTGGTCAAA  800

seq1  GCACATCCCTCTCTTCTCTT-GGTTCATATATGGGTCAC-AGGCTCTTTG  843
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCACATCCCTCTCTTCTCTTGGGTTCATATATGGGTCACAAGGCTCTTTG  850

seq1  GC-TTTAAT-CCCTGACTACAGTTTGTCTCCCATTCC-TCTATATGT-GA  889
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  GCTTTTAATCCCCTGACTACAGTTTGTCTCCCATTCCTTCTATATGTGGA  900

seq1  AAGAA--TAG-CTATCATCT-ATA-TGTG-AAAGAA--TGGCCA-TAGCT  930
      |||||  ||| ||||||||| ||| |||| ||||||   ||||| |||||
seq2  AAGAAACTAGCCTATCATCTAATATTGTGAAAAGAAATGGGCCATTAGCT  950

seq1  CCT-CCTG-CTTGCT-GGTCTGCTA  952
      ||| |||| |||||| |||||||||
seq2  CCTCCCTGCCTTGCTGGGTCTGCTA  975

seq1: chr13_50564777_50565721
seq2: B6Ng01-341O23.g_67_1028 (reverse)

seq1  CCCCCCAGCCAGTACCCCAGTTATTTTGGGA--GCCCCCAGCACCCCTCG  48
      ||||||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||
seq2  CCCCCCAGCCAATACCCCAGTTATTTAGGGAAGCCCCCCAGCACCCCTCG  50

seq1  TG-ACTGCA-GGCATCTCTCCC-GGGAAT-CCTTTAGTCTTATCTGCCTT  94
      || |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TGAACTGCAGGGCATCTCTCCCGGGGAATCCCTTTAGTC-TATCTGCCTT  99

seq1  GCCTGGGATG-CCTTTGGTGGCAG-AAGGTGG-AAGCACT-GCCCTGAGT  140
      |||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GCCTGGGATGCCCTTAGGTGGCAGAAAGGTGGAAAGCACTGGCCCTGAGT  149

seq1  G-CCGCTGTTCCTCTGAA--CATTGT-ACAGCTTGGAACTCT-AGGCCAG  185
      | ||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  GCCCGCTGTTCCTCTGAAACAATTGTAACAGCTTGGAACTCTAAGGCCAG  199

seq1  -CCTGTCC-AACCTGTGCACAATACCAACATTGTTCTCACTCAGGTGCCT  233
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCCAAACCTGTGCACAATACCAACATTGTTCTCACTCAGGTGCCT  249

seq1  CTCACTTGT-AATATCCCTGGGACCCAAGGTGTGGGTATGGGGTTCATGA  282
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTGTAAATATCCCTGGGACCCAAGGTGTGGGTATGGGGTTCATGA  299

seq1  CAACACCTGCTGCAAACAACTTCATAAATACCCGAATTGCTTCGACTGTC  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCTGCTGCAAACAACTTCATAAATACCCGAATTGCTTCGACTGTC  349

seq1  CAGCCCCAAGAAGGAACATGGATCCTGGGTCCTCACCCTCCCACCACACA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCAAGAAGGAACATGGATCCTGGGTCCTCACCCTCCCACCACACA  399

seq1  GCAAGTTGTCCAGCTGGTTCCTGTCAAGTCTCCAGTGAACTCTGCACAGC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTGTCCAGCTGGTTCCTGTCAAGTCTCCAGTGAACTCTGCACAGC  449

seq1  CTCCAAAAGGAGCATATGGAGAAAGTGGCCCCGCCAACATCCAAACCAAC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAAGGAGCATATGGAGAAAGTGGCCCCGCCAACATCCAAACCAAC  499

seq1  TCCCCAGAAAACTACTTGTCCAAACCAGACAGTGTCTATGGGAATTTCCG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGAAAACTACTTGTCCAAACCAGACAGTGTCTATGGGAATTTCCG  549

seq1  GCGCTGGCAACATATCAAGACACTGGTCCAGAGGCACCTGCCTCAGACCA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGGCAACATATCAAGACACTGGTCCAGAGGCACCTGCCTCAGACCA  599

seq1  CCGATGTGGCAGCTTTCTCCTGCTTCCTCATGTGAGTGCCACCTGTGACT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATGTGGCAGCTTTCTCCTGCTTCCTCATGTGAGTGCCACCTGTGACT  649

seq1  GGAAGGTCCTCCTGGGGCCCCAGCACCATGAGGGTGAAGTAGACAAGGAA  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTCCTCCTGGGGCCCCAGCACCATGAGGGTGAAGTAGACAAGGAA  699

seq1  AGTGCTGAAGTTGATGGGTCCACTTCAGAAAGCCACACTCTGAGGAACAA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGAAGTTGATGGGTCCACTTCAGAAAGCCACACTCTGAGGAACAA  749

seq1  CAATGTCATACCTGAGATCCTGAAGTCCTGGGAGCTAGGGTTTGGACATA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCATACCTGAGATCCTGAAGTCCTGGGAGCTAGGGTTTGGACATA  799

seq1  GTCCTTTGAATCCATTTGATAATTCTTCTCCTTAATTCTTTATCTTCTAG  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTGAATCCATTTGATAATTCTTCTCCTTAATTCTTTATCTTCTAG  849

seq1  TGTGAAGTGAAGTGTTTAGGACCGACAGCACATCACAATTGGGGGTGGGG  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTGAAGTGTTTAGGACCGACAGCACATCACAATTGGGGGTGGGG  899

seq1  AAAAATGCCAGACTTCAGTAAGACCTGTACATGTGTCCCCCACCTCATTG  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGCCAGACTTCAGTAAGACCTGTACATGTGTCCCCCACCTCATTG  949

seq1  TTCTAGAGAATTC  945
      |||||||||||||
seq2  TTCTAGAGAATTC  962