BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342E15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 75,932,047 - 76,079,198
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666786, Glrx, Rhobtb3, LOC666553
Upstream geneCast, EG544954, Pcsk1, LOC672443, LOC666764, LOC100042606, LOC100042986, Ell2
Downstream geneLOC622313, Spata9, Rfesd, LOC100043008, Gpr150, Arsk, AK129128, Gm276, Mctp1, LOC666603, EG666607
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342E15.bB6Ng01-342E15.g
ACCGA125419GA125420
length1,1431,191
definitionB6Ng01-342E15.b B6Ng01-342E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,078,055 - 76,079,198)(75,932,047 - 75,933,246)
sequence
gaattccaattgtgtgtgctcacagtctgtgacgacacattcgtcactgg
gtacaacttcccagattggatgagccctcaagcgcagtgaattaaatagg
cagttattcactctgagcttctgggtcttcctcttgaatgcaagtaaatt
ctgccagaaatatgaaggttggtgatgcctgtcagctgggactggcatat
gtactgagtcggaatatcaaacagcgctttggacaacaaaaggaacagct
ttcacaccccatgctctcactatatgtggttttggtaaattgctcacccc
cctctcaggcttattttccctatctatcctagagctgtgctgaagggtaa
agtcccaagtatggtggctctaggtgctccaaaagcgatagctgccataa
taaagtgcatattacagctttagtgcagtcatatagtacttacactaagc
atgggagagtttctcatgtcagtcaagatttacaccagtgcaggacctgc
acacactcatcaaacagaatgaatcaagttcttgtttccctgtaggaact
tagattttgtgttttaaaagataagcttgactctccagtgtgggccccct
caagtttgttgtgtaacatcccagggaaatcctggaactgatttacaagg
gctgggacacatggatttcctcatatttctagaaaccagtggatcatttt
ctctgtgatgtagcctaaaaggaaggcgttgctgctgccatggggttgga
aggatctgggagagcttcccttttttctagttactttctgtagctggctg
gccctactctggctgcttgccatctatcttgacacttttaaaagaaatct
gtttcaaattcactagataaagttcatggcttatattctcctacctctct
cctttgtagtcatattattatttaatttcatatttctagatttttgtttc
ctctctgtaaaaattatgttctaatgcaatgagttagctggacctcctgg
ctcctgcctattaatcccagcctcttgggaggcagagaaagagaagtatc
agtttgggcccaaccctgggctaactttaacagtctccaagaattggaaa
tgaatgatggataaaaaaatgaataaacccagatgtttattac
gaattctttggaaataactgttcaggggtataaaaccctcacctgagagc
tgggaactgtggtcacagaccaactgtggtcacagactatcttgacttgt
aagtgggacctaaccttggtgactctagaaaaggcaatgaaacacatttt
agacttgaaaacggtattccctgtctctctacaaaggcttgggaggcaga
agtttgaaggcattatttaaggtggcctaaggcgcatggctggtacacat
acaagcactcaggaatttacccaagctcactggagtcactgaaacctacc
aaagtcagattaagatgtgttacacagggctcagtggttaagagcacttg
ctggtcttccagagtccaagttagttctcaggacccatatcaggcatttc
acaactgcctgtcattccaacttaatgaaatctgaacccctcttctggcc
tctgcaagcaactgaactcatgtgtgctatatccacatgaagacacaaac
acataagtaaaataagtatttttttctcaaacaaaagccctttaaaacag
tggttcttaatagttcctcatttggtaactgccaaccataaaattgcttt
catagctacttcattcataagtataattttgctccctttatgaaacataa
tgtaaattagctgtgttttccaatggtcttttgggggttgcaacccactg
gttgagaactgctgcatcgtaaactgacagatgaaccatgaatatacatg
gaagtatgtgtatactgacaatggctgttctcttcctcagcctcactggt
caccagtgccccatgtctgggacagtcatagcatagtgttagggccttag
tctgcattccccctcttatacaaaaggatattccaacacacgctcagaga
gaaccagcgctctctcattttcttcaactccaatgttccttttactgagg
aagaaaaggttagaagagccaacctcttcgtacactgcacacatgcacag
caatacctattatacacgggcattattttcttgtgcactcagggcaaaga
agagtttagtagacaagcctaaatctgttggcttggttttacaaatgtag
gttggcttatgggtttggctggatgattgctcacatggaataccaatcct
ggtcctggtggacccagggtggtgtattcacccctgtccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_76078055_76079198
seq2: B6Ng01-342E15.b_47_1189 (reverse)

seq1  GTAATAAACATCATGGTTTATTCATTTTTTTATCCATTCATTCATTTCTC  50
      ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  GTAATAAACATCTGGGTTTATTCATTTTTTTATCCA-TCATTCATTTC-C  48

seq1  AATTCTTTGAGACTGTCTAATGTAGCCCAGGCT--GGCCCAAACTGATAA  98
      ||||||| ||||||||  ||  ||||||||| |  |||||||||||||| 
seq2  AATTCTTGGAGACTGTTAAAGTTAGCCCAGGGTTGGGCCCAAACTGATAC  98

seq1  CTCTCTTTCCTCTGCCTCCCAAGA-GCTGGGATT-ATAGGCAGGAGCCAG  146
       ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCTCTTT-CTCTGCCTCCCAAGAGGCTGGGATTAATAGGCAGGAGCCAG  147

seq1  GAGGTCCAGCTAACCTCATTGCATTAGAACATAATTTTTACAGAGAGGAA  196
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGGTCCAGCTAA-CTCATTGCATTAGAACATAATTTTTACAGAGAGG-A  195

seq1  AACAAAAATCTAGAAATATGAAATTAAATAATAATATGACTACAAAGGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAATCTAGAAATATGAAATTAAATAATAATATGACTACAAAGGAG  245

seq1  AGAGGTAGGAGAATATAAGCCATGAACTTTATCTAGTGAATTTGAAACAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAGGAGAATATAAGCCATGAACTTTATCTAGTGAATTTGAAACAG  295

seq1  ATTTCTTTTAAAAGTGTCAAGATAGATGGCAAGCAGCCAGAGTAGGGCCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTAAAAGTGTCAAGATAGATGGCAAGCAGCCAGAGTAGGGCCA  345

seq1  GCCAGCTACAGAAAGTAACTAGAAAAAAGGGAAGCTCTCCCAGATCCTTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTACAGAAAGTAACTAGAAAAAAGGGAAGCTCTCCCAGATCCTTC  395

seq1  CAACCCCATGGCAGCAGCAACGCCTTCCTTTTAGGCTACATCACAGAGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCATGGCAGCAGCAACGCCTTCCTTTTAGGCTACATCACAGAGAA  445

seq1  AATGATCCACTGGTTTCTAGAAATATGAGGAAATCCATGTGTCCCAGCCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCCACTGGTTTCTAGAAATATGAGGAAATCCATGTGTCCCAGCCC  495

seq1  TTGTAAATCAGTTCCAGGATTTCCCTGGGATGTTACACAACAAACTTGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAATCAGTTCCAGGATTTCCCTGGGATGTTACACAACAAACTTGAG  545

seq1  GGGGCCCACACTGGAGAGTCAAGCTTATCTTTTAAAACACAAAATCTAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCACACTGGAGAGTCAAGCTTATCTTTTAAAACACAAAATCTAAG  595

seq1  TTCCTACAGGGAAACAAGAACTTGATTCATTCTGTTTGATGAGTGTGTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACAGGGAAACAAGAACTTGATTCATTCTGTTTGATGAGTGTGTGC  645

seq1  AGGTCCTGCACTGGTGTAAATCTTGACTGACATGAGAAACTCTCCCATGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTGCACTGGTGTAAATCTTGACTGACATGAGAAACTCTCCCATGC  695

seq1  TTAGTGTAAGTACTATATGACTGCACTAAAGCTGTAATATGCACTTTATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTAAGTACTATATGACTGCACTAAAGCTGTAATATGCACTTTATT  745

seq1  ATGGCAGCTATCGCTTTTGGAGCACCTAGAGCCACCATACTTGGGACTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGCTATCGCTTTTGGAGCACCTAGAGCCACCATACTTGGGACTTT  795

seq1  ACCCTTCAGCACAGCTCTAGGATAGATAGGGAAAATAAGCCTGAGAGGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCAGCACAGCTCTAGGATAGATAGGGAAAATAAGCCTGAGAGGGG  845

seq1  GGTGAGCAATTTACCAAAACCACATATAGTGAGAGCATGGGGTGTGAAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCAATTTACCAAAACCACATATAGTGAGAGCATGGGGTGTGAAAG  895

seq1  CTGTTCCTTTTGTTGTCCAAAGCGCTGTTTGATATTCCGACTCAGTACAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCTTTTGTTGTCCAAAGCGCTGTTTGATATTCCGACTCAGTACAT  945

seq1  ATGCCAGTCCCAGCTGACAGGCATCACCAACCTTCATATTTCTGGCAGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGTCCCAGCTGACAGGCATCACCAACCTTCATATTTCTGGCAGAA  995

seq1  TTTACTTGCATTCAAGAGGAAGACCCAGAAGCTCAGAGTGAATAACTGCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGCATTCAAGAGGAAGACCCAGAAGCTCAGAGTGAATAACTGCC  1045

seq1  TATTTAATTCACTGCGCTTGAGGGCTCATCCAATCTGGGAAGTTGTACCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATTCACTGCGCTTGAGGGCTCATCCAATCTGGGAAGTTGTACCC  1095

seq1  AGTGACGAATGTGTCGTCACAGACTGTGAGCACACACAATTGGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACGAATGTGTCGTCACAGACTGTGAGCACACACAATTGGAATTC  1143

seq1: chr13_75932047_75933246
seq2: B6Ng01-342E15.g_69_1259

seq1  GAATTCTTTGGAAATAACTGTTCAGGGGTATAAAACCCTCACCTGAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGAAATAACTGTTCAGGGGTATAAAACCCTCACCTGAGAGC  50

seq1  TGGGAACTGTGGTCACAGACCAACTGTGGTCACAGACTATCTTGACTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTGTGGTCACAGACCAACTGTGGTCACAGACTATCTTGACTTGT  100

seq1  AAGTGGGACCTAACCTTGGTGACTCTAGAAAAGGCAATGAAACACATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGACCTAACCTTGGTGACTCTAGAAAAGGCAATGAAACACATTTT  150

seq1  AGACTTGAAAACGGTATTCCCTGTCTCTCTACAAAGGCTTGGGAGGCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGAAAACGGTATTCCCTGTCTCTCTACAAAGGCTTGGGAGGCAGA  200

seq1  AGTTTGAAGGCATTATTTAAGGTGGCCTAAGGCGCATGGCTGGTACACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAAGGCATTATTTAAGGTGGCCTAAGGCGCATGGCTGGTACACAT  250

seq1  ACAAGCACTCAGGAATTTACCCAAGCTCACTGGAGTCACTGAAACCTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACTCAGGAATTTACCCAAGCTCACTGGAGTCACTGAAACCTACC  300

seq1  AAAGTCAGATTAAGATGTGTTACACAGGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGATTAAGATGTGTTACACAGGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTTG  350

seq1  CTGGTCTTCCAGAGTCCAAGTTAGTTCTCAGGACCCATATCAGGCATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTCCAGAGTCCAAGTTAGTTCTCAGGACCCATATCAGGCATTTC  400

seq1  ACAACTGCCTGTCATTCCAACTTAATGAAATCTGAACCCCTCTTCTGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGCCTGTCATTCCAACTTAATGAAATCTGAACCCCTCTTCTGGCC  450

seq1  TCTGCAAGCAACTGAACTCATGTGTGCTATATCCACATGAAGACACAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGCAACTGAACTCATGTGTGCTATATCCACATGAAGACACAAAC  500

seq1  ACATAAGTAAAATAAGTATTTTTTTCTCAAACAAAAGCCCTTTAAAACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGTAAAATAAGTATTTTTTTCTCAAACAAAAGCCCTTTAAAACAG  550

seq1  TGGTTCTTAATAGTTCCTCATTTGGTAACTGCCAACCATAAAATTGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTTAATAGTTCCTCATTTGGTAACTGCCAACCATAAAATTGCTTT  600

seq1  CATAGCTACTTCATTCATAAGTATAATTTTGCTCCCTTTATGAAACATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTACTTCATTCATAAGTATAATTTTGCTCCCTTTATGAAACATAA  650

seq1  TGTAAATTAGCTGTGTTTTCCAATGGTCTTTTGGGGGTTGCAACCCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTAGCTGTGTTTTCCAATGGTCTTTTGGGGGTTGCAACCCACTG  700

seq1  GTTGAGAACTGCTGCATCGTAAACTGACAGATGAACCATGAATATACATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAACTGCTGCATCGTAAACTGACAGATGAACCATGAATATACATG  750

seq1  GAAGTATGTGTATACTGACAATGGCTGTTCTCTTCCTCAGCCTCACTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATGTGTATACTGACAATGGCTGTTCTCTTCCTCAGCCTCACTGGT  800

seq1  CACCAGTGCCCCATGTCTGGGACAGTCATAGCATAGTGTTAGGGCCTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTGCCCCATGTCTGGGACAGTCATAGCATAGTGTTAGGGCCTTAG  850

seq1  TCTGCATTCCCCCTCTTATAC-AAAGGATATTCCAACACACGCTCAGAGA  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTCCCCCTCTTATACAAAAGGATATTCCAACACACGCTCAGAGA  900

seq1  GAACCAGCGCTCTCTCATTTTCTTCAACTCCAATGTTCCTTTTACTGAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGCGCTCTCTCATTTTCTTCAACTCCAATGTTCCTTTTACTGAGG  950

seq1  AAGAAAAGGTTAGAAGAGCCAACCTCTTCGTAACACTGCACACATGCACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGGTTAGAAGAGCCAACCTCTTCGT-ACACTGCACACATGCACA  999

seq1  GCAATACCTTATATACACGGGCATTATTTTCCTTGTGCACTCCAGGGCAA  1049
      |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GCAATACCTATTATACACGGGCATTATTTT-CTTGTGCACT-CAGGGCAA  1047

seq1  AGAAGAGTTTAGTAGGACAAAGCTAAATCTGTTGGGCTTGTTTTTACAAA  1099
      |||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||| |||||| ||
seq2  AGAAGAGTTTAGTA-GACAAGCCTAAATCTGTT-GGCTTGGTTTTAC-AA  1094

seq1  ATGTTAGTGTTTTGCTTATGTGTTTGCTTGATTGGTTGCTCACATGAGAT  1149
      ||||    | || ||||||| |||||  ||  || |||||||||||  ||
seq2  ATGT---AGGTTGGCTTATGGGTTTGGCTGGATGATTGCTCACATGGAAT  1141

seq1  ATCATATTCTTGTGTCTGTGTGAGCCCAGTGT-GTGTATTCACCCCTG-C  1197
      | || || || ||  ||| |||  ||||| || ||||||||||||||| |
seq2  ACCA-ATCCTGGT-CCTG-GTGGACCCAGGGTGGTGTATTCACCCCTGTC  1188

seq1  CCT  1200
      |||
seq2  CCT  1191