BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349O05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 37,981,710 - 38,116,539
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRreb1, Ssr1, Cage1
Upstream geneF13a1, Ly86, LOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624
Downstream geneRiok1, Dsp, 6530403A03Rik, Bmp6, Txndc5, Muted, Eef1e1, LOC621102, Slc35b3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349O05.bB6Ng01-349O05.g
ACCGA130739GA130740
length1,1751,119
definitionB6Ng01-349O05.b B6Ng01-349O05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,981,710 - 37,982,880)(38,115,411 - 38,116,539)
sequence
gaattctctctgagacttggaacatatgttaaagagtgagtattagtatc
ctctttaaagcatgcacaggaaatggcattgtatcaaagggaaaaattgt
ctttcctaacacagattgagtatcagcaggcttaaatgttttcatttgga
tggttgtttcatttcattattgctggatagttacagaggatcaactagaa
ctagccagcttgtttctggttaaataaattatcctttacctcagcattaa
tgtaaagataaatgttgtttttaatgtttttctaaagctgaacagttaac
agtgttgagtttgcactaggcttttccttctgccctgttccatgacccca
aaggaaaattcccaagccagactcagccaagacttagcagactggcgtga
agctgtagcccagctctgaggacagcgtgttggtgcttctgaaacatcct
ctcagcatgtgttcaggcccctctccttttgttaactgcattctcatcag
aaatcatagttcccctttaaaaccttgctgctgtttacttaacatttcaa
atatggaaaggaagtaaacaaacgggttcctagtgccacactttacactt
tatcccctagaaggaaatagatgtagccagcgtcttcctgtccagacagc
agggaacatgattgcaaggcttctctccttttcaggtaggaaaaaatgct
aggtagttagcacacatttatatagctagctatatgtgctcttgctggat
tgacatgtggggcagggattattggtaatttgcctctatggagggaatat
atgttttgtcacttcctattgagctggacatgatggaacataaccctaat
atgtggctgggcatggtggtgcacacatttaatcccagctcgcgcgcgca
cgcacacacacacacacacacacacacacgatttcacttcctaactactg
cttacaattactgcttactgttcacttcagcctcaggtggcagtgggaga
catcttcataggagagtagagacagaaagagtcatgccaggctgtattcc
tgttttgtgtctattttgccagttttcaacagaaatatcaagtaatcgga
gagtctacataatttctttgaaaaggctataaatattcagttgaggatat
tccttgaaggaaggccagcctgggt
gaattccataggaaaaggtattactcccctgtctgtgatggtgagaaggc
tccccatgccccatttatttggaaattagatggcagtgtttgaaagagaa
cctaacttacccatgttgatttctagaaaccagcatttcaaagatgaatt
tgagtttctcaagattgcttgttctttctccatggaatttagtatttttt
tttctcagtagtcagtagagaatagtctcttgagaatctgttgtgtacca
gaacaggctatgtaatggttatatggtgttaaaaacaaacaaggaaaaca
catggctctcgtcttcatgaaaataacatcctcataagagacgtagagat
tagcaactgaatcacacagatgaatgaatgcacttgacccctagagctac
acagtggaatggttgcctctgctgagggctcttctccaggcagagggcct
ggggaggcttccttggtgtagttctgggcagctgtgaggtggtaagcttt
ccacaagcaaggagccgtgtatctgaactccctgtacttgcatggtctgt
ggtacctactagggcgtcaagaaagcccaagtgttcaggaaacacgggac
ttagaggagcagtgggtacggtagaagatgatgataggctggtctgggta
ggtgagctattaagagcagttagccagacctcagaaaccttgactttatc
ccagggaaaagccattaaaagtcaggggttcaacatctctaaattgatat
aataccacccctacagatatcttgtatgagagggcttaatgtcatattca
tttcagcattctataccacgattatgcagtcttttgttacatacacaccc
ccaccaacatgtattgtgggcatataatcagtcctgcagtatgcctgcct
ttcttctgttcatagggatcagcatgggtgaagactattattagagatct
ttatcaaaagtccttgtagtctatagtatagcacatttgtttaaaattga
ttttgagatcaaagaaagcccatatatgtgacaggaagtttacacagtgg
cagaatgtgacagtcgtagaacttttcttgagtcaataagatgcacgtgt
ctagctatgccgcgttgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_37981710_37982880
seq2: B6Ng01-349O05.b_51_1225

seq1  GAATTCTCTCTGAGACTTGGAACATATGTTAAAGAGTGAGTATTAGTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGAGACTTGGAACATATGTTAAAGAGTGAGTATTAGTATC  50

seq1  CTCTTTAAAGCATGCACAGGAAATGGCATTGTATCAAAGGGAAAAATTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAAAGCATGCACAGGAAATGGCATTGTATCAAAGGGAAAAATTGT  100

seq1  CTTTCCTAACACAGATTGAGTATCAGCAGGCTTAAATGTTTTCATTTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTAACACAGATTGAGTATCAGCAGGCTTAAATGTTTTCATTTGGA  150

seq1  TGGTTGTTTCATTTCATTATTGCTGGATAGTTACAGAGGATCAACTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTTCATTTCATTATTGCTGGATAGTTACAGAGGATCAACTAGAA  200

seq1  CTAGCCAGCTTGTTTCTGGTTAAATAAATTATCCTTTACCTCAGCATTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAGCTTGTTTCTGGTTAAATAAATTATCCTTTACCTCAGCATTAA  250

seq1  TGTAAAGATAAATGTTGTTTTTAATGTTTTTCTAAAGCTGAACAGTTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGATAAATGTTGTTTTTAATGTTTTTCTAAAGCTGAACAGTTAAC  300

seq1  AGTGTTGAGTTTGCACTAGGCTTTTCCTTCTGCCCTGTTCCATGACCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGAGTTTGCACTAGGCTTTTCCTTCTGCCCTGTTCCATGACCCCA  350

seq1  AAGGAAAATTCCCAAGCCAGACTCAGCCAAGACTTAGCAGACTGGCGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAATTCCCAAGCCAGACTCAGCCAAGACTTAGCAGACTGGCGTGA  400

seq1  AGCTGTAGCCCAGCTCTGAGGACAGCGTGTTGGTGCTTCTGAAACATCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAGCCCAGCTCTGAGGACAGCGTGTTGGTGCTTCTGAAACATCCT  450

seq1  CTCAGCATGTGTTCAGGCCCCTCTCCTTTTGTTAACTGCATTCTCATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATGTGTTCAGGCCCCTCTCCTTTTGTTAACTGCATTCTCATCAG  500

seq1  AAATCATAGTTCCCCTTTAAAACCTTGCTGCTGTTTACTTAACATTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATAGTTCCCCTTTAAAACCTTGCTGCTGTTTACTTAACATTTCAA  550

seq1  ATATGGAAAGGAAGTAAACAAACGGGTTCCTAGTGCCACACTTTACACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAAAGGAAGTAAACAAACGGGTTCCTAGTGCCACACTTTACACTT  600

seq1  TATCCCCTAGAAGGAAATAGATGTAGCCAGCGTCTTCCTGTCCAGACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCCTAGAAGGAAATAGATGTAGCCAGCGTCTTCCTGTCCAGACAGC  650

seq1  AGGGAACATGATTGCAAGGCTTCTCTCCTTTTCAGGTAGGAAAAAATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACATGATTGCAAGGCTTCTCTCCTTTTCAGGTAGGAAAAAATGCT  700

seq1  AGGTAGTTAGCACACATTTATATAGCTAGCTATATGTGCTCTTGCTGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTTAGCACACATTTATATAGCTAGCTATATGTGCTCTTGCTGGAT  750

seq1  TGACATGTGGGGCAGGGATTATTGGTAATTTGCCTCTATGGAGGGAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGTGGGGCAGGGATTATTGGTAATTTGCCTCTATGGAGGGAATAT  800

seq1  ATGTTTTGTCACTTCCTATTGAGCTGGACATGATGGAACATAACCCTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTGTCACTTCCTATTGAGCTGGACATGATGGAACATAACCCTAAT  850

seq1  ATGTGGCTGGGCATGGTGGTGCACACATTTAATCCCAGCTCGCGCGCGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCTGGGCATGGTGGTGCACACATTTAATCCCAGCTCGCGCGCGCA  900

seq1  CGCACACACACACACACACACACACACACGATTTCACTTCCTAACTACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACACACACACACACACACACACACGATTTCACTTCCTAACTACTG  950

seq1  CTTACAATTACTGCTTACTGTTCACTTCAGCCTCAGGTGGCAGTGGGAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAATTACTGCTTACTGTTCACTTCAGCCTCAGGTGGCAGTGGGAGA  1000

seq1  CATCTTCATAGAAGAGTAGAGACAGAAAGAGTCATGCCAGGCTGTATTCC  1050
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCATAGGAGAGTAGAGACAGAAAGAGTCATGCCAGGCTGTATTCC  1050

seq1  TG-TATGTGTCTA-TTTGCCAGTTTTCAACAGAAATATCAAAGTAATC-G  1097
      || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  TGTTTTGTGTCTATTTTGCCAGTTTTCAACAGAAATATC-AAGTAATCGG  1099

seq1  AGAGTCTACATAATTTCTTTGAAAAGGCTATAAATATTCCAGTATGAGGA  1147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  AGAGTCTACATAATTTCTTTGAAAAGGCTATAAATATT-CAGT-TGAGGA  1147

seq1  TAT---CTGAAGG-AGGCCAGCCTGGGT  1171
      |||    |||||| ||||||||||||||
seq2  TATTCCTTGAAGGAAGGCCAGCCTGGGT  1175

seq1: chr13_38115411_38116539
seq2: B6Ng01-349O05.g_67_1185 (reverse)

seq1  CACAACAGGCGGCATAAGCTAGACACGTGCATCTTATTGACTCAAAGAAA  50
      ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACAAC--GCGGCAT-AGCTAGACACGTGCATCTTATTGACTC-AAGAAA  46

seq1  AGTTCTACGGACTGTCACTATCTTCCACTGTGTAAACTTCCTGGTCACAT  100
      |||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGTTCTAC-GACTGTCACATTCTGCCACTGTGTAAACTTCCT-GTCACAT  94

seq1  ATATGGGGCTTTCTTTGATCTCAAAATCAATTTTAAACAAATGTGCTAAT  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ATAT-GGGCTTTCTTTGATCTCAAAATCAATTTTAAACAAATGTGCTA--  141

seq1  TACTATAGACTACAAGGACTTTTGAATAAAGATCTCTAATAATAGTCTTC  200
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATAGACTACAAGGACTTTTG-ATAAAGATCTCTAATAATAGTCTTC  190

seq1  ACCCATGCTGATCCCTATGAACAGAAGAAAGGCAGGCATACTGCAGGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGCTGATCCCTATGAACAGAAGAAAGGCAGGCATACTGCAGGACT  240

seq1  GATTATATGCCCACAATACATGTTGGTGGGGGTGTGTATGTAACAAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATATGCCCACAATACATGTTGGTGGGGGTGTGTATGTAACAAAAGA  290

seq1  CTGCATAATCGTGGTATAGAATGCTGAAATGAATATGACATTAAGCCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAATCGTGGTATAGAATGCTGAAATGAATATGACATTAAGCCCTC  340

seq1  TCATACAAGATATCTGTAGGGGTGGTATTATATCAATTTAGAGATGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAAGATATCTGTAGGGGTGGTATTATATCAATTTAGAGATGTTGA  390

seq1  ACCCCTGACTTTTAATGGCTTTTCCCTGGGATAAAGTCAAGGTTTCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGACTTTTAATGGCTTTTCCCTGGGATAAAGTCAAGGTTTCTGAG  440

seq1  GTCTGGCTAACTGCTCTTAATAGCTCACCTACCCAGACCAGCCTATCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGCTAACTGCTCTTAATAGCTCACCTACCCAGACCAGCCTATCATC  490

seq1  ATCTTCTACCGTACCCACTGCTCCTCTAAGTCCCGTGTTTCCTGAACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTACCGTACCCACTGCTCCTCTAAGTCCCGTGTTTCCTGAACACT  540

seq1  TGGGCTTTCTTGACGCCCTAGTAGGTACCACAGACCATGCAAGTACAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTTCTTGACGCCCTAGTAGGTACCACAGACCATGCAAGTACAGGG  590

seq1  AGTTCAGATACACGGCTCCTTGCTTGTGGAAAGCTTACCACCTCACAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGATACACGGCTCCTTGCTTGTGGAAAGCTTACCACCTCACAGCT  640

seq1  GCCCAGAACTACACCAAGGAAGCCTCCCCAGGCCCTCTGCCTGGAGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAACTACACCAAGGAAGCCTCCCCAGGCCCTCTGCCTGGAGAAGA  690

seq1  GCCCTCAGCAGAGGCAACCATTCCACTGTGTAGCTCTAGGGGTCAAGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAGCAGAGGCAACCATTCCACTGTGTAGCTCTAGGGGTCAAGTGC  740

seq1  ATTCATTCATCTGTGTGATTCAGTTGCTAATCTCTACGTCTCTTATGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTCATCTGTGTGATTCAGTTGCTAATCTCTACGTCTCTTATGAGG  790

seq1  ATGTTATTTTCATGAAGACGAGAGCCATGTGTTTTCCTTGTTTGTTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATTTTCATGAAGACGAGAGCCATGTGTTTTCCTTGTTTGTTTTTA  840

seq1  ACACCATATAACCATTACATAGCCTGTTCTGGTACACAACAGATTCTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATATAACCATTACATAGCCTGTTCTGGTACACAACAGATTCTCAA  890

seq1  GAGACTATTCTCTACTGACTACTGAGAAAAAAAAATACTAAATTCCATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTATTCTCTACTGACTACTGAGAAAAAAAAATACTAAATTCCATGG  940

seq1  AGAAAGAACAAGCAATCTTGAGAAACTCAAATTCATCTTTGAAATGCTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAACAAGCAATCTTGAGAAACTCAAATTCATCTTTGAAATGCTGG  990

seq1  TTTCTAGAAATCAACATGGGTAAGTTAGGTTCTCTTTCAAACACTGCCAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGAAATCAACATGGGTAAGTTAGGTTCTCTTTCAAACACTGCCAT  1040

seq1  CTAATTTCCAAATAAATGGGGCATGGGGAGCCTTCTCACCATCACAGACA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTCCAAATAAATGGGGCATGGGGAGCCTTCTCACCATCACAGACA  1090

seq1  GGGGAGTAATACCTTTTCCTATGGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTAATACCTTTTCCTATGGAATTC  1119