Query= MSMg01no335_a04.b1 MSMg01no335_a04.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no335_a04.b1 PHD_FILE: MSMg01no335_a04.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 22:22:37 2005
(481 letters)
>mm_chr13_31795959_31796841
Length = 883
Score = 909 bits (470), Expect = 0.0
Identities = 477/480 (99%), Gaps = 2/480 (0%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4 ggaattcatgttgttgtaactgagacttgagagacatctatactgttgagatgcacttac 63
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 683 ggaattcatgttgttgtaactgagacttgagagacatctatactgttgagatgcacttac 624
Query: 64 attgggaaattgggaaagggctctccatgttgctttgggcatccatgagtctatctgcca 123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 623 attgggaaattgggaaagggctctccatgttgctttgggcatccatgagtctatctgcca 564
Query: 124 tagctctttctgggattgctagaccccctagctgtagtctaggtgccttgtgattaccag 183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 563 tagctctttctgggattgctagaccccctagctgtagtctaggtgccctgtgattaccag 504
Query: 184 gcagatcttgagctgagaaaaatactttcagaatctggccagagaagctttgcagagcca 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 503 gcagatcttgagctgagaaaaatactttcagaatctggccagagaagctttgcagagcca 444
Query: 244 aatagaaaaac--ttttttttttaaatagtgtttgctgattttggcaaactctttccctc 301
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 443 aatagaaaaacttttttttttttaaatagtgtttgctgattttggcaaactctttccctc 384
Query: 302 ctaacacttagtacatgtacaaataatagaatgagctgggacaggagagcaagtgtttcc 361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 383 ctaacacttagtacatgtacaaataatagaatgagctgggacaggagagcaagtgtttcc 324
Query: 362 tggtgatacagtaagacttcattgtttttgctatgacaagaggcaaccctgtgtttggct 421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 323 tggtgatacagtaagacttcattgtttttgctatgacaagaggcaaccctgtgtttggct 264
Query: 422 caccatgtgttgttttaatagcatgttttccctgcatcaatcagtggtgcagagatgggt 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 263 caccatgtgttgttttaatagcatgttttccctgcatcaatcagtggtgcagagatgggt 204
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 27
Number of extensions: 2
Number of successful extensions: 2
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 481
Length of database: 883
Length adjustment: 10
Effective length of query: 471
Effective length of database: 873
Effective search space: 411183
Effective search space used: 411183
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no335_a04.g1 MSMg01no335_a04.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no335_a04.g1 PHD_FILE: MSMg01no335_a04.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 22:22:37 2005
(380 letters)
>mm_chr13_31655183_31655962
Length = 780
Score = 455 bits (235), Expect = e-132
Identities = 358/421 (85%), Gaps = 50/421 (11%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 tcctgggaaaagagtgccttcaaggacctgtctgtgacccagaagcccctactgttttcc 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 201 tcctgggaaaagagtgccttcaaggacctgtctgtgacccagaagcccctactgttttcc 260
Query: 61 cataccagctatcaaacaaacatagaaacaaacagaaaccctctgttttaaacaaaaaga 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 261 cataccagctatcaaacaaacatagaaacaaacagaaaccctctgttttaaacaaaaaga 320
Query: 121 gag----aaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag----- 171
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 321 gaggaaaaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaagg 380
Query: 172 -------aaaga----aagaaagaaa--------gaaagaaag-----gaag----gaag 203
||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||
Sbjct: 381 aaggaagaaagagagaaagaaagaaaagaaggaagaaagaaagataaagaagagaggaag 440
Query: 204 gaaggaaggaaggaag--aaagaaagaaagaaaga-a-agaaagaaagaaagaaagaaag 259
|||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| ||| ||
Sbjct: 441 gaaggaaggaaggaagggaaagaaagaaagagagagagagaaagaaagagagagagagag 500
Query: 260 aaaga-a-agaaagaaagacagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag-gaagg 316
| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct: 501 agagagagagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagagagaga-gg 559
Query: 317 aaggaagaaaggaaggaagaaagagagaaagagagaaagaaaagaaggaa-gaaagaaag 375
||| |||||| ||| | ||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||
Sbjct: 560 caggcagaaagaaag--ataaaga-agaaagaaagaaagaaa-gaaagaaagaaagaaag 615
Query: 376 a 376
|
Sbjct: 616 a 616
Score = 234 bits (121), Expect = 7e-66
Identities = 230/269 (85%), Gaps = 18/269 (6%)
Strand = Plus / Plus
Query: 118 agagagaaagaaaga-a-agaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag 175
||||||||||||||| | ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 475 agagagaaagaaagagagagagagagagagagagagaaagaaagaaagaaagaaagaaag 534
Query: 176 aaagaaagaaagaaagaaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaga--aagaaagaaagaa 233
||||||||||||||||| || || ||| ||| || ||| |||| ||||| |||||||
Sbjct: 535 aaagaaagaaagaaagagag--ag--aggcaggcagaaagaaagataaagaa-gaaagaa 589
Query: 234 agaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagacaga-aagaaagaaaga 292
|||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| ||| ||||||||
Sbjct: 590 agaaagaaagaaagaaagaaagaaagaa-gagagagagaaagagagataaggaagaaaga 648
Query: 293 aaga--aagaaagaaagaaaggaaggaaggaaga-aaggaag-gaagaaagagagaaaga 348
|||| |||| ||||||||||| || ||| |||| || |||| || |||||| |||||||
Sbjct: 649 aagataaagagagaaagaaaggcagaaagaaagataaagaagaga-gaaagaaagaaaga 707
Query: 349 gagaaagaaaagaaggaa-gaaagaaaga 376
||||||||| ||| ||| ||||||||||
Sbjct: 708 aagaaagaaa-gaaagaaagaaagaaaga 735
Score = 224 bits (116), Expect = 5e-63
Identities = 224/268 (83%), Gaps = 25/268 (9%)
Strand = Plus / Plus
Query: 118 agagagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaga-a------- 169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct: 505 agagagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagagagagaggcaggc 564
Query: 170 agaaagaaaga--aagaaagaaagaaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagaaagaaag 227
||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||| ||| || |||||||| |
Sbjct: 565 agaaagaaagataaagaa-gaaagaaagaaagaaagaaagaaag-aa---agaaagaa-g 618
Query: 228 aaagaaagaaagaaaga-aagaaagaaagaaaga--aagaaagaaagaaagacagaaaga 284
| ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||
Sbjct: 619 agagagagaaagagagataaggaagaaagaaagataaagagagaaagaaaggcagaaaga 678
Query: 285 aaga--aagaaagaaagaaagaaagaaaggaaggaaggaagaaaggaaggaagaaagaga 342
|||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||||| |
Sbjct: 679 aagataaagaa-gagagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaa 737
Query: 343 gaaagaga--gaaagaaaagaa-ggaag 367
|||||||| |||| ||||||| |||||
Sbjct: 738 gaaagagaaagaaaaaaaagaaaggaag 765
Score = 224 bits (116), Expect = 5e-63
Identities = 207/248 (83%), Gaps = 33/248 (13%)
Strand = Plus / Plus
Query: 116 aaagagagaaagaaagaaagaaagaaaga-a-aga---a---agaaagaaaga-----aa 162
||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||
Sbjct: 523 aaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagagagagaggcaggcagaaagaaagataaagaa 582
Query: 163 gaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaag-ga-ag-gaagga-ag-gaagga 217
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||| || || |||||
Sbjct: 583 gaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaa-gaagagagagagaaagagagataagga 641
Query: 218 agaaagaaag--aaagaaagaaagaa----agaaagaaag--aaagaa---agaaagaaa 266
|||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct: 642 agaaagaaagataaagagagaaagaaaggcagaaagaaagataaagaagagagaaagaaa 701
Query: 267 gaaagaaagacagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaga-aaggaaggaaggaagaa 325
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||
Sbjct: 702 gaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagagaaagaaaaaa--aagaa 759
Query: 326 aggaagga 333
||||||||
Sbjct: 760 aggaagga 767
Score = 215 bits (111), Expect = 4e-60
Identities = 227/273 (83%), Gaps = 26/273 (9%)
Strand = Plus / Plus
Query: 116 aaagagagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag 175
|||||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 485 aaagagag--agagagagagagagagagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag 542
Query: 176 aaagaaagaaagaaagaaaggaaggaaggaaggaagg-aaggaagaaagaaagaaagaaa 234
||||||||| ||| || || ||| || ||| ||| || |||||||||||||||||||
Sbjct: 543 aaagaaagagaga--ga--ggcaggcagaaagaaagataaagaagaaagaaagaaagaaa 598
Query: 235 gaaagaaagaaagaaagaa-aga-a-agaaagaaaga-aagaaagacagaaaga--aaga 288
||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||| ||| |||| ||||||| ||||
Sbjct: 599 gaaagaaagaaagaaagaagagagagagaaagagagataaggaagaaagaaagataaaga 658
Query: 289 aagaaagaaag----aaagaaaga-aaggaaggaaggaagaaaggaaggaagaaagagag 343
|||||||||| ||||||||| || |||| || |||||| ||| |||||||| ||
Sbjct: 659 gagaaagaaaggcagaaagaaagataaagaag--ag--agaaagaaagaaagaaagaaag 714
Query: 344 aaagagagaaagaaaagaaggaagaaagaaaga 376
||||| ||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct: 715 aaagaaagaaagaaa-gaa---agaaagaaaga 743
Score = 207 bits (107), Expect = 9e-58
Identities = 198/237 (83%), Gaps = 28/237 (11%)
Strand = Plus / Plus
Query: 116 aaagagagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaga-a-aga---a---agaaagaaag 167
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||
Sbjct: 515 aaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagagagagaggcaggcagaaagaaag 574
Query: 168 a-----aagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaaggaaggaag-ga-ag-gaagga-a 218
| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || || ||| || |
Sbjct: 575 ataaagaagaaagaaagaaagaaagaaagaaa-gaaagaaagaagagagagagaaagaga 633
Query: 219 ga-aagaaagaaagaaag--aaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag--aaagaa---a 270
|| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |
Sbjct: 634 gataaggaagaaagaaagataaagagagaaagaaaggcagaaagaaagataaagaagaga 693
Query: 271 gaaagacagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaaggaaggaagaaag 327
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||
Sbjct: 694 gaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag--agaaag 748
Score = 151 bits (78), Expect = 7e-41
Identities = 102/114 (89%), Gaps = 9/114 (7%)
Strand = Plus / Plus
Query: 267 gaaagaaagacagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaaggaaggaagaaa 326
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct: 324 gaaa-aaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaag--- 379
Query: 327 ggaaggaagaaagagagaaagagagaaagaaaagaaggaagaaagaaagataaa 380
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 380 -gaaggaagaaagagagaaaga----aagaaaagaaggaagaaagaaagataaa 428
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 467
Number of extensions: 136
Number of successful extensions: 136
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 85
Number of HSP's successfully gapped: 17
Length of query: 380
Length of database: 780
Length adjustment: 9
Effective length of query: 371
Effective length of database: 771
Effective search space: 286041
Effective search space used: 286041
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
