BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002E15
Chromosome14 (Build37)
Map Location 28,136,739 - 28,324,094
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgef3, Ccdc66
Upstream geneLOC100039538, 4933413J09Rik, Slmap, LOC100039353, LOC665279, A630054L15Rik, Arf4, E430028B21Rik, 4921531P07Rik, Dnahc7c, Asb14, Appl1, Hesx1, Il17rd, LOC665333, LOC100040147
Downstream geneLOC665370, Erc2, LOC100040206, Wnt5a, LOC100040218
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002E15.bB6Ng01-002E15.g
ACCDH840358DH840359
length9721,116
definitionDH840358|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002E15, 5' end.DH840359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002E15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,136,739 - 28,137,709)(28,322,979 - 28,324,094)
sequence
gaattcactttgtagaccaggccggcctcgaactcagaaatctgcctgcc
tctgcctcccgagtgctgggattaaaggcatgcaccaccacgcctgactg
gtaattcttaatctagtcagatggcaatgatgattggctggcacaggctc
tttgtcttctagtttgtgtcagtctcatttactatgctgctgtctccatt
gtccagcgttcaagtaggcatttgagattatggagctaaagaatgaatcc
ctttaaaacaaagaaggatggaccggtgcctaaacctatccttccccctc
caattagttgagaaaatggagtgggatgtattgttgatcattctgactgt
gtgtctaggatatggatatatatgtagcatctcatcaaatccttcatgtg
tttttgttttgttttgttttttatcttattagaaccttgaaactggggcc
agcaagatggctcagtgggtaaaggcacctgccaccaagccagatggtct
gatttttatcctcaagcactaagatggtagaaggaaagaactgactcata
ttaattcctttacatacactagtgttatgtgtgcacacttgcatgcatga
gtttgcatatgcacgcgcgcgcacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacattcactcacacagaaaaagataaaataaggcttattcca
attttacagatgatcagactctagtttgacattctggattaaactgtcca
aaatcctagagacgtcaagttaaagactcagtgttttgagcccaggcttt
tctcatctgtgggcttgtatgcttcgtttcttgtactagggaactgaagg
gacgtgtgttgaaattctacaaagaaagttttgatataggtccttggcaa
gtgtctctgtattaagcgctcaccttagctctggatttaatcctcagcac
tgcaaagagggtgggggtgggg
gaattcactatttagatcatggtagccttgaactcacagaatccccctgc
cttaaccctgctggggttaaagacacgcaccaccacagacagctaaacat
taacagcatggtcaaatgtacaagtgtattcttcctcccccccccccttt
gttgtttttatcttttctaaaccattttgaaacagggtcacatgtaggag
aagctagccttgaactctttggtcttctgtcttagactcctaagtgcagg
tatgtgtttccaagcctgctttccaaacctgtttggctttctaaagaata
atattagtcagggttctctagcgtctgtagaacttttggaatgtctctat
atatgaagagaatttattgtaatgagttatagtctgcagtccaactaacc
caacaataggcagctgtaaataggaagtccaagaatctagtagttgctca
gtcccacgaggctagttgtttcagctggtctgtataagctgggatcctga
agaagtagtttccaacagatgtgcaagcaggcaaagaactaagccttcct
tcttccaatgcccttatgtaggcctccagcagaaagtgtggcccaaatta
aaggtgtgtgccaccacaactggatctggaacttgctctgtcccaggctg
accttgaactcaatgatatgcttgcctcattcttctgggattaaaggcat
atactaccttaactgggcctaagcttttcatggccgctatgcctcaagat
ctggatcaaaagtatgtgtcatcccaagtcaagatctgagtcagaaaccc
gtgtcttctagcctcatgatctgggatcacaggtgtgctctccatttctg
aactgtagttcattccagaagttgacaactaggaatagccaccacacctt
gtatagcctagctggcctcacactatggaggacccccagcctctgtctcc
taagtggcagcagctgtggttacagaagtgtaccagacatcaactgttct
ctgacactcacttggtacaggattccacggtgtgttgtggcatgatgggg
aattggcccagtctttgaggatttctgttgcttggaactagactatctcc
aaagccagctatccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_28136739_28137709
seq2: B6Ng01-002E15.b_47_1018

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCCGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCCGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACGCCTGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACGCCTGACTG  100

seq1  GTAATTCTTAATCTAGTCAGATGGCAATGATGATTGGCTGGCACAGGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCTTAATCTAGTCAGATGGCAATGATGATTGGCTGGCACAGGCTC  150

seq1  TTTGTCTTCTAGTTTGTGTCAGTCTCATTTACTATGCTGCTGTCTCCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTCTAGTTTGTGTCAGTCTCATTTACTATGCTGCTGTCTCCATT  200

seq1  GTCCAGCGTTCAAGTAGGCATTTGAGATTATGGAGCTAAAGAATGAATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCGTTCAAGTAGGCATTTGAGATTATGGAGCTAAAGAATGAATCC  250

seq1  CTTTAAAACAAAGAAGGATGGACCGGTGCCTAAACCTATCCTTCCCCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAACAAAGAAGGATGGACCGGTGCCTAAACCTATCCTTCCCCCTC  300

seq1  CAATTAGTTGAGAAAATGGAGTGGGATGTATTGTTGATCATTCTGACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGTTGAGAAAATGGAGTGGGATGTATTGTTGATCATTCTGACTGT  350

seq1  GTGTCTAGGATATGGATATATATGTAGCATCTCATCAAATCCTTCATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTAGGATATGGATATATATGTAGCATCTCATCAAATCCTTCATGTG  400

seq1  TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTATCTTATTAGAACCTTGAAACTGGGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTATCTTATTAGAACCTTGAAACTGGGGCC  450

seq1  AGCAAGATGGCTCAGTGGGTAAAGGCACCTGCCACCAAGCCAGATGGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGATGGCTCAGTGGGTAAAGGCACCTGCCACCAAGCCAGATGGTCT  500

seq1  GATTTTTATCCTCAAGCACTAAGATGGTAGAAGGAAAGAACTGACTCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTATCCTCAAGCACTAAGATGGTAGAAGGAAAGAACTGACTCATA  550

seq1  TTAATTCCTTTACATACACTAGTGTTATGTGTGCACACTTGCATGCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCCTTTACATACACTAGTGTTATGTGTGCACACTTGCATGCATGA  600

seq1  GTTTGCATATGCACGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATATGCACGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACAC  650

seq1  ACACACACACATTCACTCACACAGAAAAAGATAAAATAAGGCTTATTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATTCACTCACACAGAAAAAGATAAAATAAGGCTTATTCCA  700

seq1  ATTTTACAGATGATCAGACTCTAGTTTGACATTCTGGATTAAACTGTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACAGATGATCAGACTCTAGTTTGACATTCTGGATTAAACTGTCCA  750

seq1  AAATCCTAGAGACGTCAAGTTAAAGACTCAGTG-TTTGAGCCCAGGCTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAATCCTAGAGACGTCAAGTTAAAGACTCAGTGTTTTGAGCCCAGGCTTT  800

seq1  TCTCATCTGTGGGCTTGTATGCTTCGTTTGCTTGTACTA-GGAACTGAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TCTCATCTGTGGGCTTGTATGCTTCGTTT-CTTGTACTAGGGAACTGAAG  849

seq1  GGACGTGTGTTGAAAATTCTACAAAGAAAGTTTTGATATAGG-CCTTGGC  897
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGACGTGTGTTG-AAATTCTACAAAGAAAGTTTTGATATAGGTCCTTGGC  898

seq1  AAGTGTCTCTGTATTAAAGCGCTCACC-TAGCTCTGGATTTTATCCTCAG  946
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGTGTCTCTGTATT-AAGCGCTCACCTTAGCTCTGGATTTAATCCTCAG  947

seq1  CACTGCAAAGAGGGTGGGGGTGGGG  971
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAAAGAGGGTGGGGGTGGGG  972

seq1: chr14_28322979_28324094
seq2: B6Ng01-002E15.g_67_1182 (reverse)

seq1  GTGG-TAGCTGGGCTTGGAGGATAGTCTAGTCCTATGCAACAGAAATCCT  49
      |||| |||||||  ||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||
seq2  GTGGATAGCTGGCTTTGGA-GATAGTCTAGTTCCAAGCAACAGAAATCCT  49

seq1  CAAAGACTGGG-CAATTCCCCATCATGCCAC-ACACACCGTTGGAATCCT  97
      ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  CAAAGACTGGGCCAATTCCCCATCATGCCACAACACACCG-TGGAATCCT  98

seq1  GTACCAAAGTGAGTGTCAGAGAAACAGTTGATGTCTGGTACACTTCTGTA  147
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACC-AAGTGAGTGTCAGAG-AACAGTTGATGTCTGGTACACTTCTGTA  146

seq1  ACCACAGCTGCTGCCACTTAGGAGACAGAGGCTGGGGGTCCTCCATAGTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGCTGCTGCCACTTAGGAGACAGAGGCTGGGGGTCCTCCATAGTG  196

seq1  TGAGGCCAGCCTAGGCTATAC-AGGTGTGGTGGCTATTCCTAGTTGTCAA  246
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCAG-CTAGGCTATACAAGGTGTGGTGGCTATTCCTAGTTGTCAA  245

seq1  CTTCTGGAATGAACTACAGTTCAGAAATGGAGGGCACACCTGTGAT-CCA  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  CTTCTGGAATGAACTACAGTTCAGAAATGGAGAGCACACCTGTGATCCCA  295

seq1  GATCATGAGGCTAGAAGACACGGGTTTCTGACTCAGATCTTGACTTGGGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGAGGCTAGAAGACACGGGTTTCTGACTCAGATCTTGACTTGGGA  345

seq1  TGACACATACTTTTGATCCAGATCTTGAGGCATAGCGGCCATGAAAAGCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACATACTTTTGATCCAGATCTTGAGGCATAGCGGCCATGAAAAGCT  395

seq1  TAGGCCCAGTTAAGGTAGTATATGCCTTTAATCCCAGAAGAATGAGGCAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCCAGTTAAGGTAGTATATGCCTTTAATCCCAGAAGAATGAGGCAA  445

seq1  GCATATCATTGAGTTCAAGGTCAGCCTGGGACAGAGCAAGTTCCAGATCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATCATTGAGTTCAAGGTCAGCCTGGGACAGAGCAAGTTCCAGATCC  495

seq1  AGTTGTGGTGGCACACACCTTTAATTTGGGCCACACTTTCTGCTGGAGGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGGTGGCACACACCTTTAATTTGGGCCACACTTTCTGCTGGAGGC  545

seq1  CTACATAAGGGCATTGGAAGAAGGAAGGCTTAGTTCTTTGCCTGCTTGCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAAGGGCATTGGAAGAAGGAAGGCTTAGTTCTTTGCCTGCTTGCA  595

seq1  CATCTGTTGGAAACTACTTCTTCAGGATCCCAGCTTATACAGACCAGCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTGGAAACTACTTCTTCAGGATCCCAGCTTATACAGACCAGCTG  645

seq1  AAACAACTAGCCTCGTGGGACTGAGCAACTACTAGATTCTTGGACTTCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTAGCCTCGTGGGACTGAGCAACTACTAGATTCTTGGACTTCCT  695

seq1  ATTTACAGCTGCCTATTGTTGGGTTAGTTGGACTGCAGACTATAACTCAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAGCTGCCTATTGTTGGGTTAGTTGGACTGCAGACTATAACTCAT  745

seq1  TACAATAAATTCTCTTCATATATAGAGACATTCCAAAAGTTCTACAGACG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAAATTCTCTTCATATATAGAGACATTCCAAAAGTTCTACAGACG  795

seq1  CTAGAGAACCCTGACTAATATTATTCTTTAGAAAGCCAAACAGGTTTGGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAACCCTGACTAATATTATTCTTTAGAAAGCCAAACAGGTTTGGA  845

seq1  AAGCAGGCTTGGAAACACATACCTGCACTTAGGAGTCTAAGACAGAAGAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGCTTGGAAACACATACCTGCACTTAGGAGTCTAAGACAGAAGAC  895

seq1  CAAAGAGTTCAAGGCTAGCTTCTCCTACATGTGACCCTGTTTCAAAATGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTTCAAGGCTAGCTTCTCCTACATGTGACCCTGTTTCAAAATGG  945

seq1  TTTAGAAAAGATAAAAACAACAAAGGGGGGGGGGGAGGAAGAATACACTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAAGATAAAAACAACAAAGGGGGGGGGGGAGGAAGAATACACTT  995

seq1  GTACATTTGACCATGCTGTTAATGTTTAGCTGTCTGTGGTGGTGCGTGTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTTGACCATGCTGTTAATGTTTAGCTGTCTGTGGTGGTGCGTGTC  1045

seq1  TTTAACCCCAGCAGGGTTAAGGCAGGGGGATTCTGTGAGTTCAAGGCTAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCCCAGCAGGGTTAAGGCAGGGGGATTCTGTGAGTTCAAGGCTAC  1095

seq1  CATGATCTAAATAGTGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCTAAATAGTGAATTC  1116