BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020B03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 46,419,139 - 46,578,969
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666834, LOC100041685
Upstream genePtgdr, Ptger2, LOC100041591, 5730420B22Rik, LOC100041611, 6330416L11Rik, Ero1l, Psmc6, Styx, Gnpnat1, Plekhc1, EG382884, Ddhd1, EG637379
Downstream geneLOC625377, LOC218963, LOC100041724, Bmp4, LOC100041732, LOC100041754, Cdkn3, Cnih, Gmfb, Cgrrf1, Samd4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020B03.bB6Ng01-020B03.g
ACCDH852973DH852974
length1,077873
definitionDH852973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020B03, 5' end.DH852974|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020B03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,419,139 - 46,420,229)(46,578,094 - 46,578,969)
sequence
gaattccttggcacaattcccagagaaatctgtagagcgaaggggatatc
caagttttaaaaactttaggggtgatggaaagattttcatcatgtgactg
agctcagcatagcatgtgcagcaaagaatactgtagagttgggtactggt
tatgaacaaaaactacgggctgtggtaaggctacagtacaaatagcatct
tctgtcccagcatgagagctgtaggaggacatggtctcatttcttcagtt
tcatgggagctggtctctttagagttccaaccattttaaaagggtagatt
tgtgttctgatagttatatgtggcaaaatggctgattagctcgagtgtgt
cctttcttatattaacacacatgcacattttaatgctgccgagatttatt
ttgacaacacgctcattcctgaccaatgggaggtaagtgggtctaatatg
tacaacccataggctgggtgatgtgcttctctttctcattcttcattcct
cccccctggactatggccataagaggggaggctggagtagtcatcggaga
ggttgcatattgagggtatcaaataataactaaaaaaacagaaagaagga
atgtgggtccctagtgactgttatataagatatgacctcgaggccacttg
ttagggattttatgtttgagagaaacttcttttgctggtattaaagtaat
acactggaaccttctgttatacctatgaacatatttagcataggaaaata
acggtaataaagaccataaaaacacatactatatctggttatgaatttca
tgaaaataagagttttgttacagcctcaagataaaccacattacttcatt
attagattcttgctacctacacaatagttctaaccagcaacagagaatag
attagaaataaggcaagtgaagttgggaatttctgattctttggagattg
gtttgtcatgtgatatttttctggaagcctatatgaaaggatggtttgct
gagcaaaccctgaaagtgtttgctgaggcagacatttgaaaggacatgtg
aggttggaaggagttacataggaccca
gaattcactccatagaccaagatggctaaaaactcagagaaagccaactg
cttctgcttcccaatgctaggatcaaaagtatatgtcaccacacccagct
aattagtaattatttgaaattgttattttattattatgtgtgttgatgtc
ttgcctacatatatgtctgtgtgcatactggtaccctcagaggccagaag
agggcatcatatccctatgagccacccaccatgtggctcttatctgctga
gtcaactcttcagcctcctaaagattttatttatttgtttgtttgtttat
ttatttatttgtttgtttatttatttatgtgtgtgtgtgcacatgcgcct
tcatgttgacttatgggccatatgtgtatagatgttgtgggggccagaag
aaggtatcagatcccctgaaactggaattacagataattgtgacccatta
tgtgggtgctaggaaccaaatcaggatcctctgaaatcaatattcattca
taacttctcaaccatctctctagccctagatatgtgtaaattaattattc
atacattgtcttccaaaagtattggaccaacatactttttgacgatttct
aagtaatgatctaagtaccaattattgaagtgcctgcagactacccattt
acagatcacactacatctgctacccattacagatgctgggcaggatgctt
ccttcctgctactgcccgagtgatgctcaaggatctgaaatgtgacctct
atgaaccttaagggttgaaagtgaggatcgataccccaccctcccatttt
ggagaggacacgttcaaaccacagcactgcaatctcaaaccgaatggcat
ctcctttactttgagaaaactcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_46419139_46420229
seq2: B6Ng01-020B03.b_45_1121

seq1  GAATTCCTTGGCACAATTCCCAGAGAAATCTGTAGAGCGAAGGGGATATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGGCACAATTCCCAGAGAAATCTGTAGAGCGAAGGGGATATC  50

seq1  CAAGTTTTAAAAACTTTAGGGGTGATGGAAAGATTTTCATCATGTGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTAAAAACTTTAGGGGTGATGGAAAGATTTTCATCATGTGACTG  100

seq1  AGCTCAGCATAGCATGTGCAGCAAAGAATACTGTAGAGTTGGGTACTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGCATAGCATGTGCAGCAAAGAATACTGTAGAGTTGGGTACTGGT  150

seq1  TATGAACAAAAACTACGGGCTGTGGTAAGGCTACAGTACAAATAGCATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAAAAACTACGGGCTGTGGTAAGGCTACAGTACAAATAGCATCT  200

seq1  TCTGTCCCAGCATGAGAGCTGTAGGAGGACATGGTCTCATTTCTTCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCCAGCATGAGAGCTGTAGGAGGACATGGTCTCATTTCTTCAGTT  250

seq1  TCATGGGAGCTGGTCTCTTTAGAGTTCCAACCATTTTAAAAGGGTAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGAGCTGGTCTCTTTAGAGTTCCAACCATTTTAAAAGGGTAGATT  300

seq1  TGTGTTCTGATAGTTATATGTGGCAAAATGGCTGATTAGCTCGAGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTGATAGTTATATGTGGCAAAATGGCTGATTAGCTCGAGTGTGT  350

seq1  CCTTTCTTATATTAACACACATGCACATTTTAATGCTGCCGAGATTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTTATATTAACACACATGCACATTTTAATGCTGCCGAGATTTATT  400

seq1  TTGACAACACGCTCATTCCTGACCAATGGGAGGTAAGTGGGTCTAATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAACACGCTCATTCCTGACCAATGGGAGGTAAGTGGGTCTAATATG  450

seq1  TACAACCCATAGGCTGGGTGATGTGCTTCTCTTTCTCATTCTTCATTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCCATAGGCTGGGTGATGTGCTTCTCTTTCTCATTCTTCATTCCT  500

seq1  CCCCCCTGGACTATGGCCATAAGAGGGGAGGCTGGAGTAGTCATCGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTGGACTATGGCCATAAGAGGGGAGGCTGGAGTAGTCATCGGAGA  550

seq1  GGTTGCATATTGAGGGTATCAAATAATAACTAAAAAAACAGAAAGAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCATATTGAGGGTATCAAATAATAACTAAAAAAACAGAAAGAAGGA  600

seq1  ATGTGGGTCCCTAGTGACTGTTATATAAGATATGACCTCGAGGCCACTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGTCCCTAGTGACTGTTATATAAGATATGACCTCGAGGCCACTTG  650

seq1  TTAGGGATTTTATGTTTGAGAGAAACTTCTTTTGCTGGTATTAAAGTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGATTTTATGTTTGAGAGAAACTTCTTTTGCTGGTATTAAAGTAAT  700

seq1  ACACTGGAACCTTCTGTTATACCTATGAACATATTTAGCATAGGAAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGAACCTTCTGTTATACCTATGAACATATTTAGCATAGGAAAATA  750

seq1  ACGGTAATAAAGACCATAAAAACACATACTATATCTGGTTATGAATTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTAATAAAGACCATAAAAACACATACTATATCTGGTTATGAATTTCA  800

seq1  TGAAAATAAGAGTTTTGTTACAGCCTCAAGATAAACCACATTACTTCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAAGAGTTTTGTTACAGCCTCAAGATAAACCACATTACTTCATT  850

seq1  ATTAGATTCTTGCTACCTACACAATAGTTCTAACCAGCAACAGAGAATAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATTAGATTCTTGCTACCTACACAATAGTTCTAACCAGCAACAGAGAAT-A  899

seq1  GATTAGAAATAAGGGCAAGTGAAGTTGGGAATTTCTGATTTCTTTGGAGA  950
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATTAGAAATAA-GGCAAGTGAAGTTGGGAATTTCTGA-TTCTTTGGAGA  947

seq1  TTTGGTTTTGTCATGTGATATTTTTCTGGAAGCCATATTATGAAAGGATG  1000
      ||  | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  TT--GGTTTGTCATGTGATATTTTTCTGGAAGCC-TA-TATGAAAGGATG  993

seq1  GTTTGCTGAAGCAAACCCATGAGAAGGTGTTTTGCTGAGGCAGACATTTG  1050
      |||||||| |||||||||    ||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTG-AGCAAACCC---TGAAAGTG-TTTGCTGAGGCAGACATTTG  1038

seq1  AGAGGACATGTGATGTTTGGAAGGAGTATACATAGTACCCA  1091
      | ||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AAAGGACATGTGA-GGTTGGAAGGAGT-TACATAGGACCCA  1077

seq1: chr14_46578094_46578969
seq2: B6Ng01-020B03.g_66_938 (reverse)

seq1  CGAGTTTTTCTCACAGGTATGGAGACTGCCATTCTGGTTTGTGGTTGCAG  50
      |||| |||||||| ||  | ||||| |||||||| |||||| | ||||||
seq2  CGAG-TTTTCTCAAAGTAAAGGAGA-TGCCATTC-GGTTTGAGATTGCAG  47

seq1  TGCTGTGGTTTGAACGTGTCCTCTCCAAAATGGGAGGGTGGGGTATCGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGGTTTGAACGTGTCCTCTCCAAAATGGGAGGGTGGGGTATCGAT  97

seq1  CCTCACCTTCAACCCTTAAGGTTCATAGAGGTCACATCTTCAGATCCTTG  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTCACTTTCAACCCTTAAGGTTCATAGAGGTCACAT-TTCAGATCCTTG  146

seq1  AGCATCACTCGGGCAGTAGCAGGAAGGAAGCATCCTGCCCAGCATCTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCACTCGGGCAGTAGCAGGAAGGAAGCATCCTGCCCAGCATCTGTA  196

seq1  ATGGGTAGCAGATGTAGTGTGATCTGT-AATGGGTAGTCTGCAGGCACTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTAGCAGATGTAGTGTGATCTGTAAATGGGTAGTCTGCAGGCACTT  246

seq1  CAATAATTGGTACTTAGATCATTACTTAGAAATCGTCAAAAAGTATGTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATTGGTACTTAGATCATTACTTAGAAATCGTCAAAAAGTATGTTG  296

seq1  GTCCAATACTTTTGGAAGACAATGTATGAATAATTAATTTACACATATCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAATACTTTTGGAAGACAATGTATGAATAATTAATTTACACATATCT  346

seq1  AGGGCTAGAGAGATGGTTGAGAAGTTATGAATGAATATTGATTTCAGAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGAGAGATGGTTGAGAAGTTATGAATGAATATTGATTTCAGAGG  396

seq1  ATCCTGATTTGGTTCCTAGCACCCACATAATGGGTCACAATTATCTGTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATTTGGTTCCTAGCACCCACATAATGGGTCACAATTATCTGTAA  446

seq1  TTCCAGTTTCAGGGGATCTGATACCTTCTTCTGGCCCCCACAACATCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTTCAGGGGATCTGATACCTTCTTCTGGCCCCCACAACATCTAT  496

seq1  ACACATATGGCCCATAAGTCAACATGAAGGCGCATGTGCACACACACACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATGGCCCATAAGTCAACATGAAGGCGCATGTGCACACACACACA  546

seq1  TAAATAAATAAACAAACAAATAAATAAATAAACAAACAAACAAATAAATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATAAACAAACAAATAAATAAATAAACAAACAAACAAATAAATA  596

seq1  AAATCTTTAGGAGGCTGAAGAGTTGACTCAGCAGATAAGAGCCACATGGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTAGGAGGCTGAAGAGTTGACTCAGCAGATAAGAGCCACATGGT  646

seq1  GGGTGGCTCATAGGGATATGATGCCCTCTTCTGGCCTCTGAGGGTACCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGCTCATAGGGATATGATGCCCTCTTCTGGCCTCTGAGGGTACCAG  696

seq1  TATGCACACAGACATATATGTAGGCAAGACATCAACACACATAATAATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACACAGACATATATGTAGGCAAGACATCAACACACATAATAATAA  746

seq1  AATAACAATTTCAAATAATTACTAATTAGCTGGGTGTGGTGACATATACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAATTTCAAATAATTACTAATTAGCTGGGTGTGGTGACATATACT  796

seq1  TTTGATCCTAGCATTGGGAAGCAGAAGCAGTTGGCTTTCTCTGAGTTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCCTAGCATTGGGAAGCAGAAGCAGTTGGCTTTCTCTGAGTTTTT  846

seq1  AGCCATCTTGGTCTATGGAGTGAATTC  876
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCTTGGTCTATGGAGTGAATTC  873