BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020M19
Chromosome14 (Build37)
Map Location 101,716,499 - 101,900,926
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382936, Tbc1d4
Upstream geneLOC100043413, EG668683, EG668684, 1700110M21Rik, LOC100043421
Downstream geneCommd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567, LOC669278
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020M19.bB6Ng01-020M19.g
ACCDH853492DH853493
length1,116923
definitionDH853492|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020M19, 5' end.DH853493|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020M19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,716,499 - 101,717,635)(101,899,996 - 101,900,926)
sequence
gaattcataacgtagtaatcagctgagaaacatacatgttgcatcaaaaa
gcctggattacaggaggaatgacttgaacccaccattgattgggcttgta
caggttaaaagaaaagaacagggcagcccctggaaaccaatattatagct
gaatggctccagaagagccaacctgggatcagataagcagccaagttcat
taacttgtctcattaccacagctggaagaaatagatcatggttgttaaga
acatgagatctggggtcggacctaacttgagttttggcccatgccttatt
tgggatgcctggtttaacctctataaatcaaaatgtctctatctttaaaa
tgaggatcaccgaaccaaccacacaggggttgttgcaaaagttaaaagaa
agaatgcctatgcattacttgatcaatacatcccttaaccaccattacga
tttaaaatgttccaagaaacatgtcctagccacatttaatcaattgatct
cctctatcttcctgagacatgctgtgaggtaaaatagacttctcgtgtgg
ggagtgacgggtgggatagatgaaaaaatttccagaagcattgttccatt
tcaaactgggttccaaaggactgcctcctctcctgtaggtcaggagacac
aggcctttcaacacagacccttatgcaacatacactgcttatgtctttgt
ctcttcaatcttttctaggagctcagatgtatttgcagctttaccaattg
ccatgctactctgcccttccaactgagacactctgtatttgcccaacctt
attctcctggctctcacaaagctgaaaatatctttaaaattcagaatata
tttcatcccatgattccttgagcaatgtgaatgttctcattgaaaccgaa
tatggcatagagacgagattaaagaggcatttattcttagttttatttgg
attacaatggcttttatatttgatggatgtgcctgtgatcaccttactct
actcgaaaggattctgattcattctcagtccccctctgattccactcaac
cgttaaattgttttccccatctcatctcagggtcctgatctgaagctgtc
ttaatagctgtgatga
gaattcaccgctgagccatctcattccaaggctgaacttttaattaatct
agccgagatcctttatcttagatgacgcacaggggtttgtgagtgtggat
aattggcacctgcaataatgaacagacgagcgaacacgaataccaatcaa
tctttatgtgttcccttgagtatctataaatcgacaaatgttacagcaag
ttccatacgaactttatggaattgtatatttagtttgagaattgtcactt
gtacttttcctgagattctcagctctacacagaataggaagggttttatg
gtgagtcattgattgttgttctaggacaataaattgaaaactcattacag
gcagacagcatgttttcactataagaagtggatcacagtagcacagaaag
ccaagggtctgagtggatatctccctttatctgttgcattagtgggtatc
ctgtgagcctgctatggcactgtgtctctgtctcattgccaggagggaga
aatttgtggacttaggaaagtgtagaaatcacatcgatctttgcagaaca
cattcccgtaaacactgcttgtgtgtcttttcccttcatccagggaataa
agcatgttgatcactttggctttatctgtcgggagtctccggagccgggg
ctgagccagtacatctgttatgtgttccagtgcgccaacgaatctctggt
aagtgggcagccacctcccggtgccactgctagtggctccctgtcttaca
gaagtctcctccgtagggggccagtcctccacggggaaataaaaggccac
ctaagagatgttcatactgtgaagaatgcacaaagtagagagccccacag
acaggtctctgacacttttaggtgtagcactttctggctttacagacatg
gataccatggtttgttgtttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_101716499_101717635
seq2: B6Ng01-020M19.b_44_1159

seq1  GAATTCATAACGTAGTAATCAGCTGAGAAACATACATGTTGCATCAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAACGTAGTAATCAGCTGAGAAACATACATGTTGCATCAAAAA  50

seq1  GCCTGGATTACAGGAGGAATGACTTGAACCCACCATTGATTGGGCTTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATTACAGGAGGAATGACTTGAACCCACCATTGATTGGGCTTGTA  100

seq1  CAGGTTAAAAGAAAAGAACAGGGCAGCCCCTGGAAACCAATATTATAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTAAAAGAAAAGAACAGGGCAGCCCCTGGAAACCAATATTATAGCT  150

seq1  GAATGGCTCCAGAAGAGCCAACCTGGGATCAGATAAGCAGCCAAGTTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCTCCAGAAGAGCCAACCTGGGATCAGATAAGCAGCCAAGTTCAT  200

seq1  TAACTTGTCTCATTACCACAGCTGGAAGAAATAGATCATGGTTGTTAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGTCTCATTACCACAGCTGGAAGAAATAGATCATGGTTGTTAAGA  250

seq1  ACATGAGATCTGGGGTCGGACCTAACTTGAGTTTTGGCCCATGCCTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGATCTGGGGTCGGACCTAACTTGAGTTTTGGCCCATGCCTTATT  300

seq1  TGGGATGCCTGGTTTAACCTCTATAAATCAAAATGTCTCTATCTTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGCCTGGTTTAACCTCTATAAATCAAAATGTCTCTATCTTTAAAA  350

seq1  TGAGGATCACCGAACCAACCACACAGGGGTTGTTGCAAAAGTTAAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATCACCGAACCAACCACACAGGGGTTGTTGCAAAAGTTAAAAGAA  400

seq1  AGAATGCCTATGCATTACTTGATCAATACATCCCTTAACCACCATTACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCCTATGCATTACTTGATCAATACATCCCTTAACCACCATTACGA  450

seq1  TTTAAAATGTTCCAAGAAACATGTCCTAGCCACATTTAATCAATTGATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATGTTCCAAGAAACATGTCCTAGCCACATTTAATCAATTGATCT  500

seq1  CCTCTATCTTCCTGAGACATGCTGTGAGGTAAAATAGACTTCTCGTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATCTTCCTGAGACATGCTGTGAGGTAAAATAGACTTCTCGTGTGG  550

seq1  GGAGTGACGGGTGGGATAGATGAAAAAATTTCCAGAAGCATTGTTCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGACGGGTGGGATAGATGAAAAAATTTCCAGAAGCATTGTTCCATT  600

seq1  TCAAACTGGGTTCCAAAGGACTGCCTCCTCTCCTGTAGGTCAGGAGACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGGGTTCCAAAGGACTGCCTCCTCTCCTGTAGGTCAGGAGACAC  650

seq1  AGGCCTTTCAACACAGACCCTTATGCAACATACACTGCTTATGTCTTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTTCAACACAGACCCTTATGCAACATACACTGCTTATGTCTTTGT  700

seq1  CTCTTCAATCTTTTCTAGGAGCTCAGATGTA-TTGCAGCTTTACCAATTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAATCTTTTCTAGGAGCTCAGATGTATTTGCAGCTTTACCAATTG  750

seq1  CCATGCTACTCTGCCCTTCCAACTGAGACACTCTGTATTTGCCCAACCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTACTCTGCCCTTCCAACTGAGACACTCTGTATTTGCCCAACCTT  800

seq1  ATTCTCCTGGCTCTCACAAAGCTGAAAATATCTTTAAAATTCAGAATATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCTGGCTCTCACAAAGCTGAAAATATCTTTAAAATTCAGAATATA  850

seq1  TTTCATCCCATGATTCCTTGAGCAAATGTGAATGATCTCATTGAAAACCG  899
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TTTCATCCCATGATTCCTTGAGC-AATGTGAATGTTCTCATTG-AAACCG  898

seq1  AATATGGCATAGAGACGAAGATTTAAAGAGGCATTTATTTCTTTAGTTTT  949
      ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||   ||||||||
seq2  AATATGGCATAGAGACG-AGA-TTAAAGAGGCATTTATT--CTTAGTTTT  944

seq1  ATTTGGATTTACAATTGGCTTTTTATATTTGATGGATGTGCCCTGGTGAA  999
      ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||| |
seq2  ATTTGGA-TTACAA-TGGC-TTTTATATTTGATGGATGTGCC--TGTG-A  988

seq1  TCACCTTTACTCTACTCGAAAGGAATCTGAATTCATTCTCAG-CCCCCTC  1048
      ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||
seq2  TCACC-TTACTCTACTCGAAAGGATTCTG-ATTCATTCTCAGTCCCCCTC  1036

seq1  ATGATTACAAACTCAACCTGTTAAATTGTTTTTCCCCATCTCAATCACAG  1098
       ||||| |  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||
seq2  -TGATTCC--ACTCAACC-GTTAAATTG-TTTTCCCCATCTC-ATCTCAG  1080

seq1  GGTTCTGATCTTAGAAGCCTACTTAGTAAGCTGTGATGA  1137
      ||| |||||||  |||||   |||| | |||||||||||
seq2  GGTCCTGATCT--GAAGCTGTCTTAAT-AGCTGTGATGA  1116

seq1: chr14_101899996_101900926
seq2: B6Ng01-020M19.g_69_991 (reverse)

seq1  AACAAACA--AAACCATGGTTATACAATGTCTGTTAAAGCCAAGAAAGTG  48
      ||||||||  ||||||||| ||| | ||||||| ||||||| ||||||||
seq2  AACAAACAACAAACCATGG-TAT-CCATGTCTG-TAAAGCC-AGAAAGTG  46

seq1  CCTACACCTAAAAGTGTCACGATGACCTGTCTGTGGTGGCTCTCTACTTT  98
       |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  -CTACACCTAAAAGTGTCA-GA-GACCTGTCTGTGG-GGCTCTCTAC-TT  91

seq1  TGTGCATTCTTCACAGTATGAACATCTCTTTAGGTGGCCTTTTATTTCCC  148
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTCTTCACAGTATGAACATCTC-TTAGGTGGCCTTTTATTTCCC  140

seq1  CGTGGAGGACTGGCCCCCTACGGAGGAGACTTCTGTAAGACAGGGAGCCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGAGGACTGGCCCCCTACGGAGGAGACTTCTGTAAGACAGGGAGCCA  190

seq1  CTAGCAGTGGCACCGGGAGGTGGCTGCCCACTTACCAGAGATTCGTTGGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGTGGCACCGGGAGGTGGCTGCCCACTTACCAGAGATTCGTTGGC  240

seq1  GCACTGGAACACATAACAGATGTACTGGCTCAGCCCCGGCTCCGGAGACT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGAACACATAACAGATGTACTGGCTCAGCCCCGGCTCCGGAGACT  290

seq1  CCCGACAGATAAAGCCAAAGTGATCAACATGCTTTATTCCCTGGATGAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGACAGATAAAGCCAAAGTGATCAACATGCTTTATTCCCTGGATGAAG  340

seq1  GGAAAAGACACACAAGCAGTGTTTACGGGAATGTGTTCTGCAAAGATCGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGACACACAAGCAGTGTTTACGGGAATGTGTTCTGCAAAGATCGA  390

seq1  TGTGATTTCTACACTTTCCTAAGTCCACAAATTTCTCCCTCCTGGCAATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTTCTACACTTTCCTAAGTCCACAAATTTCTCCCTCCTGGCAATG  440

seq1  AGACAGAGACACAGTGCCATAGCAGGCTCACAGGATACCCACTAATGCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGACACAGTGCCATAGCAGGCTCACAGGATACCCACTAATGCAA  490

seq1  CAGATAAAGGGAGATATCCACTCAGACCCTTGGCTTTCTGTGCTACTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAAGGGAGATATCCACTCAGACCCTTGGCTTTCTGTGCTACTGTG  540

seq1  ATCCACTTCTTATAGTGAAAACATGCTGTCTGCCTGTAATGAGTTTTCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTTCTTATAGTGAAAACATGCTGTCTGCCTGTAATGAGTTTTCAA  590

seq1  TTTATTGTCCTAGAACAACAATCAATGACTCACCATAAAACCCTTCCTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTCCTAGAACAACAATCAATGACTCACCATAAAACCCTTCCTAT  640

seq1  TCTGTGTAGAGCTGAGAATCTCAGGAAAAGTACAAGTGACAATTCTCAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTAGAGCTGAGAATCTCAGGAAAAGTACAAGTGACAATTCTCAAA  690

seq1  CTAAATATACAATTCCATAAAGTTCGTATGGAACTTGCTGTAACATTTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATATACAATTCCATAAAGTTCGTATGGAACTTGCTGTAACATTTGT  740

seq1  CGATTTATAGATACTCAAGGGAACACATAAAGATTGATTGGTATTCGTGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTTATAGATACTCAAGGGAACACATAAAGATTGATTGGTATTCGTGT  790

seq1  TCGCTCGTCTGTTCATTATTGCAGGTGCCAATTATCCACACTCACAAACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCGTCTGTTCATTATTGCAGGTGCCAATTATCCACACTCACAAACC  840

seq1  CCTGTGCGTCATCTAAGATAAAGGATCTCGGCTAGATTAATTAAAAGTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCGTCATCTAAGATAAAGGATCTCGGCTAGATTAATTAAAAGTTC  890

seq1  AGCCTTGGAATGAGATGGCTCAGCGGTGAATTC  931
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGGAATGAGATGGCTCAGCGGTGAATTC  923