BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038O20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 104,629,954 - 104,674,960
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePhr1, LOC100043797, Scel, LOC100043448, Slain1, Ednrb
Downstream genePou4f1, 2610206B13Rik, D130009I18Rik, LOC435420, Rbm26, LOC621103, LOC100043466, Ndfip2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038O20.bB6Ng01-038O20.g
ACCDH866344DH866345
length1,255875
definitionDH866344|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038O20, 5' end.DH866345|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,673,681 - 104,674,960)(104,629,954 - 104,630,830)
sequence
gaattctctgatggtagtgcatttggtgtaatcctgaggtttagaataat
gctcataattatgttctagacgtgatttggcatgcaagtgctcatgtgtt
aaaacgttggtgttcagtatggtcatgttaaaaggtcaaacttgtaagaa
gtggactgtagtgtgagaccactgggagtgttgctttgggagaaactatt
ataactcttagcacatctgcctaataaaagagatgtgtgatgaaacacgc
agggctaaccagtcccctcacccagtctcaaatttgatcttgccctgtgc
ttttctcacccccaggaatgtctctgtggtgtcatctgtcatgagatgct
ttctagatccacgctaacggaagcaccagttgtgtccatgactaccaaca
actgtggcctaaatcaatttcatttctgtataaaattccaacatcaggta
ttttgttatagccacagaaaagagaccaatacactaaaatttcacttgca
ttttaaaaatatgcaaattaactaggaagaagagtgaatccaaaataacc
ttcagaagttaaaatataaacttctgttctttgattcccaacaaactata
tctaagcaaacttctcctcatggataaatgtagtatggaaagtttagtgc
aagaattatcttcaaggtctttagacttatttcatgttttcacgcttgtt
tttgatattaacttggaccaagttttgtaaaattccaaggcatccgtgtt
tctatcacatcacagagctgaacataaacagcactgccaagccactttgc
atagctcgtcttcatgctgtttctgacatcctgcatcctgctggctgctg
agattcctaaagtggagtctcatactcattcccattgcattttatcaact
agattaatgccgtgtctgtagcctgttaaaatctttttaaatttctcaaa
ctattaccaggactaggtgctgatgggtcatctgttaatgtgttgagtta
gcctctatctgtgtctgagccacaaaacaaaaagttgaccgagctgagtg
ccttttgtatgatatcatttatttagcaagtactcttttcattgtacatt
atactgaaccgactcaacaacatggcctgtaattttgcactggcttctat
ttattcacggatataggggaagtcactaaacatttttttgagtttatact
tcatgaattgtctcacttgctgttgtgcgaaaagggctcagtggtctcct
cttat
gaattcatcattacccaagagcatcagaaaaatcttctttaactggtcct
cccatgagaggaggcatgttgtaaaggggggttattggcacatgatgata
tccttagacttagacttagatttagactcgccttagacagaggacatccc
ctaactgacccacacgattcagatgatatttgagtgtgtccactgcattc
tggctgcttctaatctcaaatataaacagtttctcttttaccttgccact
gctgactttcagagtcagcatagagcataaaatacacattcaaacaccaa
gccaccatttgtaccccctctgcccattggctgtatgctccagcagaggt
gggctcttctcttgaaaggtgtattgttctgtattaaaagaacaatggtc
tgtttctaagactggcttacaagggtgaaataagacaacgtctgggacat
agtgagtggatagtgaattggaatgacagagtaatgagaaacatacatga
acccacacagcatcaatggttccacttgggagaaagcttgttggtttctt
gggctgtgtggtgatgatgcatctggtccctatgtcaaatcaacattaca
gtgttgtccaagttatatttctaaaggcaaatctactgtcacacaacaat
tcctttgcttaaaattgggcaattattaactctcaagaaagggagaatct
gcattcttcaggaacaagcccttcgataagttatcaattccctatggtca
gccctaaatacatacatatacaatcaatagtaaatggattcaacaggcta
tatgtgtgtatgtatatatatatatatatatatatatatatatatacatg
tataaaatatgtatatggatgtata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_104673681_104674960
seq2: B6Ng01-038O20.b_45_1299 (reverse)

seq1  ATAAGA-GAGACCACTAGAGACACTTTTCTCAGCCAAACAGCAAGTGCAG  49
      |||||| ||||||||| ||| | ||||||   ||  ||||||||||    
seq2  ATAAGAGGAGACCACT-GAG-CCCTTTTC---GCACAACAGCAAGT----  41

seq1  GACACTAATTCATAGAAGGTACTAAACTTCAAAAAATTGTTTGATGACTT  99
      || || ||||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||  ||||||
seq2  GAGAC-AATTCAT-GAA-GTA-TAAAC-TCAAAAAAATGTTTAGTGACTT  86

seq1  CCCCCTTGTATCCCAGTGAATAAAATGGAGCCCAGTTGGCAGAA-TACAG  148
      ||||  | |||||  |||||| |||| ||  |||||  ||| || |||| 
seq2  CCCC--TATATCC--GTGAAT-AAATAGAAGCCAGT--GCAAAATTACA-  128

seq1  GGCAATGTTGTGTGAGTCGGGTCAGTTATAATTTGTACAATG-AAAGAGT  197
      ||| ||||||| |||||||| |||| |||||  ||||||||| |||||||
seq2  GGCCATGTTGT-TGAGTCGGTTCAG-TATAA--TGTACAATGAAAAGAGT  174

seq1  ACCTGCTTAATAATTGATATCAATACAGAAGGCACTCAGCTCTGTTCAAC  247
      || |||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||
seq2  ACTTGCTAAATAAATGATATC-ATACAAAAGGCACTCAGCTC-GGTCAAC  222

seq1  TTTTTGTTTTTGTGGCTCAGACACAGATAGAGGCTTACTCAACACATTTA  297
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  TTTTTG-TTTTGTGGCTCAGACACAGATAGAGGCTAACTCAACACATTAA  271

seq1  CAGATGACCCATCAGCACCTAGTCTTGGTAATAGTTTGAGAAGTTT-AGA  346
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |
seq2  CAGATGACCCATCAGCACCTAGTCCTGGTAATAGTTTGAGAAATTTAAAA  321

seq1  AGATTTTAACAGGCTACAGACACGGCATTAAATCTAGTTGATAAAATGCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTAACAGGCTACAGACACGGCATT-AATCTAGTTGATAAAATGCA  370

seq1  ATGGGAATGAGTATGAGACTCCACTTTAGGAATCTCAGCAGCCAGCAGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATGAGTATGAGACTCCACTTTAGGAATCTCAGCAGCCAGCAGGA  420

seq1  TGCAGGATGTCAGAAACAGCATGAAGACGAGCTATGCAAAGTGGCTTGGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGATGTCAGAAACAGCATGAAGACGAGCTATGCAAAGTGGCTTGGC  470

seq1  AGTGCTGTTTATGTTCAGCTCTGTGATGTGATAG-AACACGGATGCCTTG  545
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTGCTGTTTATGTTCAGCTCTGTGATGTGATAGAAACACGGATGCCTTG  520

seq1  GAATTTTACAAAACTTGGTCCAAGTTAATATCAAAAACAAGCGTGAAAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTACAAAACTTGGTCCAAGTTAATATCAAAAACAAGCGTGAAAAC  570

seq1  ATGAAATAAGTCTAAAGACCTTGAAGATAATTCTTGCACTAAACTTTCCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATAAGTCTAAAGACCTTGAAGATAATTCTTGCACTAAACTTTCCA  620

seq1  TACTACATTTATCCATGAGGAGAAGTTTGCTTAGATATAGTTTGTTGGGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACATTTATCCATGAGGAGAAGTTTGCTTAGATATAGTTTGTTGGGA  670

seq1  ATCAAAGAACAGAAGTTTATATTTTAACTTCTGAAGGTTATTTTGGATTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGAACAGAAGTTTATATTTTAACTTCTGAAGGTTATTTTGGATTC  720

seq1  ACTCTTCTTCCTAGTTAATTTGCATATTTTTAAAATGCAAGTGAAATTTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCTTCCTAGTTAATTTGCATATTTTTAAAATGCAAGTGAAATTTT  770

seq1  AGTGTATTGGTCTCTTTTCTGTGGCTATAACAAAATACCTGATGTTGGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATTGGTCTCTTTTCTGTGGCTATAACAAAATACCTGATGTTGGAA  820

seq1  TTTTATACAGAAATGAAATTGATTTAGGCCACAGTTGTTGGTAGTCATGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATACAGAAATGAAATTGATTTAGGCCACAGTTGTTGGTAGTCATGG  870

seq1  ACACAACTGGTGCTTCCGTTAGCGTGGATCTAGAAAGCATCTCATGACAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACTGGTGCTTCCGTTAGCGTGGATCTAGAAAGCATCTCATGACAG  920

seq1  ATGACACCACAGAGACATTCCTGGGGGTGAGAAAAGCACAGGGCAAGATC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACCACAGAGACATTCCTGGGGGTGAGAAAAGCACAGGGCAAGATC  970

seq1  AAATTTGAGACTGGGTGAGGGGACTGGTTAGCCCTGCGTGTTTCATCACA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGAGACTGGGTGAGGGGACTGGTTAGCCCTGCGTGTTTCATCACA  1020

seq1  CATCTCTTTTATTAGGCAGATGTGCTAAGAGTTATAATAGTTTCTCCCAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTTTTATTAGGCAGATGTGCTAAGAGTTATAATAGTTTCTCCCAA  1070

seq1  AGCAACACTCCCAGTGGTCTCACACTACAGTCCACTTCTTACAAGTTTGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACACTCCCAGTGGTCTCACACTACAGTCCACTTCTTACAAGTTTGA  1120

seq1  CCTTTTAACATGACCATACTGAACACCAACGTTTTAACACATGAGCACTT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAACATGACCATACTGAACACCAACGTTTTAACACATGAGCACTT  1170

seq1  GCATGCCAAATCACGTCTAGAACATAATTATGAGCATTATTCTAAACCTC  1245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCAAATCACGTCTAGAACATAATTATGAGCATTATTCTAAACCTC  1220

seq1  AGGATTACACCAAATGCACTACCATCAGAGAATTC  1280
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTACACCAAATGCACTACCATCAGAGAATTC  1255

seq1: chr14_104629954_104630830
seq2: B6Ng01-038O20.g_69_943

seq1  GAATTCATCATTACCCAAGAGCATCAGAAAAATCTTCTTTAACTGGTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATTACCCAAGAGCATCAGAAAAATCTTCTTTAACTGGTCCT  50

seq1  CCCATGAGAGGAGGCATGTTGTAAAGGGGGGTTATTGGCACATGATGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAGAGGAGGCATGTTGTAAAGGGGGGTTATTGGCACATGATGATA  100

seq1  TCCTTAGACTTAGACTTAGATTTAGACTCGCCTTAGACAGAGGACATCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGACTTAGACTTAGATTTAGACTCGCCTTAGACAGAGGACATCCC  150

seq1  CTAACTGACCCACACGATTCAGATGATATTTGAGTGTGTCCACTGCATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGACCCACACGATTCAGATGATATTTGAGTGTGTCCACTGCATTC  200

seq1  TGGCTGCTTCTAATCTCAAATATAAACAGTTTCTCTTTTACCTTGCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTTCTAATCTCAAATATAAACAGTTTCTCTTTTACCTTGCCACT  250

seq1  GCTGACTTTCAGAGTCAGCATAGAGCATAAAATACACATTCAAACACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTTTCAGAGTCAGCATAGAGCATAAAATACACATTCAAACACCAA  300

seq1  GCCACCATTTGTACCCCCTCTGCCCATTGGCTGTATGCTCCAGCAGAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCATTTGTACCCCCTCTGCCCATTGGCTGTATGCTCCAGCAGAGGT  350

seq1  GGGCTCTTCTCTTGAAAGGTGTATTGTTCTGTATTAAAAGAACAATGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTTCTCTTGAAAGGTGTATTGTTCTGTATTAAAAGAACAATGGTC  400

seq1  TGTTTCTAAGACTGGCTTACAAGGGTGAAATAAGACAACGTCTGGGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTAAGACTGGCTTACAAGGGTGAAATAAGACAACGTCTGGGACAT  450

seq1  AGTGAGTGGATAGTGAATTGGAATGACAGAGTAATGAGAAACATACATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTGGATAGTGAATTGGAATGACAGAGTAATGAGAAACATACATGA  500

seq1  ACCCACACAGCATCAATGGTTCCACTTGGGAGAAAGCTTGTTGGTTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACACAGCATCAATGGTTCCACTTGGGAGAAAGCTTGTTGGTTTCTT  550

seq1  GGGCTGTGTGGTGATGATGCATCTGGTCCCTATGTCAAATCAACATTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTGTGGTGATGATGCATCTGGTCCCTATGTCAAATCAACATTACA  600

seq1  GTGTTGTCCAAGTTATATTTCTAAAGGCAAATCTACTGTCACACAACAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTCCAAGTTATATTTCTAAAGGCAAATCTACTGTCACACAACAAT  650

seq1  TCCTTTGCTTAAAATTGGGCAATTATTAACTCTCAAGAAAGGGAGAATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGCTTAAAATTGGGCAATTATTAACTCTCAAGAAAGGGAGAATCT  700

seq1  GCATTCTTCAGGAACAAGCCCTTCGATAAGTTATCAATTCCCTATGGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTTCAGGAACAAGCCCTTCGATAAGTTATCAATTCCCTATGGTCA  750

seq1  GCCCTAAATACATACATATACAATCAATAGTAAATGGATTCAACAGGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAATACATACATATACAATCAATAGTAAATGGATTCAACAGGCTA  800

seq1  TATGTGTGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATACATG  850

seq1  TATAAAATATATGTATATGTATGTATA  877
      ||||||  ||||||||||| |||||||
seq2  TATAAA--ATATGTATATGGATGTATA  875