BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040C07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 100,352,470 - 100,449,646
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlf12
Upstream geneLOC100043787, 2410129H14Rik, 6720463M24Rik, Dis3, D14Ertd581e, LOC100043395, LOC100043397, Klf5, LOC100043400, LOC100043789, LOC668671, LOC668672, EG546623
Downstream geneLOC100043413, EG668683, EG668684
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040C07.bB6Ng01-040C07.g
ACCDH867202DH867203
length1,1121,092
definitionDH867202|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040C07, 5' end.DH867203|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,352,470 - 100,353,596)(100,448,608 - 100,449,646)
sequence
gaattcactaagcttgctttgctggccttcccagccattagtaccctccc
tacatggtacagctcaggccaaagaggatacagcatttatttctaagaac
attttggattttatgctactaaccaaaggactaattcagagtatttaaca
aagaatacttcctaggggtcactacatagttgtttggttgctgataaaag
aacactatcactgataaaattcagagaaagataaacaagaaaagaactga
taaaaatgtatgagacattgctttgctcaatacgttcaccaatcaaatta
ggttcatattaatctatgatatgacaactgactttaaaaacaacaacaat
tcagttgtgtgaataaataacagataagggtttgagaaaggttaaacaaa
ctgaagttcagaaagtgggcttttcaatagctgcttccaggtagtaaata
cgccaacactcaagagatagaagaagggtggctagaagtaagaggattaa
taactagagtggtttcttaaagggtaagttgtgaccccaaaggggtttaa
gtaacaaaacgagagagactgcaaaacccaatcaacagtgaaaagcaacc
ctgattaacttagcagggtcaggagagacaagtgcccctttaagctgatg
ctgggagcttagatttggatatcatagcatacagttctgagttgacatgg
acagctaagtgttctggtgaagaatgagtcaagaggaaaagagggaggag
aaatacatgaccaccacagaaagaagtcactgggagggtgcagcccagca
gtgagggtgccgcccagcaatgggggtacagctcagcggtggggttacag
cccagtagtggggtacagcccagcagcttgggagcattccagcagtggcg
gtgaagcccattaagtgagggtacaacccagcagtgggggtgcagcccag
agtgaggggcagcccagcactgaggtggagccagcagtgggattgctttg
atgacacaaaggcatttgttgatgacaagatataatgaattgtatagctg
gatgctaagataatcatacctatgaaaggaaataaggtttacttttgctt
gcaataaatctc
gaattctcacctttgaggaataccaaatggcagagaagcacctgaaaaaa
tgttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaaccaaaacaaccctgag
attccacctcacaccagtcagaatgactaagatcaaaaattcaggtgaca
gcagatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcttccattgttgg
tgggattgcaagcttgtacaaccactctgaaaatcagtctggcggttcct
cagaaaattggacatagtactaccagacgatcccgcaatacctctcctgg
gcatatatccagaagatgttccaactggtaagaaggacacatgctctact
atgttcatagcagccttatttataatatccaaaagctggaaagagcccag
atgccccttaacaaaggaatggatacagaaaatgtggtacacttacacaa
tggagtactactcagctatttaaaagaatgaatttatgaaattcctaggc
aaatggatggacctggagggcatcatcctgagtgaggtaccacaatcaca
aacgaactcacacgatatgtactcactaaaggtggatattagcttaattt
cttcttaattttgagtttgcagggatcaaaaatttgactgtttaaaaccc
atcggagagcattaatattaaggatattaataattgccagtagatgcatt
aaaaatatttaatctattttagacatgaaagcttttccatatcaaaatta
cttaaattagacgcatgctttattttcatggtaatgttaaactagggatt
ctgttaattatattgtctattctttctaaaagcatgaaacttattttcct
tttaaataggtcatagtagttctatcccatgattcttcatctaaattttt
tattaaaatacaaacaaacagagaaaccaaatccaaatgaggaaaccttt
tagactttagaatagccaagaatctgacctgaggaaatatcattgggaga
gcaccctgtgtgacacctacaaaagaaaagcccatgggccctcacggaac
tcccatgtaatttggataccggttaccctacccttgctagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_100352470_100353596
seq2: B6Ng01-040C07.b_43_1154

seq1  GAATTCACTAAGCTTGCTTTGCTGGCCTTCCCAGCCATTAGTACCCTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAGCTTGCTTTGCTGGCCTTCCCAGCCATTAGTACCCTCCC  50

seq1  TACATGGTACAGCTCAGGCCAAAGAGGATACAGCATTTATTTCTAAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGTACAGCTCAGGCCAAAGAGGATACAGCATTTATTTCTAAGAAC  100

seq1  ATTTTGGATTTTATGCTACTAACCAAAGGACTAATTCAGAGTATTTAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGATTTTATGCTACTAACCAAAGGACTAATTCAGAGTATTTAACA  150

seq1  AAGAATACTTCCTAGGGGTCACTACATAGTTGTTTGGTTGCTGATAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATACTTCCTAGGGGTCACTACATAGTTGTTTGGTTGCTGATAAAAG  200

seq1  AACACTATCACTGATAAAATTCAGAGAAAGATAAACAAGAAAAGAACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTATCACTGATAAAATTCAGAGAAAGATAAACAAGAAAAGAACTGA  250

seq1  TAAAAATGTATGAGACATTGCTTTGCTCAATACGTTCACCAATCAAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGTATGAGACATTGCTTTGCTCAATACGTTCACCAATCAAATTA  300

seq1  GGTTCATATTAATCTATGATATGACAACTGACTTTAAAAACAACAACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATATTAATCTATGATATGACAACTGACTTTAAAAACAACAACAAT  350

seq1  TCAGTTGTGTGAATAAATAACAGATAAGGGTTTGAGAAAGGTTAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGTGTGAATAAATAACAGATAAGGGTTTGAGAAAGGTTAAACAAA  400

seq1  CTGAAGTTCAGAAAGTGGGCTTTTCAATAGCTGCTTCCAGGTAGTAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTTCAGAAAGTGGGCTTTTCAATAGCTGCTTCCAGGTAGTAAATA  450

seq1  CGCCAACACTCAAGAGATAGAAGAAGGGTGGCTAGAAGTAAGAGGATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAACACTCAAGAGATAGAAGAAGGGTGGCTAGAAGTAAGAGGATTAA  500

seq1  TAACTAGAGTGGTTTCTTAAAGGGTAAGTTGTGACCCCAAAGGGGTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGAGTGGTTTCTTAAAGGGTAAGTTGTGACCCCAAAGGGGTTTAA  550

seq1  GTAACAAAACGAGAGAGACTGCAAAACCCAATCAACAGTGAAAAGCAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAAAACGAGAGAGACTGCAAAACCCAATCAACAGTGAAAAGCAACC  600

seq1  CTGATTAACTTAGCAGGGTCAGGAGAGACAAGTGCCCCTTTAAGCTGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTAACTTAGCAGGGTCAGGAGAGACAAGTGCCCCTTTAAGCTGATG  650

seq1  CTGGGAGCTTAGATTTGGATATCATAGCATACAGTTCTGAGTTGACATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGCTTAGATTTGGATATCATAGCATACAGTTCTGAGTTGACATGG  700

seq1  ACAGCTAAGTGTTCTGGTGAAGAATGAGTCAAGAGGAAAAGAGGGAGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAAGTGTTCTGGTGAAGAATGAGTCAAGAGGAAAAGAGGGAGGAG  750

seq1  AAATACATGACCACCACAGAAAGAAGTCACTGGGAGGGTGCAGCCCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATGACCACCACAGAAAGAAGTCACTGGGAGGGTGCAGCCCAGCA  800

seq1  GTGAGGGTGCCGCCCAGCAATGGGGGTACAGCTCAGCGGTGGGGTTACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTGCCGCCCAGCAATGGGGGTACAGCTCAGCGGTGGGGTTACAG  850

seq1  CCCAGTAGTGGGGTTACAGCCCAGCAGCTTGGGAGCATTCCAGCAGTGGC  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAGTGGGG-TACAGCCCAGCAGCTTGGGAGCATTCCAGCAGTGGC  899

seq1  GGTGAAGCCCATTAAGTGAGGGTACAACCCAGCAGTGGGGGTGCAGCCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAGCCCATTAAGTGAGGGTACAACCCAGCAGTGGGGGTGCAGCCCA  949

seq1  GGAGTGAGGGGCAGCCCAGCACTGAGGGTGGAGCCAAGCAGTGGGAATGG  1000
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |
seq2  -GAGTGAGGGGCAGCCCAGCACTGA-GGTGGAGCC-AGCAGTGGG-ATTG  995

seq1  CTTTGATGACAACAAAGCCATTTGTTGATGACAAGATATAATAGAAATGG  1050
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||   ||| |
seq2  CTTTGATGAC-ACAAAGGCATTTGTTGATGACAAGATATAAT--GAATTG  1042

seq1  TATAAGCTGGATGCTAAAGATAAATCATTACCAATGAAGGGAAAATACAG  1100
      ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| || |||||  |
seq2  TAT-AGCTGGATGCT-AAGAT-AATCA-TACCTATGAAAGG-AAATAAGG  1087

seq1  TTTACATTTTGCTTGCAATAAAATCTC  1127
      ||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TTTAC-TTTTGCTTGCAAT-AAATCTC  1112

seq1: chr14_100448608_100449646
seq2: B6Ng01-040C07.g_140_1159 (reverse)

seq1  GTCTAGCAAGGGTAGGGTAAAACAGGTATCCAAAATTACATGGGAGTTAC  50
      ||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||| |
seq2  GTCTAGCAAGGGTAGGGT--AACCGGTATCC-AAATTACATGGGAGTTCC  47

seq1  GTTGAGGGCCCATGGGGCTTTTCTTTTGTAGGTGCTCAACCAGGGTTGCT  100
      | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||
seq2  G-TGAGGGCCCAT-GGGCTTTTCTTTTGTAGGTG-TCACACAGGG-TGCT  93

seq1  CTCCCAATGATAATTTCCTCAAGGTCCAGATTCTTGGCTATTCTAAAAGT  150
      ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCCCAATGAT-ATTTCCTC-AGGT-CAGATTCTTGGCTATTCT-AAAGT  139

seq1  CTAAAAGGTTTTCCTCATTTTGGATTTGGTTTTCTCTTGTTTTGTTTGTA  200
      |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||||
seq2  CTAAAAGG-TTTCCTCA-TTTGGATTTGG-TTTCTCT--GTTTGTTTGTA  184

seq1  TTTTTAATTAAAAAATTTAGATGAAGAATCATGGGATAGAAACTACTATG  250
      ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTT--AATAAAAAATTTAGATGAAGAATCATGGGATAG-AACTACTATG  231

seq1  ACCTATTTAAAAGGAAAATAAGTTTCATGCTTTTAGAAAGAATAGACAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTTAAAAGGAAAATAAGTTTCATGCTTTTAGAAAGAATAGACAAT  281

seq1  ATAATTAACAGAATCCCTAGTTTAACATTACCATGAAAATAAAGCATGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAACAGAATCCCTAGTTTAACATTACCATGAAAATAAAGCATGCG  331

seq1  TCTAATTTAAGTAATTTTGATATGGAAAAGCTTTCATGTCTAAAATAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTTAAGTAATTTTGATATGGAAAAGCTTTCATGTCTAAAATAGAT  381

seq1  TAAATATTTTTAATGCATCTACTGGCAATTATTAATATCCTTAATATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTTTAATGCATCTACTGGCAATTATTAATATCCTTAATATTAA  431

seq1  TGCTCTCCGATGGGTTTTAAACAGTCAAATTTTTGATCCCTGCAAACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCGATGGGTTTTAAACAGTCAAATTTTTGATCCCTGCAAACTCA  481

seq1  AAATTAAGAAGAAATTAAGCTAATATCCACCTTTAGTGAGTACATATCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGAAGAAATTAAGCTAATATCCACCTTTAGTGAGTACATATCGT  531

seq1  GTGAGTTCGTTTGTGATTGTGGTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTCGTTTGTGATTGTGGTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGG  581

seq1  TCCATCCATTTGCCTAGGAATTTCATAAATTCATTCTTTTAAATAGCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCATTTGCCTAGGAATTTCATAAATTCATTCTTTTAAATAGCTGA  631

seq1  GTAGTACTCCATTGTGTAAGTGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTACTCCATTGTGTAAGTGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTTTG  681

seq1  TTAAGGGGCATCTGGGCTCTTTCCAGCTTTTGGATATTATAAATAAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGGGCATCTGGGCTCTTTCCAGCTTTTGGATATTATAAATAAGGCT  731

seq1  GCTATGAACATAGTAGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGAACATCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGAACATAGTAGAGCATGTGTCCTTCTTACCAGTTGGAACATCTTC  781

seq1  TGGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCGGGATCGTCTGGTAGTACTATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCGGGATCGTCTGGTAGTACTATGT  831

seq1  CCAATTTTCTGAGGAACCGCCAGACTGATTTTCAGAGTGGTTGTACAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTTCTGAGGAACCGCCAGACTGATTTTCAGAGTGGTTGTACAAGC  881

seq1  TTGCAATCCCACCAACAATGGAAGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATCCCACCAACAATGGAAGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCG  931

seq1  CCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAGTCATTCTGACTGGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAGTCATTCTGACTGGTG  981

seq1  TGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGGTTTGCATTTCCC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGGTTTGCATTTCCC  1020