BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046G11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 25,566,188 - 25,742,808
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcnma1, LOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
Downstream geneLOC100039411, Zmiz1, I920194n01, LOC100039007, 4931406H21Rik, Ppif, 2310047A01Rik, Anxa11, Plac9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046G11.bB6Ng01-046G11.g
ACCDH871580DH871581
length1,1811,049
definitionDH871580|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046G11, 5' end.DH871581|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046G11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,741,602 - 25,742,808)(25,566,188 - 25,567,262)
sequence
tcaagaaccaaggggatgatctactaggaatccactccagggtccacagc
ttcttgctgtgttctcccagtttcattttaggggtcagagctcaggcctt
gctagttgctaacaccctggtccgttggctcttacagccgcagatcactt
gtacttctcagttgcctttcaaccaatggactgctgggaaagggcaaccc
ccatcaggcatgccctaatccagagtggggcatgaaggcacagcctcact
ccctgctcctctgcactggcccatttgggggtactttctggttcatgaag
cctacactgagtttagacccaagttcccccagagcatccacttcacagga
tccatggagtgtgaatgaacattgcttccctggtgggcctggctgcaggg
ctcgggtgttcttactgtggccatttatgagggatagatctagacgtgga
agacaggccctctcgtgtgagaataacatgggtttcacatcagactcctg
cttcctggtcaagagcctcgccgcagtgtgactggtgagcaggtgttacc
tgtcaacctacaaatgttcacagaccagccaggacaagacactggtggca
atcagacaggatgcaggctgaagactactgcgacccagcagaacccttct
acgtgtccaaagggcacagcgttggcccctgaggttcaccaccattcact
caatcaaatacctgatcaccagggcccagctaagttccagtatggaagga
ggaaagactacgtcgagtggttataaaccagcagcatgcggcagatgtct
tctgtagccagtctcagaaagcacccgaccccatgtctgagaaagctgtt
accgtgggcaattcattggtggagggaatccctgagccaaagatgctcta
ccagtggtttgggacttttcagagtcttgaaatgccagtgtgccactctg
tcaaacaaacaaaaagtggagcacagcattttttaaatgtacttgttcat
gccacgctcctagagatgtcagaagaatgatgactggggcccctgttttc
caccgaccgtgatccttctgaggaagaatggcctttatcagcacttattg
aatgacaccgggcaggtggaaagcaggaagacattacttacggaacaggg
tcggacccaggttcccgttctgtataacaaa
gaattctgccctaagtgtgatgttagtgttcttgccttgacacaacctga
gaagagaaaaccttaattgaagggttgtctgcattgattgtgaacatgtc
tttgaatcctttacttagttgttcattagcagtatcattcctaggcaggt
tatccttggttgtataagaaaggcagcaagccagagaaaagcaagccatt
aagcatctttctttcatgattcctacctctacttctgcttaagttcctgc
tttagctttgcacattgttggattgtgattggaacaatcacatgagtaaa
cctttccttccctaaatgcttttggtcatgatatttaccacagcaacaga
agagcaaaccaggacacttgggtaagctagagagactcatcagaagctca
gtttctacatgtgtgacatggttatagaggcagtgtctgatacacaaagc
tacatggttgatgagacaatgcagaggaatgcccattctggatactgtgc
atagaagagctcagatacctcttccctgtcattccccataggtgccccct
gtgttctaggatctgccttttcaccatcctctcttcatctgacatcactc
attacagtatccttggagtttctctcctatccccttacctgtggctccct
ctgtagtcagagacatcttcccattatccatctgatgatgtcacttgctt
ccaaatactttataaagttctcaagagcaatctcagactctgaaatgggg
cttaggaggctagaaatgatcaggcaacttcccgtccctaggaactcata
ttacagctgatgattattgaccgtttcatccttgtcatgcctctctctat
ccaggtttgccctcccactgctggcagattctccctcttccaccctttga
gctttgctgtgctcgtgcactctacactttcatcaagctcctcgggctgt
gcagctctgctagtccccatgtgactctgtgaaagcagagccaggactgc
ttgcagttaccactgcttgcagaagcagcctccagtatcagtgaacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_25741602_25742808
seq2: B6Ng01-046G11.b_52_1232 (reverse)

seq1  TTTGTTATTACAGAAAACGGAAACACCTGGGTCCCCGGACCCTTGTTCCG  50
      ||||||| |||||  ||||| |  ||||||||||   ||||| |||||||
seq2  TTTGTTA-TACAG--AACGGGA--ACCTGGGTCC---GACCC-TGTTCCG  41

seq1  TAGGTAAAATGTGTC-TCCTGCTTTTTCACCTGCCCCGGTGTCATCAATT  99
      || ||||    |||| |||||| ||| |||||| |||||||||||  | |
seq2  TAAGTAA----TGTCTTCCTGC-TTTCCACCTG-CCCGGTGTCATTCAAT  85

seq1  AAGTGCTGATTTAAAGGCCTTTTCTTCCTCAGAAGATTCACGGTCGTGTG  149
      |||||||||  ||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |||
seq2  AAGTGCTGA--TAAAGGCC-ATTCTTCCTCAGAAGGATCACGGTCG-GTG  131

seq1  TACACAGGGGGCCCCAGTCATCATTCTTCTGACATCTCTGAGGAGCGTGG  199
       | |   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAAAACAGGGGCCCCAGTCATCATTCTTCTGACATCTCT-AGGAGCGTGG  180

seq1  CATGGACAAGTACATTTAGAAAATGCTGTGCCTCCACTTTTTGTTTGTTT  249
      |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATGAACAAGTACATTTAAAAAATGCTGTG-CTCCACTTTTTGTTTGTTT  229

seq1  GACAGAGTGGCACACTGGCATTTTCAAGACTCTGAAAAGTCCCAAACCAC  299
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGTGGCACACTGGCA-TTTCAAGACTCTGAAAAGTCCCAAACCAC  278

seq1  TGGTAGAGCATCTTTTGGCTCAGGGATTCCCTCCACCAATGAATTGCCCA  349
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGAGCATC-TTTGGCTCAGGGATTCCCTCCACCAATGAATTGCCCA  327

seq1  CGGTAACAGCTTTCCTCAGACATGGGGGTCGGGTGCTTTCTGAGACTGGC  399
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAACAGCTTT-CTCAGACAT-GGGGTCGGGTGCTTTCTGAGACTGGC  375

seq1  TACAGAAGACATCCTGCCGCATGCCTGCTGGTTTATAACCACTCGACGTA  449
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGACAT-CTGCCGCATG-CTGCTGGTTTATAACCACTCGACGTA  423

seq1  GTCTTTCCTCCTTCCATACTGGAACTTAGCTGGGCCCTGGTGATCAGGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCCTCCTTCCATACTGGAACTTAGCTGGGCCCTGGTGATCAGGTA  473

seq1  TTTGATTGAGTGAATGGTGGTGAACCTCAGGGGCCAACGCTGTGCCCTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTGAGTGAATGGTGGTGAACCTCAGGGGCCAACGCTGTGCCCTTT  523

seq1  GGACACGTAGAAGGGTTCTGCTGGGTCGCAGTAGTCTTCAGCCTGCATCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACGTAGAAGGGTTCTGCTGGGTCGCAGTAGTCTTCAGCCTGCATCC  573

seq1  TGTCTGATTGCCACCAGTGTCTTGTCCTGGCTGGTCTGTGAACATTTGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGATTGCCACCAGTGTCTTGTCCTGGCTGGTCTGTGAACATTTGTA  623

seq1  GGTTGACAGGTAACACCTGCTCACCAGTCACACTGCGGCGAGGCTCTTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGACAGGTAACACCTGCTCACCAGTCACACTGCGGCGAGGCTCTTGA  673

seq1  CCAGGAAGCAGGAGTCTGATGTGAAACCCATGTTATTCTCACACGAGAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCAGGAGTCTGATGTGAAACCCATGTTATTCTCACACGAGAGG  723

seq1  GCCTGTCTTCCACGTCTAGATCTATCCCTCATAAATGGCCACAGTAAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCTTCCACGTCTAGATCTATCCCTCATAAATGGCCACAGTAAGAA  773

seq1  CACCCGAGCCCTGCAGCCAGGCCCACCAGGGAAGCAATGTTCATTCACAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGAGCCCTGCAGCCAGGCCCACCAGGGAAGCAATGTTCATTCACAC  823

seq1  TCCATGGATCCTGTGAAGTGGATGCTCTGGGGGAACTTGGGTCTAAACTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGATCCTGTGAAGTGGATGCTCTGGGGGAACTTGGGTCTAAACTC  873

seq1  AGTGTAGGCTTCATGAACCAGAAAGTACCCCCAAATGGGCCAGTGCAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGGCTTCATGAACCAGAAAGTACCCCCAAATGGGCCAGTGCAGAG  923

seq1  GAGCAGGGAGTGAGGCTGTGCCTTCATGCCCCACTCTGGATTAGGGCATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGGAGTGAGGCTGTGCCTTCATGCCCCACTCTGGATTAGGGCATG  973

seq1  CCTGATGGGGGTTGCCCTTTCCCAGCAGTCCATTGGTTGAAAGGCAACTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGGGGGTTGCCCTTTCCCAGCAGTCCATTGGTTGAAAGGCAACTG  1023

seq1  AGAAGTACAAGTGATCTGCGGCTGTAAGAGCCAACGGACCAGGGTGTTAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTACAAGTGATCTGCGGCTGTAAGAGCCAACGGACCAGGGTGTTAG  1073

seq1  CAACTAGCAAGGCCTGAGCTCTGACCCCTAAAATGAAACTGGGAGAACAC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGCAAGGCCTGAGCTCTGACCCCTAAAATGAAACTGGGAGAACAC  1123

seq1  AGCAAGAAGCTGTGGACCCTGGAGTGGATTCCTAGTAGATCATCCCCTTG  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAGCTGTGGACCCTGGAGTGGATTCCTAGTAGATCATCCCCTTG  1173

seq1  GTTCTTGA  1207
      ||||||||
seq2  GTTCTTGA  1181

seq1: chr14_25566188_25567262
seq2: B6Ng01-046G11.g_67_1115

seq1  GAATTCTGCCCTAAGTGTGATGTTAGTGTTCTTGCCTTGACACAACCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCTAAGTGTGATGTTAGTGTTCTTGCCTTGACACAACCTGA  50

seq1  GAAGAGAAAACCTTAATTGAAGGGTTGTCTGCATTGATTGTGAACATGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAAAACCTTAATTGAAGGGTTGTCTGCATTGATTGTGAACATGTC  100

seq1  TTTGAATCCTTTACTTAGTTGTTCATTAGCAGTATCATTCCTAGGCAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCCTTTACTTAGTTGTTCATTAGCAGTATCATTCCTAGGCAGGT  150

seq1  TATCCTTGGTTGTATAAGAAAGGCAGCAAGCCAGAGAAAAGCAAGCCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTGGTTGTATAAGAAAGGCAGCAAGCCAGAGAAAAGCAAGCCATT  200

seq1  AAGCATCTTTCTTTCATGATTCCTACCTCTACTTCTGCTTAAGTTCCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCTTTCTTTCATGATTCCTACCTCTACTTCTGCTTAAGTTCCTGC  250

seq1  TTTAGCTTTGCACATTGTTGGATTGTGATTGGAACAATCACATGAGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTTGCACATTGTTGGATTGTGATTGGAACAATCACATGAGTAAA  300

seq1  CCTTTCCTTCCCTAAATGCTTTTGGTCATGATATTTACCACAGCAACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTCCCTAAATGCTTTTGGTCATGATATTTACCACAGCAACAGA  350

seq1  AGAGCAAACCAGGACACTTGGGTAAGCTAGAGAGACTCATCAGAAGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAACCAGGACACTTGGGTAAGCTAGAGAGACTCATCAGAAGCTCA  400

seq1  GTTTCTACATGTGTGACATGGTTATAGAGGCAGTGTCTGATACACAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACATGTGTGACATGGTTATAGAGGCAGTGTCTGATACACAAAGC  450

seq1  TACATGGTTGATGAGACAATGCAGAGGAATGCCCATTCTGGATACTGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGTTGATGAGACAATGCAGAGGAATGCCCATTCTGGATACTGTGC  500

seq1  ATAGAAGAGCTCAGATACCTCTTCCCTGTCATTCCCCATAGGTGCCCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGAGCTCAGATACCTCTTCCCTGTCATTCCCCATAGGTGCCCCCT  550

seq1  GTGTTCTAGGATCTGCCTTTTCACCATCCTCTCTTCATCTGACATCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTAGGATCTGCCTTTTCACCATCCTCTCTTCATCTGACATCACTC  600

seq1  ATTACAGTATCCTTGGAGTTTCTCTCCTATCCCCTTACCTGTGGCTCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTATCCTTGGAGTTTCTCTCCTATCCCCTTACCTGTGGCTCCCT  650

seq1  CTGTAGTCAGAGACATCTTCCCATTATCCATCTGATGATGTCACTTGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTCAGAGACATCTTCCCATTATCCATCTGATGATGTCACTTGCTT  700

seq1  CCAAATACTTTATAAAGTTCTCAAGAGCAATCTCAGACTCTGAAATGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATACTTTATAAAGTTCTCAAGAGCAATCTCAGACTCTGAAATGGGG  750

seq1  CTTAGGAGGCTAGAAATGATCAGGCAACTTCCCGTCCCTAGGAACTCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAGGCTAGAAATGATCAGGCAACTTCCCGTCCCTAGGAACTCATA  800

seq1  TTACAGCTGATGATTATTGACCGTTTCATCCTTGTCATGCCTCTCTCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCTGATGATTATTGACCGTTTCATCCTTGTCATGCCTCTCTCTAT  850

seq1  CCAGGTTTGCCCTCCCCACTGCTGGCAAGATTCCTCCCTCCTTCCCACCC  900
      ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||  | ||||||
seq2  CCAGGTTTGCCCT-CCCACTGCTGGC-AGATT-CTCCCTC--TTCCACCC  895

seq1  TTTGAGCTTTTGCTGTGCTTCGTGCCACTCTACACTTTCCATCAAAGCTC  950
      ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| 
seq2  TTTGAGC-TTTGCTGTGC-TCGTG-CACTCTACACTTT-CATC-AAGCT-  939

seq1  CCTCGGGCTGTGCAGCTCTGCTAGGTCCCCCATTGTGACTTCCTGTGAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||  ||||||||
seq2  CCTCGGGCTGTGCAGCTCTGCTA-GTCCCC--ATGTGACT--CTGTGAAA  984

seq1  GCCAGAAGCACAGGGACTGCTTGCAGTTAACACACTGCTTTGCAGAAGGC  1050
      | ||||  ||   ||||||||||||||||   |||||| |||||||| ||
seq2  G-CAGAGCCA---GGACTGCTTGCAGTTA--CCACTGC-TTGCAGAA-GC  1026

seq1  AGGCTCCCAGTATCCAGTGAACACA  1075
      || || ||||||| |||||||||||
seq2  AGCCT-CCAGTAT-CAGTGAACACA  1049