BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047E03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 29,930,241 - 29,961,243
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d3
Upstream geneErc2, LOC100040206, Wnt5a, LOC100040218, Lrtm1
Downstream genePpia-ps15, EG665431, Selk, Actr8, Il17rb, Chdh, Cacna1d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047E03.bB6Ng01-047E03.g
ACCDH872172DH872173
length9591,136
definitionDH872172|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047E03, 5' end.DH872173|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047E03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,930,241 - 29,931,197)(29,960,067 - 29,961,243)
sequence
gaattctctaaattgagctttgatttccttagacacttaaaagactaagt
tggggaccaaaaatgtcttgaaatattatggattttgaaattgactcttt
gttctctggatttatacttatctagtcccagtgcttatcttaaaaaaaaa
tcaccaacttacattaaatagggtagggtataactggagttatcaataat
gtcatgattcctgcagaggtcagctatatgtctaccatgtaatggaactc
ttgggggctgggccctgggcaagcactgtacatataccacagaaagtcct
atagattgctattacgtcaccctactctactatgataatgagtaagacac
ggtgccctggatccaagggaagacattttttaggctgggaacatgtattt
tgaagcacaaggcagggtatccacttctgcaccaagggtattcacttgtc
ttagagtgaacacgggaagaactatcaatccgttttccaattagcaaact
caactttagtttcatcgctttcagccaagtcgctcttcccccgagccaga
ggcaaggtggaacttgacccccagaatgtcatcatctacctatcactgct
aagtctccctaggctcctctcagtcttttctctaagcatctgctatgaac
tatgttttaggttaactgtcttgggtaaatgatttctctttttcagccag
aaaataaaggtttactaacaaacacataacaaacaattttagaatttgcc
ccataaggaggcaaccgactatgacccttctgaatttaactatctctacc
atgaaacattataacattagtctgggatttccaccatttcctttctgaag
aagctaaacttagatgctaagttaacttctgtcacttcttatcccatctc
atgggtttttttgttgttggatgggctttgtttgcttttgttgtggctgg
ttttcaaga
gaattccttcttcacctactctttctttgctatgtttagttcaaaataat
tctcatgccaaaggggcatatttgagggtagtggttattgaatttgcata
aatttccttattaatgagtgtcccctggggaatcaggaaggggtgtcttc
cacgttacttttaagttcctccaagtgggaatcttgatgcagagaactga
ccacccctctccctttattgagcttcagctcctctttggggcctcccttt
ccacgtataactaaatcaggaatgatcataagcagggaaagtgaaatttg
ggatattgtgaatatagtcagacatccccatcatcatagtaatgacccag
accatgaggactaatttgcccacagtcagcagtcacaacccgttagctct
aaaagacttctcacaaagtctcaagatctggtgtttaacttaataagagt
taatgagtaaagaaaagactctcttcctatgtccatgaaccgctgctttg
gcagctcaaaatgatagtaagcattacagctgcaagtatcaaacattcac
tatcaggaatgagtcaagttgctatgtcaaaactacatttctagataaat
ataagagcaaagctgtatttacttatcagacatggtaaggcacccctgta
atgccaccacttgtgaggctgaggcaaaatttcgaggggcaaaaattcaa
gatcaaggtaggagttcaaggccagtctgtattacatagtgagacgctat
gtcaaaaacaaaagcacacaaatagtatatttaaatataaatttaaatct
atcattagatagaaataaatattattttctgagataggcggcatggttag
ctgtgtttgctgatgataaaactgagcatttgaaaagtgttgaataagtt
gcccaattgattgtccatccagtcatttgctaaacaaacaaaattttctc
tatactagaacatgcgtgttgtaacataaaccagtgagtattcatatcct
atagaaagtaggaaatctggtcattttgcacaatccaactttgctggact
tctcccgtctttcatgatcatcagtgttattgaattatctgtgctgtatt
cattggctgtatctcactgctgctgcaagacttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_29930241_29931197
seq2: B6Ng01-047E03.b_44_1002

seq1  GAATTCTCTAAATTGAGCTTTGATTTCCTTAGACACTTAAAAGACTAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAAATTGAGCTTTGATTTCCTTAGACACTTAAAAGACTAAGT  50

seq1  TGGGGACCAAAAATGTCTTGAAATATTATGGATTTTGAAATTGACTCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACCAAAAATGTCTTGAAATATTATGGATTTTGAAATTGACTCTTT  100

seq1  GTTCTCTGGATTTATACTTATCTAGTCCCAGTGCTTATCTTAAAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGGATTTATACTTATCTAGTCCCAGTGCTTATCTTAAAAAAAAA  150

seq1  TCACCAACTTACATTAAATAGGGTAGGGTATAACTGGAGTTATCAATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAACTTACATTAAATAGGGTAGGGTATAACTGGAGTTATCAATAAT  200

seq1  GTCATGATTCCTGCAGAGGTCAGCTATATGTCTACCATGTAATGGAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGATTCCTGCAGAGGTCAGCTATATGTCTACCATGTAATGGAACTC  250

seq1  TTGGGGGCTGGGCCCTGGGCAAGCACTGTACATATACCACAGAAAGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGCTGGGCCCTGGGCAAGCACTGTACATATACCACAGAAAGTCCT  300

seq1  ATAGATTGCTATTACGTCACCCTACTCTACTATGATAATGAGTAAGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTGCTATTACGTCACCCTACTCTACTATGATAATGAGTAAGACAC  350

seq1  GGTGCCCTGGATCCAAGGGAAGACATTTTTTAGGCTGGGAACATGTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCCTGGATCCAAGGGAAGACATTTTTTAGGCTGGGAACATGTATTT  400

seq1  TGAAGCACAAGGCAGGGTATCCACTTCTGCACCAAGGGTATTCACTTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCACAAGGCAGGGTATCCACTTCTGCACCAAGGGTATTCACTTGTC  450

seq1  TTAGAGTGAACACGGGAAGAACTATCAATCCGTTTTCCAATTAGCAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTGAACACGGGAAGAACTATCAATCCGTTTTCCAATTAGCAAACT  500

seq1  CAACTTTAGTTTCATCGCTTTCAGCCAAGTCGCTCTTCCCCCGAGCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTAGTTTCATCGCTTTCAGCCAAGTCGCTCTTCCCCCGAGCCAGA  550

seq1  GGCAAGGTGGAACTTGACCCCCAGAATGTCATCATCTACCTATCACTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGTGGAACTTGACCCCCAGAATGTCATCATCTACCTATCACTGCT  600

seq1  AAGTCTCCCTAGGCTCCTCTCAGTC-TTTCTCTAAGCATCTGCTATGAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCCCTAGGCTCCTCTCAGTCTTTTCTCTAAGCATCTGCTATGAAC  650

seq1  TATG-TTTAGGTTAACTGTCTT-GGTAAATGATTTCTC-TTTTCAGCCAG  696
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATGTTTTAGGTTAACTGTCTTGGGTAAATGATTTCTCTTTTTCAGCCAG  700

seq1  -AAATAAA-GATTACTAACAAACACATAACAAACAATTTTAGAA-TTGCC  743
       ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAATAAAGGTTTACTAACAAACACATAACAAACAATTTTAGAATTTGCC  750

seq1  CCAT-AGGAGGCAACCGACTATGACCCTTCTGAATTTAACTATCTCTACC  792
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAGGAGGCAACCGACTATGACCCTTCTGAATTTAACTATCTCTACC  800

seq1  ATGAAACATTATAACATTAGTCTGGGATTTCCACCATTTCCTTTTCTGAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGAAACATTATAACATTAGTCTGGGATTTCCACCATTTCC-TTTCTGAA  849

seq1  GAAAGCTAAACTTAGATGCTAAGTTAACTTCTGTCAC-TCTTATCCCATC  891
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  G-AAGCTAAACTTAGATGCTAAGTTAACTTCTGTCACTTCTTATCCCATC  898

seq1  TCATGGGTTTTTTTGTTTGTTTGGTTGTGTTTTGTTTGTTTTTGTTTGTT  941
      |||||||||||||||||   |||| || | |||||||| ||||||   | 
seq2  TCATGGGTTTTTTTGTT--GTTGGATGGGCTTTGTTTGCTTTTGT---TG  943

seq1  TGTTTGTTTTTCAAGA  957
      ||  || |||||||||
seq2  TGGCTGGTTTTCAAGA  959

seq1: chr14_29960067_29961243
seq2: B6Ng01-047E03.g_67_1202 (reverse)

seq1  GAGAAGTCTTTGGCAGCCCAAGCAGTTGAAGGAGTAACAAGCAAATGAAT  50
      ||||||||||  |||||   ||||||     |||  || ||| |||||||
seq2  GAGAAGTCTT--GCAGC---AGCAGT-----GAGATAC-AGCCAATGAAT  39

seq1  CACAGGCACAGATTAAATTCCAAATAACTACTGGATGGATCCATGATAAA  100
       ||| ||||||||  |||||  |||||| ||| ||| ||| ||||  |||
seq2  -ACA-GCACAGAT--AATTC--AATAAC-ACT-GAT-GAT-CATG--AAA  77

seq1  GACGGGGAGAAAGCTCAGCAAAATAGTGTGATTTGTGCCAAAATGACCCA  150
      ||| ||||| |||  ||||||| |    ||  ||||| |||||||| |||
seq2  GAC-GGGAG-AAGTCCAGCAAAGT----TGGATTGTG-CAAAATGA-CCA  119

seq1  GATTTCCCTACTTTCCTTATAGGATATGAAATAACTCACTGGTTTTAATG  200
      ||||| |||||||||  |||||||||||||   ||||||||||||  |||
seq2  GATTT-CCTACTTTC--TATAGGATATGAA--TACTCACTGGTTT--ATG  162

seq1  TTAACAACACGCATGTTCTAGTATAGAGAAAATTTTGTTTGTTTTAAGCA  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  TT-ACAACACGCATGTTCTAGTATAGAGAAAATTTTGTTTGTTT--AGCA  209

seq1  AATGACTTGAATGGACAATCAATTGGGCAAC-TATTCAACACTTTTCAAA  299
      |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATGAC-TGGATGGACAATCAATTGGGCAACTTATTCAACACTTTTCAAA  258

seq1  TGCTCAGTTTTATCATCAGCAAACACAGCTAACCATGCCGCCTATCTCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGTTTTATCATCAGCAAACACAGCTAACCATGCCGCCTATCTCAG  308

seq1  AAAATAATATTTATTTCTATCTAATGATAGATTTAAATTTATATTTAAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATATTTATTTCTATCTAATGATAGATTTAAATTTATATTTAAAT  358

seq1  ATACTATTTGTGTGCTTTTGTTTTTGACATAGCGTCTCACTATGTAATAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATTTGTGTGCTTTTGTTTTTGACATAGCGTCTCACTATGTAATAC  408

seq1  AGACTGGCCTTGAACTCCTACCTTGATCTTGAATTTTTGCCCCTCGAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCCTTGAACTCCTACCTTGATCTTGAATTTTTGCCCCTCGAAAT  458

seq1  TTTGCCTCAGCCTCACAAGTGGTGGCATTACAGGGGTGCCTTACCATGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTCAGCCTCACAAGTGGTGGCATTACAGGGGTGCCTTACCATGTC  508

seq1  TGATAAGTAAATACAGCTTTGCTCTTATATTTATCTAGAAATGTAGTTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAGTAAATACAGCTTTGCTCTTATATTTATCTAGAAATGTAGTTTT  558

seq1  GACATAGCAACTTGACTCATTCCTGATAGTGAATGTTTGATACTTGCAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGCAACTTGACTCATTCCTGATAGTGAATGTTTGATACTTGCAGC  608

seq1  TGTAATGCTTACTATCATTTTGAGCTGCCAAAGCAGCGGTTCATGGACAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGCTTACTATCATTTTGAGCTGCCAAAGCAGCGGTTCATGGACAT  658

seq1  AGGAAGAGAGTCTTTTCTTTACTCATTAACTCTTATTAAGTTAAACACCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGAGTCTTTTCTTTACTCATTAACTCTTATTAAGTTAAACACCA  708

seq1  GATCTTGAGACTTTGTGAGAAGTCTTTTAGAGCTAACGGGTTGTGACTGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGAGACTTTGTGAGAAGTCTTTTAGAGCTAACGGGTTGTGACTGC  758

seq1  TGACTGTGGGCAAATTAGTCCTCATGGTCTGGGTCATTACTATGATGATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGGGCAAATTAGTCCTCATGGTCTGGGTCATTACTATGATGATG  808

seq1  GGGATGTCTGACTATATTCACAATATCCCAAATTTCACTTTCCCTGCTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTCTGACTATATTCACAATATCCCAAATTTCACTTTCCCTGCTTA  858

seq1  TGATCATTCCTGATTTAGTTATACGTGGAAAGGGAGGCCCCAAAGAGGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATTCCTGATTTAGTTATACGTGGAAAGGGAGGCCCCAAAGAGGAG  908

seq1  CTGAAGCTCAATAAAGGGAGAGGGGTGGTCAGTTCTCTGCATCAAGATTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCTCAATAAAGGGAGAGGGGTGGTCAGTTCTCTGCATCAAGATTC  958

seq1  CCACTTGGAGGAACTTAAAAGTAACGTGGAAGACACCCCTTCCTGATTCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTGGAGGAACTTAAAAGTAACGTGGAAGACACCCCTTCCTGATTCC  1008

seq1  CCAGGGGACACTCATTAATAAGGAAATTTATGCAAATTCAATAACCACTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGACACTCATTAATAAGGAAATTTATGCAAATTCAATAACCACTA  1058

seq1  CCCTCAAATATGCCCCTTTGGCATGAGAATTATTTTGAACTAAACATAGC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAAATATGCCCCTTTGGCATGAGAATTATTTTGAACTAAACATAGC  1108

seq1  AAAGAAAGAGTAGGTGAAGAAGGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGAGTAGGTGAAGAAGGAATTC  1136