BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052C16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 68,437,391 - 68,499,658
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock5
Upstream geneDpysl2, EG432870, Pnma2, LOC672614, Bnip3l, Ppp2r2a, Ebf2, EG628416, LOC100043046, LOC100043056, Cdca2, Kctd9, Gnrh1
Downstream geneNefl, Nefm, LOC100043072, Adam7, Adamdec1, Adam28, LOC641033, LOC100043082
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052C16.bB6Ng01-052C16.g
ACCDH875602DH875603
length1,1351,153
definitionDH875602|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052C16, 5' end.DH875603|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052C16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,437,391 - 68,438,529)(68,498,494 - 68,499,658)
sequence
gaattccagtttgaggccaccctggactatatatcaagaccctcactcaa
aaatatacactaacaaaagtatggggcaggggatgtgccttagtggtaga
gcatatatctgtcatgctcagggctgtgggttcagtctctagcattcaga
aaaagaaaataaaaatcactgttctactatcctgataccaatgaatgctg
agctaaatttgtcaagtatctatttttcggctatccacgttcgaaaagca
taccaggaaatagtacatctctaaatggaattgtgccacagccctcctaa
tacttacattcttgagatgatctgtgtcggaaggtaaatcgtatgtggca
gcgtgtgacctcttcaatggcaatgaagacctgcagaaaggggaggagtc
agaaggcaaggctcatttggaatcattcctcttaactgcaacacacattt
tttttggtcctggaccatatatgtttgcatggtatggtgtgatgtcttgt
ctctgcatatgttttgcactgttcaaatcaggataattagtatatctact
gctttaagctttcactgtttgcttagggtggttagatccaaaaccctccc
tcttaactattctgagagaaagagactttagatttggcttttatatctta
tcctagcacaagttccttcagaggctcaaagcttgctagcaggatcgctt
ctcacaaccactccaagccaaaagcatctcagagggagatggctctgcta
tttatcatagcttcagggtttagacacattatgcacctggcatccagagg
gatggataagacatagattttgagatctacataggacccttccaatggga
agttgcatgtagatatggtggtaactagtatctataagaggagaaaaggt
agaataccagcgtgggggtgttctctgacagtagtccagtaagttacagg
aagatagtgtaacagcatcagtatctctattagtcagagttctctagagt
cgctaaaacacatttctgaggagctcacaatgcccaagataagtagcttt
aaagccacgatacagctagaaggcggtggtaggcgcctttcgtcttatgc
ttgggaggcagagcagttacctcatgagttccagg
gaattcttggtctgaaagcttgtcttatctgttggctggtggagggtagc
ccactgtgggtggtaccatccttaggcaggtgggtcggggctgtttaagt
aaagtagctgggcaagccaggtgaagcaagctagaaagcaatgatccttc
atggtttctacttcagctcccgcctcggctcctctagatgatagattata
aacttggtcaggattttatcaccatagcagagaagcaagtgagaacaaat
gtaccgggcagtaactttttaaaagtgcatgttttctaatccaccccctt
tggttcctctcattaacagccatctacaactacaatgcatctcaagatgt
ggagctctccttgcagatcggcgacaccgtccacatcctggagatgtatg
agggtgagtgtatctgccttctgctgggaggggcccacgaagaatcagta
ggaattcgttaacaatgaagcactaagtgttaggatccatgtgctctact
cctcctgctgcagggccaacaatgagagcctaggaagtacctaaggtcac
acagccctatacggagagtaattttcaacacacccgcttcatgggaatgt
ggatatgcccagacaccagagtcaagattctcgccactggatgcaaaaga
gttagctgcagagcaggctagggagacacacacgctcagaacatcaggcc
tgtagtagctggaaggaagcatcaccatttcagggtgggtctctttctac
ttggtgcctagcgtttccgggttgggggcagaatgagggcagagctttgt
ggcagtactgagactctgagagaattatgtcaggacgataacggcaggtc
ctgcttgtgtttgtttcctccagccagctcaggctgggaagtggctctgt
ctaactggagcattttcctaagactgtgcaaagcacagagcatgcctgca
tcttaccctcccatcctagagacctcccccagaattcacatcttctagtc
ccaaaccctgttacaacaaagtgtatcagccactgaggtcacggagcaag
acgaagaacaatcttaagcccattcatcataaccaatgaaagttggaata
agagacagaacagagctaggcagatttttttcctcttagaccagccttat
tga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_68437391_68438529
seq2: B6Ng01-052C16.b_43_1177

seq1  GAATTCCAGTTTGAGGCCACCCTGGACTATATATCAAGACCCTCACTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTTTGAGGCCACCCTGGACTATATATCAAGACCCTCACTCAA  50

seq1  AAATATACACTAACAAAAGTATGGGGCAGGGGATGTGCCTTAGTGGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACACTAACAAAAGTATGGGGCAGGGGATGTGCCTTAGTGGTAGA  100

seq1  GCATATATCTGTCATGCTCAGGGCTGTGGGTTCAGTCTCTAGCATTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATCTGTCATGCTCAGGGCTGTGGGTTCAGTCTCTAGCATTCAGA  150

seq1  AAAAGAAAATAAAAATCACTGTTCTACTATCCTGATACCAATGAATGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAATAAAAATCACTGTTCTACTATCCTGATACCAATGAATGCTG  200

seq1  AGCTAAATTTGTCAAGTATCTATTTTTCGGCTATCCACGTTCGAAAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAATTTGTCAAGTATCTATTTTTCGGCTATCCACGTTCGAAAAGCA  250

seq1  TACCAGGAAATAGTACATCTCTAAATGGAATTGTGCCACAGCCCTCCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGAAATAGTACATCTCTAAATGGAATTGTGCCACAGCCCTCCTAA  300

seq1  TACTTACATTCTTGAGATGATCTGTGTCGGAAGGTAAATCGTATGTGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACATTCTTGAGATGATCTGTGTCGGAAGGTAAATCGTATGTGGCA  350

seq1  GCGTGTGACCTCTTCAATGGCAATGAAGACCTGCAGAAAGGGGAGGAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTGACCTCTTCAATGGCAATGAAGACCTGCAGAAAGGGGAGGAGTC  400

seq1  AGAAGGCAAGGCTCATTTGGAATCATTCCTCTTAACTGCAACACACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAAGGCTCATTTGGAATCATTCCTCTTAACTGCAACACACATTT  450

seq1  TTTTTGGTCCTGGACCATATATGTTTGCATGGTATGGTGTGATGTCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGTCCTGGACCATATATGTTTGCATGGTATGGTGTGATGTCTTGT  500

seq1  CTCTGCATATGTTTTGCACTGTTCAAATCAGGATAATTAGTATATCTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATATGTTTTGCACTGTTCAAATCAGGATAATTAGTATATCTACT  550

seq1  GCTTTAAGCTTTCACTGTTTGCTTAGGGTGGTTAGATCCAAAACCCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAAGCTTTCACTGTTTGCTTAGGGTGGTTAGATCCAAAACCCTCCC  600

seq1  TCTTAACTATTCTGAGAGAAAGAGACTTTAGATTTGGCTTTTATATCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACTATTCTGAGAGAAAGAGACTTTAGATTTGGCTTTTATATCTTA  650

seq1  TCCTAGCACAAGTTCCTTCAGAGGCTCAAAGCTTGCTAGCAGGATCGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCACAAGTTCCTTCAGAGGCTCAAAGCTTGCTAGCAGGATCGCTT  700

seq1  CTCACAACCACTCCAAGCCAAAAGCATCTCAGAGGGAGATGGCTCTGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACCACTCCAAGCCAAAAGCATCTCAGAGGGAGATGGCTCTGCTA  750

seq1  TTTATCATAGCTTCAGGGTTTAGACACATTATGCACCTGGCATCCAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATAGCTTCAGGGTTTAGACACATTATGCACCTGGCATCCAGAGG  800

seq1  GATGGATAAGACATAGATTTTGAGATCTACATAGGACCCTTCCAATGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATAAGACATAGATTTTGAGATCTACATAGGACCCTTCCAATGGGA  850

seq1  AGTTGCATGTAGATATGGTGGTAACTAGTATCTATAAGAGGAGAAAAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATGTAGATATGGTGGTAACTAGTATCTATAAGAGGAGAAAAGGT  900

seq1  AGAATACCAGCGTGGGGGTGTTCTCTGACAGTAGTCCAGTAAGTTACAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACCAGCGTGGGGGTGTTCTCTGACAGTAGTCCAGTAAGTTACAGG  950

seq1  AAGATAGTGTAACAGCATCAGTATCTCTATTAGTCAGAGTTCTCTAGAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGTGTAACAGCATCAGTATCTCTATTAGTCAGAGTTCTCTAGAGT  1000

seq1  CGCTAAAAACACATTTCTGAGGAGCTCACAATGCCCAAGATAAGTAGCTT  1050
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCT-AAAACACATTTCTGAGGAGCTCACAATGCCCAAGATAAGTAGCTT  1049

seq1  TAAAAGCCACGATACAGCTAGAA-GCGGTGGTATGCGCCTTTCGTCTCAG  1099
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | 
seq2  T-AAAGCCACGATACAGCTAGAAGGCGGTGGTAGGCGCCTTTCGTCTTA-  1097

seq1  TGCTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGACTCAGTGAGTTCCAGG  1139
      ||||||||||||||| |||| |  |||| |||||||||||
seq2  TGCTTGGGAGGCAGA-GCAGTTACCTCA-TGAGTTCCAGG  1135

seq1: chr14_68498494_68499658
seq2: B6Ng01-052C16.g_65_1217 (reverse)

seq1  TCAATAAGCTTTGCTCTAAGAGAAAAAATATCTGCCTAGCTCCCTGTCTC  50
      ||||||||   || |||||||| ||||| ||||||||||||  |||| ||
seq2  TCAATAAG-GCTGGTCTAAGAGGAAAAAAATCTGCCTAGCT--CTGT-TC  46

seq1  TGTCTCTTAATCCCAACTTTCATGGGTTATGATGGACTGGGCTCTAAGGT  100
      |||||||| || ||||||||||| ||||||||| || |||||| ||| | 
seq2  TGTCTCTT-ATTCCAACTTTCATTGGTTATGAT-GAATGGGCT-TAA-GA  92

seq1  TTGTTCTCTGTCTTGCTCCGTGACCTCAGTGGCTTGGATACACTTTTGTT  150
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||
seq2  TTGTTCTTCGTCTTGCTCCGTGACCTCAGTGGCT--GATACAC-TTTGTT  139

seq1  GTACCAGGGTTTGGGACTAG-AGATGTGAATTCCTGGGGGAGGTCTCCTA  199
      ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GTAACAGGGTTTGGGACTAGAAGATGTGAATT-CTGGGGGAGGTCT-CTA  187

seq1  GGATGGGAGGGGTAGATGCAGGCATGCTCTGTGCTTTGCACAGTCTTAGG  249
      |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGAGGGTAAGATGCAGGCATGCTCTGTGCTTTGCACAGTCTTAGG  237

seq1  -AAATGCTCCAGTTAGACAGAGCCACTTCCCAAGCCTGAGCTGGCTGGAG  298
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCTCCAGTTAGACAGAGCCACTTCCC-AGCCTGAGCTGGCTGGAG  286

seq1  GAAACAAACACAAGCAGGACCTGCCGTTATCGTCCTGACCTAATTCTCTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAAACAAACACAAGCAGGACCTGCCGTTATCGTCCTGACATAATTCTCTC  336

seq1  AGAGTCTCAGTACTGCCACAAAGCTCTGCCCTCATTCTGCCCCCAACCCG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTCAGTACTGCCACAAAGCTCTGCCCTCATTCTGCCCCCAACCCG  386

seq1  GAAACGCTAGGCACCAAGTAGAAAGAGACCCACCCTGAAATGGTGATGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGCTAGGCACCAAGTAGAAAGAGACCCACCCTGAAATGGTGATGCT  436

seq1  TCCTTCCAGCTACTACAGGCCTGATGTTCTGAGCGTGTGTGTCTCCCTAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCAGCTACTACAGGCCTGATGTTCTGAGCGTGTGTGTCTCCCTAG  486

seq1  CCTGCTCTGCAGCTAACTCTTTTGCATCCAGTGGCGAGAATCTTGACTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTGCAGCTAACTCTTTTGCATCCAGTGGCGAGAATCTTGACTCT  536

seq1  GGTGTCTGGGCATATCCACATTCCCATGAAGCGGGTGTGTTGAAAATTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTGGGCATATCCACATTCCCATGAAGCGGGTGTGTTGAAAATTAC  586

seq1  TCTCCGTATAGGGCTGTGTGACCTTAGGTACTTCCTAGGCTCTCATTGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCGTATAGGGCTGTGTGACCTTAGGTACTTCCTAGGCTCTCATTGTT  636

seq1  GGCCCTGCAGCAGGAGGAGTAGAGCACATGGATCCTAACACTTAGTGCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGCAGCAGGAGGAGTAGAGCACATGGATCCTAACACTTAGTGCTT  686

seq1  CATTGTTAACGAATTCCTACTGATTCTTCGTGGGCCCCTCCCAGCAGAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTAACGAATTCCTACTGATTCTTCGTGGGCCCCTCCCAGCAGAAG  736

seq1  GCAGATACACTCACCCTCATACATCTCCAGGATGTGGACGGTGTCGCCGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATACACTCACCCTCATACATCTCCAGGATGTGGACGGTGTCGCCGA  786

seq1  TCTGCAAGGAGAGCTCCACATCTTGAGATGCATTGTAGTTGTAGATGGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGGAGAGCTCCACATCTTGAGATGCATTGTAGTTGTAGATGGCT  836

seq1  GTTAATGAGAGGAACCAAAGGGGGTGGATTAGAAAACATGCACTTTTAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGAGAGGAACCAAAGGGGGTGGATTAGAAAACATGCACTTTTAAA  886

seq1  AAGTTACTGCCCGGTACATTTGTTCTCACTTGCTTCTCTGCTATGGTGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACTGCCCGGTACATTTGTTCTCACTTGCTTCTCTGCTATGGTGAT  936

seq1  AAAATCCTGACCAAGTTTATAATCTATCATCTAGAGGAGCCGAGGCGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTGACCAAGTTTATAATCTATCATCTAGAGGAGCCGAGGCGGGA  986

seq1  GCTGAAGTAGAAACCATGAAGGATCATTGCTTTCTAGCTTGCTTCACCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTAGAAACCATGAAGGATCATTGCTTTCTAGCTTGCTTCACCTG  1036

seq1  GCTTGCCCAGCTACTTTACTTAAACAGCCCCGACCCACCTGCCTAAGGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCCAGCTACTTTACTTAAACAGCCCCGACCCACCTGCCTAAGGAT  1086

seq1  GGTACCACCCACAGTGGGCTACCCTCCACCAGCCAACAGATAAGACAAGC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCACCCACAGTGGGCTACCCTCCACCAGCCAACAGATAAGACAAGC  1136

seq1  TTTCAGACCAAGAATTC  1165
      |||||||||||||||||
seq2  TTTCAGACCAAGAATTC  1153