BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052D10
Chromosome14 (Build37)
Map Location 11,132,067 - 11,238,735
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFhit
Upstream geneLOC100042415
Downstream geneLOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052D10.bB6Ng01-052D10.g
ACCDH875635DH875636
length1,1551,081
definitionDH875635|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052D10, 5' end.DH875636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052D10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,132,067 - 11,133,238)(11,237,643 - 11,238,735)
sequence
gaattctctagtacaacagttctcaacctgtgattgctatgcctttcagg
gtcaaatgaccctttcacgttggttgcctaaaaccatcaaaaaaattaca
ttatgatttttaacagcaaaattacagttactttctcaatcacatgcaag
aacaaaacactacagccagttctacattggttccccaatgtgtttcacta
tgtacatctttctttgcctgccaagattcaaatctagtttgacttgacct
ttgcattaatctccctccctctatagctttccaatagtctccacttcaat
aactgtaattgtattcagtatcaggcaccagtggacaacaaaggcatctg
ggaatcttcacttttgactcacaaccatgtctgtaagagggattatctcc
atagtatagattgactaactctagatcatagaaagtaaaacctctctcag
gtatgctcatgtgacaggggatgtgtgagtcacttggaatgtaaaatgtc
ctatctgcccaactacacacatacacacacacacatatatacaaacacat
agacacatacatacatacatacatacatgtacatacacataaacacatat
acacacatattcatacacacagcacacacatacacacatgtacatacaaa
cacatatacacatgcataaacatatacacatgcatacatacaaatataca
cacatgtacaaacacatacatacatacacacatatacacacatattcata
cacaaagcacacatacacacactcactcacataccacacataattgcatg
caggcataattgcacataaacaaacacacactctcatgttggacacttgg
tccccaacattggttctctcctcagaggctgtagaatctttgatgcagaa
agcacagttgtatattatgtcactggagacaggcctctgtggcttatagt
tcaccttgtttctaatcctgtcctgctagatgtaagtgtttcagtgtgac
actaagttaaaacacccagaaacttgctgtcctgaagtaatagaaaaagt
ctactttaactcttaataccttttgtgatactgagaacaaagaattattt
caagcttagaaaacattcttgacaaggagaggaatgcatgagccaagaaa
agcat
gaattctaaacttttggtcaaagatgagtggttgagtcagtgaagtgata
tttaacaatatattagattgattgttccatagttgtagtttggctgtcta
gaagacctcagtgttatctttgtatggtgtgaagacagtgtgaaggtggc
aaccacttctgtatggctcagcaacaatgcaatgtagtcattatgttaag
cattgattaaaggcagggttttacgtcatctgtcacttgcaaatagaaaa
tgtagcaataacagattacatttcattgtatgttctcagcgctacatgag
tgccataagaaaaattactagacttttataaatcacacatgaaatatgat
aataggaattggaagagcaaatgcattaagatcttgaatgtggatttaga
ccaacacagatgtgaatccaaatgcaggcatttgttacctgtttgacttt
tggcaatttagtcaccctatctgagcatcagtttctatgtctgtcaaagt
aatgagctgaaaagacatgcaaagcaggtcctgggattcttagaggaagc
tgactggtaaaaggcttctgaaataatcatgattagaggaggtctttagt
atcctagttgcagaaacagcagtttccttgggatttggccatggaaatga
tgcacctccagccatgtgtgtgcctgtgtcacgaagaactgccaggagtc
cagttttccagggcagaccatctgtcagtcctggctctcttgcctggggt
aggagaggtgtttattttggcagattattactacaggcaaggagtgggta
cccaaaaggattgaggtgggagtgggtacccaaaaggattgaggtgggag
tggggtagttatttgaccaaacacattcactctgtgtactagggagactg
ttagtatgtatgtgtgtatgcttgtcttcctttatttgtgtatttacatt
tttatagcatagtttttgaggtcccattttttgctatgtgagttgcaaag
ctgaatctcggttttcaagcttgatgacaatacctttacgcccctgtgtt
ttttaatgcataaaattagccaacaacaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_11132067_11133238
seq2: B6Ng01-052D10.b_43_1197

seq1  GAATTCTCTAGTACAACAGTTCTCAACCTGTGATTGCTATGCCTTTCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGTACAACAGTTCTCAACCTGTGATTGCTATGCCTTTCAGG  50

seq1  GTCAAATGACCCTTTCACGTTGGTTGCCTAAAACCATCAAAAAAATTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATGACCCTTTCACGTTGGTTGCCTAAAACCATCAAAAAAATTACA  100

seq1  TTATGATTTTTAACAGCAAAATTACAGTTACTTTCTCAATCACATGCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTTTTAACAGCAAAATTACAGTTACTTTCTCAATCACATGCAAG  150

seq1  AACAAAACACTACAGCCAGTTCTACATTGGTTCCCCAATGTGTTTCACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACACTACAGCCAGTTCTACATTGGTTCCCCAATGTGTTTCACTA  200

seq1  TGTACATCTTTCTTTGCCTGCCAAGATTCAAATCTAGTTTGACTTGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATCTTTCTTTGCCTGCCAAGATTCAAATCTAGTTTGACTTGACCT  250

seq1  TTGCATTAATCTCCCTCCCTCTATAGCTTTCCAATAGTCTCCACTTCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTAATCTCCCTCCCTCTATAGCTTTCCAATAGTCTCCACTTCAAT  300

seq1  AACTGTAATTGTATTCAGTATCAGGCACCAGTGGACAACAAAGGCATCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTAATTGTATTCAGTATCAGGCACCAGTGGACAACAAAGGCATCTG  350

seq1  GGAATCTTCACTTTTGACTCACAACCATGTCTGTAAGAGGGATTATCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTTCACTTTTGACTCACAACCATGTCTGTAAGAGGGATTATCTCC  400

seq1  ATAGTATAGATTGACTAACTCTAGATCATAGAAAGTAAAACCTCTCTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATAGATTGACTAACTCTAGATCATAGAAAGTAAAACCTCTCTCAG  450

seq1  GTATGCTCATGTGACAGGGGATGTGTGAGTCACTTGGAATGTAAAATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTCATGTGACAGGGGATGTGTGAGTCACTTGGAATGTAAAATGTC  500

seq1  CTATCTGCCCAACTACACACATACACACACACACATATATACAAACACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGCCCAACTACACACATACACACACACACATATATACAAACACAT  550

seq1  AGACACATACATACATACATACATACATGTACATACACATAAACACATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATACATACATACATACATACATGTACATACACATAAACACATAT  600

seq1  ACACACATATTCATACACACAGCACACACATACACACATGTACATACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATTCATACACACAGCACACACATACACACATGTACATACAAA  650

seq1  CACATATACACATGCATAAACATATACACATGCATACATACAAATATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATACACATGCATAAACATATACACATGCATACATACAAATATACA  700

seq1  CACATGTACAAACACATACATACATACACACATATACACACATATTCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTACAAACACATACATACATACACACATATACACACATATTCATA  750

seq1  CACAAAGCACACATACACACACTCACTCACATACCACACATAATTGCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGCACACATACACACACTCACTCACATACCACACATAATTGCATG  800

seq1  CAGGCATAATTGCACATAAACAAACACACACTCTCATGTTGGACACTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATAATTGCACATAAACAAACACACACTCTCATGTTGGACACTTGG  850

seq1  TCCCCAACATTGGTTCTCTCCTCAGAGGCTGTAGAATCTTTGATGCAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACATTGGTTCTCTCCTCAGAGGCTGTAGAATCTTTGATGCAGAA  900

seq1  AGCACAGTTGTATATTATGTCACTGGAGACAGGCCTCTGTGGCTTATAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGTTGTATATTATGTCACTGGAGACAGGCCTCTGTGGCTTATAGT  950

seq1  TCACCTTGTTTCTAATCCTGTCCTGCTAAGATGTAAGGTGTTTCAGTGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TCACCTTGTTTCTAATCCTGTCCTGCT-AGATGTAA-GTGTTTCAGTGTG  998

seq1  ACACTAAGTTAAAACCACACAGAAACTTTGCTGTCCTGATAGTAATAG-A  1049
      |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |
seq2  ACACTAAGTTAAAA-CACCCAGAAAC-TTGCTGTCCTGA-AGTAATAGAA  1045

seq1  AAAGTCTACTTTAACTCTAAATACCTTTTGTTGGATACTGAGAGCACAGA  1099
      |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| || |||
seq2  AAAGTCTACTTTAACTCTTAATACCTTTTGT--GATACTGAGAACAAAGA  1093

seq1  ATTATGTCCAGGCCTTAAGAAAACATTCTGAACAAAAGGGAGAGGGAATG  1149
      ||||| || ||  ||| ||||||||||||  ||||   ||||| ||||||
seq2  ATTATTTCAAG--CTT-AGAAAACATTCTTGACAA---GGAGA-GGAATG  1136

seq1  CAGGAAGCAGATGAGAAAAGCAT  1172
      || ||  ||    ||||||||||
seq2  CATGAGCCA----AGAAAAGCAT  1155

seq1: chr14_11237643_11238735
seq2: B6Ng01-052D10.g_68_1148 (reverse)

seq1  AATTGTTGTTGTGCTAAATTCTATGCATTAAAAAAACCAACAGGGGCTGT  50
      ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||    |||||||| ||
seq2  AATTGTTGTTG-GCT-AATTTTATGCATTAAAAAA---CACAGGGGC-GT  44

seq1  AAAGGTATTTGTCACCAAGCCTGAAAACCAGAATTCAGCCTCTGCAACTC  100
      ||||||| |||||| ||||| ||||||||   |||||| || ||||||||
seq2  AAAGGTA-TTGTCATCAAGCTTGAAAACCGAGATTCAG-CTTTGCAACTC  92

seq1  ACATAGCAAAAAATGGGACCTCCAAATACTTATTGCTCATACACGTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||| |||| |||   |||| ||| |  |||  
seq2  ACATAGCAAAAAATGGGACCT-CAAAAACT--ATGCT-ATAAAAATGTAA  138

seq1  ATACACATGTATGTGCAGACACGCATACACACATACATGACTAACAGTCT  200
      |||||||  ||   | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATACACAAATAAAGGAAGACAAGCATACACACATACAT-ACTAACAGTCT  187

seq1  CCCTAGTACACAGAGTGGATGTGTTTGGTTCAATAACTAACCCACTCCCA  250
      ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||
seq2  CCCTAGTACACAGAGTGAATGTGTTTGGTCAAATAACTACCCCACTCCCA  237

seq1  CCTCAATCCTTTTGGGTACCCACTCCCACCTCAATCCTTTTGGGTACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATCCTTTTGGGTACCCACTCCCACCTCAATCCTTTTGGGTACCCA  287

seq1  CTCCTTGCCTGTAGTAATAATCTGCCAAAATAAACACCTCTCCTACCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGCCTGTAGTAATAATCTGCCAAAATAAACACCTCTCCTACCCCA  337

seq1  GGCAAGAGAGCCAGGACTGACAGATGGTCTGCCCTGG-AAACTGGACTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGCAAGAGAGCCAGGACTGACAGATGGTCTGCCCTGGAAAACTGGACTCC  387

seq1  TGGCAGTTCTTCGTGACACAGGCACACACATGGCTGGAGGTGCATCATTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTTCTTCGTGACACAGGCACACACATGGCTGGAGGTGCATCATTT  437

seq1  CCATGGCCAAATCCCAAGGAAACTGCTGTTTCTGCAACTAGGATACTAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCCAAATCCCAAGGAAACTGCTGTTTCTGCAACTAGGATACTAAA  487

seq1  GACCTCCTCTAATCATGATTATTTCAGAAGCCTTTTACCAGTCAGCTTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCTCTAATCATGATTATTTCAGAAGCCTTTTACCAGTCAGCTTCC  537

seq1  TCTAAGAATCCCAGGACCTGCTTTGCATGTCTTTTCAGCTCATTACTTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAATCCCAGGACCTGCTTTGCATGTCTTTTCAGCTCATTACTTTG  587

seq1  ACAGACATAGAAACTGATGCTCAGATAGGGTGACTAAATTGCCAAAAGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATAGAAACTGATGCTCAGATAGGGTGACTAAATTGCCAAAAGTC  637

seq1  AAACAGGTAACAAATGCCTGCATTTGGATTCACATCTGTGTTGGTCTAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGTAACAAATGCCTGCATTTGGATTCACATCTGTGTTGGTCTAAA  687

seq1  TCCACATTCAAGATCTTAATGCATTTGCTCTTCCAATTCCTATTATCATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATTCAAGATCTTAATGCATTTGCTCTTCCAATTCCTATTATCATA  737

seq1  TTTCATGTGTGATTTATAAAAGTCTAGTAATTTTTCTTATGGCACTCATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTGTGATTTATAAAAGTCTAGTAATTTTTCTTATGGCACTCATG  787

seq1  TAGCGCTGAGAACATACAATGAAATGTAATCTGTTATTGCTACATTTTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGCTGAGAACATACAATGAAATGTAATCTGTTATTGCTACATTTTCT  837

seq1  ATTTGCAAGTGACAGATGACGTAAAACCCTGCCTTTAATCAATGCTTAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAAGTGACAGATGACGTAAAACCCTGCCTTTAATCAATGCTTAAC  887

seq1  ATAATGACTACATTGCATTGTTGCTGAGCCATACAGAAGTGGTTGCCACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGACTACATTGCATTGTTGCTGAGCCATACAGAAGTGGTTGCCACC  937

seq1  TTCACACTGTCTTCACACCATACAAAGATAACACTGAGGTCTTCTAGACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACTGTCTTCACACCATACAAAGATAACACTGAGGTCTTCTAGACA  987

seq1  GCCAAACTACAACTATGGAACAATCAATCTAATATATTGTTAAATATCAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACTACAACTATGGAACAATCAATCTAATATATTGTTAAATATCAC  1037

seq1  TTCACTGACTCAACCACTCATCTTTGACCAAAAGTTTAGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGACTCAACCACTCATCTTTGACCAAAAGTTTAGAATTC  1081