BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052K07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 30,233,026 - 30,324,303
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d3
Upstream geneErc2, Wnt5a, LOC100040218, Lrtm1, Ppia-ps15
Downstream geneEG665431, Selk, Actr8, Il17rb, Chdh, Cacna1d, LOC665399, Dcp1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052K07.bB6Ng01-052K07.g
ACCDH875934DH875935
length1,116990
definitionDH875934|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052K07, 5' end.DH875935|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,233,026 - 30,234,144)(30,323,321 - 30,324,303)
sequence
gaattcactctgtagctcaaacacaccttgaactttgggcgatcctgtct
tgatctcccaattagctgggattattgatctgtgtcgaggacctgctcct
cctctttccttcctatttctcttagtctttcctgttccttcctcagaatt
ttagttagtatgtgctaagttcttccctgccaagttccccactcaagagc
ctttctgcatcacttcccatgcccacccaaaggcctcaggggtgtcacta
ctatcaccctgttctgcagatgcaagcagtaggttagagatacaagggag
cttgctcaaactctcaccacgcttgcctgcatttcattcatgacagggtt
tgagatgcagtgagtcagtctgactccagaaccatacttcatcagccccc
cccccccagcctctctttctccctttccacaagtacatgtctccagatac
tcatccttttagtgcacactacaaaaggagccttcaggggctgtcgaaaa
gtacctacagagttggtgccccttgccagccccagtgggttagagcttca
ttcagaccccattcactgctatgctttctacttcttgttctggagacaga
ccaacaagggtagtctttggcttggtaaggccctcactgctgctcattta
ctatccagaaattcctgccctcattctgacactcaaaagacgatgcacac
aaaatttgcctttaaatttagaagttcattacagccgattttcagtactg
aaaactccatggtatttgcagcaaatgggcctccagccgcagttgggcag
aactcaccagaaccctctgagctttcctttcaaaatgatccctgtttccc
aaccaaagataacaccccatgatgatggatggagcccctcagccctgggt
tgtctacaaaatccccatcagctgcctcaaactatggaagatacccactt
ttctagatatgcttattattatgttgggtgactaagaaaaatcaacacag
cccagaaatcccattataacaaggcaggccgctgctttcagctctttctt
atcaagtccccactaaccttctcttttaaactttccacatgtctaaatca
ttatttttcttaaaaa
gaattctcttagatccaggttcaagtcctggctctacctcttggggcctg
tgtgactaaaggaagataatttttctctgtatgccttaggaaggccaact
gtaaaattgaaggctttgactgacttggttcttaaggcatgagttagaca
tgacatttaatatgtgtcccaattctgaatacagctgagatatccattaa
ttgttgcttctgtaccacagccattgtgatctttgtctccacagacattc
cagaacctccatagccttgttacttccagtctttggagtttctttatatg
agtgaatggcttggattcaggaagctaattttttaatttcaggaacatga
tcatccctacaatttctcatttcttattgaatgaaatcaaagctctttgg
taggcctactgcatagttatggcctttcctgactatcccagcactgcccc
tgctgaatctgcacagagatatctattggaccaccatatagtttcttaaa
catttttactccagggtctatactcagcgagctctctcagaatagaatcc
tgttggtcagaatttggatcttctatatatgcatagttcagccacagtct
ccttagtcagccttggctgccttgtctaagagggaaaccctaccacctta
ctttcctccctttccttcccataccactgagccataattttttctcatgc
tgtcctgtttatacattttcttcatgaaattcatttgtgtgtgtcttagt
gttcttttgctgtgaagagacaccatgtccaaggcaactcttataatgga
aagcatctagttgaaggcttgcttacagttccagagacgtagtccattat
tggtggaaagtatggttggcatacaggcaggcatggtgctggagagtagc
tgagagctttacatcctgatcttcagacaaactggcatgatgatagatag
atagatgattgatagatagatagttgatgatagatgatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_30233026_30234144
seq2: B6Ng01-052K07.b_48_1163

seq1  GAATTCACTCTGTAGCTCAAACACACCTTGAACTTTGGGCGATCCTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGCTCAAACACACCTTGAACTTTGGGCGATCCTGTCT  50

seq1  TGATCTCCCAATTAGCTGGGATTATTGATCTGTGTCGAGGACCTGCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCCCAATTAGCTGGGATTATTGATCTGTGTCGAGGACCTGCTCCT  100

seq1  CCTCTTTCCTTCCTATTTCTCTTAGTCTTTCCTGTTCCTTCCTCAGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCCTTCCTATTTCTCTTAGTCTTTCCTGTTCCTTCCTCAGAATT  150

seq1  TTAGTTAGTATGTGCTAAGTTCTTCCCTGCCAAGTTCCCCACTCAAGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTAGTATGTGCTAAGTTCTTCCCTGCCAAGTTCCCCACTCAAGAGC  200

seq1  CTTTCTGCATCACTTCCCATGCCCACCCAAAGGCCTCAGGGGTGTCACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCATCACTTCCCATGCCCACCCAAAGGCCTCAGGGGTGTCACTA  250

seq1  CTATCACCCTGTTCTGCAGATGCAAGCAGTAGGTTAGAGATACAAGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACCCTGTTCTGCAGATGCAAGCAGTAGGTTAGAGATACAAGGGAG  300

seq1  CTTGCTCAAACTCTCACCACGCTTGCCTGCATTTCATTCATGACAGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCAAACTCTCACCACGCTTGCCTGCATTTCATTCATGACAGGGTT  350

seq1  TGAGATGCAGTGAGTCAGTCTGACTCCAGAACCATACTTCATCAGCCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGCAGTGAGTCAGTCTGACTCCAGAACCATACTTCATCAGCCCCC  400

seq1  CCCCCCCAGCCTCTCTTTCTCCCTTTCCACAAGTACATGTCTCCAGATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCAGCCTCTCTTTCTCCCTTTCCACAAGTACATGTCTCCAGATAC  450

seq1  TCATCCTTTTAGTGCACACTACAAAAGGAGCCTTCAGGGGCTGTCGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTTTTAGTGCACACTACAAAAGGAGCCTTCAGGGGCTGTCGAAAA  500

seq1  GTACCTACAGAGTTGGTGCCCCTTGCCAGCCCCAGTGGGTTAGAGCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTACAGAGTTGGTGCCCCTTGCCAGCCCCAGTGGGTTAGAGCTTCA  550

seq1  TTCAGACCCCATTCACTGCTATGCTTTCTACTTCTTGTTCTGGAGACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACCCCATTCACTGCTATGCTTTCTACTTCTTGTTCTGGAGACAGA  600

seq1  CCAACAAGGGTAGTCTTTGGCTTGGTAAGGCCCTCACTGCTGCTCATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAGGGTAGTCTTTGGCTTGGTAAGGCCCTCACTGCTGCTCATTTA  650

seq1  CTATCCAGAAATTCCTGCCCTCATTCTGACACTCAAAAGACGATGCACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCAGAAATTCCTGCCCTCATTCTGACACTCAAAAGACGATGCACAC  700

seq1  AAAATTTGCCTTTAAATTTAGAAGTTCATTACAGCCGATTTTCAGTACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGCCTTTAAATTTAGAAGTTCATTACAGCCGATTTTCAGTACTG  750

seq1  AAAACTCCATGGTATTTGCAGCAAATGGGCCTCCAGCCGCAGTTGGGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCCATGGTATTTGCAGCAAATGGGCCTCCAGCCGCAGTTGGGCAG  800

seq1  AACTCACCAGAACCCTCTGAGCTTTCCTTTCAAAATGATCCCTGTTTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACCAGAACCCTCTGAGCTTTCCTTTCAAAATGATCCCTGTTTCCC  850

seq1  AACCAAAGATAACACCCCATGATGATGGATGGAGCCCCTCAGCCCTGGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGATAACACCCCATGATGATGGATGGAGCCCCTCAGCCCTGGGT  900

seq1  TGTCTACAAAATCCCCATCAGCTGCCTCAAACTATGGAAGGATACCCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTCTACAAAATCCCCATCAGCTGCCTCAAACTATGGAA-GATACCCACT  949

seq1  TTTCTAGATATGCTTATAATTATGTTGGGTGACTAAGAAAAATCAACACA  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGATATGCTTATTATTATGTTGGGTGACTAAGAAAAATCAACACA  999

seq1  GCCCAGAAATCCCATTATAACAAGGCAGGCCGCTGCTTTTCAGCTCTTCT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  
seq2  GCCCAGAAATCCCATTATAACAAGGCAGGCCGCTGC-TTTCAGCTCTTTC  1048

seq1  ATATC-AGT-CACACTAACCTTCTTCTTTTAAACTTTTCCACATGTCTAA  1098
       |||| ||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTATCAAGTCCCCACTAACCTTC-TCTTTTAAAC-TTTCCACATGTCTAA  1096

seq1  ATCATTATTTTTTCTTAAAAA  1119
      ||||||| |||||||||||||
seq2  ATCATTA-TTTTTCTTAAAAA  1116

seq1: chr14_30323321_30324303
seq2: B6Ng01-052K07.g_68_1057 (reverse)

seq1  CTATCTATCTAT------CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT--  42
      ||||| ||||||      ||||||||||||| ||| ||||||||||||  
seq2  CTATC-ATCTATCATCAACTATCTATCTATCAATC-ATCTATCTATCTAT  48

seq1  -ATCATGCCAGTTTGTCTGAAGATCAGGATGTAAAGCTCTCAGCTACTTC  91
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CATCATGCCAGTTTGTCTGAAGATCAGGATGTAAAGCTCTCAGCTAC-TC  97

seq1  TCCAGCACCATGCCTGCCTGTATGCC-ACCATACTTTCCACCAATAATGG  140
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCACCATGCCTGCCTGTATGCCAACCATACTTTCCACCAATAATGG  147

seq1  ACTACGTCTCTGGAACTGTAAGCAAGCCTTCAACTAGATGCTTTCCATTA  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACGTCTCTGGAACTGTAAGCAAGCCTTCAACTAGATGCTTTCCATTA  197

seq1  TAAGAGTTGCCTTGGACATGGTGTCTCTTCACAGCAAAAGAACACTAAGA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTGCCTTGGACATGGTGTCTCTTCACAGCAAAAGAACACTAAGA  247

seq1  CACACACAAATGAATTTCATGAAGAAAATGTATAAACAGGACAGCATGAG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAAATGAATTTCATGAAGAAAATGTATAAACAGGACAGCATGAG  297

seq1  AAAAAATTATGGCTCAGTGGTATGGGAAGGAAAGGGAGGAAAGTAAGGTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTATGGCTCAGTGGTATGGGAAGGAAAGGGAGGAAAGTAAGGTG  347

seq1  GTAGGGTTTCCCTCTTAGACAAGGCAGCCAAGGCTGACTAAGGAGACTGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTTTCCCTCTTAGACAAGGCAGCCAAGGCTGACTAAGGAGACTGT  397

seq1  GGCTGAACTATGCATATATAGAAGATCCAAATTCTGACCAACAGGATTCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAACTATGCATATATAGAAGATCCAAATTCTGACCAACAGGATTCT  447

seq1  ATTCTGAGAGAGCTCGCTGAGTATAGACCCTGGAGTAAAAATGTTTAAGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAGAGAGCTCGCTGAGTATAGACCCTGGAGTAAAAATGTTTAAGA  497

seq1  AACTATATGGTGGTCCAATAGATATCTCTGTGCAGATTCAGCAGGGGCAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATATGGTGGTCCAATAGATATCTCTGTGCAGATTCAGCAGGGGCAG  547

seq1  TGCTGGGATAGTCAGGAAAGGCCATAACTATGCAGTAGGCCTACCAAAGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGATAGTCAGGAAAGGCCATAACTATGCAGTAGGCCTACCAAAGA  597

seq1  GCTTTGATTTCATTCAATAAGAAATGAGAAATTGTAGGGATGATCATGTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGATTTCATTCAATAAGAAATGAGAAATTGTAGGGATGATCATGTT  647

seq1  CCTGAAATTAAAAAATTAGCTTCCTGAATCCAAGCCATTCACTCATATAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATTAAAAAATTAGCTTCCTGAATCCAAGCCATTCACTCATATAA  697

seq1  AGAAACTCCAAAGACTGGAAGTAACAAGGCTATGGAGGTTCTGGAATGTC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTCCAAAGACTGGAAGTAACAAGGCTATGGAGGTTCTGGAATGTC  747

seq1  TGTGGAGACAAAGATCACAATGGCTGTGGTACAGAAGCAACAATTAATGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGACAAAGATCACAATGGCTGTGGTACAGAAGCAACAATTAATGG  797

seq1  ATATCTCAGCTGTATTCAGAATTGGGACACATATTAAATGTCATGTCTAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCAGCTGTATTCAGAATTGGGACACATATTAAATGTCATGTCTAA  847

seq1  CTCATGCCTTAAGAACCAAGTCAGTCAAAGCCTTCAATTTTACAGTTGGC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCCTTAAGAACCAAGTCAGTCAAAGCCTTCAATTTTACAGTTGGC  897

seq1  CTTCCTAAGGCATACAGAGAAAAATTATCTTCCTTTAGTCACACAGGCCC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAAGGCATACAGAGAAAAATTATCTTCCTTTAGTCACACAGGCCC  947

seq1  CAAGAGGTAGAGCCAGGACTTGAACCTGGATCTAAGAGAATTC  983
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGTAGAGCCAGGACTTGAACCTGGATCTAAGAGAATTC  990