BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-053M16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 78,671,941 - 78,789,113
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnfsf11
Upstream geneD230005D02Rik, LOC676171, EG629678, Gm1587, Dnajc15, Epsti1, AU021034
Downstream geneLOC219180, Akap11, Dgkh, LOC673649, 1300010F03Rik, LOC629709, LOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-053M16.bB6Ng01-053M16.g
ACCDH876733DH876734
length1,1251,100
definitionDH876733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053M16, 5' end.DH876734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,787,981 - 78,789,113)(78,671,941 - 78,673,042)
sequence
gaattcaatgttctttcatggtttttctatgaagtccctatgatgtttct
atttggtaagtgatccagttttgaatttttttttttaaacttgaagtcca
ggtttattggttgagagagattttaattttatcttatctgttgttaagtg
tgcaggcgtgccaatgctgtgcagtacacatgtggtagtcagaagagtgc
taattcaggtcagttccctccttccaccatgaggtcaggggcttgggagg
tcaagtgtcacatacaagcacttcaacataccctggagcaaggagtaaag
tgtattgtgagtgacttcaagtatgaatttagagctgtgacacgacttca
tcatataagatctgaagcaggcagacagaactttaaacaccattgtttac
cagcctgcaaaagcaggtagttactgatacccagctgtgaggtgctactt
aaacgcatttaggtgggggcacagacagctattacaatatggctgcaaga
ggctggggaaatggcttagccagtaaattacttgccaaggaagcatgaga
gtctgagttagagacctccataacctagcctaactgtcctgcttctggat
attgatagagcgtgacaaagcaacagcagccacagcagtagcagcagcaa
cagcaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaacctcctagagaatctc
tctcacatatgcatacacacttgcacacacactcacacattcttatgaac
ttgcacattcacatttcccccacatacatatgtctacatacaaatatgac
tgtggaaatgtttgttgactcttgtggcatccataataatgtttaaatgc
tataaaatgaaatccaaaaagtatcatctatttttaatgagagaagatgt
atgcacaaaagtttagacatgtaccttcaaatagttatatgctttatctg
agttgtattagaattaatatttcttaaaagttagaaggatttatttttat
tatttaaaatcattaacgttaaggaaagcctccctatgtacctttttgcc
cacctatgccagcagacatattttttttttttaaaaagagagttttaatt
tacaataaagaagagaaatctattc
gaattctttctccataagctctcttgtatcatccaaaaagatacaattta
actctgagcttcttgtaacaatcccttacaaagatgcatacctgattaaa
tcaccatgccacagttacatgctaagaaaacatttcaattaatttatctt
cgtccctgtcttgcttactccctgttgacggcagaaaacaagctgtcaaa
gtaatctttgaaaaattaactctgagccccttaaacagacacttgaggca
tgcagggccctgctctcccttcttcaaccgcatcctgcttcctaatctct
tcattagaatcaggaagacagagggaaggcaaatcttgggagaaagtgat
gcagtcagcagtggtgactgagcccgactcccacaggtatatttagcctg
taatcaggaatgtaatccaagtcaaaggctgtaaacaaaatcagagcttc
ttccagctcaaaaagctggctccttcacattccagctccccagtgctcgg
cccaagcccctgggcattccacttcaaaagcacacagggccaccgctcag
aacctagattgttccaaaagccagagtctctttcctatgttgaaaagatg
tttaatgccccttactgccgacttcaatagcggtgtaacaacagcgtggc
aacaggatgaaaacacccataatcccacctctccaacacagatacacgct
ggtatttgtgaacctcccctggggtttgcctccacatttttagaaatttg
cagacacagaaatgtgcatcgctctgtatttttgcttgttattttcataa
tcacagtctcttcgttcccaatccctccctcaagccaaggccccaaaagg
gaggagaggagagtggctggcaacagagctcgctgagactttagacatga
tgcttcggagagtctagtaggtggaagggccccagtaaaagacatgtcga
cagccttatgaattctgggactcgtgaatggtgactttcctcagtcaaga
gccactgcaggcatagcctgtatgtgaaggatgaagtcaggtgggcctta
acgtccagcctgttccttttataaaaaaaaagataagctcggtaagatgg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_78787981_78789113
seq2: B6Ng01-053M16.b_45_1169 (reverse)

seq1  GAAT-GATTTCCTCTACTTTA-TGTAAATATAAAACTCTTCTTT---AAA  45
      |||| ||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||  |||   |||
seq2  GAATAGATTT-CTCTTCTTTATTGTAAAT-TAAAACTCTCTTTTTAAAAA  48

seq1  AAAAAAATATGTCTGCTGGGCAT-GGT-GGCACAAAGATACATAGTGAGG  93
      ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||
seq2  AAAAAAATATGTCTGCT-GGCATAGGTGGGCAAAAAGGTACATAGGGAGG  97

seq1  CCTTACCTTAAACGCTAATGATTTTAAAATATTAAAAATAAAATCTATCT  143
       ||| |||| |||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||
seq2  -CTTTCCTT-AACGTTAATGATTTT-AAATAATAAAAAT-AAATCCTTCT  143

seq1  AAACTTTTTAAGAAAATATTAATTCTAATTACAACTCAGATAAAGCATAT  193
      ||   ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AA--CTTTTAAG-AAATATTAATTCTAA-TACAACTCAGATAAAGCATAT  189

seq1  AACTATATTGAAAGGTACATGTCTAAACTTTTTGTGCATACATCTTCTCT  243
      |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACTAT-TTG-AAGGTACATGTCTAAAC-TTTTGTGCATACATCTTCTCT  236

seq1  CATTAAAAATAGATGATACTTTTTTGGATTTCATTTTATAGCATTTAAAC  293
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAATAGATGATAC-TTTTTGGATTTCATTTTATAGCATTTAAAC  285

seq1  ATTATTATGGATGCCACAAGAGTCAACAAACATTTCCACAGTCATATTTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATGGATGCCACAAGAGTCAACAAACATTTCCACAGTCATATTTG  335

seq1  TATGTAGACATATGTATGTGGGGGAAATGTGAATGTGCAAGTTCATAAGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGACATATGTATGTGGGGGAAATGTGAATGTGCAAGTTCATAAGA  385

seq1  ATGTGTGAGTGTGTGTGCAAGTGTGTATGCATATGTGAGAGAGATTCTCT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGAGTGTGTGTGCAAGTGTGTATGCATATGTGAGAGAGATTCTCT  435

seq1  AGGAGGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGC  485

seq1  TACTGCTGTGGCTGCTGTTGCTTTGTCACGCTCTATCAATATCCAGAAGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGTGGCTGCTGTTGCTTTGTCACGCTCTATCAATATCCAGAAGC  535

seq1  AGGACAGTTAGGCTAGGTTATGGAGGTCTCTAACTCAGACTCTCATGCTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGTTAGGCTAGGTTATGGAGGTCTCTAACTCAGACTCTCATGCTT  585

seq1  CCTTGGCAAGTAATTTACTGGCTAAGCCATTTCCCCAGCCTCTTGCAGCC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCAAGTAATTTACTGGCTAAGCCATTTCCCCAGCCTCTTGCAGCC  635

seq1  ATATTGTAATAGCTGTCTGTGCCCCCACCTAAATGCGTTTAAGTAGCACC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTAATAGCTGTCTGTGCCCCCACCTAAATGCGTTTAAGTAGCACC  685

seq1  TCACAGCTGGGTATCAGTAACTACCTGCTTTTGCAGGCTGGTAAACAATG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTGGGTATCAGTAACTACCTGCTTTTGCAGGCTGGTAAACAATG  735

seq1  GTGTTTAAAGTTCTGTCTGCCTGCTTCAGATCTTATATGATGAAGTCGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTAAAGTTCTGTCTGCCTGCTTCAGATCTTATATGATGAAGTCGTG  785

seq1  TCACAGCTCTAAATTCATACTTGAAGTCACTCACAATACACTTTACTCCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTCTAAATTCATACTTGAAGTCACTCACAATACACTTTACTCCT  835

seq1  TGCTCCAGGGTATGTTGAAGTGCTTGTATGTGACACTTGACCTCCCAAGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAGGGTATGTTGAAGTGCTTGTATGTGACACTTGACCTCCCAAGC  885

seq1  CCCTGACCTCATGGTGGAAGGAGGGAACTGACCTGAATTAGCACTCTTCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACCTCATGGTGGAAGGAGGGAACTGACCTGAATTAGCACTCTTCT  935

seq1  GACTACCACATGTGTACTGCACAGCATTGGCACGCCTGCACACTTAACAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCACATGTGTACTGCACAGCATTGGCACGCCTGCACACTTAACAA  985

seq1  CAGATAAGATAAAATTAAAATCTCTCTCAACCAATAAACCTGGACTTCAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAGATAAAATTAAAATCTCTCTCAACCAATAAACCTGGACTTCAA  1035

seq1  GTTTAAAAAAAAAAATTCAAAACTGGATCACTTACCAAATAGAAACATCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAAAAAAAATTCAAAACTGGATCACTTACCAAATAGAAACATCA  1085

seq1  TAGGGACTTCATAGAAAAACCATGAAAGAACATTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACTTCATAGAAAAACCATGAAAGAACATTGAATTC  1125

seq1: chr14_78671941_78673042
seq2: B6Ng01-053M16.g_68_1167

seq1  GAATTCTTTCTCCATAAGCTCTCTTGTATCATCCAAAAAGATACAATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCCATAAGCTCTCTTGTATCATCCAAAAAGATACAATTTA  50

seq1  ACTCTGAGCTTCTTGTAACAATCCCTTACAAAGATGCATACCTGATTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGCTTCTTGTAACAATCCCTTACAAAGATGCATACCTGATTAAA  100

seq1  TCACCATGCCACAGTTACATGCTAAGAAAACATTTCAATTAATTTATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATGCCACAGTTACATGCTAAGAAAACATTTCAATTAATTTATCTT  150

seq1  CGTCCCTGTCTTGCTTACTCCCTGTTGACGGCAGAAAACAAGCTGTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCCTGTCTTGCTTACTCCCTGTTGACGGCAGAAAACAAGCTGTCAAA  200

seq1  GTAATCTTTGAAAAATTAACTCTGAGCCCCTTAAACAGACACTTGAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTTTGAAAAATTAACTCTGAGCCCCTTAAACAGACACTTGAGGCA  250

seq1  TGCAGGGCCCTGCTCTCCCTTCTTCAACCGCATCCTGCTTCCTAATCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGCCCTGCTCTCCCTTCTTCAACCGCATCCTGCTTCCTAATCTCT  300

seq1  TCATTAGAATCAGGAAGACAGAGGGAAGGCAAATCTTGGGAGAAAGTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGAATCAGGAAGACAGAGGGAAGGCAAATCTTGGGAGAAAGTGAT  350

seq1  GCAGTCAGCAGTGGTGACTGAGCCCGACTCCCACAGGTATATTTAGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAGCAGTGGTGACTGAGCCCGACTCCCACAGGTATATTTAGCCTG  400

seq1  TAATCAGGAATGTAATCCAAGTCAAAGGCTGTAAACAAAATCAGAGCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGGAATGTAATCCAAGTCAAAGGCTGTAAACAAAATCAGAGCTTC  450

seq1  TTCCAGCTCAAAAAGCTGGCTCCTTCACATTCCAGCTCCCCAGTGCTCGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTCAAAAAGCTGGCTCCTTCACATTCCAGCTCCCCAGTGCTCGG  500

seq1  CCCAAGCCCCTGGGCATTCCACTTCAAAAGCACACAGGGCCACCGCTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCCCCTGGGCATTCCACTTCAAAAGCACACAGGGCCACCGCTCAG  550

seq1  AACCTAGATTGTTCCAAAAGCCAGAGTCTCTTTCCTATGTTGAAAAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGATTGTTCCAAAAGCCAGAGTCTCTTTCCTATGTTGAAAAGATG  600

seq1  TTTAATGCCCCTTACTGCCGACTTCAATAGCGGTGTAACAACAGCGTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGCCCCTTACTGCCGACTTCAATAGCGGTGTAACAACAGCGTGGC  650

seq1  AACAGGATGAAAACACCCATAATCCCACCTCTCCAACACAGATACACGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGATGAAAACACCCATAATCCCACCTCTCCAACACAGATACACGCT  700

seq1  GGTATTTGTGAACCTCCCCTGGGGTTTGCCTCCACATTTTTAGAAATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTGTGAACCTCCCCTGGGGTTTGCCTCCACATTTTTAGAAATTTG  750

seq1  CAGACACAGAAATGTGCATCGCTCTGTA-TTTTGCTTGTTATTTTCATAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAGAAATGTGCATCGCTCTGTATTTTTGCTTGTTATTTTCATAA  800

seq1  TCACAGTCTCTTCGTTCCCAATCCCTCCCTCAAGCCAAGGCCCCAAAAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTCTCTTCGTTCCCAATCCCTCCCTCAAGCCAAGGCCCCAAAAGG  850

seq1  GAGGAGAGGAGAGTGGCTGGCAACAGAGC-CGCTGAGACTTTAGACATGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGGAGAGTGGCTGGCAACAGAGCTCGCTGAGACTTTAGACATGA  900

seq1  TGCTTCGGAGAGTCTAGTAGGTGGAAGGGCCCCCAGTAAAAGACATGTCG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCGGAGAGTCTAGTAGGTGGAAGGG-CCCCAGTAAAAGACATGTCG  949

seq1  ACAGCC-TATGAATTCTGGGACTCGTGAAT-GTGACTTTCCTCAGTCAAA  996
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  ACAGCCTTATGAATTCTGGGACTCGTGAATGGTGACTTTCCTCAGTC-AA  998

seq1  GAGCCACTGCAGGCATAAGTCTGTATGTGAA-GATGAGGTCAGGGTGGGC  1045
      |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||| 
seq2  GAGCCACTGCAGGCAT-AGCCTGTATGTGAAGGATGAAGTCA-GGTGGG-  1045

seq1  CCTAAACGTCACGCCCTGTTCCTTTATAAGAAAGAAAAGATGAGGCTGGT  1095
      ||| |||||| |  ||||||||||| ||  ||| ||||||| ||   |||
seq2  CCTTAACGTC-CAGCCTGTTCCTTT-TATAAAAAAAAAGATAAGCTCGGT  1093

seq1  AAGATGG  1102
      |||||||
seq2  AAGATGG  1100