BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065G04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,946,441 - 13,048,941
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprg
Upstream geneFhit, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059, LOC100041996, LOC100042441
Downstream gene3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps, EG432822, LOC100042022, LOC100042026, EG328354
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065G04.bB6Ng01-065G04.g
ACCDH884877DH884878
length1,1331,092
definitionDH884877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065G04, 5' end.DH884878|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,946,441 - 12,947,596)(13,047,829 - 13,048,941)
sequence
gaattccacaactgcctctgtcagaaaaaaaacagcccagtatttcaggt
cctggtccgctgtttctcagaagcctccctctcttatcttttctctcatc
agtaagggcaagcagtgagcaagtgaggtctctgtaagttgtgccgatca
acccagtcgtcggagctggggagatggatttccttaaaggctttcagggc
acacaagcaggttcttaacttgcctcttttactcttccctgtgaacctac
actggcattctaaccagctcttagccagtgaccttggcctctctcttgta
tgataatgtagattcaaatgtgttcagtttgggtggagtctagacacctg
ggctgaccagtagtcagtataggttatgagactccagtcgacatccatcg
taaatactaggcaaagccatgggcctgggaagaaatgtgattcaacagta
aaaacactcgctgcacaagcatgagaatcaaagtttgcatctctggaaac
aaaaatactgagtgagtgcagtggcccgcttgtaattagcaaccatgtaa
ggctggaacaggccgtcctcaggcaagctggtcctcaaaactagctatac
ttggggtttgactgagggagattgtcctggtgagtatgatgcaaagagat
agagaatgatcaatgcctgacatcagcctcagattccccagtgagtgggt
atgcacacacgcacacacacacacacacacacacacacacacacatcagg
ggataagaggagagaaaatgggaaataaaatgctgccatctccttatcat
ccatacagaattgcagcctgggtctggcagtaccaaggaatggaagtagt
gcctggagtcaggtgtctgcagtctttccttaagcgtccatacatatgta
tatcttgttcagcactttctctggagctgagtccagaagcataatctaat
gtggattcagttcatcctgcagagatttacaacgctgcttctttgcccat
tgtcaccactggagtgatctcctatcattaaatgcggcattactatggtt
ttctcagcatgatcttgcttaataggtaatttaatggtgtgggtattgct
acacatatgtcctgtactgacgaaaggatccta
gaattctgggaatgcaggcatgtgctaccactcctggatcaaatgctcac
cctcaataaacgtattactgaatgcttctgaggaagaaaaaaacccaaag
cgacagctgactgaaagtcttatgtccttgtggctagaggatacattgag
atagagtcagcagcagctcaaaagacaatagagctctgtgccacatctac
ttgtatatgagtggatacactcagtaaaaacctccctctgcattgccgca
tctacttgcacacatcatgtactctgcatgtacacatggccagaccttgc
tttcacattacatttaagaagtaaaaacaataccccatttcagcatctac
acaaatatgacccaaattcagagcatcttaattccttgttgttcttaaag
acgccattcagagcactaccttaaactgcttttccagccgtgtctttcct
cctactcctggtatgaggatgctgttaacatagctatgcagctgacttga
agatacttcagtttccttcccgagaatggcttccaacaaggcatcatgga
tgaaaatgtactgctcctgaaaagtacacagtagtggacagtgaggggtc
tgccaggagacacgcacccattcatagagctgacttggggttaacactgc
tctgaacagagactgacctcaagcgtttatagctagatgatgaccccagg
actcgattgctgatctgttataacatattttggagtagagacctgtgcta
agtttagctctgtgttttcccaccacggctagaccaggtggttcagtaat
agcacacagctacaaaacacatgttcaataaagagtttaaggaccaacct
ttcccacacattaaaacatgtgggaaacacagcatgcttaagtccctggg
actagagcatgacttggtagagctgtcgctgatcctgagtgtcagacttt
agacaagatggaaagctgtgatcttggagagagtgggccctcagatatct
caagtcaaacccacataatccttcagttctagggatgatctcccctcagt
tgcttcaccttctggccttcttggcacttctacctcagtctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_12946441_12947596
seq2: B6Ng01-065G04.b_37_1169

seq1  GAATTCCACAACTGCCTCTGTCAGAAAAAAAACAGCCCAGTATTTCAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAACTGCCTCTGTCAGAAAAAAAACAGCCCAGTATTTCAGGT  50

seq1  CCTGGTCCGCTGTTTCTCAGAAGCCTCCCTCTCTTATCTTTTCTCTCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCCGCTGTTTCTCAGAAGCCTCCCTCTCTTATCTTTTCTCTCATC  100

seq1  AGTAAGGGCAAGCAGTGAGCAAGTGAGGTCTCTGTAAGTTGTGCCGATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGGCAAGCAGTGAGCAAGTGAGGTCTCTGTAAGTTGTGCCGATCA  150

seq1  ACCCAGTCGTCGGAGCTGGGGAGATGGATTTCCTTAAAGGCTTTCAGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTCGTCGGAGCTGGGGAGATGGATTTCCTTAAAGGCTTTCAGGGC  200

seq1  ACACAAGCAGGTTCTTAACTTGCCTCTTTTACTCTTCCCTGTGAACCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGCAGGTTCTTAACTTGCCTCTTTTACTCTTCCCTGTGAACCTAC  250

seq1  ACTGGCATTCTAACCAGCTCTTAGCCAGTGACCTTGGCCTCTCTCTTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCATTCTAACCAGCTCTTAGCCAGTGACCTTGGCCTCTCTCTTGTA  300

seq1  TGATAATGTAGATTCAAATGTGTTCAGTTTGGGTGGAGTCTAGACACCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATGTAGATTCAAATGTGTTCAGTTTGGGTGGAGTCTAGACACCTG  350

seq1  GGCTGACCAGTAGTCAGTATAGGTTATGAGACTCCAGTCGACATCCATCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACCAGTAGTCAGTATAGGTTATGAGACTCCAGTCGACATCCATCG  400

seq1  TAAATACTAGGCAAAGCCATGGGCCTGGGAAGAAATGTGATTCAACAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACTAGGCAAAGCCATGGGCCTGGGAAGAAATGTGATTCAACAGTA  450

seq1  AAAACACTCGCTGCACAAGCATGAGAATCAAAGTTTGCATCTCTGGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTCGCTGCACAAGCATGAGAATCAAAGTTTGCATCTCTGGAAAC  500

seq1  AAAAATACTGAGTGAGTGCAGTGGCCCGCTTGTAATTAGCAACCATGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATACTGAGTGAGTGCAGTGGCCCGCTTGTAATTAGCAACCATGTAA  550

seq1  GGCTGGAACAGGCCGTCCTCAGGCAAGCTGGTCCTCAAAACTAGCTATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAACAGGCCGTCCTCAGGCAAGCTGGTCCTCAAAACTAGCTATAC  600

seq1  TTGGGGTTTGACTGAGGGAGATTGTCCTGGTGAGTATGATGCAAAGAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTTTGACTGAGGGAGATTGTCCTGGTGAGTATGATGCAAAGAGAT  650

seq1  AGAGAATGATCAATGCCTGACATCAGCCTCAGATTCCCCAGTGAGTGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGATCAATGCCTGACATCAGCCTCAGATTCCCCAGTGAGTGGGT  700

seq1  ATGCACACACGCACACACACACACACACACACACACACACACACATCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACACGCACACACACACACACACACACACACACACACACATCAGG  750

seq1  GGATAAGAGGAGAGAAAATGGGAAATAAAATGCTGCCATCTCCTTATCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGAGGAGAGAAAATGGGAAATAAAATGCTGCCATCTCCTTATCAT  800

seq1  CCATACAGAATTGCAGCCTGGGTCTGGCAGTACCAAGGAATGGAAGTAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACAGAATTGCAGCCTGGGTCTGGCAGTACCAAGGAATGGAAGTAGT  850

seq1  GCCTGGAGTCAGGTGTCTGCAGTCTTTCCTTAAGCGTCCATACATATGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAGTCAGGTGTCTGCAGTCTTTCCTTAAGCGTCCATACATATGTA  900

seq1  TATCTTGTTCAGCACTTTCTCTGGAGCTGAGTCCAGAAGGCATTATTCTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||
seq2  TATCTTGTTCAGCACTTTCTCTGGAGCTGAGTCCAGAA-GCA-TAATCTA  948

seq1  ATGTGGATTCAGTTCATCCTGCAGGAGAATTTTACAAACGCTGCTTCTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTGGATTCAGTTCATCCTGCA-GAGA--TTTAC-AACGCTGCTTCTTT  994

seq1  GCCCATTGTCACCACTGGAGTGGATCCTCCTATCCATTAAAATGCGGCAT  1050
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||
seq2  GCCCATTGTCACCACTGGAGT-GAT-CTCCTAT-CATT-AAATGCGGCAT  1040

seq1  TACCTATGGTTTTTCTCCAGCATGATCTTGTCTTAATAGTTAAATTTTAT  1100
      || |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||  |||| 
seq2  TA-CTATGG-TTTTCT-CAGCATGATCTTG-CTTAATAGGTAA--TTTAA  1084

seq1  ATGTGTGGGTATTTTGCCTACACATATGTCTCTGTACTAGACGAACAGGA  1150
        |||||||||||    ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||
seq2  TGGTGTGGGTATT---GCTACACATATGTC-CTGTACT-GACGAA-AGGA  1128

seq1  TTCCTA  1156
       |||||
seq2  -TCCTA  1133

seq1: chr14_13047829_13048941
seq2: B6Ng01-065G04.g_68_1159 (reverse)

seq1  CAGACTGAGGTAAGAAGTGGCCAAAGGATGGCCCAGAAAGATGAAAGCAA  50
      ||||||||||| |||||| |||||  || || |||| ||| || |||| |
seq2  CAGACTGAGGT-AGAAGT-GCCAA--GAAGG-CCAG-AAGGTG-AAGC-A  42

seq1  ACTGAGGGGGAAGATTCATTCCCTTAGAACTTGAAGGAATATATGTGGGT  100
      |||||||||  ||| ||||  || |||||| |||||||   |||||||||
seq2  ACTGAGGGG--AGA-TCAT--CCCTAGAAC-TGAAGGA--TTATGTGGGT  84

seq1  TTGGACTTGAGATATCTGAGGGCCCACTCTTCTCC-AGATCACAGCTTTC  149
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TT-GACTTGAGATATCTGAGGGCCCACTC-TCTCCAAGATCACAGCTTTC  132

seq1  CATCTGTGTCTTAAAGTCTGGACACTCAGGAATCAGCGACAGCTCTACCA  199
      ||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATCT-TGTC-TAAAGTCT-GACACTCAGG-ATCAGCGACAGCTCTACCA  178

seq1  AGTCATGCTCTAGGTCCCAGGGACTTAAGCATGCTGTGTTTCCCACATGT  249
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGCTCTA-GTCCCAGGGACTTAAGCATGCTGTGTTTCCCACATGT  227

seq1  TTAAATGTGTGGGAAAGGTTGGTTCTTAAACTCTTTATTGAACATGTG-T  298
      || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTAATGTGTGGGAAAGGTTGGTCCTTAAACTCTTTATTGAACATGTGTT  277

seq1  TTGTAGCTGTGTGCTATTACTGAACCACCTGGTCTAGCCGTGGTGGGAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTGTGTGCTATTACTGAACCACCTGGTCTAGCCGTGGTGGGAAA  327

seq1  ACACAGAGCTAAACTTAGCACAGGTCTCTACTCCAAAATATGTTATAACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGCTAAACTTAGCACAGGTCTCTACTCCAAAATATGTTATAACA  377

seq1  GATCAGCAATCGAGTCCTGGGGTCATCATCTAGCTATAAACGCTTGAGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCAATCGAGTCCTGGGGTCATCATCTAGCTATAAACGCTTGAGGT  427

seq1  CAGTCTCTGTTCAGAGCAGTGTTAACCCCAAGTCAGCTCTATGAATGGGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCTGTTCAGAGCAGTGTTAACCCCAAGTCAGCTCTATGAATGGGT  477

seq1  GCGTGTCTCCTGGCAGACCCCTCACTGTCCACTACTGTGTACTTTTCAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTCTCCTGGCAGACCCCTCACTGTCCACTACTGTGTACTTTTCAGG  527

seq1  AGCAGTACATTTTCATCCATGATGCCTTGTTGGAAGCCATTCTCGGGAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTACATTTTCATCCATGATGCCTTGTTGGAAGCCATTCTCGGGAAG  577

seq1  GAAACTGAAGTATCTTCAAGTCAGCTGCATAGCTATGTTAACAGCATCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGAAGTATCTTCAAGTCAGCTGCATAGCTATGTTAACAGCATCCT  627

seq1  CATACCAGGAGTAGGAGGAAAGACACGGCTGGAAAAGCAGTTTAAGGTAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAGGAGTAGGAGGAAAGACACGGCTGGAAAAGCAGTTTAAGGTAG  677

seq1  TGCTCTGAATGGCGTCTTTAAGAACAACAAGGAATTAAGATGCTCTGAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGAATGGCGTCTTTAAGAACAACAAGGAATTAAGATGCTCTGAAT  727

seq1  TTGGGTCATATTTGTGTAGATGCTGAAATGGGGTATTGTTTTTACTTCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCATATTTGTGTAGATGCTGAAATGGGGTATTGTTTTTACTTCTT  777

seq1  AAATGTAATGTGAAAGCAAGGTCTGGCCATGTGTACATGCAGAGTACATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAATGTGAAAGCAAGGTCTGGCCATGTGTACATGCAGAGTACATG  827

seq1  ATGTGTGCAAGTAGATGCGGCAATGCAGAGGGAGGTTTTTACTGAGTGTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCAAGTAGATGCGGCAATGCAGAGGGAGGTTTTTACTGAGTGTA  877

seq1  TCCACTCATATACAAGTAGATGTGGCACAGAGCTCTATTGTCTTTTGAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCATATACAAGTAGATGTGGCACAGAGCTCTATTGTCTTTTGAGC  927

seq1  TGCTGCTGACTCTATCTCAATGTATCCTCTAGCCACAAGGACATAAGACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGACTCTATCTCAATGTATCCTCTAGCCACAAGGACATAAGACT  977

seq1  TTCAGTCAGCTGTCGCTTTGGGTTTTTTTCTTCCTCAGAAGCATTCAGTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCAGCTGTCGCTTTGGGTTTTTTTCTTCCTCAGAAGCATTCAGTA  1027

seq1  ATACGTTTATTGAGGGTGAGCATTTGATCCAGGAGTGGTAGCACATGCCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTTTATTGAGGGTGAGCATTTGATCCAGGAGTGGTAGCACATGCCT  1077

seq1  GCATTCCCAGAATTC  1113
      |||||||||||||||
seq2  GCATTCCCAGAATTC  1092