BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068G14
Chromosome14 (Build37)
Map Location 80,105,524 - 80,287,999
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcdh8
Upstream geneDgkh, LOC673649, 1300010F03Rik, LOC629709, LOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560, Sugt1, Lect1
Downstream geneEG629734, Olfm4, LOC672828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068G14.bB6Ng01-068G14.g
ACCDH887005DH887006
length1,086826
definitionDH887005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068G14, 5' end.DH887006|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068G14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,286,898 - 80,287,999)(80,105,524 - 80,106,347)
sequence
gaattcccaagactgcaagattgacaagggtcttccctgaggttctataa
acagtaaatgggagaaagactcttctctaatgctgcctccaagtcacaaa
agagactccagtgacacagctgttaagagtcaccacccatgcttgcatta
gcttctcagtgatgcaattaccctgaaatcacccaagatcccaccagaca
tcctgtaccatatttctggaagtagccttgatatacttaattggttcacc
aagctggacttgaatagaatctttttttttaacctttgttgattttggtt
tgagtctttattaaccttttatcttgggtgaataaaaagactccccagga
aaatccacacaacagctatcatctaggaatagtatctgagcagccataac
ctggtgcactccaagagaactccttggggaatacttctatacccagcaag
acctacctccatagcatgtcctaagagcaggtaacatcttattagacatt
gccttccaattatggagacattgggggatggaaagaaagatggctcagag
gttaagtgtactggcttttcttccaaaggacttgggttcaattcccagca
cccacgtggcagctcacagctgtctaatactgacatcttcacaccgcaga
catatacatacaggcaaaataccaatgcagatgaagtaaataaataattt
ttttaaatggagaaattgaaacacatctccctccccacataccatgagca
tcattattcagagcagtagcttcattccctcctgtttctctttcaaaccc
tacagcctgaaggtcaagaaacctttagccagtgtttcactcccaaaaca
attagctatttgctgttgtccttggcttgccctgagaagctgaaggcaag
tgcccatagctgaagacaccgtgcactgttgacatagaactcaggattca
actggattcgacctgagtctctcctcaatgactagcatgcatagactgaa
aagtgcatacaagctgccaagggattcatggtgctactcactgcatgtca
ataacataacatggccagattgcaggaatcctatag
gaattcaaacagggcaggaaccgggaggcaagagctggtgccatggaggc
catggaggggggctgcttactggtttgctcccatgacttgctcagcctgc
ttccttatagattcccaagacagccagcccagggatggccccacccacag
tgcactaggccctcctcctattaatcacccattaagaaaatgctccatag
atctgcctccagcctcatcttatggaggcagtctctcaattgaggccacc
tcctctctgatgagtctagtttgcgccaagttgacatagaactagccagg
acctggacagtgtgaactgagatttgctatgtctacagaacttacccttt
ggcagggtgaggtggcttagagggtttaccttagaggtcattactcccaa
gtcaggcgacctcagtttgatccctgacgtctgcaggttggagagaagat
ggacttctgcaagttaacttctgacctccacatgaaccccatgatatgtg
cccctcctcccacatatactcacagtggatgaaaaatgtaaaacaaacaa
gttaacataaaaaagaaacatatgtctgggagggggacagagacatggct
tggtcaataaaacgcttgctgtgcaaacatgaaagacctgagttttagtc
ccaccaccaatacaaaggccaagcactttcaacatccgtcttggtgttaa
ccaggaggaggggagaggaggacacaggggcatccctgaatcaatcatct
tcagggggtgtgagagagcatgccttaaaaagtgaggtggagatggactg
aagatgacattcagcatcaacatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_80286898_80287999
seq2: B6Ng01-068G14.b_33_1118 (reverse)

seq1  CTATAGGGATATCTTGCAATACTGGCCATTGTTAATGTTTATTGACATTG  50
      ||||| |||| || |||||| ||||||| |||| ||| ||||||||| ||
seq2  CTATA-GGAT-TCCTGCAAT-CTGGCCA-TGTT-ATG-TTATTGACA-TG  43

seq1  CAGTTGGGTAGCACCATTGAATTCCTTTGGCAGCTTGTATAGCACTTTTC  100
      ||| || ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CAG-TGAGTAGCACCA-TGAA-TCCCTTGGCAGCTTGTAT-GCACTTTTC  89

seq1  AGTTCTATGAAAGCTAGTCATTGAGGAGGAGGTTTTCAGGTCGAATCCAG  150
      || |||||| | ||||||||||||||| |||    |||||||||||||||
seq2  AG-TCTATGCATGCTAGTCATTGAGGA-GAG--ACTCAGGTCGAATCCAG  135

seq1  TTTGAATCCTGAGTTCTATGTCCACAGTGCACGGTGTCTTCAGCTATGGG  200
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGAATCCTGAGTTCTATGTCAACAGTGCACGGTGTCTTCAGCTATGGG  184

seq1  CACTTGCCTTCAGCTTCTCAGGGGCAGCCAAGGACAACAGC-AATAGCTA  249
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACTTGCCTTCAGCTTCTCAGGGCAAGCCAAGGACAACAGCAAATAGCTA  234

seq1  ATTGTTTTGGGAGTGAAACACTGGCTAAAGGTTTCTTGACCTTCAGGCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTGGGAGTGAAACACTGGCTAAAGGTTTCTTGACCTTCAGGCTG  284

seq1  TAAGGGTTTGAAAGAGAAACAGGAGGGAATGAAGCTACTGCTCTGAATAA  349
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AGGGTTTGAAAGAGAAACAGGAGGGAATGAAGCTACTGCTCTGAATAA  333

seq1  TGATGCTCATGGTATGTGGGGAGGGAGATGTTGTTTCAATTTCTCCATTT  399
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTCATGGTATGTGGGGAGGGAGATG-TGTTTCAATTTCTCCATTT  382

seq1  -AAAAAATTATTTATTTACTTCATCTGCATTGGTATTTTGCCTGTATGTA  448
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTATTTATTTACTTCATCTGCATTGGTATTTTGCCTGTATGTA  432

seq1  TATGTCTGCGGTGTGAAGATGTCAGTATTAGACAGCTGTGAGCTGCCACG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTGCGGTGTGAAGATGTCAGTATTAGACAGCTGTGAGCTGCCACG  482

seq1  TGGGTGCTGGGAATTGAACCCAAGTCCTTTGGAAGAAAAGCCAGTACACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCTGGGAATTGAACCCAAGTCCTTTGGAAGAAAAGCCAGTACACT  532

seq1  TAACCTCTGAGCCATCTTTCTTTCCATCCCCCAATGTCTCCATAATTGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTCTGAGCCATCTTTCTTTCCATCCCCCAATGTCTCCATAATTGGA  582

seq1  AGGCAATGTCTAATAAGATGTTACCTGCTCTTAGGACATGCTATGGAGGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATGTCTAATAAGATGTTACCTGCTCTTAGGACATGCTATGGAGGT  632

seq1  AGGTCTTGCTGGGTATAGAAGTATTCCCCAAGGAGTTCTCTTGGAGTGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTGCTGGGTATAGAAGTATTCCCCAAGGAGTTCTCTTGGAGTGCA  682

seq1  CCAGGTTATGGCTGCTCAGATACTATTCCTAGATGATAGCTGTTGTGTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTATGGCTGCTCAGATACTATTCCTAGATGATAGCTGTTGTGTGG  732

seq1  ATTTTCCTGGGGAGTCTTTTTATTCACCCAAGATAAAAGGTTAATAAAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTGGGGAGTCTTTTTATTCACCCAAGATAAAAGGTTAATAAAGA  782

seq1  CTCAAACCAAAATCAACAAAGGTTAAAAAAAAAGATTCTATTCAAGTCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACCAAAATCAACAAAGGTTAAAAAAAAAGATTCTATTCAAGTCCA  832

seq1  GCTTGGTGAACCAATTAAGTATATCAAGGCTACTTCCAGAAATATGGTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTGAACCAATTAAGTATATCAAGGCTACTTCCAGAAATATGGTAC  882

seq1  AGGATGTCTGGTGGGATCTTGGGTGATTTCAGGGTAATTGCATCACTGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTCTGGTGGGATCTTGGGTGATTTCAGGGTAATTGCATCACTGAG  932

seq1  AAGCTAATGCAAGCATGGGTGGTGACTCTTAACAGCTGTGTCACTGGAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAATGCAAGCATGGGTGGTGACTCTTAACAGCTGTGTCACTGGAGT  982

seq1  CTCTTTTGTGACTTGGAGGCAGCATTAGAGAAGAGTCTTTCTCCCATTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTGTGACTTGGAGGCAGCATTAGAGAAGAGTCTTTCTCCCATTTA  1032

seq1  CTGTTTATAGAACCTCAGGGAAGACCCTTGTCAATCTTGCAGTCTTGGGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATAGAACCTCAGGGAAGACCCTTGTCAATCTTGCAGTCTTGGGA  1082

seq1  ATTC  1102
      ||||
seq2  ATTC  1086

seq1: chr14_80105524_80106347
seq2: B6Ng01-068G14.g_69_894

seq1  GAATTCAAACAGGGCAGGAACCGGGAGGCAAGAGCTGGTGCCATGGAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAGGGCAGGAACCGGGAGGCAAGAGCTGGTGCCATGGAGGC  50

seq1  CATGGAGGGGGGCTGCTTACTGGTTTGCTCCCATGACTTGCTCAGCCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGGGGGGCTGCTTACTGGTTTGCTCCCATGACTTGCTCAGCCTGC  100

seq1  TTCCTTATAGATTCCCAAGACAGCCAGCCCAGGGATGGCCCCACCCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATAGATTCCCAAGACAGCCAGCCCAGGGATGGCCCCACCCACAG  150

seq1  TGCACTAGGCCCTCCTCCTATTAATCACCCATTAAGAAAATGCTCCATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTAGGCCCTCCTCCTATTAATCACCCATTAAGAAAATGCTCCATAG  200

seq1  ATCTGCCTCCAGCCTCATCTTATGGAGGCAGTCTCTCAATTGAGGCCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCTCCAGCCTCATCTTATGGAGGCAGTCTCTCAATTGAGGCCACC  250

seq1  TCCTCTCTGATGAGTCTAGTTTGCGCCAAGTTGACATAGAACTAGCCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTGATGAGTCTAGTTTGCGCCAAGTTGACATAGAACTAGCCAGG  300

seq1  ACCTGGACAGTGTGAACTGAGATTTGCTATGTCTACAGAACTTACCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGACAGTGTGAACTGAGATTTGCTATGTCTACAGAACTTACCCTTT  350

seq1  GGCAGGGTGAGGTGGCTTAGAGGGTTTACCTTAGAGGTCATTACTCCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGTGAGGTGGCTTAGAGGGTTTACCTTAGAGGTCATTACTCCCAA  400

seq1  GTCAGGCGACCTCAGTTTGATCCCTGACGTCTGCAGGTTGGAGAGAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCGACCTCAGTTTGATCCCTGACGTCTGCAGGTTGGAGAGAAGAT  450

seq1  GGACTTCTGCAAGTTAACTTCTGACCTCCACATGAACCCCATGATATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCTGCAAGTTAACTTCTGACCTCCACATGAACCCCATGATATGTG  500

seq1  CCCCTCCTCCCACATATACTCACAGTGGATGAAAAATGTAAAACAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTCCCACATATACTCACAGTGGATGAAAAATGTAAAACAAACAA  550

seq1  GTTAACATAAAAAAGAAACATATGTCTGGGAGGGGGACAGAGACATGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACATAAAAAAGAAACATATGTCTGGGAGGGGGACAGAGACATGGCT  600

seq1  TGGTCAATAAAACGCTTGCTGTGCAAACATG-AAGACCTGAGTTTTAGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAATAAAACGCTTGCTGTGCAAACATGAAAGACCTGAGTTTTAGTC  650

seq1  CCACCACCAATACAAAGGCCAAGCAC-TTCAACAGCCGTCTTGGTGTTAA  698
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CCACCACCAATACAAAGGCCAAGCACTTTCAACATCCGTCTTGGTGTTAA  700

seq1  CCAGGAGGAGGGGAGAGGAGGACACAGGGGCATCCCTGAATCAATCAGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAGGAGGAGGGGAGAGGAGGACACAGGGGCATCCCTGAATCAATCATCT  750

seq1  TCAGGGGGTGTGAGAGAGCATGCCTCAAAAAGTGAGGTGGAGACTGACTG  798
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||
seq2  TCAGGGGGTGTGAGAGAGCATGCCTTAAAAAGTGAGGTGGAGATGGACTG  800

seq1  AAGATGACATTCAGCATCAACATCTG  824
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGACATTCAGCATCAACATCTG  826