BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072B07
Chromosome14 (Build37)
Map Location 25,821,965 - 25,978,130
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039411
Upstream geneKcnma1, LOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
Downstream geneZmiz1, I920194n01, LOC100039007, 4931406H21Rik, Ppif, 2310047A01Rik, Anxa11, Plac9, D14Ertd449e, Cphx, 1110051B16Rik, LOC100039468, LOC100039484, LOC100039175, LOC100039192, LOC100039213, LOC100039227, LOC100039503
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072B07.bB6Ng01-072B07.g
ACCDH889596DH889597
length1,0411,146
definitionDH889596|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072B07, 5' end.DH889597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072B07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,977,089 - 25,978,130)(25,821,965 - 25,823,120)
sequence
gaattccagggggctaattctcccagaaacctccatgggtttaaaactct
tcccaagttcacaaaataggtggcacatttgagactcaaacctggaccta
tttgggcctcagagctcatgattgtaagctggtccttggggtcctggaga
gaacacaagcttacacatatacacatgaccaaggaatcagcatgaagaga
ccaagaaccccaaggctcctgtcccactaccaccatgacacacacaggaa
gtgactccttactgctctgagcaccagtttcccagctagtcagatggcaa
gattccttacgaatatctcttctccccattcccagaggaggactacatgg
tgtagaaatgaagacagtactatacaagccctgtctacgctgtcatggag
accaggaaagctctgtatagtgtatccaggaggtacatctccaccagccc
agtccctcggcggaaagacaactaggtccagggatgttcactccaccttc
agagagggctgaataatcttgctgtctgcaggtctggagcattgcgagtg
tttgatacagtctctctgaatgactctttagtttgccttccctaaattct
tcccatatgctggtatgggctgctaaattactgttccccaaagagttctc
tgcccagagtccttgggacactttctgtgagtctaaaacctgatcatatt
atcagtaggtagaactccagggcagcctagaatagaatctacttttcagg
agcagggttggaaggtaggggaaggcatcagatactaaattgtatgcaat
acggtggccagtatcttccattgttgacggcacttactggccatgcaatg
ttagacatacccccaatatctgtaagtctggctcgattctctgagtaaca
gtcatggaagtatctaggctgttcagacaaggaagtgggaagaaaatgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcacgtgcacatatgagtatgtc
cctgtctgtatctctgtgccttatcctgtttgacatatctg
gaattctagggctgcttctgcctctgctctcccacacagtggaataacag
atgcccggcgctgagttcagctttttaggtaggtgctgagaatctgaacg
taggtccttcatggttgcacagcaagctctttatcaaccaagccatcctc
caagccccatgcttacacttatggttccacaactgattcctcagagtctg
taacaccagtaaaggcatccggagtgggcacagcacagtttccacaggat
ggtcttgttcaaagagtgatataggacccactgattcaaggggctagaga
atttgactttggctcttagttggggcaaatgacaacgacatgccctagag
agcatgtgggatggcaggcatcggcaaggctatctttggaaggaagagct
gccaaaggaacatgaagaaagctcatgcctttgtgaggaggaatgacatc
acctcccagggctgagcctgtaggatgaagtgtatgggatgctatcaaat
accagtgtccagaacaaacagagcagctgtgaatgttatacacttagtag
ctctgaaagagtacagaagcaacaaaagaaaagaagcaaacaaaaagccc
attttgtatcttagagttcaggtctttagaaattagtcacagtctttgca
acctatatttctctttcagttgattaagggccacatagtagagcatcttt
cgtgattcccaggcctggccagcttttggggggctgcatagttgtccatc
agtgctctgctttcctggtcttgcatctggcaggtcgagtaacacatagc
aatgtgtagtgcagaatccaagatcggcctgtgttaggttcatgttagac
atgagatgtctaaaccctgtgtgctagtctaggcccaggaaggttttttc
aatgcagccttcatgaaatgccccacaacctaccagggcagcaaagcatg
ctgaaaactaactcactttgaccaatccactgtctctctgcctcacttta
gtttcctgtatgtccatccattctttctcctgccacagcccacatggttg
ggctgccacatctggtctagacagctgttggaatctaggaaaaccaataa
ccaccttctccaaccatacagaatctggttagaattccttaaccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_25977089_25978130
seq2: B6Ng01-072B07.b_47_1087 (reverse)

seq1  CAGATATGTCAAAACAGGAATAGGCACAGAGATACAGACAGGGACATACT  50
      |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATGTC-AAACAGGATAAGGCACAGAGATACAGACAGGGACATACT  49

seq1  CATATGTGCACGTGCACACACACACACACACACACACACACACACATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGCACGTGCACACACACACACACACACACACACACACACATTTT  99

seq1  CTTCCCACTTCCTTGTCTGAACAGCCTAGATACTTCCATGACTGTTACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCACTTCCTTGTCTGAACAGCCTAGATACTTCCATGACTGTTACTC  149

seq1  AGAGAATCGAGCCAGACTTACAGATATTGGGGGTATGTCTAACATTGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATCGAGCCAGACTTACAGATATTGGGGGTATGTCTAACATTGCAT  199

seq1  GGCCAGTAAGTGCCGTCAACAATGGAAGATACTGGCCACCGTATTGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTAAGTGCCGTCAACAATGGAAGATACTGGCCACCGTATTGCATA  249

seq1  CAATTTAGTATCTGATGCCTTCCCCTACCTTCCAACCCTGCTCCTGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAGTATCTGATGCCTTCCCCTACCTTCCAACCCTGCTCCTGAAAA  299

seq1  GTAGATTCTATTCTAGGCTGCCCTGGAGTTCTACCTACTGATAATATGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTCTATTCTAGGCTGCCCTGGAGTTCTACCTACTGATAATATGAT  349

seq1  CAGGTTTTAGACTCACAGAAAGTGTCCCAAGGACTCTGGGCAGAGAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTTAGACTCACAGAAAGTGTCCCAAGGACTCTGGGCAGAGAACTC  399

seq1  TTTGGGGAACAGTAATTTAGCAGCCCATACCAGCATATGGGAAGAATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGAACAGTAATTTAGCAGCCCATACCAGCATATGGGAAGAATTTA  449

seq1  GGGAAGGCAAACTAAAGAGTCATTCAGAGAGACTGTATCAAACACTCGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCAAACTAAAGAGTCATTCAGAGAGACTGTATCAAACACTCGCA  499

seq1  ATGCTCCAGACCTGCAGACAGCAAGATTATTCAGCCCTCTCTGAAGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCAGACCTGCAGACAGCAAGATTATTCAGCCCTCTCTGAAGGTGG  549

seq1  AGTGAACATCCCTGGACCTAGTTGTCTTTCCGCCGAGGGACTGGGCTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACATCCCTGGACCTAGTTGTCTTTCCGCCGAGGGACTGGGCTGGT  599

seq1  GGAGATGTACCTCCTGGATACACTATACAGAGCTTTCCTGGTCTCCATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGTACCTCCTGGATACACTATACAGAGCTTTCCTGGTCTCCATGA  649

seq1  CAGCGTAGACAGGGCTTGTATAGTACTGTCTTCATTTCTACACCATGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTAGACAGGGCTTGTATAGTACTGTCTTCATTTCTACACCATGTAG  699

seq1  TCCTCCTCTGGGAATGGGGAGAAGAGATATTCGTAAGGAATCTTGCCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCTGGGAATGGGGAGAAGAGATATTCGTAAGGAATCTTGCCATC  749

seq1  TGACTAGCTGGGAAACTGGTGCTCAGAGCAGTAAGGAGTCACTTCCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGCTGGGAAACTGGTGCTCAGAGCAGTAAGGAGTCACTTCCTGTG  799

seq1  TGTGTCATGGTGGTAGTGGGACAGGAGCCTTGGGGTTCTTGGTCTCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCATGGTGGTAGTGGGACAGGAGCCTTGGGGTTCTTGGTCTCTTCA  849

seq1  TGCTGATTCCTTGGTCATGTGTATATGTGTAAGCTTGTGTTCTCTCCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATTCCTTGGTCATGTGTATATGTGTAAGCTTGTGTTCTCTCCAGG  899

seq1  ACCCCAAGGACCAGCTTACAATCATGAGCTCTGAGGCCCAAATAGGTCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAAGGACCAGCTTACAATCATGAGCTCTGAGGCCCAAATAGGTCCA  949

seq1  GGTTTGAGTCTCAAATGTGCCACCTATTTTGTGAACTTGGGAAGAGTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAGTCTCAAATGTGCCACCTATTTTGTGAACTTGGGAAGAGTTTT  999

seq1  AAACCCATGGAGGTTTCTGGGAGAATTAGCCCCCTGGAATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCATGGAGGTTTCTGGGAGAATTAGCCCCCTGGAATTC  1041

seq1: chr14_25821965_25823120
seq2: B6Ng01-072B07.g_68_1213

seq1  GAATTCTAGGGCTGCTTCTGCCTCTGCTCTCCCACACAGTGGAATAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGCTGCTTCTGCCTCTGCTCTCCCACACAGTGGAATAACAG  50

seq1  ATGCCCGGCGCTGAGTTCAGCTTTTTAGGTAGGTGCTGAGAATCTGAACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCGGCGCTGAGTTCAGCTTTTTAGGTAGGTGCTGAGAATCTGAACG  100

seq1  TAGGTCCTTCATGGTTGCACAGCAAGCTCTTTATCAACCAAGCCATCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCCTTCATGGTTGCACAGCAAGCTCTTTATCAACCAAGCCATCCTC  150

seq1  CAAGCCCCATGCTTACACTTATGGTTCCACAACTGATTCCTCAGAGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCCATGCTTACACTTATGGTTCCACAACTGATTCCTCAGAGTCTG  200

seq1  TAACACCAGTAAAGGCATCCGGAGTGGGCACAGCACAGTTTCCACAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACCAGTAAAGGCATCCGGAGTGGGCACAGCACAGTTTCCACAGGAT  250

seq1  GGTCTTGTTCAAAGAGTGATATAGGACCCACTGATTCAAGGGGCTAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGTTCAAAGAGTGATATAGGACCCACTGATTCAAGGGGCTAGAGA  300

seq1  ATTTGACTTTGGCTCTTAGTTGGGGCAAATGACAACGACATGCCCTAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACTTTGGCTCTTAGTTGGGGCAAATGACAACGACATGCCCTAGAG  350

seq1  AGCATGTGGGATGGCAGGCATCGGCAAGGCTATCTTTGGAAGGAAGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTGGGATGGCAGGCATCGGCAAGGCTATCTTTGGAAGGAAGAGCT  400

seq1  GCCAAAGGAACATGAAGAAAGCTCATGCCTTTGTGAGGAGGAATGACATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGGAACATGAAGAAAGCTCATGCCTTTGTGAGGAGGAATGACATC  450

seq1  ACCTCCCAGGGCTGAGCCTGTAGGATGAAGTGTATGGGATGCTATCAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCAGGGCTGAGCCTGTAGGATGAAGTGTATGGGATGCTATCAAAT  500

seq1  ACCAGTGTCCAGAACAAACAGAGCAGCTGTGAATGTTATACACTTAGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGTCCAGAACAAACAGAGCAGCTGTGAATGTTATACACTTAGTAG  550

seq1  CTCTGAAAGAGTACAGAAGCAACAAAAGAAAAGAAGCAAACAAAAAGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAAGAGTACAGAAGCAACAAAAGAAAAGAAGCAAACAAAAAGCCC  600

seq1  ATTTTGTATCTTAGAGTTCAGGTCTTTAGAAATTAGTCACAGTCTTTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTATCTTAGAGTTCAGGTCTTTAGAAATTAGTCACAGTCTTTGCA  650

seq1  ACCTATATTTCTCTTTCAGTTGATTAAGGGCCACATAGTAGAGCATCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATATTTCTCTTTCAGTTGATTAAGGGCCACATAGTAGAGCATCTTT  700

seq1  CGTGATTCCCAGGCCTGGCCAGCTTTTGGGGGGCTGCATAGTTGTCCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATTCCCAGGCCTGGCCAGCTTTTGGGGGGCTGCATAGTTGTCCATC  750

seq1  AGTGCTCTGCTTTCCTGGTCTTGCATCTGGCAGGTCGAGTAACACATAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCTGCTTTCCTGGTCTTGCATCTGGCAGGTCGAGTAACACATAGC  800

seq1  AATGTGTAGTGCAGAATCCAAGATCGGCCTGTGTTAGGTTCATGTTAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTAGTGCAGAATCCAAGATCGGCCTGTGTTAGGTTCATGTTAGAC  850

seq1  ATGAGATGTCTAAACCCTGTGTGCTAGTCTAGGCCCAGGAAGGTCTTTTC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGAGATGTCTAAACCCTGTGTGCTAGTCTAGGCCCAGGAAGGTTTTTTC  900

seq1  AAATGCAGCCTTCATGAAATGCCCCACAACCTACCAGGGCAGCAAAGCAT  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AATGCAGCCTTCATGAAATGCCCCACAACCTACCAGGGCAGCAAAGCAT  949

seq1  GCTGAAAACTAACTCACCTTTGACCAATCCACTGTCTCTCTGCCTCACTT  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAAACTAACTCA-CTTTGACCAATCCACTGTCTCTCTGCCTCACTT  998

seq1  TAGTTTCCTGTATGTCCATCCATTCCTTTTCTCTGGCCACCAGCCCACAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||| ||||||||||
seq2  TAGTTTCCTGTATGTCCATCCATTC--TTTCTCCTGCCA-CAGCCCACAT  1045

seq1  GGTTGGGCTG-CACATTCTGGGTCTAGACAGCTGTTGGAATCTAGAAACA  1099
      |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  GGTTGGGCTGCCACA-TCT-GGTCTAGACAGCTGTTGGAATCTAGGAAAA  1093

seq1  CCATTAAAACCAACTTCT-CAACCATACTAGATCT-GTTAGAATTTCCCC  1147
      |||  | ||||| ||||| |||||||||   |||| |||||||||    |
seq2  CCA--ATAACCACCTTCTCCAACCATACAGAATCTGGTTAGAATT----C  1137

seq1  TTTAACCAT  1156
       ||||||||
seq2  CTTAACCAT  1146