BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080G01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 31,469,723 - 31,630,552
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRft1, Sfmbt1
Upstream geneCacna2d3, EG665431, Selk, Actr8, Il17rb, Chdh, Cacna1d, LOC665399, Dcp1a, Tkt, Prkcd, EG665466
Downstream geneTmem110, Mustn1, Itih4, Itih3, Itih1, Nek4, Spcs1, Glt8d1, Gnl3, Pbrm1, EG432834, Nt5dc2, Stab1, Nisch, Tnnc1, Sema3g, Phf7, Bap1, Dnahc1, Capn7, Sh3bp5, Mettl6, Eaf1, Colq, Hacl1, Btd, Ankrd28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080G01.bB6Ng01-080G01.g
ACCDH895535DH895536
length1,1141,079
definitionDH895535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G01, 5' end.DH895536|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,469,723 - 31,470,843)(31,629,469 - 31,630,552)
sequence
gaattctctaggtaggccaggctggtctcaaattcaatgaggtttgccca
cttctaccttgtggatgctgggattaaaggtttgtgccactgtgattagt
ctgctttgttgttgttgatctgcctgtctctgcctcctgagtgctgggat
taaaggcatgtgcaatgactgcctggctaagtgtacaatttgcaatcagt
atatattagtgtacaaaatgatggattttataattgtgtgtgtgtatgga
tttttaaaaatcatcataaaatgtagattccttgagtgtttttcttcagt
cttacgtacttccttaagttataatgctgatatttaagatagctttgcag
cacattttattatgtaatttgtctgagctagccacgatataaattttatt
gcctttattttttcatttaaaaaatgttttctcttctataatcttatttt
agccttgtaatcaaccttataatatctttagcctcatttgacagagaaaa
ttgaagcttaggagaattagaagatgctccatgcatttcagagctaagta
atgggtggagactcagctgaggactttctctaataagactatgaactggc
ttccagccaccaacactgagtgtggaatttggcctgtatatatgaaccta
catgattctaagaggctacagggctttcttcagatagaaaagatcacctc
tgactccacaaacatggggataatcttgccactggagacctgactgttct
gggacactttaggagtagtgttaatgacctggagattttcagaccatggt
agacctgtagtctacactgattgaatcttccaaaatggcagctgtatgaa
tgtataggtaaccatgctcgtgcttaacacagagttgacttgtcatttgt
ggtgaggaagagagacactcactagaaagacttgcatcctagtcagcagc
tccatttgggagcccatttaacgtctcatgggaagatttcttttgtctag
gtggtttcctttattgacagtttgaaagtttcaggtgtgttccttgttag
acgacggtagcagacttcttgtttccatctctttttactatcttattgct
ccagtgtgtattta
gaattcaaagatgatagggctgttttacttttgagacgtggtcttactat
gtagcttggactggcttcaaaatcactatgtagcccaggctagtctccga
cttgtgagcctctatcccaactatccaggtatggggtaacagtcatagat
gttgttgtgtatggagctacatctgtctgccatgactattcgtatttcac
catacctgcattaaaactggtcatcactctagagcctggatattagagat
gatacatttttttaaaagcagcaaatcactattttttaaaagatgagatt
gatcaatacatgcctgaatttaagtcacttagaggatagacttagattct
gagggaacacagccatacccttgtggtgtaggtcatgagtgacaaaagag
aacagtcttttttcttaaaacttgctatttttacctataatgtgcatagt
tctatataaaagagacattgttaatactgtctgtgattacctgatcaagg
aatattcttgccaacggagcacagtcagtggacctgatgaaccgcacgac
atcggccacactccacttcagtgggttactgtccaggtgaagcctttcat
caacttcaatccttatttccttcattcccaagaatgagatcaaaccaagt
ggtgtaagaactcatatactttaaaaatgtctcccaaagaaatgaaaccc
cctccacggcaggcctcagtcctgagactgacattccccactcccgttac
tcgcttgcagactgatttttttaccagcaaagaagacagaagctcacatg
cattagttatttgggaagtttataatacacattttggtatgatcttattt
attgatgttccccatgtgtttctggatgttcctagctgttcttctggtag
gatgctagagcaaatgctatttccaatgagaacaatgaaaaaataattct
tctatgctcctgttaatgggacatttaagttccagtttaaatgtaactta
gttttgttttagagtgatttctgttgccaacacgagcttgactgggtctc
ctgcccactcctagtactgggctacagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_31469723_31470843
seq2: B6Ng01-080G01.b_47_1160

seq1  GAATTCTCTAGGTAGGCCAGGCTGGTCTCAAATTCAATGAGGTTTGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGGTAGGCCAGGCTGGTCTCAAATTCAATGAGGTTTGCCCA  50

seq1  CTTCTACCTTGTGGATGCTGGGATTAAAGGTTTGTGCCACTGTGATTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACCTTGTGGATGCTGGGATTAAAGGTTTGTGCCACTGTGATTAGT  100

seq1  CTGCTTTGTTGTTGTTGATCTGCCTGTCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGTTGTTGTTGATCTGCCTGTCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGAT  150

seq1  TAAAGGCATGTGCAATGACTGCCTGGCTAAGTGTACAATTTGCAATCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCATGTGCAATGACTGCCTGGCTAAGTGTACAATTTGCAATCAGT  200

seq1  ATATATTAGTGTACAAAATGATGGATTTTATAATTGTGTGTGTGTATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTAGTGTACAAAATGATGGATTTTATAATTGTGTGTGTGTATGGA  250

seq1  TTTTTAAAAATCATCATAAAATGTAGATTCCTTGAGTGTTTTTCTTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAATCATCATAAAATGTAGATTCCTTGAGTGTTTTTCTTCAGT  300

seq1  CTTACGTACTTCCTTAAGTTATAATGCTGATATTTAAGATAGCTTTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGTACTTCCTTAAGTTATAATGCTGATATTTAAGATAGCTTTGCAG  350

seq1  CACATTTTATTATGTAATTTGTCTGAGCTAGCCACGATATAAATTTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTTATTATGTAATTTGTCTGAGCTAGCCACGATATAAATTTTATT  400

seq1  GCCTTTATTTTTTCATTTAAAAAATGTTTTCTCTTCTATAATCTTATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTATTTTTTCATTTAAAAAATGTTTTCTCTTCTATAATCTTATTTT  450

seq1  AGCCTTGTAATTAACCTTATAATATCTTTAGCCTCATTTGACAGAGAAAA  500
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGTAATCAACCTTATAATATCTTTAGCCTCATTTGACAGAGAAAA  500

seq1  TTGAAGCTTAGGAGAATTAGAAGATGCTCCATGCATTTCAGAGCTAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTTAGGAGAATTAGAAGATGCTCCATGCATTTCAGAGCTAAGTA  550

seq1  ATGGGTGGAGACTCAGCTGAGGACTTTCTCTAATAAGACTATGAACTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGGAGACTCAGCTGAGGACTTTCTCTAATAAGACTATGAACTGGC  600

seq1  TTCCAGCCACCAACACTGAGTGTGGAATTTGGCCTGTATATATGAACCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCCACCAACACTGAGTGTGGAATTTGGCCTGTATATATGAACCTA  650

seq1  CATGATTCTAAGAGGCTACAGGGCTTTCTTCAGATAGAAAAGATCACCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTCTAAGAGGCTACAGGGCTTTCTTCAGATAGAAAAGATCACCTC  700

seq1  TGACTCCACAAACATGGGGATAATCTTGCCACTGGAGACCTGACTGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCACAAACATGGGGATAATCTTGCCACTGGAGACCTGACTGTTCT  750

seq1  GGGACACTTTAGGAGTAGTGTTAATGACCTGGAGATTTTCAGACCATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACTTTAGGAGTAGTGTTAATGACCTGGAGATTTTCAGACCATGGT  800

seq1  AGACCTGTAGTCTACACTGATTGAATCTTCCAAAATGGCAGCTGTATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGTAGTCTACACTGATTGAATCTTCCAAAATGGCAGCTGTATGAA  850

seq1  TGTATAGGTAACCATGCTCGTGCTTAACACAGAGTTGACTTGTCATTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGGTAACCATGCTCGTGCTTAACACAGAGTTGACTTGTCATTTGT  900

seq1  GGTGAGGAAGAGAGAACACTCACTAGAAAGACTTGCATCCTAGTCAGCAG  950
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGAAGAGAG-ACACTCACTAGAAAGACTTGCATCCTAGTCAGCAG  949

seq1  CTCCATTTGGGAGCCCCATTTAACGTCTCATGGGAAGATCTC-TTTGTCT  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  CTCCATTTGGGAG-CCCATTTAACGTCTCATGGGAAGATTTCTTTTGTCT  998

seq1  AGGTGGTTTTCTTTAATGGACAGGTTTGAAAGTTTCAGGGTGTG-TCCTT  1048
      ||||||||| |||| || |||| |||||||||||||| |||||| |||||
seq2  AGGTGGTTTCCTTT-ATTGACA-GTTTGAAAGTTTCA-GGTGTGTTCCTT  1045

seq1  GTTAGACGACTGTAGCAGGACTCTGTTTTCCCACTCTCTTTTTACATTAT  1098
      |||||||||| |||||||   |||  |||||   |||||||||||  |||
seq2  GTTAGACGACGGTAGCAGACTTCTTGTTTCC--ATCTCTTTTTAC--TAT  1091

seq1  CTTATTGCTCCAGTTGTTATTTA  1121
      ||||||||||||||   ||||||
seq2  CTTATTGCTCCAGTGTGTATTTA  1114

seq1: chr14_31629469_31630552
seq2: B6Ng01-080G01.g_69_1147 (reverse)

seq1  TCCTGTAGCCCCAGTACTTGGGAGGTGGGGCAGGAGACCAGTTCAAAGCT  50
      |||||||| |||||||| | ||||   ||||||||||||   || |||||
seq2  TCCTGTAG-CCCAGTAC-TAGGAG--TGGGCAGGAGACCCAGTC-AAGCT  45

seq1  CGTGTGGGCAACAGGAAATCACTCTAAAACAAAACTAAGTTACATTTTAA  100
      ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CGTGTTGGCAACA-GAAATCACTCTAAAACAAAACTAAGTTACA-TTTAA  93

seq1  ACTGGACTTTAAATGTCCCATTAACAGGAGCAATAGAAGATTTA-TTTTT  149
      ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||
seq2  ACTGGAACTTAAATGTCCCATTAACAGGAGC-ATAGAAGAATTATTTTTT  142

seq1  CA-TGTTCTCATTGGAAATAGCATTTGCTCTAGCATCCTACCAG-AGAAC  197
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATTGTTCTCATTGGAAATAGCATTTGCTCTAGCATCCTACCAGAAGAAC  192

seq1  AGCTAGGAACATCCAGAAACACATGGGGAACATCAATAAATAAGATCATA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGAACATCCAGAAACACATGGGGAACATCAATAAATAAGATCATA  242

seq1  -CAAAATGTGTATTATAAACTTCCCAAATAACTAATGCATGTGAGCTTCT  296
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAAAATGTGTATTATAAACTTCCCAAATAACTAATGCATGTGAGCTTC-  291

seq1  TGTCTTCTTTGCTGGTAAAAAAATCAGTCTGCAAGCGAGTAACGGGAGTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTTTGCTGGTAAAAAAATCAGTCTGCAAGCGAGTAACGGGAGTG  341

seq1  GGGAATGTCAGTCTCAGGACTGAGGCCTGCCGTGGAGGGGGTTTCATTTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGTCAGTCTCAGGACTGAGGCCTGCCGTGGAGGGGGTTTCATTTC  391

seq1  TTTGGGAGACATTTTTAAAGTATATGAGTTCTTACACCACTTGGTTTGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAGACATTTTTAAAGTATATGAGTTCTTACACCACTTGGTTTGAT  441

seq1  CTCATTCTTGGGAATGAAGGAAATAAGGATTGAAGTTGATGAAAGGCTTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCTTGGGAATGAAGGAAATAAGGATTGAAGTTGATGAAAGGCTTC  491

seq1  ACCTGGACAGTAACCCACTGAAGTGGAGTGTGGCCGATGTCGTGCGGTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGACAGTAACCCACTGAAGTGGAGTGTGGCCGATGTCGTGCGGTTC  541

seq1  ATCAGGTCCACTGACTGTGCTCCGTTGGCAAGAATATTCCTTGATCAGGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTCCACTGACTGTGCTCCGTTGGCAAGAATATTCCTTGATCAGGT  591

seq1  AATCACAGACAGTATTAACAATGTCTCTTTTATATAGAACTATGCACATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACAGACAGTATTAACAATGTCTCTTTTATATAGAACTATGCACATT  641

seq1  ATAGGTAAAAATAGCAAGTTTTAAGAAAAAAGACTGTTCTCTTTTGTCAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTAAAAATAGCAAGTTTTAAGAAAAAAGACTGTTCTCTTTTGTCAC  691

seq1  TCATGACCTACACCACAAGGGTATGGCTGTGTTCCCTCAGAATCTAAGTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCTACACCACAAGGGTATGGCTGTGTTCCCTCAGAATCTAAGTC  741

seq1  TATCCTCTAAGTGACTTAAATTCAGGCATGTATTGATCAATCTCATCTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTCTAAGTGACTTAAATTCAGGCATGTATTGATCAATCTCATCTTT  791

seq1  TAAAAAATAGTGATTTGCTGCTTTTAAAAAAATGTATCATCTCTAATATC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATAGTGATTTGCTGCTTTTAAAAAAATGTATCATCTCTAATATC  841

seq1  CAGGCTCTAGAGTGATGACCAGTTTTAATGCAGGTATGGTGAAATACGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTAGAGTGATGACCAGTTTTAATGCAGGTATGGTGAAATACGAA  891

seq1  TAGTCATGGCAGACAGATGTAGCTCCATACACAACAACATCTATGACTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGGCAGACAGATGTAGCTCCATACACAACAACATCTATGACTGT  941

seq1  TACCCCATACCTGGATAGTTGGGATAGAGGCTCACAAGTCGGAGACTAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCATACCTGGATAGTTGGGATAGAGGCTCACAAGTCGGAGACTAGC  991

seq1  CTGGGCTACATAGTGATTTTGAAGCCAGTCCAAGCTACATAGTAAGACCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTACATAGTGATTTTGAAGCCAGTCCAAGCTACATAGTAAGACCA  1041

seq1  CGTCTCAAAAGTAAAACAGCCCTATCATCTTTGAATTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCAAAAGTAAAACAGCCCTATCATCTTTGAATTC  1079