BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104C06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 5,159,339 - 5,305,213
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930555G01Rik, EG666772, LOC666765, LOC100041401, LOC100041105, EG666750
Upstream geneLOC100041054, LOC666442, LOC100040793, LOC100041076, LOC100040801, LOC666336, LOC100041100, LOC100040808, LOC100041119, 2610042L04Rik, LOC100041139, LOC100041151, LOC100041177, LOC100041162, LOC100040889, LOC100040900, LOC100040917, LOC100040928, EG666560, LOC666555, EG666549, LOC100041262, LOC665981, LOC100041283, LOC100040996, LOC673676, LOC100041007, LOC100041317, LOC100041306, LOC100041024, LOC100041336, EG666815, LOC666808, EG666800, LOC100041374
Downstream geneLOC666743, LOC100041447, LOC673138, LOC666740, LOC641258, LOC673685, LOC100041158, LOC100041501, LOC100041515, LOC100041184, EG666706, LOC100041195, LOC100041545, LOC100041565, LOC100041215, LOC100041226, ENSMUSG00000057445, LOC100041598, LOC100041243, EG666684, LOC100041268, LOC100041279, LOC100041651, LOC100041287, LOC100041299, LOC666637, EG622640, LOC100041333, LOC100041678, LOC100041702, LOC100041363
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104C06.bB6Ng01-104C06.g
ACCDH912526DH912527
length1,1191,095
definitionDH912526|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104C06, 5' end.DH912527|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,304,086 - 5,305,213)(5,159,339 - 5,160,456)
sequence
gaattctttgtttagttttgagccccatttttaatggggttatttgatct
tctggagtccaccttcttgagttctttagatatacattggatattagtcc
cctatctgatttaggggcaagtggaaatttttaaacagtgcagagtggta
agtgataaccaagactaagcagagaagaaaaagctccatggaaccatact
gtgctttaattcatgtaataactgtttgagggtccagttaaatggtacaa
tgggtaaatgtgccactcgccaaacatgattacttgagtttgatcttggg
tccacatggtagaagaaccaaatcctgaaataatcctccagcctcagcac
ttgttgaccctgcaagttactacctgcctgtaaagatatgcttctcagtg
ctacatagcatgattattgtaggcgctattaactgctttgtatatggatt
tgaaaagttagcaagcaatgcctcaccagtgatttagattaagagctggt
gactgaggaaatctgtggttgtggtgattgaatatgagaatctctctaat
tctaaaagattggaacttttgctggatatcaattgtacatgtattctaat
gattaagaagaaatagaagttactgtaaactctgactttcattttgtaaa
tttctatacttgcatacattttatatgtctgtatactaaaaatttatgca
aatcacaaactagaaataaaatatcaatgtttgttaagagaattcagata
caatccctttggattgcattttgctcaatgagctgcaaagtcagtacctc
aaaggcataggaataaaaagaaggatgcaacttttagaataagtataacc
ttctcaagcataaccagtattaacccatgaaggctgacattctcctgttg
gaataagtgctttaacagtgagctgcatcttcaactctaaatctaatgcc
attttcaaccactattagcaaatttatagtacttcatagaaatccatact
accatatagaaacactagcatctcctcttttgataaacagcaagggttgt
aaattctataattatagatgcaagtgacatgaaaactaagtggatcctag
cacacttaatgcacatgtg
gaattcccatagctgtggagcaaaccatgcctgttaaaggagcccattga
gggtcttgataatctaaagtactcacactatcttatctgtgtagcattta
gcatgactgttcttcaacatcattttctcagagttaaaatcagccttagt
gggggttgggagaaatgaggaccttcagacagttctggtagtataaaatt
gcttatgtctgttagaggccatgttcagaaagtggaaaagaagtccactt
tgacccagtgcttccagaacaaggaggagttatccacagagtttagggcg
ttcagggttgtagtggtcctcagagcagccctgaaggagaagctatcctg
atgtccatctgctgaaggatgaaaaggccctatgtggtacagcccttcca
tgaactcagtgtgtgataatccatgcaagcttttgtccttcaaattgtca
gccttatcctactcaaaatagctctgacacagtcacattctagggagaaa
aatattcctttgcatcctggttatagacagttcctattactctgggctca
tacctttggacaccaagtcagtcaggtgatggaaaagggagatcctattg
gaagaaactgtttactttgggacaagtctgaaacaatgagcaacaacaag
agactggtccatcaccaacatgtgagcctaggctgggaaacaaacctatt
ctacacagccttgggaacttgctgagccagattggataataggacaaaga
accctgaatccccagactggtatatgagtggaaagcatatcactgactgt
gttgcctatatgctatgcccactaagtacctttcccattcaagatttgtt
ttatgcctccaaagtgtcctgggagattttatattagtattaaccgggaa
actaaacaggtcactgcagtacatatgcttgtattgcataaatacaaata
tatgtgcgtttgaggtgtaactacaatagttacaaggtgtttttctgttt
ctcatgacatcactttaaggtcagtgccagcttggatattttaattagca
agtttgcaaactgcacctatgaatactctggctttgtgttgatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_5304086_5305213
seq2: B6Ng01-104C06.b_48_1166 (reverse)

seq1  CACATGTGCATT-AGTGTGCTAGGGATCCACCTTTAGTTTTCATGTCACT  49
      |||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| 
seq2  CACATGTGCATTAAGTGTGCTA-GGATCCAC--TTAGTTTTCATGTCAC-  46

seq1  TTGCATCTATAATTATTAGAATTTACAACCCTTTGCTGTTTATCAAAAGA  99
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCTATAATTA-TAGAATTTACAACCC-TTGCTGTTTATCAAAAGA  94

seq1  -GAGATGCTAGTGTTTCTTAATATGGTTAGTATGGATTTCTATTGAAGTA  148
       |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  GGAGATGCTAGTGTTTCT--ATATGG-TAGTATGGATTTCTA-TGAAGTA  140

seq1  CTATAAATTTGCTAATAGTGGTTGAAAATGGCATTAGATTTTAGAGTTGA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTATAAATTTGCTAATAGTGGTTGAAAATGGCATTAGA-TTTAGAGTTGA  189

seq1  AGATGCAGCTCACTGTTAAAGCACTTATTCCAACAGGAGAATGTCAGCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGCTCACTGTTAAAGCACTTATTCCAACAGGAGAATGTCAGCCT  239

seq1  TCATGGGTTAATACTGGTTATGCTTGAGAAGGTTATACTTATTCTAAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGTTAATACTGGTTATGCTTGAGAAGGTTATACTTATTCTAAAAG  289

seq1  TTGCATCCTTCTTTTTATTCCTATGCCTTTGAGGTACTGACTTTGCAGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCCTTCTTTTTATTCCTATGCCTTTGAGGTACTGACTTTGCAGCT  339

seq1  CATTGAGCAAAATGCAATCCAAAGGGATTGTATCTGAATTCTCTTAACAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGCAAAATGCAATCCAAAGGGATTGTATCTGAATTCTCTTAACAA  389

seq1  ACATTGATATTTTATTTCTAGTTTGTGATTTGCATAAATTTTTAGTATAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGATATTTTATTTCTAGTTTGTGATTTGCATAAATTTTTAGTATAC  439

seq1  AGACATATAAAATGTATGCAAGTATAGAAATTTACAAAATGAAAGTCAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATATAAAATGTATGCAAGTATAGAAATTTACAAAATGAAAGTCAGA  489

seq1  GTTTACAGTAACTTCTATTTCTTCTTAATCATTAGAATACATGTACAATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACAGTAACTTCTATTTCTTCTTAATCATTAGAATACATGTACAATT  539

seq1  GATATCCAGCAAAAGTTCCAATCTTTTAGAATTAGAGAGATTCTCATATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCCAGCAAAAGTTCCAATCTTTTAGAATTAGAGAGATTCTCATATT  589

seq1  CAATCACCACAACCACAGATTTCCTCAGTCACCAGCTCTTAATCTAAATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACCACAACCACAGATTTCCTCAGTCACCAGCTCTTAATCTAAATC  639

seq1  ACTGGTGAGGCATTGCTTGCTAACTTTTCAAATCCATATACAAAGCAGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGAGGCATTGCTTGCTAACTTTTCAAATCCATATACAAAGCAGTT  689

seq1  AATAGCGCCTACAATAATCATGCTATGTAGCACTGAGAAGCATATCTTTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCGCCTACAATAATCATGCTATGTAGCACTGAGAAGCATATCTTTA  739

seq1  CAGGCAGGTAGTAACTTGCAGGGTCAACAAGTGCTGAGGCTGGAGGATTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGTAGTAACTTGCAGGGTCAACAAGTGCTGAGGCTGGAGGATTA  789

seq1  TTTCAGGATTTGGTTCTTCTACCATGTGGACCCAAGATCAAACTCAAGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGATTTGGTTCTTCTACCATGTGGACCCAAGATCAAACTCAAGTA  839

seq1  ATCATGTTTGGCGAGTGGCACATTTACCCATTGTACCATTTAACTGGACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTTTGGCGAGTGGCACATTTACCCATTGTACCATTTAACTGGACC  889

seq1  CTCAAACAGTTATTACATGAATTAAAGCACAGTATGGTTCCATGGAGCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACAGTTATTACATGAATTAAAGCACAGTATGGTTCCATGGAGCTT  939

seq1  TTTCTTCTCTGCTTAGTCTTGGTTATCACTTACCACTCTGCACTGTTTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTCTGCTTAGTCTTGGTTATCACTTACCACTCTGCACTGTTTAA  989

seq1  AAATTTCCACTTGCCCCTAAATCAGATAGGGGACTAATATCCAATGTATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCACTTGCCCCTAAATCAGATAGGGGACTAATATCCAATGTATA  1039

seq1  TCTAAAGAACTCAAGAAGGTGGACTCCAGAAGATCAAATAACCCCATTAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAACTCAAGAAGGTGGACTCCAGAAGATCAAATAACCCCATTAA  1089

seq1  AAATGGGGCTCAAAACTAAACAAAGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGGCTCAAAACTAAACAAAGAATTC  1119

seq1: chr14_5159339_5160456
seq2: B6Ng01-104C06.g_68_1162

seq1  GAATTCCCATAGCTGTGGAGCAAACCATGCCTGTTAAAGGAGCCCATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATAGCTGTGGAGCAAACCATGCCTGTTAAAGGAGCCCATTGA  50

seq1  GGGTCTTGATAATCTAAAGTACTCACACTATCTTATCTGTGTAGCATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTGATAATCTAAAGTACTCACACTATCTTATCTGTGTAGCATTTA  100

seq1  GCATGACTGTTCTTCAACATCATTTTCTCAGAGTTAAAATCAGCCTTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGACTGTTCTTCAACATCATTTTCTCAGAGTTAAAATCAGCCTTAGT  150

seq1  GGGGGTTGGGAGAAATGAGGACCTTCAGACAGTTCTGGTAGTATAAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTTGGGAGAAATGAGGACCTTCAGACAGTTCTGGTAGTATAAAATT  200

seq1  GCTTATGTCTGTTAGAGGCCATGTTCAGAAAGTGGAAAAGAAGTCCACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGTCTGTTAGAGGCCATGTTCAGAAAGTGGAAAAGAAGTCCACTT  250

seq1  TGACCCAGTGCTTCCAGAACAAGGAGGAGTTATCCACAGAGTTTAGGGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGTGCTTCCAGAACAAGGAGGAGTTATCCACAGAGTTTAGGGCG  300

seq1  TTCAGGGTTGTAGTGGTCCTCAGAGCAGCCCTGAAGGAGAAGCTATCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGTTGTAGTGGTCCTCAGAGCAGCCCTGAAGGAGAAGCTATCCTG  350

seq1  ATGTCCATCTGCTGAAGGATGAAAAGGCCCTATGTGGTACAGCCCTTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCATCTGCTGAAGGATGAAAAGGCCCTATGTGGTACAGCCCTTCCA  400

seq1  TGAACTCAGTGTGTGATAATCCATGCAAGCTTTTGTCCTTCAAATTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAGTGTGTGATAATCCATGCAAGCTTTTGTCCTTCAAATTGTCA  450

seq1  GCCTTATCCTACTCAAAATAGCTCTGACACAGTCACATTCTAGGGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATCCTACTCAAAATAGCTCTGACACAGTCACATTCTAGGGAGAAA  500

seq1  AATATTCCTTTGCATCCTGGTTATAGACAGTTCCTATTACTCTGGGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCCTTTGCATCCTGGTTATAGACAGTTCCTATTACTCTGGGCTCA  550

seq1  TACCTTTGGACACCAAGTCAGTCAGGTGATGGAAAAGGGAGATCCTATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTGGACACCAAGTCAGTCAGGTGATGGAAAAGGGAGATCCTATTG  600

seq1  GAAGAAACTGTTTACTTTGGGACAAGTCTGAAACAATGAGCAACAACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAACTGTTTACTTTGGGACAAGTCTGAAACAATGAGCAACAACAAG  650

seq1  AGACTGGTCCATCACCAACATGTGAGCCTAGGCTGGGAAACAAACCTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGTCCATCACCAACATGTGAGCCTAGGCTGGGAAACAAACCTATT  700

seq1  CTACACAGCCTTGGGAACTTGCTGAGCCAGATTGGATAATAGGAC-AAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTACACAGCCTTGGGAACTTGCTGAGCCAGATTGGATAATAGGACAAAGA  750

seq1  ACCCTGAAT-CCCAGACTGGTATATGAGTGGAAAGCATATCACTGACTGT  798
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGAATCCCCAGACTGGTATATGAGTGGAAAGCATATCACTGACTGT  800

seq1  GTTGCCTATATGCTATGCCCACTAAGTACCTTTCCCATTCAAGATTTGTT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTTGCCTATATGCTATGCCCACTAAGTACCTTTCCCATTCAAGATTTG-T  849

seq1  TTTATGCCTCCAAAGTGTCCTGGGAGATTTTTATATTAGTATTAACCGGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCCTCCAAAGTGTCCTGGGAGA-TTTTATATTAGTATTAACCGGG  898

seq1  AAACTAAACAGGTCACTGCAGTACAATATGCTTGTATTGCATAAATACAA  948
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAACAGGTCACTGCAGTAC-ATATGCTTGTATTGCATAAATACAA  947

seq1  ATATTATGTGCGTTTGAGGGTGTAACCTACAATAGTCACAGGGGTGTTTT  998
      ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||  ||||||||
seq2  ATA-TATGTGCGTTTGA-GGTGTAA-CTACAATAGTTACA-AGGTGTTTT  993

seq1  TCTGTTTCTTCATGACCATCACTTTTAAGGTTCAGTGCCAGGCCTTGTGA  1048
      |||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||  ||  || 
seq2  TCTGTTTC-TCATGA-CATCAC-TTTAAGG-TCAGTGCCAG--CT--TGG  1035

seq1  ATATTTTTATTTAGCAAAGTTTTGCAGATACTGCAACCTATGAAATACCC  1098
      ||| ||||| |||||||   |||||  | ||||| ||||||| ||||| |
seq2  ATA-TTTTAATTAGCAA--GTTTGC--AAACTGC-ACCTATG-AATACTC  1078

seq1  ATGGGTTTTGTGTTGTATGG  1118
         || ||||||||| ||||
seq2  --TGGCTTTGTGTTG-ATGG  1095