BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104L09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,606,661 - 24,807,182
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24, LOC669315
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104L09.bB6Ng01-104L09.g
ACCDH912928DH912929
length1,0551,112
definitionDH912928|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104L09, 5' end.DH912929|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,806,119 - 24,807,182)(24,606,661 - 24,607,774)
sequence
gaattccataataccaggattgaaatggatctgaagtgctggtcacatct
cttaaattcatgagctgtgttgtcagaaaatggggcatgccccctttctc
taccttcaataagtgggtgtactgtatgcagttatgcaggttcacctcca
gagctggtgtgagacttagatcatataacacatagttgtgtttgacaatc
taaggcccacatgccaacccctgtgtcacagggtccatagaagcacaaaa
taaatatttgggtgagttttgagcatgtgtccttcaattggattaagcat
aagatacataattcaaacatgtttttaaaaggttgagatagaggttggaa
gttattaaaattcattctgttcaagcatgagggcctgagtttgagacccc
agaacatacatgaacgctaagtatggtcacacttgcctgtaacctcagtg
ctgggaggcagagataggtggattggccagccagccgaggtggagctatg
agattaccctagcaaatgaaaaaaggcagaaaagtaattggggaaaacac
tcggttgctgatttttgtgggccacctacagacaagtattccacacacat
gtgcatatgcataagccatgcatcccaaacacacatacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacagacacacacagacacagactc
acacacactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacga
gcacggggaagcagtaaagttggatgacacttaccacccaagccttcctg
ttaagccacagagataacagagctgcagatcctgatgtggaatggtgccc
actattctctcatctctgggtgctacctgatttctctcgactctgttctt
tccttcaatcccacgggtcttgggacttgactcacactgatgggctggtg
gccaacgcttttacctgcgaggatccccactggctctcctctttcaagtc
tgaaactctggcgatggaagggaagccatcactgaaatataaaatctgag
ttctt
gaattcagtccctactttgagatcagggcatagatgacagcctaaggaag
ttcaaagacagttaattagtaccctcagttcttttgaaaattattaaaga
gtccagaattagaaattcagatttcctccagactccggagaacaaacacc
tctcctctaaatggcttaatgtgtctgtttaatgtacacaaaattatctt
gcaggaagtgggggctgtttctcctgtcacttcacatttccagactatac
tacctttggcaaaaggaggaggaatccaagtctgggaaaattaaattcca
cagcagaaattattaggaccagaggctgtagcagacacaaacctagatga
aagagaaataaattcttaccccccaccccccactccagttccaccttcat
ctctccatcttagtccagggcgaaagaaaaagaagcttttataaattttt
gagtgtcttgctgagttttgtctacaaggtctattcaatagtatagccat
gagcctcagtgtgcagctcccttcaggccaggggactatggaaactggct
tcctgtgctcaaactctcagggggaaaaacctgagaaggtgaactgacaa
agagtaatgcttcatcactgaggaccagggaaggacaagccttcctccca
agaatgtggacatcctttgcttaggatcatgttaattaaattggaaacac
ttgaaatagtccactgagggcgtgtggcagttgtttttcttcagctcatc
taggaagttaactcgaagcttcatttgggaaacgactgcaatctgaatgt
catggatcacccacagcgtttgggtaccctcacataactttgggaggtag
cctgcgtagggttttcattttttgtttggtagccccctgagtcttgctac
cttactccacattaacggatcctcactcctttctgcttctggcagtcatt
cttttagtaacatgccacttatggaatcattcatacatgcaaggatagag
gagttctgtttctgaaacagaaaaaaaaaaatgaccttcaaacctaccta
ggtgggtagagagggacatctgtcatctggggtttctaagcaaagctggg
ggaaggacatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24806119_24807182
seq2: B6Ng01-104L09.b_43_1097 (reverse)

seq1  AAGAACTCAGATCTATCTATTTCACGTGCATGGCTTCCCTTCCATCGCCA  50
      |||||||||||| | | ||||||| ||| |||||||||||||||||||| 
seq2  AAGAACTCAGAT-TTTATATTTCA-GTG-ATGGCTTCCCTTCCATCGCC-  46

seq1  AGAGTCTCAGACTTTGAAAGAGAGGAGCCAGTGAGGATCCTCAGCAGGT-  99
      ||||| |||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| 
seq2  AGAGTTTCAGAC-TTGAAAGAGGAGAGCCAGTGGGGATCCTC-GCAGGTA  94

seq1  AAAGCGTTTGCCACCAAGCCCATCAGTGTGAGTTCAAGTCCCAAGACCCG  149
      |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAGCGTTGGCCACC-AGCCCATCAGTGTGAG-TCAAGTCCCAAGACCCG  142

seq1  TGGGATAGAAGGAAAGAACAGAGTTCGAGAGAGACTCAGGTAGCACCCAG  199
      |||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||
seq2  TGGGATTGAAGGAAAGAACAGAG-TCGAGAGA-AATCAGGTAGCACCCAG  190

seq1  AGATGAGAGAATAGTGGGCACCATTCCACATCAGGATCTGCAGCTCTGTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGAGAATAGTGGGCACCATTCCACATCAGGATCTGCAGCTCTGTT  240

seq1  ATCTCTGTGGCTTAACAGGAAGGCTTGGGTGGTAAGTGTCATCCAACTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGTGGCTTAACAGGAAGGCTTGGGTGGTAAGTGTCATCCAACTTT  290

seq1  ACTGCTTCCCCGTGCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCCCCGTGCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  340

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTG  399
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGTGTGTGTGAGTCTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTG  390

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTTTGGGATGCATGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTTTGGGATGCATGG  440

seq1  CTTATGCATATGCACATGTGTGTGGAATACTTGTCTGTAGGTGGCCCACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCATATGCACATGTGTGTGGAATACTTGTCTGTAGGTGGCCCACA  490

seq1  AAAATCAGCAACCGAGTGTTTTCCCCAATTACTTTTCTGCCTTTTTTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGCAACCGAGTGTTTTCCCCAATTACTTTTCTGCCTTTTTTCAT  540

seq1  TTGCTAGGGTAATCTCATAGCTCCACCTCGGCTGGCTGGCCAATCCACCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGGGTAATCTCATAGCTCCACCTCGGCTGGCTGGCCAATCCACCT  590

seq1  ATCTCTGCCTCCCAGCACTGAGGTTACAGGCAAGTGTGACCATACTTAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGCCTCCCAGCACTGAGGTTACAGGCAAGTGTGACCATACTTAGC  640

seq1  GTTCATGTATGTTCTGGGGTCTCAAACTCAGGCCCTCATGCTTGAACAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTATGTTCTGGGGTCTCAAACTCAGGCCCTCATGCTTGAACAGA  690

seq1  ATGAATTTTAATAACTTCCAACCTCTATCTCAACCTTTTAAAAACATGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTTAATAACTTCCAACCTCTATCTCAACCTTTTAAAAACATGTT  740

seq1  TGAATTATGTATCTTATGCTTAATCCAATTGAAGGACACATGCTCAAAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTATGTATCTTATGCTTAATCCAATTGAAGGACACATGCTCAAAAC  790

seq1  TCACCCAAATATTTATTTTGTGCTTCTATGGACCCTGTGACACAGGGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAAATATTTATTTTGTGCTTCTATGGACCCTGTGACACAGGGGTT  840

seq1  GGCATGTGGGCCTTAGATTGTCAAACACAACTATGTGTTATATGATCTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGGGCCTTAGATTGTCAAACACAACTATGTGTTATATGATCTAA  890

seq1  GTCTCACACCAGCTCTGGAGGTGAACCTGCATAACTGCATACAGTACACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACACCAGCTCTGGAGGTGAACCTGCATAACTGCATACAGTACACC  940

seq1  CACTTATTGAAGGTAGAGAAAGGGGGCATGCCCCATTTTCTGACAACACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATTGAAGGTAGAGAAAGGGGGCATGCCCCATTTTCTGACAACACA  990

seq1  GCTCATGAATTTAAGAGATGTGACCAGCACTTCAGATCCATTTCAATCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGAATTTAAGAGATGTGACCAGCACTTCAGATCCATTTCAATCCT  1040

seq1  GGTATTATGGAATTC  1064
      |||||||||||||||
seq2  GGTATTATGGAATTC  1055

seq1: chr14_24606661_24607774
seq2: B6Ng01-104L09.g_72_1183

seq1  GAATTCAGTCCCTACTTTGAGATCAGGGCATAGATGACAGCCTAAGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCCTACTTTGAGATCAGGGCATAGATGACAGCCTAAGGAAG  50

seq1  TTCAAAGACAGTTAATTAGTACCCTCAGTTCTTTTGAAAATTATTAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGACAGTTAATTAGTACCCTCAGTTCTTTTGAAAATTATTAAAGA  100

seq1  GTCCAGAATTAGAAATTCAGATTTCCTCCAGACTCCGGAGAACAAACACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAATTAGAAATTCAGATTTCCTCCAGACTCCGGAGAACAAACACC  150

seq1  TCTCCTCTAAATGGCTTAATGTGTCTGTTTAATGTACACAAAATTATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTAAATGGCTTAATGTGTCTGTTTAATGTACACAAAATTATCTT  200

seq1  GCAGGAAGTGGGGGCTGTTTCTCCTGTCACTTCACATTTCCAGACTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGTGGGGGCTGTTTCTCCTGTCACTTCACATTTCCAGACTATAC  250

seq1  TACCTTTGGCAAAAGGAGGAGGAATCCAAGTCTGGGAAAATTAAATTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTGGCAAAAGGAGGAGGAATCCAAGTCTGGGAAAATTAAATTCCA  300

seq1  CAGCAGAAATTATTAGGACCAGAGGCTGTAGCAGACACAAACCTAGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAAATTATTAGGACCAGAGGCTGTAGCAGACACAAACCTAGATGA  350

seq1  AAGAGAAATAAATTCTTACCCCCCACCCCCCACTCCAGTTCCACCTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAATAAATTCTTACCCCCCACCCCCCACTCCAGTTCCACCTTCAT  400

seq1  CTCTCCATCTTAGTCCAGGGCGAAAGAAAAAGAAGCTTTTATAAATTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATCTTAGTCCAGGGCGAAAGAAAAAGAAGCTTTTATAAATTTTT  450

seq1  GAGTGTCTTGCTGAGTTTTGTCTACAAGGTCTATTCAATAGTATAGCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTTGCTGAGTTTTGTCTACAAGGTCTATTCAATAGTATAGCCAT  500

seq1  GAGCCTCAGTGTGCAGCTCCCTTCAGGCCAGGGGACTATGGAAACTGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCAGTGTGCAGCTCCCTTCAGGCCAGGGGACTATGGAAACTGGCT  550

seq1  TCCTGTGCTCAAACTCTCAGGGGGAAAAACCTGAGAAGGTGAACTGACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCTCAAACTCTCAGGGGGAAAAACCTGAGAAGGTGAACTGACAA  600

seq1  AGAGTAATGCTTCATCACTGAGGACCAGGGAAGGACAAGCCTTCCTCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAATGCTTCATCACTGAGGACCAGGGAAGGACAAGCCTTCCTCCCA  650

seq1  AGAATGTGGACATCCTTTGCTTAGGATCATGTTAATTAAATTGGAAACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGGACATCCTTTGCTTAGGATCATGTTAATTAAATTGGAAACAC  700

seq1  TTGAAATAGTCCACTGAGGGCGTGTGGCAGTTGTTTTTCTTCAGCTCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATAGTCCACTGAGGGCGTGTGGCAGTTGTTTTTCTTCAGCTCATC  750

seq1  TAGGAAGTTAACTCGAAGCTTCATTTGGGAAACGACTGCAATCTGAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGTTAACTCGAAGCTTCATTTGGGAAACGACTGCAATCTGAATGT  800

seq1  CATGGATCACCCACAGCG-TTGGGTACCCTCACATAACTTTGGGAGGTAG  849
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATCACCCACAGCGTTTGGGTACCCTCACATAACTTTGGGAGGTAG  850

seq1  CCTGCGTAGGG-TTTCATTTTTTGTTTGGTAGCCCCCTGAGTC-TGCTAC  897
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTGCGTAGGGTTTTCATTTTTTGTTTGGTAGCCCCCTGAGTCTTGCTAC  900

seq1  CTTACTCCACATTAACGGATCCTCACTCCTTCCTGCCTCTGGCAGTCATT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  CTTACTCCACATTAACGGATCCTCACTCCTTTCTGCTTCTGGCAGTCATT  950

seq1  CTTTTAAGTAAACATGCCACTTAT-GAAACATTCATACATGCAAAGATAG  996
      ||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||
seq2  CTTTT-AGT-AACATGCCACTTATGGAATCATTCATACATGCAAGGATAG  998

seq1  AGAAGTTCCTGTCTCTGAAACAGAAAAAAAAAAATGACCTTCAAAAACTA  1046
      || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  AGGAGTT-CTGTTTCTGAAACAGAAAAAAAAAAATGACCTTC-AAACCTA  1046

seq1  CCCAGGT-GGTAGAGAGGGACATCTGTCATCTGGGGTCTCCTAAAGCAAA  1095
      || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||
seq2  CCTAGGTGGGTAGAGAGGGACATCTGTCATCTGGGGTTTC--TAAGCAAA  1094

seq1  GGCTGGTGGAAGGACATCC  1114
       ||||| ||||||||||||
seq2  -GCTGGGGGAAGGACATCC  1112