BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109A15
Chromosome14 (Build37)
Map Location 105,013,369 - 105,165,766
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD130009I18Rik
Upstream geneLOC100043448, Slain1, Ednrb, Pou4f1, 2610206B13Rik
Downstream geneLOC435420, Rbm26, LOC621103, LOC100043466, Ndfip2, LOC620376
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109A15.bB6Ng01-109A15.g
ACCDH916060DH916061
length1,1741,041
definitionDH916060|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109A15, 5' end.DH916061|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109A15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,013,369 - 105,014,548)(105,164,726 - 105,165,766)
sequence
gaattctttaaaaacacaaatccataaagtaccacatgagttttctgttc
tacttcaaaatgtcatggatttggactagcatgtgtccaaatccttcctt
ggttgtttcaaaatacaagcaaccttctagaaaatacaagctaaccttca
gtgtagctgctctgattttctctttaaatttttctaattagttctcaact
ggctgaatggggtcgtctcaagatgtctgaactccagtgcttgtggaaat
gatatttggatgaaggggactttcaaggggctgctgaaccggtgttgtct
ttaattcaatatggctgtgttcttgggaagagtggatgagtacaaacaca
cagaggaagcccatgtgaagacaaaggaagaaaggtgatggaatagagtt
cacatttcaaatgcctgcagaattgtgagggaataaattactgttgctta
aggatccagtgtttgctactgtcttgaaaactagtaaaataacaacacag
aaacaaaaagtttatgttattcaatattttactactcaatgtgtagctca
aaggctaggggtgctgctcagtgctttagttaggggctctcaaccttagt
gttgtgactctttaatacagtttcttatgttgtggtgacatatagtcata
aaattatttcattgctactgttatgagttgtaatgtaaatatctgttttt
cctggtgaccttagataaaccctgttaggttgataaccattggtttaagt
ctttgcctaggatgggcaaggctctgggttcaattctcagactcatgaag
caagaaaaaaaaacaagattatgatgatgttgctgctgataatataataa
taataataataataataataataataataatgcaactttggtccattgat
accaccttggatgtaataagaactctgagactttacccagacttttggga
tctaatcctacattttatatgagcagtggttcattgactccattgtcaaa
acagcgttactactgctgggatgcatggtcctgacaaaacaacttggtgg
aggaaagggtttatttgggctttatgctttttcatacagttcatcctcta
agaagctaggacaggaactaaacagggcttggggtcgatgcaggccatgg
agagaatgcgcgttctggcttgct
gaattccaaaaactgtgctaatttgaatgctaactctgactttaatgaca
aaaaatagcatagatatggggaccagtaagacaaaccatggtagccttta
ggttagttataaatccattaagacttgcctttcagatttatacaaaatga
taataggacattttgagcaggctgaggaaatgaaatctttgtttttggta
ataggtggagcagcgcttatctgtctgtctgtggtttgctatgcctacca
acacagtgctgagggcagtgctccctgctcacttgccaaccaacaaagaa
aacccagtggtccccattctcaaccctatcttcccaatgaccttgacttt
ggtttgtagagcagcatcagcaacagcaatgcattaatctggttttagca
gcctaatcaggtcatgcattcttcctgcctggaaaacctacagcttccca
cacacctcctctttagatatgaagtgagccaatgttatgaaattaagaac
cttgatgtatttgtaatttctgacagaattttggtatcaattaaaaaaaa
ttacctggattttagaatgattatctgcttatatcgtccttctggatttt
atggtacattacgtttatagtctctatttagcttttggttgccttggaag
aataggtttcctttcatcttattaatagaggatggggttagtaatctgaa
tgggacaaataactttttcaaactatttgcttgagttattttattaacag
gaattttgatcttaatttatggcatagtgttactgtattttaatttttta
ttcaattaaagtacaattatatcatttgccccctctctctttcctcataa
acctttcatgtctgctctcccgactcatcccaaatccatagcgtcctcct
ctctaattactatgcatacacacatataaaggaattagcacagaaggcac
ctggtgagtctgtacagccgttacttgcatgtagaatgctgtatgctggc
ccatttagtactgcatagccagtcaagggttagtagctagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_105013369_105014548
seq2: B6Ng01-109A15.b_50_1223

seq1  GAATTCTTTAAAAACACAAATCCATAAAGTACCACATGAGTTTTCTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAAACACAAATCCATAAAGTACCACATGAGTTTTCTGTTC  50

seq1  TACTTCAAAATGTCATGGATTTGGACTAGCATGTGTCCAAATCCTTCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAAAATGTCATGGATTTGGACTAGCATGTGTCCAAATCCTTCCTT  100

seq1  GGTTGTTTCAAAATACAAGCAACCTTCTAGAAAATACAAGCTAACCTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTTCAAAATACAAGCAACCTTCTAGAAAATACAAGCTAACCTTCA  150

seq1  GTGTAGCTGCTCTGATTTTCTCTTTAAATTTTTCTAATTAGTTCTCAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCTGCTCTGATTTTCTCTTTAAATTTTTCTAATTAGTTCTCAACT  200

seq1  GGCTGAATGGGGTCGTCTCAAGATGTCTGAACTCCAGTGCTTGTGGAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAATGGGGTCGTCTCAAGATGTCTGAACTCCAGTGCTTGTGGAAAT  250

seq1  GATATTTGGATGAAGGGGACTTTCAAGGGGCTGCTGAACCGGTGTTGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTGGATGAAGGGGACTTTCAAGGGGCTGCTGAACCGGTGTTGTCT  300

seq1  TTAATTCAATATGGCTGTGTTCTTGGGAAGAGTGGATGAGTACAAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCAATATGGCTGTGTTCTTGGGAAGAGTGGATGAGTACAAACACA  350

seq1  CAGAGGAAGCCCATGTGAAGACAAAGGAAGAAAGGTGATGGAATAGAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAAGCCCATGTGAAGACAAAGGAAGAAAGGTGATGGAATAGAGTT  400

seq1  CACATTTCAAATGCCTGCAGAATTGTGAGGGAATAAATTACTGTTGCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTCAAATGCCTGCAGAATTGTGAGGGAATAAATTACTGTTGCTTA  450

seq1  AGGATCCAGTGTTTGCTACTGTCTTGAAAACTAGTAAAATAACAACACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCAGTGTTTGCTACTGTCTTGAAAACTAGTAAAATAACAACACAG  500

seq1  AAACAAAAAGTTTATGTTATTCAATATTTTACTACTCAATGTGTAGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAGTTTATGTTATTCAATATTTTACTACTCAATGTGTAGCTCA  550

seq1  AAGGCTAGGGGTGCTGCTCAGTGCTTTAGTTAGGGGCTCTCAACCTTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTAGGGGTGCTGCTCAGTGCTTTAGTTAGGGGCTCTCAACCTTAGT  600

seq1  GTTGTGACTCTTTAATACAGTTTCTTATGTTGTGGTGACATATAGTCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGACTCTTTAATACAGTTTCTTATGTTGTGGTGACATATAGTCATA  650

seq1  AAATTATTTCATTGCTACTGTTATGAGTTGTAATGTAAATATCTGTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTTCATTGCTACTGTTATGAGTTGTAATGTAAATATCTGTTTTT  700

seq1  CCTGGTGACCTTAGATAAACCCTGTTAGGTTGATAACCATTGGTTTAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGACCTTAGATAAACCCTGTTAGGTTGATAACCATTGGTTTAAGT  750

seq1  CTTTGCCTAGGATGGGCAAGGCTCTGGGTTCAATTCTCAGACTCATGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTAGGATGGGCAAGGCTCTGGGTTCAATTCTCAGACTCATGAAG  800

seq1  CAAGAAAAAAAAACAAGATTATGATGATGTTGCTGCTGATAATATAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAAAAAAACAAGATTATGATGATGTTGCTGCTGATAATATAATAA  850

seq1  TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGCAAACTTTGGTCCATTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGC-AACTTTGGTCCATTGA  899

seq1  TACCACCTTGGATGTAATAAAGAACTCTGAGACTTTACCCAGACTTTTGG  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCTTGGATGTAAT-AAGAACTCTGAGACTTTACCCAGACTTTTGG  948

seq1  AATCTAATCCTACATTTTATATGAGCAGTGGTTCATTGACTCCCATTGTC  1000
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GATCTAATCCTACATTTTATATGAGCAGTGGTTCATTGACT-CCATTGTC  997

seq1  AAAAACAGCGTTACTACTGCTGGGATGCAATGTCCTGACAAAAACAACTT  1050
       ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||
seq2  -AAAACAGCGTTACTACTGCTGGGATGCATGGTCCTGAC-AAAACAACTT  1045

seq1  -GTGGAGGAAAGGGTTTATTTGG--CTTATGCTTTTACATTACAGTTCAT  1097
       ||||||||||||||||||||||   |||||||||| || ||||||||||
seq2  GGTGGAGGAAAGGGTTTATTTGGGCTTTATGCTTTTTCA-TACAGTTCAT  1094

seq1  CCTCAAAGGAAGTCAGGACAGGAACTCAAACAGGGC-TGGGGCTGATGCA  1146
      |||| || ||||  |||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||
seq2  CCTCTAA-GAAGCTAGGACAGGAACT-AAACAGGGCTTGGGGTCGATGCA  1142

seq1  GGGGCCATGGAG-GAATGCTGCTTACTGGCTTGCT  1180
        |||||||||| |||||| || | ||||||||||
seq2  --GGCCATGGAGAGAATGC-GCGTTCTGGCTTGCT  1174

seq1: chr14_105164726_105165766
seq2: B6Ng01-109A15.g_67_1107 (reverse)

seq1  CCTAGCTAACTAACCCTTGACTGGCTATGCAGTACTAAATGGGCAGCCAT  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  CCTAGCT-ACTAACCCTTGACTGGCTATGCAGTACTAAATGGGCCAGCAT  49

seq1  ACAGCA-TCTACATGCAAGTAAC-GCTGTACAGACTCACCAGGTTGCCTT  98
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAGCATTCTACATGCAAGTAACGGCTGTACAGACTCACCAGG-TGCCTT  98

seq1  CTGTGCTTATTCCTTTATATGTGTGTATGCATAGTAATTAGAGAGGAGGA  148
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTAATTCCTTTATATGTGTGTATGCATAGTAATTAGAGAGGAGGA  148

seq1  CGCTATGGATTTGGGATGAGTCGGGAGAGCAGACATGAAAGGTTTATGAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTATGGATTTGGGATGAGTCGGGAGAGCAGACATGAAAGGTTTATGAG  198

seq1  GAAAGAGAGAGGGGGCAAATGATATAATTGTACTTTAATTGAATAAAAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGAGAGGGGGCAAATGATATAATTGTACTTTAATTGAATAAAAAA  248

seq1  TTAAAATACAGTAACACTATGCCATAAATTAAGATCAAAATTCCTGTTAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATACAGTAACACTATGCCATAAATTAAGATCAAAATTCCTGTTAA  298

seq1  TAAAATAACTCAAGCAAATAGTTTGAAAAAGTTATTTGTCCCATTCAGAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAACTCAAGCAAATAGTTTGAAAAAGTTATTTGTCCCATTCAGAT  348

seq1  TACTAACCCCATCCTCTATTAATAAGATGAAAGGAAACCTATTCTTCCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACCCCATCCTCTATTAATAAGATGAAAGGAAACCTATTCTTCCAA  398

seq1  GGCAACCAAAAGCTAAATAGAGACTATAAACGTAATGTACCATAAAATCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACCAAAAGCTAAATAGAGACTATAAACGTAATGTACCATAAAATCC  448

seq1  AGAAGGACGATATAAGCAGATAATCATTCTAAAATCCAGGTAATTTTTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGACGATATAAGCAGATAATCATTCTAAAATCCAGGTAATTTTTTT  498

seq1  TAATTGATACCAAAATTCTGTCAGAAATTACAAATACATCAAGGTTCTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGATACCAAAATTCTGTCAGAAATTACAAATACATCAAGGTTCTTA  548

seq1  ATTTCATAACATTGGCTCACTTCATATCTAAAGAGGAGGTGTGTGGGAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATAACATTGGCTCACTTCATATCTAAAGAGGAGGTGTGTGGGAAG  598

seq1  CTGTAGGTTTTCCAGGCAGGAAGAATGCATGACCTGATTAGGCTGCTAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGTTTTCCAGGCAGGAAGAATGCATGACCTGATTAGGCTGCTAAA  648

seq1  ACCAGATTAATGCATTGCTGTTGCTGATGCTGCTCTACAAACCAAAGTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATTAATGCATTGCTGTTGCTGATGCTGCTCTACAAACCAAAGTCA  698

seq1  AGGTCATTGGGAAGATAGGGTTGAGAATGGGGACCACTGGGTTTTCTTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATTGGGAAGATAGGGTTGAGAATGGGGACCACTGGGTTTTCTTTG  748

seq1  TTGGTTGGCAAGTGAGCAGGGAGCACTGCCCTCAGCACTGTGTTGGTAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGGCAAGTGAGCAGGGAGCACTGCCCTCAGCACTGTGTTGGTAGG  798

seq1  CATAGCAAACCACAGACAGACAGATAAGCGCTGCTCCACCTATTACCAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCAAACCACAGACAGACAGATAAGCGCTGCTCCACCTATTACCAAA  848

seq1  AACAAAGATTTCATTTCCTCAGCCTGCTCAAAATGTCCTATTATCATTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGATTTCATTTCCTCAGCCTGCTCAAAATGTCCTATTATCATTTT  898

seq1  GTATAAATCTGAAAGGCAAGTCTTAATGGATTTATAACTAACCTAAAGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAATCTGAAAGGCAAGTCTTAATGGATTTATAACTAACCTAAAGGC  948

seq1  TACCATGGTTTGTCTTACTGGTCCCCATATCTATGCTATTTTTTGTCATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGGTTTGTCTTACTGGTCCCCATATCTATGCTATTTTTTGTCATT  998

seq1  AAAGTCAGAGTTAGCATTCAAATTAGCACAGTTTTTGGAATTC  1041
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGAGTTAGCATTCAAATTAGCACAGTTTTTGGAATTC  1041